이유
1. 처분개요 가. 청구인은 OOO 외 5필지에서 숙박업을 영위하기 위하여 최초 건축주인 OOO로부터 사업을 양수(공사계약 승계) 하였으며, 2018.8.14. 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 (주)OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공사 용역을 제공받았음에도 공사대금OOO에 대한 세금계산서를 발급받지 못하여 「조세특례제한법」제126조의4 에 따른 매입자발행세금계산서의 발급을 위해 같은 법 시행령 제121조의4 제2항에 따라 처분청에 공급대가 OOO원에 대하여 거래사실확인신청을 하였다. 나. 처분청은 위 금액 중 거래처의 승계 계약금OOO은 청구인과 OOO 간의 거래로 청구외법인이 아닌 OOO을 상대로 세금계산서를 수취 하여야 한다는 이유로 계약금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 제외한 OOO원에 대해서만 2018.11.27. 청구인에게 거래사실확인통지를 하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 공사계약 시점부터 공사해지 시까지 총 OOO원을 청구법인에게 지급하였고, 동 금액은 공급자인 청구외법인이 OOO원에 대하여 세금계산서를 발행해 주겠다고 약정을 하여 부가가치세를 포함하여 지급한 것이다. (2) 청구인이 2017.3.23. OOO에게 지급한 OOO원은 OOO이 청구외법인에게 지급한 금액(계약금 OOO원과 추가금액)이며, 그 공사계약을 그대로 승계하기 위하여 지급한 금액임이 OOO의 사실확인서(영수증) 등에 의하여 확인된다. (3) 대법원판결에 의하면 완성도기준지급 조건부로 공사용역계약을 체결하였더라도 기성고 청구 및 확인을 하지 않아 기성금액이 확정되지 않았다면 용역의 공급시기가 도래한 것으로 볼 수 없는 것이다. (4) 청구외법인과의 공사계약서상 대금은 기성에 의해 지급한다고 명시되어 있어「부가가치세법」상 완성도지급조건이지만 실제로 OOO이 청구외법인에게 계약금OOO 지급시 공사진척도는 공사를 위한 기초공사정도였고, 기성청구나 기성확인을 할 정도는 아니였으며, OOO과 청구인은 청구외법인에게 기성청구나 기성확인을 한 적이 한 번도 없었고, 구체적인 기성청구지급일도 명시되어 있지 아니하여 해당 공사계약은 완성도 지급조건으로 볼 수 없으며, OOO이 청구외법인에게 지급한 계약금은 공급시기가 아직 도래하지 않았고, 세금계산서를 발행할 수 있는 시기도 아니므로 해당금액에 대한 공급시기는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날이다. (5) 청구인은 공사계약을 승계하기 위하여 OOO에게 OOO원을 지급한 것이며, 지급당시 공급시기가 도래하지 않은 부분에 대하여 세금계산서를 청구할 수 있는 권리까지 승계한 것으로 청구인은 매입자발행세금계산서 신청을 할 수 있는 주체이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점계약금에 대하여 계약금이 아닌 공사대금의 일부라고 주장하나, 계약서상 계약금으로 명시되어 있고, 계약금의 경우 계약조건에 따라 계약금을 받기로 한 때를 그 공급시기로 보도록 규정하고 있다. (2) 「부가가치세법 시행령」제71조의2 에서 매입자발행세금계산서 거래확인 신청기한이 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(2017년 제1기)의 종료일로부터 3개월 이내(2017.10.25)에 신청하여야 함에도 신청기한이 경과한 2018.8.16. 신청하였고, 쟁점계약금의 경우 청구인과 OOO 간에 사업포괄양수도에 포함되는 거래이므로 「부가가치세법」제10조 제9항 제2호에 의하여 매입자발행세금계산서 발행대상이 아니다. 따라서 청구인이 거래사실 확인신청금액 중 계약금에 해당하는 부분에 대하여 매입자발행세금계산서 확인통지를 한 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점금액을 매입자발행세금계산서 대상이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 처분청이 제출한 거래사실확인통지서를 보면, 청구인은 2018.8.14. 공급대가 OOO원에 대하여 거래사실확인신청서를 제출하였으나, 처분청은 거래처의 승계 계약금OOO이 청구인과 OOO 간의 거래로 청구외법인이 아닌 OOO을 상대로 세금계산서를 수취 하여야 한다는 이유로 계약금을 제외한 OOO원에 대해서만 2018.11.27. 청구인에게 거래사실확인통지를 하였다. (나) 2017.1.2. OOO과 청구외법인이 체결한 숙박시설 신축공사도급계약서를 제출하였고, 해당 계약서의 주요 내용은 다음과 같다. (다) 청구인이 제출한 OOO의 사실확인서(영수증)의 주요 내용은 다음과 같다. (라) 청구인이 청구외법인을 상대로 공사대금에 대한 소를 제기하여 OOO 한 결정문의 주요내용은 다음과 같다. (마) 청구인은 청구외법인과 OOO에게 2017.3.3. OOO원(OOO⇒청구외법인), 2017.3.10. OOO원(OOO⇒청구외법인), 2017.3.23. OOO원(OOO⇒OOO), 2017.4.7. OOO원(OOO⇒청구외법인) 합계 OOO원을 지급하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 쟁점공사의 경우 청구인과 청구외법인 간에 정산금액과 추가공사대금에 대한 합의가 이루어지지 아니하여 OOO까지 해당 사실의 존부를 다투는 법률적 분쟁이 있었고, OOO이 청구외법인에게 계약금OOO 지급시 공사진척도는 단지 공사를 위한 기초공사정도였고, 기성청구나 기성확인을 할 정도는 아니었으며, OOO과 청구인은 청구외법인에게 기성청구나 기성확인을 한 적이 한 번도 없었고, 구체적인 기성청구지급일도 명시되지 않았으므로 쟁점공사계약은 완성도지급조건부 또는 중간지급조건부로 용역을 공급한 것으로 보기 어려운 점, 처분청은 청구인이 주장하는 매입자발행세금계산서 대상금액OOO에 계약금OOO이 포함되어 있어 계약금을 제외한 OOO원에 대하여만 매입자발행세금계산서 대상이라고 거래사실확인통지하였으나, 청구인이 청구외법인을 상대로 공사대금에 대한 소를 제기하여 OOO 한 결정문을 보면 청구인이 청구외법인에게 도급계약에 따라 선급금 내지 공사대금 명목으로 OOO원을 지급하였고, 감정인의 감정결과 청구외법인이 시공한 공사의 기성고 비율은 OOO%로 공사대금OOO에 충당된다 할 것이어서 청구외법인은 청구인에게 나머지 지급된 공사대금OOO을 반환할 의무가 있다고 판결한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점금액을 매입자발행세금계산서 발행 대상이 아니라고 보아 청구인의 거래사실확인통지를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제126조의4[매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례] ① 「부가가치세법」제32조 에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제34조 에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다. ② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」제37조 , 제38조 및 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다. ③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제121조의4[매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등] ① 법 제126조의4 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 「부가가치세법」제32조 에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자( 「부가가치세법」제61조 제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 「부가가치세법 시행령」제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다. ② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 「부가가치세법」제34조 에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다. ③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다. ④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다. ⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다. 1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우 2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우 ⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다. ⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실 여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다. ⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다. 1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지 2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지 ⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다. ⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다. ⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 「부가가치세법」제48조 에 따른 예정신고 및 같은 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 「부가가치세법」제37조 , 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다. (3) 부가가치세법 제16조[용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제34조[세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. (4) 부가가치세법 시행령 제29조[할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다. 1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우 2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우 3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 (5) 부가가치세법 시행규칙 제20조[중간지급조건부 용역의 공급] 영 제29조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우 2. 「국고금 관리법」제26조 에 따라 경비를 미리 지급받는 경우 3. 「지방재정법」제73조 에 따라 선금급을 지급받는 경우