이유
1. 원처분 개요 청구법인은 경기도 군포시 OO동 OOO외 14필지 토지 10,178㎡의 지상에 양회저장시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)을 건설하여 철도청에 기부채납한 후 20년간 무상사용하기로 되어 있었는 바, 쟁점시설의 준공검사일(88.11.30)이전인 86.10월에 쟁점시설을 완공하고 그때부터 사용하였다고 하여 87 및 88사업년도(1.1～12.31)에 쟁점시설에 대한 감가상각비 589,632,490원과 동 기간중 토지사용료 49,227,593원을 손금으로 계상하였다. 처분청은 쟁점시설의 준공일을 준공검사일인 88.11.30로 보아 쟁점시설의 감가상각비중 준공일 이전분 589,632,490원과 토지사용료 49,227,593원을 손금불산입하여 87～91사업년도분 법인세를 경정결정하고 93.2.16 다음과 같이 고지하였다.

사업년도

법 인 세

방 위 세

87

88

89

90

91

203,950,420

159,508,200

34,134,770

2,396,830

2,427,000

32,086,610

26,623,560

6,066,270

523,230

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청구인은 이에 불복하여 93.4.16 심사청구를 거쳐 93.7.31 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 1) 쟁점시설에 대한 감가상각비의 계산은 사실상 준공된 날부터 계산하여야 한다. ① 처분청은 행정적인 준공검사일 이후부터 감가상각비를 손금산입하였으나 사실상 청구법인이 쟁점시설을 완공하고 사용한 날부터 감가상각비를 계산함이 타당하다. ② 청구법인이 위 감가상각비를 기업회계상 당기의 비용으로 계상한 것은 일반적으로 인정된 회계기준으로서 세법에서 명시적으로 손금산입을 계상하지 않는 한 과세표준신고에 잘못이 없다. 2) 청구법인이 쟁점시설의 건설이 완료될 때까지 철도청에 지급한 토지사용료는 취득원가에 포함되어야 하므로 86.10월 이후 토지사용료는 당해사업년도의 비용으로 계상하여야 한다. 나. 국세청장 의견 1) 쟁점시설에 대한 감가상각비 계산은 공부상 준공한 날부터 계산하여야 한다. ① 쟁점시설은 기부채납자산으로 확정되어 사업용고정자산으로 자산성을 갖기보다는 완공후 국가에 기부하는 기부금에 해당하므로 일반적인 고정자산의 감가상각방법에 의하여 계산하는 것이 아니라 기부자산의 손금계산 규정에 의하여야 한다. ② 철도청에 기부채납한후 무상사용수익허가를 얻은 자산으로서 88.11.30 공사준공일이 확인되고 사용기간이 약정되어 있는 경우 사용기간 개시일부터 감가상각 하여야 하며, 무상사용수익허가기간에 따라 안분한 금액을 각 사업년도 소득금액 계산상 손금산입하는 것이 타당하다. 2) 쟁점시설의 준공일 이전에 지급된 토지사용료는 쟁점시설의 자본적지출로 취득원가에 산입하여야 하므로 이를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점시설의 준공일을 준공검사일로 보아 그 이전 사업년도의 쟁점시설(사용수익기부자산)에 대한 감가상각비와 토지사용료를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련 법규정 및 사실관계를 본다. 법인세법시행령 제40조 제2항에서 “기부금 중 금전외의 자산을 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 받을 경우에 당해 기부자산의 손비처리에 관하여 필요한 사항은 재무부령으로 정한다”고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제16조 (사용수익 기부자산의 손금계산)에서 “영 제40조 제2항에서 규정하는 「기부자산」은 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액의 범위내에서 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입한다”고 규정하면서, 그 제1호 가목에서 국가에 기부하는 자산은 “당해 기부자산을 이연비용으로 하여 당해기부자산의 내용년수에 따라 안분한 금액 중 법 제18조 제2항, 조세감면규제법 제49조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 범위내의 금액. 다만, 당해 기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있는 때에는 당해기간에 따라 안분한 금액중 법 제18조 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 범위내의 금액”을 손금에 산입한다고 규정하고 있다. (1) 청구법인은 기부채납한 쟁점시설을 86.10월에 사실상 공사를 완공하고 사용하였다고 하여 투입된 쟁점시설의 공사원가를 청구법인의 사업용 고정자산으로 계상하고 준공검사일(88.11.30) 이전인 87 및 88 사업 년도에 쟁점시설에 대한 감가상각비로 589,632,490원을 손금산입하였으나, 철도청장의 「국유재산무상사용수익허가」에 의하면 국유재산인 쟁점시설의 무상사용수익허가기간의 기산일을 준공일로 하고 있으므로 청구법인이 쟁점시설을 적법하게 사용할 수 있는 권리는 준공검사일(88.11.30)에 취득된다 할 것인 바, 준공검사일까지 투입된 쟁점시설의 공사원가는 국유재산 무상사용수익권리를 얻기위한 투자과정으로 보아야 하고, 국유재산을 무상사용수익할 수 있는 권리는 쟁점시설의 준공검사일에 일시에 취득되는 것이므로 이때부터 법인세법시행령 제40조 제2항 및 같은법 시행규칙 제16조 제1호 단서의 규정에 의하여 쟁점시설의 사용수익기간(20년)에 따라 균등 상각한 금액을 각 사업년도의 손금에 산입하여야 할 것이다. 그러므로 청구법인이 쟁점시설을 사용수익할 권리도 없이 준공검사일 이전에 사용하였다고 하여 쟁점시설에 투입된 공사원가를 청구법인의 사업용 고정자산으로 계상하고 준공검사일 이전에 이를 감가상각할 수는 없는 것으로 판단된다. (2) 청구법인은 87 및 88 사업년도에 쟁점시설과 관련하여 지급한 토지사용료 49,227,593원을 당해 사업년도 손금으로 계상하였으나 국유재산을 무상사용수익할 수 있는 권리의 취득일인 준공검사일(88.11.30) 이전에 지급된 위 토지사용료는 동 건설용역의 완성에 필요한 자본적 지출이며 동시에 쟁점시설의 무상사용권을 취득하기 위한 취득원가를 구성한다고 보아야 할 것이므로 이를 각 사업년도의 손금에 산입할 수 없다고 판단된다. 다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.