2017.6.30. 개정된 개정감면조례의 쟁점부칙규정은 일반적 경과조치로 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’고 규정하고 있는바, 이는 ‘농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자’가 2017.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 신뢰를 보호하기 위한 특별규정에 해당한다 할 것인 점,청구법인은 종전감면조례에 따라 2015.7.15. 쟁점증축공장에 대한 증축 허가를 받고, 2015.10.6. 착공 신고 등 일련의 과정을 거쳐 순차적으로 공사를 진행하여 2016.5.2. 쟁점증축공장 중 12동을 증축하고, 종전감면조례의 일몰기한(2017.12.31.)이 종료하기 전인 2017.12.11. 쟁점증축공장의 1동(쟁점건축물)을 증축한 점 등에 비추어청구법인의 쟁점건축물의 취득은 종전감면조례 및 쟁점부칙규정에 따라 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2017.12.11. OOO소재 OOO공장에 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 증축한 후, 2018.2.7. 그 증축비용 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 그 후, 청구법인은 쟁점건축물의 취득에 대하여 구 「OOO도 도세 감면 조례」(2017.6.30. 조례 제4260호로 개정되기 전의 것을 말하여, “종전감면조례”라 한다) 제4조 제1항 제2호에 따라 취득세 등을 면제하여 달라는 취지로 2021.7.2. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.8.25. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2015.7.15. 처분청으로부터 OOO공장 일부의 증축(이하 “쟁점증축공장”이라 한다)을 위한 건축·대수선·용도변경 허가를 받고, 해당 허가를 바탕으로 2015.10.6. 쟁점증축공장의 착공에 대해 착공신고필증을 교부받았으며, 쟁점증축공장은 하나의 부지 위에 위치한 OOO동 및 OOO동을 증축하기 위한 “일단의 건설”로써, 2015.10.6. 착공신고를 기반으로 하여 증축을 위한 공사를 순차적으로 진행하였는바, 처분청은 2016.5.2. 증축한 OOO동의 경우, 종전감면조례에 따라 취득세 등을 감면하였음에도 OOO동 증축 완료 후 기존 라인과의 연결공사 및 배관 추가 연결공사를 통해 2017.12.11. 순차적으로 증축을 완료한 쟁점건축물에 대하여는 취득세 등의 감면을 배제하고, 청구법인의 경정청구를 거부하는 것은 부당하다. (2) 쟁점건축물의 증축과 OOO동의 증축은 육계관련 제품의 사업을 위한 일단의 증축으로 보아야 하며, 일단의 증축행위 등이 「 OOO’에 본점을 둔 청구법인은 2017.6.1. ‘OOO’을 사업장 소재지로 하여 OOO지점을 설치하고 아래 ＜표1＞과 같이 사업자등록 등을 하였다. ＜표1＞ 청구법인 OOO지점 사업자등록 현황(업종)

사업의 종 류	업태	축산업	제조업	도매	소매	서비스업
	종목	양계	도계, 계육, 부분육, 식육가공	사료	식육 (축산물판매)	임가공

(나) 청구법인은 2015.7.15. 처분청으로부터 OOO공장의 쟁점증축공장의 ‘증축’ 허가를 받은 후, 착공예정일을 ‘2015.9.29.’로 하여 2015.10.6. 처분청으로부터 ‘착공신고필증’을 교부받은 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점증축공장 중 OOO동 공장 OOO㎡를 증축하여 2016.5.2. 처분청으로부터 사용승인을 받고, 종전감면조례에 따라 취득세 등을 감면 받았다. (라) OOO도지사는 종전감면조례의 일몰기한이 2017.12.31.까지 남아있는 상태에서 2017.6.30. 종전감면조례를 개정하여 2017.6.30. 개정감면조례를 시행하여 ‘지역특산품 생산단지’에서 취득하는 부동산에 한하여 2017.12.30.까지 취득세를 면제하도록 그 감면범위 등을 축소하였다. ＜표2＞ 종전감면조례 개정 신·구조문 대비표

현 행

개 정 안

제4조(지역특산품생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산( 「수도권정비계획법」제6조 에 따른 과밀억제권역에 소재하는 부동산을 취득하는 경우와 이미 해당 사업용으로 사용하던 부동산을 승계하여 취득한 경우는 제외한다)에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 1.「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자 2. (생 략) 3. (생 략) ② (생 략)

제4조(지역특산품생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제50조 제1항 또는 「수산업·어촌 발전 기본법」 제39조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지에서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 ----------------------------- -----------------------------------------------------------------------------------------------------. 1. 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제50조 제1항 또는 「수산업·어촌 발전 기본법」 제39조 제1항-------------------------------------------------------------- 2. (현행과 같음) 3. (현행과 같음) ② (현행과 같음)

(마) 처분청이 제출한 쟁점건축물(1동)의 신축 과정은 아래 ＜표3＞과 같으며, 청구법인은 쟁점건축물의 신축을 위해 2017.6.26. 공사계약 등을 체결하고, 신축공사를 진행하여 2017.12.11. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 나타난다. ＜표3＞ 쟁점건축물(1동) 신축 경과(처분청 제출) OOO (바) 지역특산품생산단지 등에 대한 감면은 2000.1.1. 이전부터(감면 조례의 제정 시기는 불분명함) 「OOO도 도세 감면 조례」 제19조 제1항 제1호(농어촌특산품 생산단지 등에 대한 감면)에 일몰기한 없이 취득세를 감면하는 것으로 규정된 이래, 2011.1.1. 제7조로 이관되었고, 2012.2.20. OOO도 조례 제3667호로 「OOO도 도세 감면 조례」가 전부 개정되면서 제4조로 이관되면서 2014.12.31.까지를 일몰기한으로 하여 운영되다가 2015.4.10. 개정으로 2017.12.31.까지로 일몰기한이 연장되었다. (사) 청구법인은 2015.7.15. 증축 허가를 받은 쟁점증축공장 중 2016.5.2. 중축한 OOO동에 대하여는 종전감면조례에 따라 취득세 등을 면제 받았으나, 2017.12.11. 증축한 1동 쟁점건축물(도계동)에 대하여는 개정감면조례에 따라 취득세 등을 면제 받지 아니하고 신고·납부하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 종전감면조례(구 「OOO도 도세 감면 조례」제4조 제1항 제2호)에서는 ‘ 「식품산업진흥법」제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자’가 ‘해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.’고 규정하고 있고, 2017.6.30. 개정된 개정감면조례(「OOO도 도세 감면 조례」제4조 제1항 제2호)에서는 ‘ 「식품산업진흥법」제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자’가 ‘「농업·농촌 및 식품산업 기본법」제50조 제1항 또는 「수산업·어촌 발전 기본법」제39조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지에서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.’고 그 감면 범위를 축소하였으며, 개정감면조례 부칙 제2조(쟁점부칙규정)에서는 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’고 규정하고 있다. (나) 살피건대, 조세특례를 규정하면서 일몰기한을 둔 경우, 일몰기한이 경과한 후 그 감면대상이나 범위, 감면율 등을 축소하거나 그 감면을 연장하지 아니하고 종료하는 것이 일반적인 경우라 할 것이나, 개정감면조례는 종전감면조례의 일몰기한(2017.12.31.)이 종료되지 아니하였음에도 그 이전에 ‘지역특산품 생산단지에서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 개정하여 감면범위 등을 축소함으로써 ‘농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자’의 부동산 취득에 있어 불리하게 개정된 것으로 보이는 점, 2017.6.30. 개정된 개정감면조례의 쟁점부칙규정은 일반적 경과조치로 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’고 규정하고 있는바, 이는 ‘농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자’가 2017.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 신뢰를 보호하기 위한 특별규정에 해당한다 할 것인 점, 청구법인은 종전감면조례에 따라 2015.7.15. 쟁점증축공장에 대한 증축 허가를 받고, 2015.10.6. 착공 신고 등 일련의 과정을 거쳐 순차적으로 공사를 진행하여 2016.5.2. 쟁점증축공장 중 OOO동을 증축하고, 종전감면조례의 일몰기한(2017.12.31.)이 종료하기 전인 2017.12.11. 쟁점증축공장의 1동(쟁점건축물)을 증축한 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점건축물의 취득은 종전감면조례 및 쟁점부칙규정에 따라 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) OOO도 도세 감면 조례 (2017.6.30. 조례 제4260호로 개정되기 전의 것) 제4조(지역특산품생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산( 「수도권정비계획법」제6조 에 따른 과밀억제권역에 소재하는 부동산을 취득하는 경우와 이미 해당 사업용으로 사용하던 부동산을 승계하여 취득한 경우는 제외한다)에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 1. 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」제50조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자 2. 「식품산업진흥법」제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자 3. 「식품산업진흥법」 제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자 (2) OOO도 도세 감면 조례 (2017.6.30. 조례 제4260호로 개정된 것) 제4조(지역특산품생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」제50조 제1항 또는 「수산업·어촌 발전 기본법」제39조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지에서 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산( 「수도권정비계획법」제6조 에 따른 과밀억제권역에 소재하는 부동산을 취득하는 경우와 이미 해당 사업용으로 사용하던 부동산을 승계하여 취득한 경우는 제외한다)에 대하여는 2017년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 1. 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」제50조 제1항 또는「수산업·어촌 발전 기본법」제39조 제1항에 따른 지역특산품 생산단지의 지정을 받은 자 2. 「식품산업진흥법」제19조의3 제1항에 따른 농수산물가공품의 생산을 업으로 하거나 하고자 하는 자 3. 「식품산업진흥법」제19조의4 제1항 제1호에 따른 수산가공품의 생산·개발·수출 촉진 및 수산가공품 전문판매점의 설치·운영을 하려는 자 ＜ 부 칙 ＞ 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제5조 및 제7조의2, 제8조 개정규정은 2017년 1월 1일부터 적용한다. 제2조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. (3) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제50조(농촌지역산업의 진흥 및 개발) ① 국가와 지방자치단체는 농촌주민의 소득 증대와 농촌 경제의 활성화를 위하여 농촌 산업단지의 조성 및 지역특산품 생산단지의 육성과 농산물 가공업, 전통식품산업, 전통놀이산업을 비롯한 농업 관련 산업의 육성 등에 필요한 정책을 세우고 시행하여야 한다. (4) 식품산업진흥법 제19조의3(농산물가공품 생산 등의 지원) ① 농림축산식품부장관은 농산물을 세척ㆍ박피(薄皮)ㆍ절단 등 단순가공하거나 농산물을 원료 또는 재료로 하여 가공한 식품 및 민속예술품(이하 “농산물가공품”이라 한다) 생산을 업으로 하거나 하려는 자에 대하여 농산물가공품의 생산 및 개발, 전문판매점의 설치ㆍ운영, 수출의 촉진, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항에 대하여 필요한 자금을 지원할 수 있다.