이유
1. 처분개요 가. 농업기술센터는 1957년 3월 「농사지도법」이 공포되면서 농사교도소(農事敎導所)로 설립되어 1962.4.1. 「농촌진흥법」의 제정으로 농촌지도소(農村指導所)로 개칭 및 운영되어 오다가 1988.8.31. 「지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정」(이하 “지자체 정원 등에 관한 규정”이라 한다)이 개정되면서 농업기술센터로 개칭되어 운영되고 있다. 나. 청구법인은 2015.11.26. 청구법인의 소속기관인 OOO농업기술센터(소장 : 박OOO, 이하 “쟁점사용기관”이라 한다)에서 사용할 근적외선분광기 등(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 OOO 소재 OOO로부터 수입신고번호 OOO호로 수입하면서, 「관세법」 제90조 제1항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에 따른 관세감면(감면율 80%) 및 수입신고수리전 반출승인을 신청하여 통관지세관장으로부터 이를 승인받았다. 다. 관세청장은 2015.12.10. 농업기술센터는 「관세법」제90조 제1항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정하는 학술연구용품감면 대상기관(시험소·연구소)에 해당하지 아니한다는 질의회신을 처분청에 통지하였고, 이에 처분청은 쟁점물품에 대한 관세감면을 배제하여 2016.10.20. 청구법인에게 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 「관세법」에서 “시험소·연구소”의 범위를 규정하고 있지 않으므로, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정한 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 ‘시험소·연구소 등’에 해당 여부는 사실관계를 토대로 법조항의 합목적성에 비추어 판단하여야 하고, 실제 시험·연구 사무를 수행하고 있는 쟁점사용기관은 감면대상기관인 “시험소·연구소”에 해당한다. (가) 청구법인은 지방자치단체로서 소속기관인 쟁점사용기관의 시험·연구 사무를 수행하는 데에 필요한 수요물자를 조달하기 위하여 조달청장과 구매계약을 체결하고 쟁점물품을 수입하면서, 「관세법」 제90조 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호 규정에 의하여 중앙행정기관의 장의 자격으로 학술연구용품 관세감면을 신청하였다. (나) 「관세법」제90조 제1항 제1호에서 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용 등은 관세를 감면할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호(같은 법 제90조 제1항 제2호의 위임규정이다)에서 ‘기획재정부령으로 정하는 기관’에 대해 “ 「정부조직법」 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소” 등을 규정하고 있으나, ‘시험소ㆍ연구소의 범위’에 대해서는 「관세법」상 별도의 규정이 없으며 관세청장이 유권해석한 바도 없다. ‘시험소ㆍ연구소’의 범위와 관련하여 「학술진흥법 시행령」 제2조 에서 “연구기관이란 해당 연구 분야에서 3년 이상 연구한 경력이 있는 연구전담요원 3명 이상을 상시 확보하고, 연구시설을 갖춘 국내외 연구기관을 말한다”고 규정하고 있고, 「부가가치세법 시행규칙」 제39조 제1항 제1호에서 정한 “지방자치단체의 조례에 따라 설치된 기관이 운영하는 시험소, 연구소 등”은 부가가치세를 면제하는데, 국세청장은 이와 관련하여 여러 차례에 걸쳐 “국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소·연구소의 의미는 기관의 명칭이 시험소·연구소로 직제 되어 있는 기관뿐만 아니라 시험소·연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있고, 시험·연구장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 「부가가치세법 시행규칙」에서 규정하는 시험소·연구소에 해당한다”고 회신한 바 있다. (다) 쟁점사용기관은 지방자치단체의 직속기관으로서 해당 지방자치단체의 조례에서 시험·연구사무를 그 소관사무로 규정하고 있고, 실제 다음과 같이 시험·연구사무를 수행하고 있다. 첫째, 쟁점사용기관을 비롯한 농업기술센터는 「농촌진흥법」 제7조 제2항 제2호에 따라 농촌진흥청장의 농촌진흥사업 중 연구개발 사업에 공동연구기관으로 참여하고 있는데, 이에 관한 대표적인 연구개발 사업은 토양검정이고, 토양검정이라 함은 “과학적 근거에 의한 작물의 시비량을 결정하기 위하여 포장에서 채취한 토양시료를 대상으로 유효양분함량 또는 석회소요량을 측정하는 분석작업”을 말한다. 둘째, 농업기술센터는 중앙농촌진흥기관(농촌진흥청)이나 광역농촌진흥기관(농업기술원)이 수행하기 어려운 관내 농업분야의 시험·연구사무를 담당하고 있는데, 각 지방자치단체의 조례에서 규정한 시험·연구와 관련된 대표적인 사무는 청구법인들이 소재하는 지역의 특성을 고려하여 지역특화작목을 육성 및 개발, 신품종 육성 및 지역적응시험, 신·구 품종 간 특성비교, 안전생산 기술개발 등 관내에서 생산되는 농산물의 수확량을 증가시키거나 품질경쟁력을 향상시키기 위한 시험·연구 활동과 화학비료·화학농약을 대체하는 친환경 자재의 활용률을 증가시킬 것으로 기대되는 지역토착 유용미생물 시험·연구 활동이다. (라) 쟁점사용기관은 매년 국비, 도비, 시·군비 및 지역발전특별회계를 토대로 하여 편성된 전체 예산 중 약 7%~12%를 시험ㆍ연구 사무에 배정하여 농업과학 분야에서 요구되는 신기술을 연구·개발하고, 새로운 소득 작목을 발굴·육성하여 관내 농업현장에 제공함으로써 과학 영농을 실현하고 있다. 또한, 시험ㆍ연구 사무와 관련하여 전문인력을 배치하고 있는데, 「농촌진흥법」 제31조 에서 농촌진흥사업에 종사하게 하기 위하여 “연구직공무원과 지도직공무원”을 두도록 규정하고 있고, 쟁점사용기관은 「지방 연구직 및 지도직공무원의 임용 등에 관한 규정」 제4조의2에 따라 ‘지방직 공무원’을 임용하였으며, 이들은 「지방공무원법」 제4조 제2항에 의하여 “연구·지도 또는 특수기술 직렬 공무원”으로 분류되는 자로서 농촌진흥사업을 수행하는 데에 필요한 전문지식과 자격을 갖추고 있다. 특히 1998.8.31. 이후 농업기술센터가 시·군의 직속기관으로 전환되고, 기초지방자치단체 단위에서 요구되는 관내 특화작물의 시험·연구사업을 농촌진흥청 또는 농업기술원에서 수행하기에 적합하지 아니하였으므로 각 농업기술센터에 소속된 농촌지도사가 농업연구사로서의 사무를 동시에 수행하고 있다. (마) 쟁점사용기관은 종합검정실, 친환경농업관리실, 친환경축산관리실, 쌀품질분석실, 병해충진단실 등을 갖추고 있고, 시험·검정실에는 토양(중금속분석 포함)·수질·잔류농약분석·식물체 분해·액비의 성분 및 부숙도 등 여러 분석시험을 위한 장비가 장치되어 있는데, 이러한 장비는 주로 물질 분석을 위한 분석화학 분야의 ‘기기분석시험’ 목적의 장비로서 여러 지역특화연구에 필요한 시험·분석이 가능하며, 시험·연구시설에서 도출된 기초자료는 지역특성에 맞는 시험연구사업의 자료로 활용될 수 있다. (바) 대표적으로 쟁점사용기관을 비롯한 농업기술센터는 농업자원 정밀분석을 위해 종합검정실을 운영하고 있는데, 종합검정실은 농업자원 정밀분석 진단 확대로 소비자 맞춤형 안전농산물의 생산을 뒷받침하기 위하여 설치된 시설로서 2015년 농업진흥청 자료에 의하면 약 155개의 시·군 단위의 농업기술센터에서 종합검정실을 운영하고 있고, 전국 농업기술센터의 정밀검정실적은 아래 <표1>과 같이 615,498점에 달하며, 동 시험·분석의 결과는 토양환경정보시스템에 등록되어 작물재배 적지, 농경지 화학성, 토양 특성, 정밀농업기후도, 생물상 분포, 농업환경 변동정보 등 농업환경의 보전, 농산물 안전 생산에 이용된다. <표1> 2015년 분석항목별 정밀검정 실적 (단위 : 점)| 구 분 | 계 | 토양 | 식물체 | 중금속 | 퇴비 | 가축분뇨 액비 | 수질 | 잔류 농약 | 기타 |
| 전년(A) | 595,845 | 517,960 | 4,655 | 25,716 | 583 | 28,305 | 4,670 | 10,889 | 3,067 |
| 실적(B) | 615,498 | 549,734 | 4,019 | 25,727 | 300 | 20,761 | 4,311 | 8,557 | 2,080 |
| 전년대비 (B/A) | 103% | 106% | 86% | 100% | 51% | 73% | 92% | 79% | 68% |
| 구 분 | 농업기술원 | 농업기술센터 |
| 설치근거 | 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항 | 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항 |
| 분장사무 | 지역적인 시험연구사업·농촌지도사업·농민교육훈련 | 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등 |
| 설치단위 | 도·특별자치도 | 특별시·광역시·특별자치시·시·군 |
| 감면기관 지정 여부 | 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에 규정 | 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항에 규정되지 않음 |
| 그 외 수행업무 | 지역별 특화작목 시험·연구를 위한 특화작목시험장 설치 | 토양검정·친환경농산물 인증 및 기타 시험·연구 등 |
| 2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정되기 전의 것 | 2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정된 것 |
| 제16조[지방농촌진흥기구] ② 지방자치단체의 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등을 분장하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 농업기술센터를 둘 수 있으며,(이하 생략) | 제16조[지방농촌진흥기구] ② 지방자치단체의 연구개발사업·농촌지도사업·농민교육훈련사업 및 국제협력사업을 분장하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 농업기술센터를 둘 수 있으며,(이하 생략) |
| 연구인원(정원) | 연구인원(현원) | 시험연구실 | 보유장비 |
| 5 | 5 | 4 | 10 |
| 구 분 | 2011년 | 2012년 | 2013년 | 2014년 | 2015년 | 전체 | |||||||
| 업체 | 건수 | 업체 | 건수 | 업체 | 건수 | 업체 | 건수 | 업체 | 건수 | 업체 | 건수 | ||
| 학술연구 감면(A) | 1호 | 23 | 52 | 29 | 61 | 37 | 90 | 28 | 75 | 23 | 55 | 140 | 333 |
| 2호 | 24 | 51 | 13 | 32 | 9 | 16 |
|
| 15 | 46 | 61 | 145 | |
| 소계 | 47 | 103 | 42 | 93 | 46 | 106 | 28 | 75 | 38 | 101 | 201 | 478 | |
|
| A/D | 80% | 82% | 76% | 77% | 100% | 100% | 80% | 87% | 86% | 94% | 74% | 78% |
| 기타감면 (B) | - | 8 | 15 | 4 | 15 |
|
| 3 | 6 |
|
| 15 | 36 |
| B/D | 14% | 12% | 7% | 12% |
|
| 9% | 7% |
|
| 6% | 6% | |
| 일반수입 (C) | - | 4 | 7 | 9 | 13 |
|
| 4 | 5 | 6 | 7 | 50 | 93 |
| C/D | 7% | 6% | 16% | 11% |
|
| 11% | 6% | 14% | 6% | 18% | 15% | |
| 합 계(D) | 59 | 125 | 55 | 121 | 46 | 106 | 35 | 86 | 44 | 108 | 271 | 616 | |