이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2016.11.16. 설립되어 고철, 비철 도매 및 소매업을 영위하고 있는 법인으로, 2022년 제1기∼2023년 제2기 동안 A·B(이하 이들을 합하여 “쟁점매입처”라 하고, 이들을 제외한 청구법인의 매입처는 “동종매입처”라 한다)로부터 고철 등을 매입하고 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 발급받았다.
나. 김해세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 쟁점매입처에 대해 조사를 실시한 후, 자료상 등으로 확정하여 「조세범 처벌법」에 따라 각각 고발하고 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 청구법인에 대하여 2025년 8월부터 2025년 10월까지 부가가치세 조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호에 따른 가산세를 적용하여 2025.11.6. 청구법인에게 ＜별지＞와 같이 2022년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세(가산세) 합계 OOO원을 경정·고지하였다
다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.19. 이의신청을 거쳐, 2026.6.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 쟁점세금계산서는 실제 공급자와 거래하고 발급받은 세금계산서이다.
(가) 쟁점매입처는 청구법인과 거래한 실제 사업자로 이른바 ‘폭탄업체’가 아니다. 처분청은 쟁점매입처 대표들의 사업이력, 학력, 경력, 연고지 등을 고려하여 이들이 고철업을 영위할 능력이 없다고 보았으나, 고철 판매업의 경우 최초 사업자등록 시부터 관할 세무서장이 사업장 현장확인, 임대차계약 및 사업능력 확인 등을 거쳐 등록 여부를 종합 검토하므로, 최초에 정당하게 사업자등록한 쟁점매입처를 폭탄업체로 볼 수는 없다.
이 건의 경우 청구법인이 실제로 고철 등을 매입한 사실에는 이견이 없으나, 처분청은 쟁점매입처의 매입이 확인되지 않는다는 이유로 청구법인의 매입도 사실과 다르다고 보았다. 그러나 쟁점매입처의 매입에 대한 소명은 쟁점매입처의 책임이고, 이를 이유로 정상 발급받은 청구법인의 세금계산서까지 위장 거래로 취급하는 것은 무리이다. 쟁점매입처의 매입이 소명되지 않은 것과 청구법인의 매입 간에는 직접적인 연관이 없다. 나아가 쟁점매입처의 고철거래 전용계좌를 통해 고철(몰리브덴) 등 매입대금을 이체한 내용도 확인되므로, 쟁점매입처를 실제사업자로 보아야 한다.
(나) 쟁점매입처가 실제 공급한 자가 아니라면, 처분청이 실제 공급한 자가 누구인지를 입증해야 한다. 그러나 처분청은 C(D)이 청구법인에 고철 등을 운반한 사실이 있고, E(F)이 쟁점매입처의 명함을 가지고 영업하였다는 점만 가지고 이들을 실제 공급한 자로 보았다. 매입액 중 C·E에게 실제 공급한 가액, 고철 등, 대금의 전달 여부 등을 특정하지도 못한 채 어떠한 증거도 없이 두루뭉술하게 실공급자가 달리 있다고 본 것이다.
한편, 실제 공급자에 대한 처분청과 조사관서의 주장은 아래 ＜표1＞과 같이 일관성이 없는바, 이는 쟁점매입처를 부인하였으나 실물매입이 확인되어, 다른 실공급자를 무리하게 만들어냈기 때문인 것으로 보인다. 결국 처분청은 쟁점매입처가 폭탄업체인 점도, 실제 공급자가 누구인지도 입증해내지 못하였으므로, 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
＜표1＞ 실매입처에 관한 주장 내용
○○○
(2) 설사 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도, 청구법인은 선량한 관리자로서 주의의무를 다하였기 때문에 선의의 거래당사자에 해당한다.
(가) 청구법인은 거래 개시 전 쟁점매입처의 사업자등록증, 신분증, 명함, 통장사본 등을 수령하고, 사무실 등 시설과 대표자도 직접 확인하였으며, 연락처 검증, 인근 업체를 통한 사업 사실도 전부 조사하여 문제 없는 사업체임을 확인하였다. 거래 후에도 계량증명서 작성, 운반차량·운전자 기록, CCTV 촬영 등 철저히 관리했고, 금융거래 시에도 전용계좌와 사업자등록증을 대사하여 정상임을 확인하였으며, 전용계좌를 통해 대금을 지급하였다. 이는 청구법인이 선량한 주의의무를 다하였음을 보여준다.
반면, 처분청은 청구법인이 쟁점매입처 및 C·E과 통정·공모하여 매입을 위장하였다고 주장하나, 매입대금 반환, 사실과 다른 세금계산서 발급에 대한 수수료 지급 등의 증거는 전혀 제시되지 않았다. 나아가 청구법인이 이에 대해 정보공개를 청구하자 거부당하였고, 조사담당자에게 별도로 문의했음에도 대금 지급 증거 등은 확인되지 않았다는 답변을 받았었다.
(나) 청구법인으로서는 사실과 다른 세금계산서를 발급할 동기나 유인이 전혀 없다. 청구법인은 매입자납부특례가 적용되어, 쟁점매입처에 직접 대금을 지급하지 않고 지정된 전용계좌에 입금하면 금융회사에서 별도로 부가가치세를 국고에 납입하는바, 부가가치세를 탈루할 수 없다. 조세심판원(조심 2016부0140, 2016.6.8. 등 참조), 법원(부산고등법원 2024.1.25. 선고 2022누10647 판결 등 참조)도 매입자납부특례가 적용되는 경우 선의의 거래당사자 법리를 적극 수용하고 있으며, 실제로 청구법인은 세무조사 단계에서 동종매입처와 관련하여 선의의 거래당사자로 인정받았다.
나아가, 청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점매입처로부터 고철 등을 정상가격으로 매입하였는바, 위장매입으로 얻을 유인이 전혀 없다. 오히려 청구법인은 대기업인 G 주식회사에 구좌업체로 등록되어 있어, 사실과 다른 세금계산서 관련 문제가 발생할 경우 구좌업체 요건을 불충족하게 된다는 위험이 발생한다. 청구법인은 2023년 기준 137개 매입처와 거래하였으며 총 매입액은 OOO원으로, 구태여 쟁점매입처로부터의 매입액 OOO원(3.8%)을 위해 사실과 다른 세금계산서를 발급할 유인이 없다.
＜표2＞ 쟁점매입처와 동종매입처 거래 단가 비교
○○○
(다) 한편, 처분청은 「조세범 처벌법」에 따라 2025.11.27. 청구법인을 창원지방검찰청 마산지청에 고발하였으나, 사건을 인계받은 마산동부경찰서는 6개월의 수사 끝에 “혐의없음”으로 2026.4.29. 불송치 결정하였다. 물론 형사상 범죄성립 요건과 세법상 과세요건 판단은 구분되나, 세금계산서 관련 사건의 경우에는 양자의 판단 요건이 대부분 일치하여, 중요한 증거자료에 해당한다.
(라) 처분청은 동종매입처와의 거래에서는 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정했음에도 쟁점매입처에 대하여만 이를 인정하지 않았다. 그 이유는 첫째, 조사 당시 진술의 불일치가 있었기 때문이다. 그러나, 해당 진술들은 청구법인과 쟁점매입처가 서로 알게 된 경위에 관한 것으로, 선량한 주의의무와는 직접 관련이 없는 사소한 불일치에 불과하다. 그리고 진술자 C은 해당 발언이 처분청의 오해라는 취지의 사실확인서를 제출하였다.
둘째, 쟁점매입처와 실제 상차지(경상남도 밀양시 OOO, 이하 “쟁점상차지”라 한다)·운반차량이 달랐기 때문이다. 그러나 고철업계 관행 상 분철 매입처나 상차지는 영업 비밀로, 고철 등의 입고량 및 단가, 전용계좌 지급 여부 등이 중요할 뿐 매입처의 사업장과 상차지가 일치하는지까지 확인할 필요는 없다. 심지어 청구법인은 약 140개 매입처와 거래하는바, 건건별로 상차지를 모두 확인하는 것은 실무적으로 불가능하다. 그리고 운반차량의 경우, 당시 C이 자신의 사업 부진으로 운반차량 운용에 여유가 생겨 부수입을 위해 운반한 것일뿐이며, 동종매입처으로부터도 운반 의뢰를 받아 고철 등을 운반하였음에도 처분청은 쟁점매입처에 대해서만 이를 문제 삼았다. 쟁점매입처와 C의 사적계약에 대해 청구법인이 간섭하는 것은 월권이므로, 이를 선량한 주의의무를 다하지 않은 것으로 보는 것은 위법하다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서 상 공급하는 자는 쟁점매입처이나, 실제로 청구법인에게 고철 등을 납품한 자는 C·E으로 판단된다.
(가) 쟁점매입처는 구좌업체들의 필요에 의하여 설립된 폭탄업체로 보인다. A 대표자 M의 경우, 군포에서만 거주했으며 유흥업소, 청과조합업체 등에서만 근무하였는바, 고철업 종사 이력이나 지역 연고가 전혀 없고, 직원, 사업시설, 고철 등의 매출입 및 운송 내역도 확인되지 않는다. 그리고 B 대표자 H의 경우 막노동을 20년 이상 해오다가 고철업을 처음 영위한바, 매입의 실제 상대방조차 모른다고 일관되게 진술하였다. 이처럼 이들은 고철업을 실제로 운영할 능력이 있다고 보기 어려운 자들임에도 A은 계좌개설 시점인 2022.6.10., B은 계좌 금융한도 제한이 풀린 시점인 2023년 5월부터 구좌업체들에게 일시에 고액의 세금계산서를 발급하기 시작하였는바, 거래 증빙도 없으며, 매입대금이 이체되면 즉시 현금으로 인출하는 등 전형적인 자료상의 형태를 보이고 있다.
(나) 실제 청구법인에게 공급한 자는 C·E으로 판단된다. 먼저, 쟁점매입처와 관련한 청구법인의 매입은 아래 ＜표3＞과 같은바, 사실상 C이 전담하여 입고시킨 것으로 확인된다. C은 2018.10.1. D을 사업자등록했는데, 개업 초기부터 매출액의 30% 이상을 청구법인에 납품해오고 있었다. 그러나 청구법인 간의 거래는 2021.1.8.∼2022.6.13. 기간 동안 총 77회, 894,390㎏, OOO원이었다가 2022.6.13.∼2023.12.31. 기간 동안 총 27회, 268,650㎏, OOO원으로 급감하였는바, C이 실사업자가 아니라면 본인 사업을 줄여가면서까지 운송을 대행했다는 것인데, 이는 매우 부자연스럽다.
＜표3＞ 청구법인 매입 내역
○○○
E의 경우 F을 영위해오다가 2019.1.25. 고액체납, 거주지 불명 등으로 직권 폐업되었다. 이때 조사관서는 E이 쟁점매입처 대표의 명함을 들고 다니며 실제로 영업한 것을 확인하였는바, E 역시 실공급자로 보인다. 따라서 쟁점세금계산서는 C·E이 실제 공급하였음에도, 전형적인 자료상의 형태를 보이는 쟁점매입처를 공급자로 기재한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.
(2) 청구법인은 선의의 거래당사자로서 선량한 주의의무를 다하였다고 보기 어렵다.
(가) 처분청이 쟁점상차지를 현장 확인한 결과, 동종매입처인 J이 폐업일 2021.4.29. 전까지 사업장으로 사용하던 장소로 밝혀졌다. I는 쟁점상차지가 쟁점매입처의 사업장인 줄 알았고, 그 곳에서 C의 부탁으로 운임을 받고 J 및 쟁점매입처의 고철 등을 상차하였다고 진술하였다.
쟁점상차지가 동종매입처의 사업장이었던 이상, 청구법인은 쟁점매입처의 사업장이 아님을 알 수 있었을 것이며, 청구법인의 대표자 역시 J의 사업장임을 알고 있었다고 진술하였다. 즉, 청구법인은 상차지·운반차량 모두 쟁점매입처와 상이함을 알고 있었는바, 그럼에도 불구하고 실사업자를 확인하려는 노력을 하지 않은 이상 선량한 관리자의 주의의무를 다한 것으로 볼 수 없다. 한편, 청구법인이 제출한 사실확인서는 위장거래 공모 혐의가 있는 C·I 및 직원 K·L가 작성하여 객관적인 자료인지 엄정하게 판단해야 할 것이다.
(나) 청구법인은 수사기관의 불송치 결정에 따라 이 건 처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 불송치 결정은 과세요건의 반증으로 볼 수 없다. 세법은 세금의 부과 및 징수에 관한 행정법이고, 「조세범 처벌법」은 형사법으로서 그 성격을 달리하고 있으며, 판례 또한 검찰의 수사결과 증거불충분의 이유로 무혐의 또는 불기소처분을 받았다고 하더라도 그것이 곧 실지거래가 입증되는 것으로 보기는 어렵다고 판시한 바 있다(대법원 2016.2.18. 선고 2015두55790 판결, 같은 뜻임).
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부
② 청구법인이 선량한 관리자로서 주의의무를 다하였는지 여부
나. 관련 법률
(1) 부가가치세법 제32조 (세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
제60조 (가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트
(2) 조세범 처벌법 제10조 (세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 계산서를 발급받은 행위
(3) 조세특례제한법 제106조의9 (스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 “스크랩등”이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 “스크랩등사업자”라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩등 거래계좌(이하 “스크랩등거래계좌”라 한다)를 개설하여야 한다.
3. 「관세법」 제84조에 따라 재정경제부장관이 고시한 「관세·통계통합품목분류표」 중 철의 웨이스트와 스크랩, 철강의 재용해용 스크랩 잉곳 또는 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 물품
② 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 「부가가치세법」 제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.
③ 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 날(스크랩등을 공급받은 날이 세금계산서를 발급받은 날보다 빠른 경우에는 세금계산서를 발급받은 날을 말한다)의 다름 날(이하 이 조에서 “부가가치세액 입금기한”이라 한다)까지 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.
1. 스크랩등의 가액
2. 「부가가치세법」 제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 “부가가치세액”이라 한다)
④ 스크랩등 수입에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」 제50조에도 불구하고 스크랩등거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다.
⑤ 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 「부가가치세법」 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.
⑥ 제3항에 따라 스크랩등거래계좌를 사용하지 아니하고 스크랩등의 가액을 결제받은 경우에는 해당 스크랩등을 공급하거나 공급받은 스크랩등사업자에게 제품가액의 100분의 10을 가산세로 징수한다. (단서생략)
⑦ 관할 세무서장은 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 부가가치세액 입금기한의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(「부가가치세법」 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.
⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.
⑩ 제3항에 다라 부가가치세를 입금받은 제3항 본문에 따른 대통령령으로 정하는 자는 제8항에 따라 공제하거나 환급받을 세액에 가산한 후의 부가가치세액을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 납부하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료를 통해 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 처분청은 조사관서 및 처분청의 심문조서, 이의신청 결정문 등을 제출하였다. 이때 A에 대한 2023년 제1기 부가가치세 조사서에 따르면 A 계좌 내역 요약은 아래 ＜표4＞와 같다.
＜표4＞ 2023년 제1기 A 계좌 내역
○○○
(나) 청구법인은 거래처 및 차량번호 등이 기재된 입·출고 현황 기록과 매입원장, 입고별 계량증명서, 입고장면을 촬영한 CCTV 내역을 제출하였으며, 쟁점매입처 대상 출금내역이 확인되는 계좌내역을 제출하였다.
(다) 청구법인은 선량한 주의의무를 다하였다며, 쟁점매입처의 사업자등록증, 명함, 신분증, 통장사본 등과 사업장 및 사업시설 현장확인 사진을 제출하였다. 또한 청구법인이 납품하는 G 주식회사와의 거래계약서도 제출하였다.
(라) 청구법인은 쟁점매입처의 고철 등을 청구법인에 입고시켰다는 내용이 담긴 C·I의 사실확인서를 제출하였다.
(마) 청구법인은 본인에 대한 불송치 결정서를 제출하였는바, 이중 판단 부분은 아래 ＜그림＞과 같다.
＜그림＞ 불송치 결정서(일부)
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
(가) 먼저, 쟁점①과 관련하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서가 실제로 쟁점매입처로부터 고철 등을 납품받아 발급받은 것으로 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하나,
조사 당시 쟁점매입처의 대표들은 고철 등 매입에 대해 모른다고 답하고 고철업 종사 경력이 길지 않은 등 사업역량이 충분하다고 보기 어려운 점, 개업(B의 경우 계좌제한 해제) 직후 단기간에 고액의 세금계산서가 발급된 점, 청구법인과의 거래에 상응하는 쟁점매입처의 매입이 확인되지 않는 점, 청구법인으로부터 매입대금이 입금된 즉시 현금으로 인출하는 등 전형적인 자료상의 형태를 보이고 있는 점 등에 비추어, 쟁점매입처가 실제로 고철 등을 공급하지 않았다는 정황이 있으므로 공급자가 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 단정할 수 없다고 판단된다.
(나) 다음으로, 쟁점②와 관련하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 선의의 거래당사자로서 선량한 관리자의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다고 주장하나,
재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것인바(대법원 1997.9.30. 선고 97누7660 판결 등 참조),
청구법인은 거래 이전부터 사업자등록증 수령, 현장실사 등을 통해 실제 사업 영위 여부를 확인하였으며 거래 당시에도 고철 등 계근, 입·출고 관리 및 CCTV 촬영 등을 철저히 하여 주의의무를 다하였다고 보이는 점, 청구법인이 매입대금을 스크랩등 거래계좌를 통해 지급하여 탈루된 부가가치세가 없는 점, 쟁점매입처로부터의 매입가격이 동종매입처와 비교하여 특별히 낮은 수준이 아니어서 정상가격에 매입한 것으로 보이고, 2023년 총 매입액 대비 비중도 3.8%에 불과하여 위장거래의 유인이 없다고 보이는 점, 실제 거래대금 반환 등도 확인되지 않은 점, 마산동부경찰서장이 청구법인의 「조세범 처벌법」 혐의에 대해 수사한 결과, 청구법인이 고의로 쟁점매입처로부터 사실과 다른 세금계산서를 발급받은 것이라 인정할 증거가 없다는 등의 취지로 불송치 결정을 내린 점, 고철업계의 거래 특성상 상차지와 운반차량이 매입처와 일치하지 않는 경우도 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있다고 판단되므로 청구법인에게 「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호에 따른 가산세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 있다고 할 것이다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 부가가치세(가산세) 처분 내역
○○○