이유
1. 사실

청구법인은 충북 청주시 OO동 OOO에 영업소를 두고 여객자동차운수업을 영위하는 법인으로, 같은시 OO동 OOOOOO 소재 대지 1,921평방미터 및 건물 350.88평방미터(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1977.5.24 취득하여 1986.11.28 양도하고 1987년 6월(일자미상) 1986사업년도(1986.4.1-1987.3.31)법인세 신고시 쟁점부동산 양도에 대해

법인세법 제59조의3

제2항 제2호 및

동법시행령 제124조의 6

제4항의 규정에 의해 특별부가세 면제신청을 하였는 바,

이에 대하여 처분청에서 임대에 공하던 자산의 양도로서 특별부가세면제대상에 해당되지 아니한다는 이유로 1989.3.18 법인세(특별부가세) 81,937,390원을 경정고지함에 따라 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1989.8.14 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점부동산중 대지 1,042평방미터와 건물은 1984.12.7 자동차정비업면허를 양도하여 동사업을 폐업하면서 매매가 되지 않아 동사업면허양수자에게 일시적으로 1년간 임대한 후 양도하였으나, 1977.7.1 부터 1984.12.7 까지 자동차정비업의 사업장으로 계속사용하였고, 1985.3.15 및 1985.8.20 2회에 걸쳐 청주시 OO동 OOO외2필지 소재 답6,281평방미터를 취득하고 1986.10.25 위 지상에 건물 752.3평방미터를 신축하여 자동차운수업의 사업장으로 사용하고 있는 바,

쟁점부동산중 자동차정비업의 사업장으로 사용하던 부분에 대해 임대한 사실이 있다하여 특별부가세 면제를 배제함은 입법취지에 위배되어 부당하고(이하 “청구1”이라 한다),

쟁점부동산중 자동차정비업사용부분에 대해서는 특별부가세를 부과한다 하더라도 쟁점부동산중 나머지 부분인 대지 879평방미터는 1977.6.29에 청주시장으로 부터 운수업의 차고지로 인가를 받은 이래

1986.11.28 에 차고지를 청주시 OO동 OOO로 이전할 때까지 계속하여 차고지로 사용하였으므로 이에 대한 특별부가세는 면제되어야 한다(이하 “청구2”라 한다)는 주장이다.

3. 국세청장 의견

이에 대하여 국세청장은,

청구“1”의 경우 청구법인이 쟁점부동산중 자동차정비업사용부분을 1984.12.7 부터 1985.12.6 까지 1년간 청구외 주식회사 OO개발에 임대한 후 1986.11.28 청구외 OOO에게 양도한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 바, 자동차정비업사용부분은

법인세법 제59조의3

제2항 제2호 및 법인세 기본통칙 7-3-1...59의3의 규정에 의해 그 양도일(1986.11.28)로 부터 소급하여 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등에 해당되지 아니한다고 판단되므로 이에 대해 특별부가세를 면제하지 아니한 이 건 처분에는 잘못이 없고,

청구“2”의 경우, 청구외 주식회사 OO개발과의 자동차정비공장 임대차계약시 쟁점부동산중 대지 879평방미터를 임대대상에서 제외한다는 별도의 단서가 없었고, 동 임차법인은 위 토지가 임차기간중 청구법인의 차고지로 사용되지 않았음을 확인하고 있는 바, 이에 대해 특별부가세를 면제하지 아니한 처분역시 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점

따라서 이 건 심판청구의 쟁점은, 청구법인이 쟁점부동산중 자동차정비업사용부분과 차고지 부분을 양도일까지 2년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

가. 청구“1”에 대하여

먼저 이 건 관련 법규에 대해 보면,

법인세법 제59조의3

제2항 제2호에 의하면 「양도일까지 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득」에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정되어 있고, 법인세기본통칙 7-3-1...59의3 제1항에 의하면 「법 제59조의3 제2항 제2호에 규정하는 2년이상 계속하여 업무용으로 사용한 기간은 선양도·후 취득의 경우는 양도일로 부터, 선취득·후양도의 경우에는 양도일(토지등을 양도하기 전에 사업장을 이전하는 경우에는 그 사업장의 전부 이전일)로 부터 소급하여 계산한다」고 규정되어 있는 바,

선취득·후양도의 경우 양도일 또는 사업장의 전부이전일로 부터 소급하여 2년이상 계속하여 업무용(임대사업용등은 제외)으로 직접 사용한 토지등에 대해서만 특별부가세가 면제되는 것임을 알 수 있다.

다음으로 이 건 사실관계에 대해서 보면,

청구법인이 쟁점부동산중 자동차정비업사용부분을 1984.12.7 부터 1985.12.6까지 1년간 청구외 주식회사 OO개발에 임대한 후 1986.11.28 청구외 OOO에게 양도하였다는 사실에 대해서는 청구법인과 처분청사이에 다툼이 없는 바, 자동차정비업사용부분은 그 양도일(1986.11.28)로 부터 소급하여 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등에 해당되지 아니한다고 판단된다.

따라서 처분청에서 쟁점부동산중 자동차정비업사용부분의 양도에 대해 위법규정에 의해 특별부가세를 면제하지 아니한 이 건 처분은 정당하다 할 것이다.

나. 청구“2”에 대하여

청구법인은 쟁점부동산중 자동차정비업사용부분에 대해 특별부가세를 부과함이 타당하다 하더라도 그 나머지인 차고지 부분은 1977.6.29 부터 양도일인 1986.11.28 까지 계속 차고지로 업무용으로 사용하였으므로 이에 대한 특별부가세는 면제되어야 한다고 주장하고 있으나,

청구법인과 청구외 주식회사 OO개발간에 1984.12.7 계약체결한 「업권 및 기계장치양수도매매계약서」상의 임대조항(제3조)을 보면 “공장부지를 주식회사 OO개발에게 임대하는 기간은 1984.12.7 부터 1985.12.6(1년간)까지로 하되 임대료 일금 4,300,000원을 일시불로 한다”고 되어 있을 뿐 청구법인이 차고지부분을 계속사용한다는 내용의 특약조항은 없는 것으로 되어 있고, 또한 청구외 주식회사 OO정비공업사(주식회사 OO개발의 상호가 바뀌었음)의 1989.6.9 자 확인서를 보면 “상기법인은 주식회사 OO버스공사로 부터 쟁점부동산을 1984.12.7 부터 85.12.6 까지 임차하여 정비사업을 영위하였으며 주식회사 OO버스공사의 차량정비가 많은 관계로 차량숙박으로 동사업장내 일부가 제공되었으나 토지중 숙박차량 차고지 면적으로 확정하여 제공된 사실은 없음”이라고 되어 있는 바,

쟁점부동산중 대지 879평방미터의 경우도 그 양도일(1986.11.28)로 부터 소급하여 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용으로 직접사용한 토지등에 해당되는 것으로 인정하기가 어렵다고 판단된다.

따라서 처분청에서 쟁점부동산중 차고지부분, 즉 대지879평방미터의 양도에 대해 위 법 규정에 의해 특별부가세를 면제하지 아니한 처분역시 정당하다 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.