이유
1. 원처분의 요지 처분청은 학교법인인 청구인이 2005.5.31. 서울특별시 ○○구 ○○동 1063-54번지의 건축물 17,152.47㎡와 그 부속토지 2,505.5㎡( 이하 “이 사건 부동산” 이라 한다)를 취득한 후, 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 고유목적 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 1,541,000,000을 비과세 받았으나, 2006.6.9. 처분청의 확인결과, 청구인이 이 사건 부동산 중 일부건축물 746.2㎡(이하 동 부속토지를 포함하여 “이 사건 쟁점 부동산”이라 한다)를 고유목적 사업에 직접사용하지 않고, 청구외 ○○ 컨설팅주식회사(이하 “이 사건 제1쟁점회사”라고 한다)와 ○○ 벤처투자주식회사(이하 “이 사건 제2쟁점회사”라고 한다)가 무상으로 사용하고 있는 사실이 확인됨에 따라 2006.11.13 이 사건 부동산 취득가액 33,500,000,000원 중 이 사건 쟁점 부동산의 취득가액을 안분한 2,053,199,179원에 대하여 기 비과세한 취득세 55,411,720원, 농어촌특별세 4,517,020원, 등록세 55,781,300원, 지방교육세 10,334,960원, 합계 126,045,000원(가산세 포함)을 부과고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 쟁점 부동산을 수익사업에 사용한 것이 아니라 이 사건 제1,2쟁점회사에게 산학협력활동차원에서 시설물 사용승낙계약에 의하여 무상으로 사용토록 한 것으로, 산학협력단 등의 설립취지로 볼 때 이 사건 쟁점부동산은 목적사업에 사용하고 있으므로 이사건 취득세 등의 취소처분을 구하였다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인의 고유목적 사업용 재산을 산학 협력차원에서 벤처기업이 사용하고 있는 경우 교육용에 직접 사용하고 있 는 것으로 볼 수 있는지의 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 그 제1호의 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 같은 법시행령 제79조제1항제2호의 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기에 해당하는 것에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 하고 있으며, 같은 법 288조제4항에서 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 하고 있고, 2003.5.27. 신설된 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률 제2조 제5호에서 "산학협력"이라 함은 산업교육기관과 국가, 지방자치단체, 정부출연연구기관 및 산업체등이 상호 협력하여 행하는 그 가목의 산업체의 수요와 미래의 산업발전에 부응하는 인력의 양성과 그 나목의 새로운 지식·기술의 창출 및 확산을 위한 연구·개발, 그리고 그 다목의 산업체등으로의 기술이전 및 산업자문 등의 활동을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2005.5.31. 이 사건 부동산을 취득한 후, 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 비과세 대상인 고유목적 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 을 비과세 받고, 2005.10.6. 청구외 이 사건 제1쟁점회사와 2005.10.1. 청구외 이 사건 제2쟁점회사와 각각 무상시설물 이용승낙계약을 체결하였으며, 2006.6.9. 처분청의 확인결과, 청구인이 이 사건 쟁점 부동산을 고유목적 사업에 직접사용하지 않고 이 사건 제1,2쟁점회사에게 무상시설물 이용승낙계약을 체결하고 사용대차 중에 있는 사실은 제출된 관계증빙 자료에 의하여 알 수 있다. 청구인은 이 사건 쟁점 부동산을 수익사업으로 사용하는 것이 아니라 이 사건 제1,2쟁점회사에게 산학협력활동차원에서 시설물사용승낙계약에 의하여 무상으로 사용하고 있는 것이므로, 산학협력단 등의 설립취지로 볼 때 이 사건 쟁점부동산은 학교교육의 목적사업에 직접 사용하는 것으로 보아야 함에도 이를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이사건 취득세 등을 부과고지 한 것은 부당하다고 주장하나, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 그 제1호의 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 같은 법시행령 제79조제1항제2호의 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기에 해당하는 것에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고, 지방세법 제288조 제4항에서 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는 것은 비영리사업자가 공익목적에 사용하고 있더라도 각 시설의 특성상 전통적으로 학생 및 교직원 등의 이용과 관련된 필수기본시설 및 그 부대시설에 해당되는 것은 비과세 규정으로 하면서, 산학협력단의 목적사업용 부동산에 한하여 감면규정으로 구분하여 규정하고 있는 것은 사회현상이 변화하여 학교목적의 범위가 확대되어 가는 추세에서 학교목적의 외연이 확대된 벤처기업·중소기업창업 등 산업과 관련한 시설까지 감면할 경우 공익성이 모호해 질 우려가 있음에 기인한 것이므로 산학협력단의 정관상의 목적사업을 지원한다는 사유만으로 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항의 비과세대상인 학교목적 사업에 공여된다고 볼 수는 없으며, 당해 재산이 고유목적사업에 사용 되었는지 여부와 수익사업에 사용되었는지 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것으로, 청구인의 경우를 보면, 산업계가 요구하는 전문분야의 인재를 육성하고, 산업계의 필요성이 반영된 실질적인 기술개발을 위한 연구를 수행하고자 2005.3.28. 서울정보통신대학원대학교 산학협력단(이하 “이 사건 산학협력단”이라 한다)을 설립하였고, 이 사건 산학협력단의 설립목적을 우수한 기술을 지닌 벤처기업이 성장할 수 있도록 학교보유의 연구시설 및 연구인력 등의 인프라를 제공하고, 이 사건 제1,2쟁점회사를 통한 경영컨설팅 및 기술개발자금을 지원한다라고 되어 있어 먼저, 이 사건 제1,2쟁점회사의 목적사업을 보면, 이 사건 제1쟁점회사의 경우 창업자 및 벤처기업 자금조달 컨설팅업, 시장조사 및 경영상담업 등을 등기부상의 목적사업으로 하고 있고, 이 사건 제2쟁점회사의 경우 창업중소기업에 대한 투자, 벤처기업에 대한 투자 등의 독립적인 투자가 가능한 수익사업을 등기부상의 목적사업으로 규정하고 있는 점과 양 회사 모두 청구인과 별도의 회계처리를 하면서 경영활동결과 발생한 수익이 청구인에게 귀속되지 않는 점, 이 사건 제1쟁점회사의 경우 청구인에게 제공하는 용역의 대가로 190,000,000원의 보수를 제공하는 조건의 용역계약을 2006.3.2. 체결한 사실을 볼 때, 이 사건 쟁점부동산은 학교의 목적사업 보다는 이 사건 제1,2쟁점회사의 수익사업에 사용되었다고 봄이 타당할 것이며, 처분청의 2007.3.7. 현지확인서(지방세무주사보 한경수)에서 알 수 있듯이 이 사건 쟁점부동산의 내부구조가 이 사건 제1,2쟁점회사의 직원들이 1인1실로 쓸 수 있는 상담실로 구성되어 있고, 학생들만을 위한 실습·연구시설이 별도로 없는 점을 볼 때 이 사건 쟁점부동산이학생들을 필수기본시설인 실습·연구시설에 해당한다고 보기도 어렵다고 할 것이며, 청구인이 제출한 이 사건 제1쟁점회사의 ‘05년 및 ’06년 2개년에 걸쳐 청구인이 의뢰한 28개 벤처기업에 대한 사업타당성 등을 심사한 실적과 이 사건 제2쟁점회사의 2000년부터 2006.6.까지 9개업체에 10,853백만원을 투자한 실적자료 만으로는 학교의 목적사업을 수행했는지의 여부는 불분명 할 뿐만 아니라, 또한 청구인이 이 사건 제1,2쟁점회사는 이 사건 쟁점 부동산을 무상사용하고 있다고 주장하고 있지만, 청구인이 제출한 건물관리비 업체별 세부내역 서류 등에서 이 사건 제1쟁점회사의 경우 이 사건 쟁점부동산에 대하여 매월 관리비 외에 보증금 10,000,000원에 월임대료 646,000원을, 이 사건 제2쟁점회사의 경우 매월 관리비 외에 보증금 36,225,000원에 월임대료 2,717,000원 등의 내역이 나타나는 사실을 볼 때, 이 또한 청구인의 주장과는 다르다고 보여지므로 위와 같은 사실관계를 종합적으로 판단하여 보면 이 사건 쟁점부동산은 학교의 목적사업에 사용하였다기 보다는 수익사업에 사용하였다고 함이 타당할 것이므로 처분청의 이 사건 취득세 등의 부과처분은 적법하다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2007. 3. 26. 행 정 자 치 부 장 관