이유
1. 원처분 개요
청구법인은 96.7.10 비영리법인(선교재단법인)으로 처분청에 법인설립신고 및 고유번호지정신고를 하여 96.7.12 처분청으로부터 고유번호를 지정 받아 선교센타 건물을 신축하면서 96.10.1～12.31기간중 수취한 세금계산서의 합계표를 처분청에 제출하였고, 97.2.26 수익사업(부동산 임대업) 개시신고를 하여 사업자 등록증을 교부받았으며, 그 후 청구법인은 97.10.25 과세사업에 관련되는 96년 2기 부가가치세 65,401,125원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
처분청은 청구법인이 당초 96년 2기 부가가치세 확정신고가 없었다는 이유로 97.12.24 청구법인에게 경정불가함을 통지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 98.2.25 심사청구를 거쳐 98.8.10 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 비영리사업자로서의 책임과 의무를 다하기 위하여 법인설립신고를 하여 고유번호를 지정 받고 매입세금계산서 합계표를 제출하였으며, 사업자등록도 하였으므로 통상의 미등록사업자나 부가가치세 무신고자와는 구별하여 성실의무를 다한 납세자로 보아야 하므로 96년 2기 부가가치세 환급을 구하는 경정청구는 적법하다.
(2) 과세사업 개시일을 사업자등록일로 볼 것이 아니라 재단이사회가 수익사업을 결의한 96.9.24로 소급하여 보는 것이 타당하므로 96.2기분 부가가치세 환급세액에 대한 경정청구를 거부하는 것은 부당하다.
나. 국세청장 의견
청구법인은 7.10.25 96년 2기 부가가치세 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구를 하였는 바,
국세기본법 제45조의 2
의 규정에 의한 경정청구권자는 과세표준신고서를 법정기한 내에 제출한 자에 한하는 것이 법문상 명백하므로, 청구법인이 매입처별 세금계산서를 제출하였다 하여 이를 과세표준 신고로 볼 수 없으므로 이 건 경정청구는 경정청구권이 없는 자가 제출한 부적합한 경정청구라 판단된다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 청구법인이 고유번호를 지정 받고 수취한 매입세금계산서의 합계표를 제출한 후 사업자등록을 한 경우에 관련매입세액의 환급을 구하는 경정청구가 적법한지의 여부와,
(2) 청구법인의 과세사업의 개시일을 사업자등록일로 보지 아니하고 재단이사회가 수익사업을 결의한 날로 소급하는 것으로 보아 수익사업 관련매입세액의 환급을 구하는 경정청구가 적법한 것으로 볼 것인지의 여부를 가리는 데 있다.
나. 관련 법령
국세기본법 제45조의 2
제1항에서는 「과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (각 호 생략)」라고 규정하고,
같은 법 제55조 제1항에서 「국세기본법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 청구를 할 수 있다」고 규정하고 있다.
부가가치세법 시행령 제8조
제2항에서 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다고 규정하고 있으며,
부가가치세법 제20조
제3항에서는 세금계산서를 교부한 세관장과 세금계산서를 교부받은 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 기타 대통령령이 정하는 자는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 제1항과 제2항의 규정을 준용하여 매출매입처별 세금계산서합계표를 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고,
같은법시행령 제67조
에서 「법 제20조 제3항에 규정하는 대통령령이 정하는 자는 다음 각호에 규정하는 자로 한다.
1.(생략)
2.
민법 제32조
의 규정에 의하여 설립된 법인
3.～5.(생략)」라고 규정하고 있으며,
민법 제32조
에서 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다고 규정하고 있다.
한편,
부가가치세법 제17조
제2항에서는 「다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1.～4.(생략)
5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액」이라고 규정하고 있으며
같은법시행령, 제60조
제7항에서 「법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 “등록”은 등록 신청일을 기준으로 한다」고 규정하고 있다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.
(가) 청구법인은 96.7.10 처분청에 비영리법인 설립신고 및 고유번호지정 신고를 하여 96.7.12 처분청으로부터 고유번호를 지정받고 선교센타 건물을 신축하면서 96.10.1～12.31기간중 수취한 매입세금계산서의 합계표를 97.1.25 처분청에 제출하였으며, 97.2.26 부동산임대업으로 수익사업의 사업자등록을 한 후 97.10.25 96년 2기 수익사업관련 매입부가가치세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였음이 법인설립신고서 및 고유번호지정신청서, 고유번호지정통보서, 매입처별 세금계산서 합계표, 수익사업개시신고서, 과세표준 및 세액의 경정청구서 등에 의하여 확인되며,
처분청은 위 경정청구에 대해 청구법인이 당초 96년 2기 부가가치세 확정신고가 없었다는 이유로 97.12.24 청구법인에게 경정이 불가하다고 통지하였음이 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 회신공문(용산세무서 법인 46220-2194)에 의하여 확인된다.
(나) 청구법인은 위 경정불가통지에 대해 청구법인이 고유번호를 지정받고 매입세금계산서 합계표를 제출하였으며, 추후 수익사업에 대한 사업자등록까지 필한 성실한 납세의무자이므로 청구법인의 매입부가가치세액의 환급을 구하는 경정청구는 적법하다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.
경정청구에 대하여 규정하고 있는
국세기본법 제45조의 2
제1항의 규정에 의하면, 경정청구는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액에 대하여 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는 바, 청구법인은 비록 부가가치세법상에 규정하고 있는 고유번호를 지정받고 매입세금계산서합계표를 제출하였다 하더라도 이는 청구법인이 부가가치세법상의 규정에 따라 국가조세업무의 협력의무자로서의 의무를 이행한 것일 뿐 이를 청구법인이 사업자로서 과세표준신고를 한 것으로 볼 수는 없다 할 것이므로 청구법인이 추후에 사업자등록을 하고 관련 매입부가가치세액의 환급을 구한 경정청구는 적법한 경정청구에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.
청구법인은 사업자등록(97.2.26)전에 재단이사회에서 96.9.24 수익사업을 결의하였으므로 이 날을 수익사업의 개시일로 보면 청구법인이 수취한 세금계산서는 수익사업 개시일 이후의 것으로서 매입세액 공제대상이므로 매입세액의 환급을 구한 경정청구가 적법하다는 주장이나,
부가가치세법 제17조
에 의하면 사업자등록전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제7항에서 등록은 등록신청일을 기준으로 한다고 규정하고 있는 바, 설사 청구법인이 96.9.24 수익사업을 결의하고 수익사업을 개시하였다 하더라도 매입세액의 공제는 사업자등록신청일을 기준으로 그 이전에 수취한 세금계산서는 등록전 매입세액으로 위 법규정에 따라 매입세액의 공제가 불가하다할 것이므로 이런 측면에서 볼 때에도 청구법인이 매입부가가치세액의 환급을 구한 경정청구는 적법한 경정청구에 해당하지 아니한다 할 것이다.
(3) 따라서 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 경정불가통지는 위 경정청구가 적법하지 아니하다는 사실을 통보한 단순한 통지행위에 불과한 것으로서 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당하지 아니하므로 이 건 심판청구는 부적법한 청구라 할 것이다.
라. 결 론
이 건 심판청구는 부적법한 심판청구에 해당하므로
국세기본법 제81조
및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.