이유
1. 원처분의 요지
처분청은 인쇄목적법인인 청구인이
○○
시
○○
구
○○
동 2가
○○
번지 토지 925.6㎡ 및 건축물 1,647㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)를 도시형공장을 신축할 목적으로 2004.1.16. 취득하고 감면신청을 하자
○○
시세감면조례 제26조의 규정에 의하여 취득세와 등록세의 50%를 감면하였고, 그 후, 위 지상 공장용 건축물을 철거하고 공장 및 근린생활시설용 건축물(총면적 1,938.89㎡중 근생면적 270.34㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다.)을 신축취득하자, 이 사건 건축물에 대하여 도시형공장으로 사용하고 있는 부분(1,500.97㎡)은 취득세 및 등록세 감면율 50%를, 본점사무실(167.58㎡)로 사용하는 부분은 취득세 3배 중과세율 6% 및 등록세 3배 중과세율 2.4%를, 임대용 건축물(270.34㎡)로 사용하는 부분은 취득세 일반세율 및 등록세 3배 중과세율 2.4%를 각각 적용하여 산출한 취득세 21,287,820원, 농어촌특별세 5,064,850원, 등록세 11,536,950원, 지방교육세 2,307,380원, 합계 40,197,000원을2004.9.13.에, 또한, 본점 및 임대용 사무실로 사용하는 부분(437.92㎡)에 대한 그 부속토지를 추징대상으로 보아 본점사무실 부분의 부속토지(79.97㎡)에 대한 취득세는 그 중과세율(6%)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 취득세액을 차감한 세액으로, 임대용 사무실 부분의 부속토지(129.03㎡)에 대한 취득세는 이미 감면한 취득세액으로, 본점 및 임대용 사무실 부분의 부속토지(209㎡)에 대한 등록세는 그 중과세율(9%)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 등록세액을 차감한 세액으로 계산하여 합계한 취득세 14,861,190원, 등록세 44,042,930원, 지방교육세 8,808,580원, 합계 67,712,700원을 2004.9.13.에 각각 신고하고 2004.9.14. 이를 납부하자 수납하였다(아래 과세내역 참조).
취득세 등 과세내역(단위 : 원)
구 분
과 표
취득세
농특세
등록세
지방
교육세
비 고
당초분
2,600,000,000
26,000,000
7,800,000
7,800,000
39,000,000
7,800,000
50% 감면
토
지
본점용
224,720,330
11,236,010
16,854,030
3,370,800
취득세중과 5%
등록세중과 7.5%
임대용
362,518,760
3,625,180
27,188,900
5,437,780
취득세감면취소 1%
등록세중과 7.5%
건
물
도시형
공장
1,048,606,208
10,486,060
3,145,810
838,880
4,194,420
838,880
50%감면
본점용
117,074,577
7,024,470
702,440
2,809,780
561,950
취득세중과 6%
등록세중과 2.4%
임대용
188,864,669
3,777,290
377,720
4,532,750
906,550
취득세일반 2%
등록세중과 2.4%
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 이 사건 건축물을 도시형공장을 영위하기 위하여 신축취득한 다음 그 일부에 본점을 전입하여 사무실로 사용하고 있는 데, 이는 대법원 판례 및 행정자치부 심사결정사례 등에 비추어 도시형 공장을 영위하기 위한 부대시설인 사무실에 해당하므로
○○
시세감면조례 제26조에 의하여 취득세 및 등록세를 50% 감면받아야 한다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 조례에 의하여 취·등록세 50% 감면대상인 도시형 공장내 일부를 본점사무실로 사용하는 경우, 그 부분에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다.
먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,
제3항에서
의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 그 제4항에서 제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 한 다음 같은 법시행규칙 제47조제1항에서 법 제112조제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 500제곱미터이상인 것이라고 하면서, 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역
안에 설치되는 부대시설(식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및
기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다고 하고 있으며, 같은 법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립 등에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 있고, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서, 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함한다고 하고 있으며, 서울특별시세감면조례 제26조
국토의계획및이용에관한법률시행령 제30조
의 규정에 의한 준공업지역 내에서
산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조
의 규정에 의한 도시형공장을 신설 또는 증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하지만, 그 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 공장이외의 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2000.6.29. 청구인은
○○
시
○○
구
○○
동
○○
번지를 본점사무소로 하여 인쇄업으로 법인설립등기(설립목적 : 광고대행업, 인쇄 및 출판업 등)를 경료하였고, 2004.1.16. 준공업지역내 있는 이 사건 부동산을 26억원에 (주)
○○
하우징으로부터 취득하고 취득세 등 자진신고한 다음 이 사건 부동산중 건축물을 철거한 후 건축공사를 완료하자 2004.8.19. 관할관청으로부터 이 사건 건축물(연면적 1,938.89㎡)에 대하여 사용승인을 받았으며, 2004.8.28. 이 사건 건축물의 소재지로 본점을 이전하였고, 2004.9.13. 이 사건 건축물에 대하여
○○
시세 감면신청과 아울러 취득세 등을 자진신고하였으며, 2004.10.13. 관할관청으로부터 이 사건 건축물에 대하여 제조시설 1,601.94㎡ 및 부대시설 260.72㎡, 기타인쇄업(22219)으로 공장등록을 승인(신설)받은 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물을 도시형공장을 영위하기 위하여 신축취득한 다음 그 일부에 본점을 전입하여 사무실로 사용하고 있는 데, 이는 대법원 판례 및 행정자치부 심사결정사례 등에 비추어 도시형 공장을 영위하기 위한 부대시설인 사무실에 해당하므로 취득세 등을 50% 감면받아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면,
제3항에서 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축으로 취득하는 경우의 취득세율은 표준세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 같은 법 제138조제1항에서 대도시내에서의 법인의 설립·전입 이후 5년내에 취득하는 부동산을 등기하는 때에는 그 세율을 표준세율의 100분의 300으로 한다고 하며, 서울특별시세감면조례 제26조에서 준공업지역내에서
산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조
의 규정에 의한 도시형공장을 신설 또는 증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하도록 되어 있지만, 공장이외의 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 경감된 취득세 등을 추징한다고 규정되어 있는 데, 위와 같이 비과세 등의 감면규정과 중과세 규정이 충돌할 때는 일반적으로 비과세 등의 감면규정을 먼저 적용한 다음 그 후 추징사유에 해당될 경우에 비로소 중과세 규정을 적용하여야 할 것으로서, 위에서 도시형 공장은 같은 법시행령 제84조의2제3항 및 행정자치부 유권해석(지방세정담당관-2199, 2003.12.6.)에서 공장시설은 물론 사무실도 공장의 범위에 포함된다고 하므로 그 사무실이 도시형 공장을 영위하는 데 필수적인 기능을 수행하고 있다면 도시형 공장의 일부라고 할 수 있고, 또한, 산업단지내의 동일한 공장구내에 있는 사무실은 그 용도가 본점 사무실이던지 당해 공장의 부속 사무실이던지 간에 특별한 구분 없이 공장용으로 인정하는 것이 과세관행이라고 하는 것(행정자치부 심사결정 제2003-149호, 2003.7.28.)에 비추어 볼 때, 그 사무실이 본점사무실이라고 하여도 그것이 도시형 공장의 일부인 이상 이를 처분청에서 도시형 공장시설에 대하여 감면하는 것과 달리 볼 것이 아니라 할 것인 바, 청구인의 경우 2004년 및 2005년도 법인장부상 매출액에 이 사건 건축물 일부에 대하여 임대한 부분에 대한 매출과 인쇄물 매출로 구성된 사실과 본점의 기구표상 도시형 공장을 영위하기 위한 기능들로 구성되어 있는 사실 및 청구인 회의록에서 이 사건 부동산을 도시형 공장을 신축하기 위하여 취득한다는 결정이 기재된 점, 본점사무실이 이 사건 건축물의 전체면적에서 차지하는 면적(8%)이 미미한 사실 등을 종합하여 보면, 이 사건 건축물의 본점 사무실은 도시형 공장을 영위하는 데 필수적인 기능을 하고 있다고 볼 수 있다고 하겠으므로 처분청에서 이 부분 전체를 중과세 대상으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 하겠으나, 이 사건 건축물 중 일부를 임대한 부분에 대한 본점 사무실 귀속면적(25.58㎡)에 대하여는 중과세 대상으로 보아 취득세 등을 부과하여야 하겠으며, 그이외에 이 사건 건축물 중 일부를 임대한 부분 및 그 부속토지에 대하여 등록세를 중과세율로 부과한 처분이나 취득세를 감면하지 않고 일반세율로 부과한 처분은 타당하다고 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로
제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2005. 5. 30.
행 정 자 치 부 장 관