이유
1. 처분개요

가. 청구인들은 아래 ＜표1＞과 같이 2016.9.13. OOO(이하 “직전주택”이라 한다)를, 2018.10.8. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 각각 취득하여 보유하던 중, 2021.12.22. 직전주택을 부담부증여로 양도하였고, 2021.12.28. OOO(이하 “대체주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2022.2.4. 쟁점주택을 양도하였다.

＜표1＞ 청구인들의 주택 보유 내역

OOO

나. 청구인들은 2022.2.4. 쟁점주택 지분의 2분의 1씩을 각각 OOO원에 양도한 것에 대해 2022.10.7. 각각 납부세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 기한후 신고를 하였으나, 2022.11.14. 쟁점주택 양도가

「소득세법 시행령」 제155조

(1세대1주택의 특례) 제1항의 일시적 2주택 비과세 대상에 해당한다는 취지로 처분청에 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2021.1.1. 현재 청구인들은 다주택자로서 쟁점주택의 양도가

「소득세법 시행령」 제154조

(1세대1주택의 범위) 제1항 및 제5항의 보유요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2023.1.4. 등에 청구인들의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2023.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 국세청은 2021년 3월 “3주택자가 한 채(직전주택)를 매도해 일시적 2주택자로 간주될 때, 나머지 한 주택(쟁점주택)을 매도한다면 쟁점주택 취득 시기를 기준으로 보유한 지 2년이 지나면 양도소득세 비과세 혜택을 받을 수 있다”는 해석을 내렸다.

청구인들은 직전주택을 취득한 후 주택임대사업자등록을 하여 주택임대업으로 사용하였고, 2018년 쟁점주택 취득 후 2021년 대체주택을 취득하였으며, 직전주택 양도 후 일시적 2주택인 상황에서 쟁점주택을 양도하였는바, 쟁점주택 취득 2년 후 대체주택을 취득하였고, 대체주택 취득 1년 이내 쟁점주택을 양도하여 일시적 2주택 보유에 의한 양도소득세 비과세에 해당한다고 판단하였다.

국세청 사전답변[사전-2021-법령해석재산-4043(2021.4.12.) 및 사전-2021-법령해석재산-2974(2021.6.30.)]과 국세청의 세법적용 판단기준인 서면질의 답변[서면-2021-부동산-8245(2021.3.24.)]에서도 지속적으로 3주택을 보유하고 있는 세대가 1주택을 양도(과세)하여 남은 주택이 일시적 2주택이 된 상태에서 종전주택을 양도한 경우 보유기간 기산일은 기존 해석사례(기획재정부 재산세제과-194, 2020.2.18.)에 따라 당해 주택 취득일이라고 명확히 나와 있고, 국세청 상담자료인 양도소득세 비과세 주요 상담사례(100문 100답) 자료집에서도 일시적 2주택 세대의 종전주택 보유기간 기산일은 재계산 대상이 아니라고 되어 있다.

「국세기본법」 제18조

제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급해서 과세되지 아니한다”고 규정하고 있고, 이는 신의성실 원칙의 구체적인 모습으로 과세관청의 해석이나 관행에 대한 납세자의 신뢰이익을 보호하기 위한 원칙인바, 청구인들은 쟁점주택의 양도가 비과세에 해당한다는 국세행정을 신뢰하여 양도하였으므로 경정을 청구한 것이다.

(2) 법적 안정성을 위해 법률의 적용은 법 개정 이후 취득한 주택부터 적용하여야 하고, 기존의 부동산 대책으로 인한 법률 개정은 소급과세금지 원칙을 잘 지켰다.

2018.9.13. 대책과 2019.12.16. 대책에서 일시적 2주택 비과세 요건을 강화하면서 보유기간 단축 시 적용 대상을 대책 발표 후 새로 취득하는 주택부터 적용하였는데, 이는 소급입법 과세에 의한 피해를 최소화하고 계약 당시 이미 법에 규정된 보유기간을 지켜주어 법적 안정성을 보장하고 납세자의 신뢰성을 보호하기 위한 당연한 절차이다.

그런데

「소득세법 시행령」 제154조

제5항을 개정하면서 일시적 2주택 세대의 보유기간 재계산 규정을 법 시행 이전 취득한 주택까지 모두 소급적용하여 많은 혼란과 선의의 피해자를 양산하고 있다. 기존 법 규정에 따라 계산되고 있던 보유기간을 어느 순간에 새로운 규정을 적용하여 다시 계산한다면 앞으로 헌법상 기본원칙인 법적 안정성과 신뢰성은 추락할 것이다. 일시적 2주택의 경우 까다로운 보유, 매도기한을 지키기도 어려운데 주택 보유기간을 소급적용하여 재계산 한다면 기한 자체를 지키기 어렵고, 재산권은 심각하게 침해되는 결과를 야기할 수 있다.

2022년 5월 개정으로 1세대 1주택 비과세 대상주택의 보유기간 산정이 종전의 규정에 따라 당해주택을 취득하는 시점부터 계산하는 것으로 변경이 되었다. 동일한 법률행위에 대해 2022년 2월에 양도한 청구인들은 비과세 규정을 적용받지 못하고 5월 이후 양도한 경우는 비과세 규정을 적용받는다면 기간과세를 바탕으로 하는 소득세 과세체계를 형해화하는 결과를 초래한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 2016.9.13. 취득한 직전주택에 대하여 지방자치단체에 임대사업자등록을 하여 임대주택이라고 주장하나,

「소득세법 시행령」 제155조

제20항 장기임대주택의 요건 중 양도일 현재

「소득세법」 제168조

에 따른 사업자등록을 하지 아니하여 장기임대주택에 해당되지 아니하고, 2021.1.1. 현재 청구인들은 다주택상태에서 직전주택을 양도한 후 대체주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우로 양도한 쟁점주택의 보유기간 기산일은 직전주택의 양도일인 2021.12.22.로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구인들은 국세청이 2021년 3월 “3주택자가 한 채를 매도해 나머지 2주택이 일시적 2주택인 경우 종전주택의 보유기간은 취득일부터 기산하여 종전주택의 보유기간이 2년이 지나면 양도소득세 비과세 혜택을 받을 수 있다”고 해석한 것을 청구인들에게 적용하여야 한다고 주장하나, 기획재정부 재산세제과-953(2021.11.2.)에 의하면 2021.1.1. 현재 다주택자가 2021.1.1. 이후 그 중 1주택을 먼저 양도(과세)하고 나머지 2주택이 일시적 2주택인 경우 양도하는 주택의 비과세 판정시 보유기간은 직전주택 양도일부터 기산한다고 되어 있는바, 청구인들은 2021.1.1. 현재 다주택을 보유한 상태로 2021.12.22. 직전주택을 모(母)에게 증여한 후, 2021.12.28. 대체주택을 취득하고 2022.2.4. 쟁점주택을 양도할 때, 쟁점주택의 일시적 2주택 비과세 판정시 보유기간 기산일은 직전주택 양도일인 2021.12.22.로 보는 것이 타당하므로 쟁점주택 양도시 일시적 2주택 비과세요건을 갖추지 못하여(보유기간 미충족) 경정청구를 거부한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(3) 청구인들은

「소득세법 시행령」 제154조

제5항을 개정하면서 일시적 2주택 세대의 보유기간 재계산 규정을 법 시행 이전 취득한 주택까지 모두 적용하는 것은 소급적용 금지 원칙에 위배된다고 주장하나, 부칙 제1조(시행일)에서 동 규정은 2021.1.1.부터 시행한다고 되어 있고, 제2조(일반적 적용례) 제2항은 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인들은 쟁점주택을 시행일 이후인 2022.2.4. 양도하였으므로 소급적용 금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 양도가 일시적 2주택 비과세 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조(양도소득금액) ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)

제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에

「주택법」 제63조의2

제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(

「건축법」 제19조

에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (단서 생략)

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. (단서 생략)

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고

「주민등록법」 제16조

에 따라 전입신고를 마친 경우

나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

(20) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나

「영유아보육법」 제13조

제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는

「영유아보육법」 제13조

제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는

「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조

제4항의 전환 규정을 준용한다.

3. 장기가정어린이집 : 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

부칙 ＜제29523호, 2019.2.12.＞

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정 : 2021년 1월 1일

제2조(일반적 적용례) ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된

「소득세법 시행령」 제154조

제5항의 내용 및 개정취지 등은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된

「소득세법 시행령」 제154조

제5항의 내용 및 개정취지

OOO

(2) 직전주택은 2016.8.10. 등록번호 2020-OOO-임대사업자-738로 임대사업자등록 되었으나, 관할세무서장에게 사업자등록된 내역은 없는 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 직전주택은 임대사업자등록이 되어 있는 오피스텔로 1세대 1주택 비과세 판정시 주택수에 포함되지 아니하고, 쟁점주택 보유기간 기산일은 직전주택 양도일이 아니라 쟁점주택 취득일을 기준으로 산정하여야 하는 것으로서 쟁점주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지나 대체주택을 취득한 후 이로부터 3년 이내에 쟁점주택을 양도하였으므로

「소득세법 시행령」 제155조

제1항의 일시적 2주택 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 2019.2.12. 개정된

「소득세법 시행령」 제154조

제5항 단서에서 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 이외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하면서 부칙에서 그 시행시기를 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였는바, 청구인들은 직전주택에 대해

「소득세법」 제168조

에 따른 사업자등록을 하지 아니하여

「소득세법 시행령」 제155조

제20항의 장기임대주택 요건을 충족하지 못하므로 2021.1.1. 현재 다주택을 보유한 상태로 2022.2.4. 양도한 쟁점주택 취득일을 상기 규정에 따라 직전주택 양도일인 2021.12.22.부터 기산할 경우 양도소득세 비과세 요건상 보유기간을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택 양도에 대해 비과세 대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2023부132, 2023.5.30., 조심 2023중175, 2023.4.19. 등, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.