이유
1. 사실 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOOOO OOO에 주소를 두고 있는 사람으로서, 서울특별시 동작구 OOO동 OOOOO O 대지 591평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 64.6.30 취득하여 88.12.1 OOO에게 양도한 후 89.5.31 그 취득 및 양도가액을 지방세법상의 과세시가표준액으로 산정하여 양도소득세 과세표준 확정신고 및 납부를 한데 대하여 처분청이 쟁점토지가 양도당시 국세청장이 고시한 특정지역이라는 이유로 양도가액을 배율방법으로, 취득가액은 환산가액으로 하여 양도차익을 계산하고 90.1.17 청구인에게 88년도 귀속분 양도소득세 114,077,650원 및 동방위세 22,815,520원을 부과하자 청구인은 쟁점토지위의 무허가건물을 함께 양도한 것이어서 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당된다는 이유를 들어 90.3.13 심사청구를 거쳐 90.6.13 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 64.6.30 취득하여 81.12.30 쟁점토지 지상에 무허가건물을 신축하여 보유하여 오다가 88.12.1 청구외 OOO에게 쟁점토지 및 무허가건물 모두를 양도한 것이어서 1세대1주택 비과세요건에 해당되는데도 토지만의 양도로 보아 이 건 과세한 것은 부당하며, 이에 대해서는 취득세 납부영수증과 재산세 납부영수증등의 자료로 보아도 입증이 된다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 소득세법 제5조 제6호 (자)목에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배를 넘지 아니하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득”에 대하여는 양도소득세를 비과세하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구인이 양도한 쟁점토지 및 동 지상의 무허가건물이 1세대1주택의 양도에 해당하는지의 여부를 보면, 청구인이 89.5.31 처분청에 한 양도소득세 과세표준 확정신고에서 양도물건을 대지 591평방미터만으로 표시하여 신고납부하였을 뿐만 아니라 쟁점토지상에 무허가건물이 있었다는 어떠한 증거하나 제시하지 못하고 있으며, 양도당시 토지와 건물을 함께 양도하였다는 매매계약서등의 입증서류도 제시하지 못하고 있으므로 청구인이 막연히 1세대1주택임을 주장하는 바를 그대로 인정할 수는 없다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건 심판청구는 쟁점토지 및 동 지상 무허가건물의 양도가 1세대1주택 비과세요건에 해당되는지의 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다 할 것이다. 5. 심리 및 판단 먼저 청구인이 쟁점토지 양도당시 쟁점토지 지상에 무허가건물을 소유하고 있었는지의 여부에 대하여 보면, 쟁점토지 관할구청(동작구청)에 무허가건물에 관한 조회를 한 결과 공부상으로 쟁점토지지상에 시멘트 벽돌조· 스레트지붕으로 된 건물이 1981년도에 건축되었고, 면적은 주택용 53.75평방미터, 사무실용 11.17평방미터 합계 64.92평방미터로서 88년도 재산세납부실적이 있다는 회신이 있는 한편, 청구인이 제시한 취득세 및 재산세 납부영수증을 보아도 청구인 명의로 과세되어 납부한 사실이 나타나고 있으며, 이 건 심판청구에 대한 처분청의견서에서도 동 무허가건물을 청구인이 소유하고 있은 사실을 인정하고 있는 바, 이러한 사실들을 종합하여 볼 때 청구인이 쟁점토지 지상에 1981년도부터 양도시(88.12.1)까지 동 무허가건물을 소유하고 있었던 것으로 인정할 수 있다 하겠다. 다음으로 쟁점토지와 함께 동 무허가건물을 양도한 것이 이른 바 1세대1주택 비과세요건에 해당되는지의 여부에 대하여 본다. 쟁점토지 양도당시의 소득세법시행령 제15조 제1항에 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 범위를 「거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것」으로 규정하고 있는 바, 이 건의 경우를 보면, 첫째, 관할구청의 재산세 과세자료상으로 동 무허가건물이 주택용 53.75평방미터 및 사무실용 11.17평방미터로 되어 있으나 처분청에 확인해본 결과 실제로는 사업자등록증상으로 동 무허가 건물에 OO주차장, OO카텐사 및 OO사(밧데리점)가 각각 84.7.1, 85.4.2 및 87.12.5부터 영업을 개시한 것으로 나타나 있는 한편, 동 무허가 건물의 총면적이 공부상 64.92평방미터(약 19.6평)임에 비해 위 OO카텐사의 점포면적만 약 7평정도나 되고 있음이 탐문결과 나타나고 있고, 둘째, 청구인은 동 무허가건물에 청구외 OOO세대가 거주하였으므로 주택용이라고 주장하고 있으나 위 OOO는 동 무허가건물에서 위 OO주차장을 운영하고 있은 것으로 확인(사업자등록증상)되고 있으며, 셋째, 처분청 조사결과 청구인도 당초 양도소득세 과세표준 확정신고시 쟁점토지만이 양도된 것으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였고, 더구나 청구인이 거주 및 소유하고 있던 서울특별시 관악구 OO동 OOOOOOO OO 소재 주택이 87.1.15 양도된 후 양도소득세가 납부 또는 과세된 사실이 없는 것으로 확인되고 있는 점으로 보아 소위 1세대1주택 비과세를 적용한 것으로 추정이 되는 바, 이러한 사항들을 종합하여 볼 때, 동 무허가건물은 실제로 거주용이 아닌 영업용 건물로 사용한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 동 무허가건물을 영업용 건물로 보는 한 이의 양도는 전시한 소득세법시행령 제15조 제1항에 규정한 1세대1주택의 범위에 포함되지 않는다고 볼 수 있겠으므로(소득세법 기본통칙 제1-2-28....5 같은뜻임) 처분청이 쟁점토지 양도를 1세대1주택으로 비과세적용을 배제하고 이 건 과세한 처분은 적법 타당하다고 판단된다. 6. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.