이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2020.12.29. 경기도 수원시 권선구 OOO 토지(전, 68,642㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하고 대도시에서 법인의 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우로 보아 「지방세법」(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것, 이하 같다) 제13조 제2항의 세율(1천분의 50)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 이후, 청구법인은 2025.12.24. 이 건 토지가 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제2항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세의 100분의 50을 경감하여 달라는 취지로 경정청구 하였으나, 처분청은 2026.2.10. 청구법인이 농업경영정보를 등록한 사실이 없다는 이유로 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 농업에 관련된 보조금 등의 지원을 받으려는 농업회사법인은 농업경영정보를 등록하여야 하며, 농업회사법인의 농업경영정보에 대한 등록요건은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」(이하 “농어업경영체법 시행령”이라 한다) 제2조의2 제1항 제2호에 규정되어 있다. 이에 따라 농업경영정보 등록 기준을 모두 충족한 청구법인은 사업지 현황, 농작물 재배시설 등이 기재된 사업계획서를 작성하여 국립농산물품질관리원에 농업경영정보 등록을 수차례 요청하였으나, 청구법인의 농업인이 보유한 주식 지분율이 10% 미만이므로 농어업경영체법 시행령 제18조를 충족하지 못한다는 사유로 매번 농업경영정보 등록을 거절 받았다.농어업경영체법 시행령 제18조(농어업인 등이 아닌 자의 출자한도) |
① 법 제19조 제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다. 1. 농업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우 : 총출자액의 100분의 90 2. 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우 : 총출자액에서 8억원을 제외한 금액 |
농어업경영체법 시행령 제2조의2 (농어업경영정보의 등록기준) |
① 법 제4조 제1항 제1호에 따른 농업경영정보의 등록기준은 다음 각 호의 구분에 따른다. 2. 농업법인의 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것 가. 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원이 있을 것(생산수단이 있는 경우만 해당한다) 나. 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있을 것 |
◈ 농업법인에 대한 감면 제도 보완(법 §11, 영 §5의2)
[개정내용] ○ 농업법인이 설립 2년내 영농목적으로 취득하는 부동산에 대한 감면 요건 강화
<법 제11조 제1항, 영 제5조의2 개정내용>
* 설립 직후는 농업경영정보 등록이 안되어 있으므로, 설립 후 90일 이내 농업경영정보 등록 확인서 제출을 전제로 감면 가능(영 제5조의2 제1항)
[적용요령] ○ 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용하되, 개정 법률 부칙 제2조에 따라 2020년 1월 1일부터 소급 적용 - 2020년 1월 1일 이후부터 이 법 시행 전에 납세의무가 성립하여 일반과세한 경우 해당 세액은 감액 또는 환급 조치 - 2020년 1월 1일 전 설립된 농업법인에 대해서는 감면율 100% 적용(부칙 제8조) ○ 이번에 개정하지 않은 제2항·제4항 감면 적용시에는 농업법인에 대해 농업경영정보 등록 요건을 적용하지 않음(부칙 제11조) |
^#56192;^#57009; 농업법인의 취득 농지 등 감면(법 §11) ○ (쟁점) 농업법인의 감면요건에 농업경영정보 등록을 한 경우에 한해 감면하도록 개정(법률 제16865호, 2020.1.15.) 되었는바, - 설립등기일로부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 완료하지 아니한 경우, 영구적으로 감면 적용이 배제되는지 여부 ○ (검토결과) 설립등기일부터 90일이 지난 경우라도 세목별·물건별 납세의무성립일 이전에 농업경영정보를 등록한 경우라면 감면 가능
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① 법 제4조 제1항 제1호에 따른 농업경영정보의 등록기준은 다음 각 호의 구분에 따른다. 2. 농업법인의 경우 : 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것 가. 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원이 있을 것(생산수단이 있는 경우만 해당한다) 나. 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있을 것 |