이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.9.30. 경기도 평택시 OOO 토지 337㎡와 그 지상건축물 72.27㎡(단독주택, 이하 “이 건 주택”이라 한다)을 취득한 후, 이 건 주택을 빈집 활용 시범사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여,「지방세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것, 이하 같다) 제85조의2 제1항 제1호에 따라 취득세의 100분의 50을 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 주택의 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 이 건 사업에 직접 사용하지 않고 철거하였다고 보아, 2026.3.24. 쟁점건축물의 취득가격 OOO원(이 건 주택 취득가격 OOO원을 시가표준액으로 안분한 금액, 취득가격의 0.94%)을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.6.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점건축물 자체가 이 건 사업에 직접 사용되는지를 기준으로 감면 요건 충족 여부를 판단하여 이 건 취득세 등을 부과하였으나, 청구법인의 경우와 같이 빈집 정비사업을 목적으로 하기 위하여 건축물을 취득하는 경우에는 그 “건축물”이 아닌 “사업”을 기준으로 직접 사용 여부를 판단하여야 한다.

(2)「지방세특례제한법」제85조의2 제1항 제1호에서 해당 부동산의 ‘직접 사용’을 감면 요건으로 규정하고 있다고 하더라도, 그 충족 여부는 모든 사안에 대해 동일한 기준으로 판단할 것이 아니라 사업의 특성과 감면 취지 등을 충분히 검토해야 하는바, 청구법인의 경우와 같이 이 건 사업의 수행을 위해 사업지구 내 편입되는 부동산을 취득하는 행위는 그 취득 자체가 사업진행의 절차이자 과정이다.

(3) 청구법인이 건축물을 취득하는 목적은 그 건축물이 정착되어 있는 토지를 사업의 용도에 맞게 조성하여 사용(주택의 신축 등)하기 위한 것이고, 이를 위해 종전 건축물의 철거는 필수적인 조건이므로, 청구법인이 쟁점건축물을 분양, 임대 등에 사용하지 않았다 하더라도 이를 철거한 이상 이 건 사업에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하다.

(4) 처분청은 철거되는 건축물은 결국 물리적 실체가 없어지므로 이 건 사업에 직접 사용이 아니라고 해석하고 있으나 그렇게 따지면 청구법인이 취득한 토지 또한 이 건 사업의 부지 조성 과정에서 물리적으로 다른 형태로 형질이 변경되며 이 건 사업이 완료된 후 말소되고, 새로운 토지로 생성되므로 이 건 사업에 직접 사용된다고 볼 수 없게 됨에도 처분청이 이 건 주택의 부속토지에 대해서는 이 건 사업에 직접 사용에 해당한다고 보아, 그 취득세 등을 직권으로 취소하였는바, 그 지상 건축물인 쟁점건축물에 대해서도 같은 취지로 취득세 등을 취소하는 것이 타당하다.

(5) 끝으로, 처분청은 쟁점건축물을 취득한 시점부터 4년이나 경과한 후에 종전의 해석 및 판단을 변경하여 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과하였는바, 이 건 취득세 등에서 가산세 OOO원은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「지방세특례제한법」제2조 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제1호에서 ‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있다.

(2) 쟁점건축물에 대한 취득세 감면 여부를 판단할 때에는 청구법인이 쟁점건축물을 ‘택지개발 및 토지의 취득·개발’이라는 사업 목적에 직접 사용하였는지 여부로 판단하여야 하므로, 이 건 사업의 진행 과정에 쟁점건축물의 취득이 포함되어 있다고 하여 쟁점건축물을 이 건 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다.

(3)「지방세법」상 토지와 건축물은 별개의 취득세 과세대상으로 규정하고 있는 이상 청구법인이 쟁점건축물을 취득하여 철거하고 주택 등을 신축하는 활동을 청구법인의 고유업무를 수행하는 활동으로 볼 수 있다고 하더라도 철거 예정인 쟁점건축물을 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당된다고 보기는 어렵다(조심 2020지1456, 2021.6.17.) 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

(4) 청구법인은 쟁점건축물이「지방세특례제한법」제85조의2 제1항제1호에서 규정하고 있는 취득세 감면 대상이 아님에도 감면 신청을 하고, 취득세를 과소 신고·납부한 사실이 확인되므로 처분청이 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점건축물을 이 건 사업에 직접 사용하지 않았다고 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

② 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은「지방공기업법」과「경기주택도시공사의 설립 및 운영 조례」에 따라 택지, 산업단지, 주택 및 도시개발 사업 등을 통해 살기 좋은 지역사회 건설과 경기도민의 복지 향상에 기여함을 목적으로 경기도지사가 100% 출자하여 설립한 지방공사이다.

(나) 청구법인은 2021.9.30. 이 건 주택을 취득한 후 이 건 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여, 그 취득세의 100분의 50을 감면받았다.

(다) 청구법인은 이 건 사업을 하기 위해 쟁점건축물을 철거하였고, 처분청은 2024.1.8. 쟁점건축물의 건축물대장을 말소하였다.

(라) 처분청은 청구법인이 이 건 주택을 이 건 사업에 직접 사용하지 않고 쟁점건축물을 철거하였다고 보아 2026.3.24. 청구법인에게 이 건 주택의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다가 2026.7.2. 위의 취득세 등 중 토지에 대한 취득세 등 OOO원을 취소하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

(가)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 제85조의2 제1항제1호에서 지방공사가 그 설립 목적과 직접 관계되는 사업(목적사업)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50에 지방자치단체 투자비율을 곱한 금액을 경감한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 적용하여 살피건대,「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 규정하고 있는 “직접 사용”이란 부동산 등을 해당 용도에 직접적으로 제공하는 것을 의미하는 것으로, 간접적으로 공여되는 경우까지 포함된다고 볼 수는 없는 점,

청구법인이 이 건 주택의 부속토지에 주택을 신축하기 위해 쟁점건축물을 철거한 것이고, 이 건 사업을 정상적으로 수행하려면 쟁점건축물의 철거가 선행되어야 한다고 하더라도 이는 이 건 사업에 간접적으로 공여된 것에 불과할 뿐 쟁점건축물 자체가 이 건 사업에 직접 제공된 것은 아닌 점(2020지1456, 2021.6.17. 같은 뜻임) 등에 비추어,

처분청이 쟁점건축물에 대하여 경감한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

(가)「지방세법」(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것, 이하 같다) 제20조 제3항에서 취득세를 면제받은 후에 해당 과세물건이 취득세 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있고, 제21조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고·납부의무를 다하지 아니한 경우에는 산출세액에「지방세기본법」제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 징수한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세기본법」(2019.12.31. 법률 제16854호로 개정된 것, 이하 같다) 제53조 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 무신고납부세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있고, 제55조 제1항에서 납세의무자가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하는 경우에는 납부불성실가산세를 부과한다고 규정하고 있으며, 제57조 제1항에서 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,「지방세법」제20조 제3항에서 취득세를 면제받은 후에 해당 과세물건이 취득세 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 60일 이내에면제받은 취득세 등을 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있는데 청구법인은 처분청이 이 건 취득세 등을 부과하기 전까지 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 신고·납부하지 않은 점,

가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 청구법인이 「지방세특례제한법」제178조 제1항에서 규정하고 있는 취득세 추징규정을 몰랐다거나 쟁점건축물을 이 건 사업에 직접 사용한 것으로 착오하였다 하더라도 이와 같은 사유는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당하지 않는 점,

아울러, 취득세는 납세자가 과세표준과 세액을 산출하여 신고·납부하는 세목으로, 그 세액의 산출이나 감면 신청 등에 대한 책임은 원칙적으로 납세자에게 있으므로 처분청이 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 경감한 후 5년이 다 되어 이 건 취득세 등을 추징하였다 하여 이를 처분청의 귀책으로 볼 수는 없는 점 등에 비추어,

청구법인에게「지방세기본법」제57조 제1항에서 규정하고 있는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유는 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제85조의2[지방공기업 등에 대한 감면] ①「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사(이하 이 조에서 “지방공사”라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.

1. 지방공사가 그 설립 목적과 직접 관계되는 사업(그 사업에 필수적으로 부대되는 사업을 포함한다. 이하 이 조에서 “목적사업”이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 대통령령으로 정하는 지방자치단체 투자비율(이하 이 조에서 “지방자치단체 투자비율”이라 한다)을 곱한 금액을 경감한다.

제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것)

제20조[신고 및 납부] ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제21조[부족세액의 추징 및 가산세] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우

(2) 지방세기본법(2020.12.29. 법률 제17768호로 개정된 것)

제53조[무신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

제55조[납부지연가산세] ① 납세의무자(연대납세의무자, 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. (이하 생략)

제57조[가산세의 감면 등] ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.