이유
1. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다.

가. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트(단서 생략)

(2) 국세기본법

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.(단서 생략)

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(3) 국세기본법 시행령

제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1986.10.17. 설립되어 빵·과자 등의 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로, 직영·가맹점을 모두 운영하고 있다. 청구법인은 사전약정을 통해 통신사 등급할인을 제공하고 있는바, 가맹점을 통한 판매의 경우에는 할인액을 가맹점과 분담하고 있다. 청구법인은 가맹점을 통한 판매 시 본인 및 통신사의 할인액 부담분(이하 “쟁점차감액”이라 한다)을 제외하여 대금을 수령하였으나, 세금계산서는 쟁점차감액을 포함한 공급가액으로 발급하였다.

(2) 2026.1.20. 청구법인은 쟁점차감액이 매출에누리로서 과세표준에서 제외된다는 취지로 2020년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 처분청은 2026.3.9. 경정청구를 인용하면서도, 청구법인이 수정세금계산서를 발급하지 않았다는 이유로 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호에 따른 가산세 상당액 OOO원을 제외한 OOO원만 환급하였다.

(3) 청구법인은 이에 불복하여 2026.6.5. 심판청구를 제기하였으며, 처분청은 2026.7.22. 가산세 OOO원에 대해 직권으로 환급을 결정하였다.

(4) 「국세기본법」 제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 마목 및 같은 법 시행령 제52조의2 제1호는 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우에는 그 청구를 각하하도록 규정하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 2026.7.22. 청구법인의 경정청구 일부거부처분을 직권으로 취소하여 세액을 전부 환급하였으므로 이 건 심판청구는 심리일 현재 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.