이유
1. 원처분의 요지

처분청은 학교법인인 청구인이 소유하고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 10필지상 학교건축물 62,282.41㎡중 1,876㎡(이하 “이 사건 제1부동산”이라 한다)와 같은 구 ○○동 ○○-○○번지외 1필지 다세대주택 2동 838.92㎡(이하 “이 사건 제2부동산”이라 한다)를 과세기준일(6월1일)현재 구내식당·복지시설 등으로 임대하여 수익사업용으로 사용하고 있으므로 재산세 1,348,370원, 도시계획세 898,910원 공동시설세 1,107,430원, 지방교육세 269,670원, 합계 3,624,380원을 2004.7.10.에 부과하고, 같은 구 장동 48번지외 10필지의 학교용지 231,032.5㎡를 학교용 건축물 중 수익사업에 제공된 면적을 안분하여 계산한 면적 6,958.9㎡, 학교용지로 사용하고 있지 않는 같은 구 원내동 산25-1외 4필지 59,662.9㎡, 그리고 복지시설로 임대한 신성동 124-8번지외 1필지 대지 467.7㎡, 합계 67,089.5㎡에 대하여 종합토지세 1,613,150원, 도시계획세 850,370원, 지방교육세 322,630원, 농어촌특별세 94,020원, 합계 2,880,170원을 2004.10.8. 각각 부과고지하였다.

※ 부과현황(원문참조)

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 제1부동산에 있는 식당·매점·서점 등의 시설은 학교에 필수적으로 부수되는 편익시설로서 청구인이 직접 위 시설들을 학생에게 위생적이고 저렴하게 운영하기에는 운영능력과 운영방법에 한계가 있어 제3자에게 위탁하고 학교의 운영방침에 따라 운영하여 왔는데도 단순히 임대용 부동산이라 하여 과세한 처분은 부당하며, 2004.4.29. 교외생활관(기숙사)으로 취득한 이 사건 제2부동산은 유성구청장이 독거노인용 시설로 사용하고 있으므로 비영리사업에 제공하고 있을 뿐만 아니라 취득세 등의 유예기간(3년)이 경과되지 않았는데도 추징하는 것은 부당하다고 하면서 관련 세액을 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은

학교용 건축물의 일부를 부대편익시설로 임대한 경우 재산세 등을 부과한 처분과 교외생활관용으로 취득한 주택에 대하여 유예기간이 경과하기 전에 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지 여부

에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,

지방세법 제184조

및 제234조의12(용도에 의한 비과세)에서 그 제1호의 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하거나 유료로 사용하게 하는 경우에는 그 사용부분에 대하여, 당해 부동산을 그 목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 사용하지 아니하는 부분에 대하여 재산세 및 종합토지세를 부과한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제135조제1항에서 법 제184조 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법 제78조의2의 규정의 수익사업으로

법인세법 제3조

제2항 규정의 제조업, 건설업, 도· 소매업 및 소비자용품수리업, 부동산임대사업의 수익을 말한다고 하고, 같은 법시행령 제136조에서 법 제184조제1호에서 규정한 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 같은 법시행령 제79조제1항제2호의 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2003.7.30. 청구인은 이 사건 제1부동산의 일부에 대하여 ○○푸드시스템(주)와 계약보증금으로 7억원에 순 매출액의 3.5%의 발전기금을 지급받기로 하는 구내식당 및 매점용도의 위탁임대차사용계약을 체결하였고(계약기간 : 2003.8.1. ～ 2004.7.31.), 2004.3.1. 이 사건 제1부동산의 나머지 면적에 대하여는 이경숙과 임대료 13,900,000원을 지급받기로 하는 서점용도의 임대계약을 체결하였으며, 2004.4.29. 이 사건 제2부동산은 교외생활관으로 사용하기위해 취득하였으나 매도인이 유성구청장과 1999.7.31.부터 현재까지 전세보증금 6억원에 독거노인용 시설로 임대하여 왔고, 최종계약서상 임차기간이 2004.12월까지로 되어 있어 관련세액을 부과당시는 독거노인용 시설로 사용하고 있었고, 종합토지세과세면적 중 같은 구 장동 23-9번지 22,278㎡ 및 15-2번지 85㎡, 그리고 19-3번지 2,738㎡는 공부상 국가소유로 되어 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면,

지방세법 제184조

제1호 및 제234조의12제2호 등에서 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세와 종합토지세를 비과세 하지만 당해 부동산을 그 목적에 사용하지 아니하는 경우와

법인세법 제3조

제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우에는 비과세한 재산세 등을 추징하도록 규정하고 있고,

법인세법 제3조

제2항제1호 등에서 부동산 임대사업을 한국표준산업분류에 의한 각 사업수익이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있는 바, 청구인은 이 사건 제1부동산에 있는 식당·매점·서점 등의 시설은 학교에 필수적으로 부수되는 편익시설일 뿐만 아니라 이를 직접 운영하기에는 운영능력과 운영방법에 한계가 있어 제3자에게 위탁하였으므로 단순히 임대용 부동산이라고 보는 것은 부당하다고 주장하나, 이 사건 제1부동산은 학교용에 직접사용하지 않고 제3자를 통하여 간접적으로 사용하고 있고, 7억원의 임대보증금과 순매출액의 3.5%를 학교발전기금으로 받고 있는 것 등을 볼 때, 처분청이 이를 수익사업으로 보아 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠으며, 2004.4.29. 교외생활관(기숙사)으로 취득한 이 사건 제2부동산은 유성구청장이 독거노인용 시설로 사용하고 있으므로 비영리사업에 제공하고 있을 뿐만 아니라 취득세 등의 유예기간(3년)이 경과되지 않았는데도 추징하는 것은 부당하다고 주장하므로 이를 보면, 이 사건 제2부동산은 청구인이 유료로 임대하고 있는 이상 임차인이 비영리사업에 제공하고 있다하더라도 재산세 및 종합토지세의 비과세대상이라고 볼 수 없다 할 것이고, 또한 취득세 등의 추징유예기간(3년)이 경과되지 않았는데도 부과하는 것은 부당하다는 주장은 청구인은 이 사건 취득세 등의 부과처분에 대한 심사청구를 하려면 통지받은 날(2005.1.13.)부터 90일내에 이의신청을 거쳐서 심사청구를 제기하여야 하나 이러한 이의신청절차를 거치지 않은 것이 분명하므로 본안심의대상이 아니며, 한편, 처분청이 같은 구 장동 48번지외 10필지의 학교용지 231,032.5㎡ 전체를 가지고 학교용 건축물 중 수익사업에 제공된 면적을 안분하여 계산하였으나 이 중에는 같은 구 ○○동 ○○-○번지외 2필지 25,101㎡가 국가소유로 되어 있으므로 이 부분은 제외하고 나머지 면적 205,93151㎡를 가지고 안분계산하여야 하는데도 그렇지 못한 잘못도 있다고 할 수 있으므로 종합토지세 과세대상면적을 재조사하여 과세하여야 할 것이라고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 2.

행 정 자 치 부 장 관