이유
1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 영등포구 OO동 OOO, OOOOO, OOOOO의 3필지 대지 282㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 75.1.1(의제취득일) 취득하여 88.6.7 양도한 것으로 하고 양도차익을 지방세법상 과세시가표준액으로 계산하여 89.5.25 양도소득 과세표준확정신고를 하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일인 88.11.22로 보고 양도차익을 국세청장이 정한 배율방법(88.9.21 배율고시)으로 계산하여 93.8.16 청구인에게 88년 귀속분 양도소득세 43,641,250원 및 동 방위세 10,521,300원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.10.13 심사청구를 거쳐 93.12.17 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일로 보았으나 쟁점토지를 양도한 경위는 청구인이 소유하였던 쟁점토지와 서울특별시 영등포구 OO동 OOO 소재, OO시장 주식회사 발행주식 1,974주를 청구외 OOO이 소유하였던 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOOO 소재 부동산 (대지 255.67㎡ 및 건물 441.07㎡)의 19.85%에 해당하는 지분과 상호 교환하는 과정에서 양도하게 된 것으로서 87.9.20 교환계약을 체결하여 88.6.7 교환이 완료되었으므로 88.6.7을 쟁점토지의 양도시기로 보아야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지에 대한 교환이 완료된 시기가 88.6.7 이라는 주장이나, 88.6.7 작성된 추가약정서를 보면 87.9.20 당초 약정에 없던 교환조건으로 인수할 부동산에 대한 채무담보설정 및 임차보증금 52,000,000원 등에 대한 해결조건이 추가약정되어 있음을 볼 때 88.6.7을 교환완료일로 볼 수 없으므로 이 건 경우 쟁점토지의 등기접수일을 양도시기로 봄이 타당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건은 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일(88.11.22)로 보아 과세한 당초처분의 당부를 가리는데 다툼이 있다. 나. 관련법령 쟁점토지 양도당시에 시행되던 소득세법 제27조 및 동법시행령 제53조 제1항 제1호에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득 및 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날을 원칙으로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 소유권이전등기원인일로 하고 다만, 등기원인일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 한다고 규정되어 있다. 다. 사실관계 (1) 쟁점토지의 등기부를 보면, 청구인이 쟁점토지를 68.6.22 취득하여 소유하고 있다가 87.9.12 매매를 원인으로 하여 88.11.22 쟁점토지 중 59.6㎡는 청구외 OOO에게, 222.4㎡는 청구외 OOO에게 각각 소유권 이전등기하였음이 확인되는 바, 이와 같이 이 건 경우 등기원인일(87.9.12)로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에 해당된다. (2) 청구인은 쟁점토지에 대한 교환성립일이 88.6.7임을 주장하면서 그 입증자료로서 87.9.20의 당초 약정서, 88.6.7의 추가약정서를 제시하고 있으나, 청구인이 소유했던 쟁점토지 및 OO시장 주식회사의 발행주식 1,974주와 청구외 OOO이 소유했던 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOOO 소재, 부동산(대지 255.67㎡, 건물 441.07㎡)의 19.85%에 해당하는 지분을 상호교환하는 과정에서 교환대상 부동산과 관련한 채권, 채무(담보채무, 임대보증금)등의 처리문제로 당사자간에 다툼이 생겨 88.8.18까지 소송이 계속된 사실이 이 건 소송관계서류에 의해 확인되고 있어 88.6.7에 쟁점토지에 대한 교환이 완료되었다는 청구주장은 그 신빙성을 인정하기 어렵다. (3) 당심에서 청구인에게 위 교환대상 부동산등에 대한 가액평가와 그 가액정산이 언제 이루어 졌는지에 대한 증빙자료를 요구(국심 46830-987, 94.3.9) 하였으나 이에 대한 구체적이고 객관적인 자료제시를 하지 못하고 있으며, 쟁점토지에 대한 소유권이전등기내용을 보아도 앞에서 본 바와 같이 쟁점토지 282㎡중 222.4㎡는 이 건 교환거래당사자가 아닌 청구외 OOO 명의로 등기되어 있어 당초 교환약정내용과는 일치하지 않고 있음이 확인되는 바, 이와 같이 이 건의 경우 부동산 교환거래와 관련한 가액평가를 어떻게 하였는 지와 가액정산시기가 언제인지 확인되지 않고 있다. 위 사실들을 종합하여 볼 때, 이 건 경우 쟁점토지의 교환과 관련한 잔금청산일(교환부동산의 가액정산일)이 불분명하고 등기원인일(87.9.12)로부터 등기접수일(88.11.22)까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에 해당되므로 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일로 보아 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.