이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2013.8.13.부터 2014.2.10.까지의 기간 동안 OOO외 55필지의 토지 65,227㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 구판·판매사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청으로부터
「지방세특례제한법」제14조
제1항에 따라 취득세 등의 100분의 50을 경감 받았으나, 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 아니하여 경감 받은 취득세 등의 신고·납부하여야 한다는 처분청의 안내(2014.9.2.)에 따라 2014.9.11., 2014.12.18. 및 2015.3.9. 총 3회에 걸쳐 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부한 후, 2016.8.8. 기 신고·납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하자 처분청은 2016.9.27. 이를 거부하였다.
나. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
「지방세특례제한법」제178조
제1호 단서에서 부동산 취득일로부터 1년 이내에 사업에 직접 사용할 것을 요구하는 것은 지가 상승이익 도모나 법인의 사업목적과 다른 용도로의 전용을 방지하는데 있다고 할 것인바, 청구법인은 OOO조성사업’(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 위해 쟁점토지를 취득하기 전부터 사업용에 직접 사용하기 위한 제반절차를 진행하여 온 점, 건축설계 및 착공 이후 물류센터로 사용하기 위해 공사를 진행하였으므로 쟁점토지를 목적에 맞게 사용하고 있다고 볼 수 있는 점, 사업계획의 수립, 후보지 선정, 부지매입 장기화 및 진입도로 개설 등에 대한 인허가 등 대규모 공사 진행 절차상 쟁점토지 취득 후 1년 내에 건축물을 완료하여 현실적으로 사용하는 것은 불가능한 장애가 있었던 점, 쟁점토지를 물류센터 부지로 사용하기 위해 지속적인 노력을 다하였지만 토지의 매입업무를 위탁받은 행정관청인 처분청이 이행을 하지 아니한 외부적인 사유가 있었던 점, 처분청의 인허가 보완과 진입도로 확보 요청 및 인허가 조건에 따른 협력사업의 이행(양곡창고 건립지원) 등 실시계획인가의 지연으로 쟁점토지 취득 후 1년 내에 고유업무에 사용하지 못한 행정상의 장애가 있었던 점, 처분청에 토지매입 보상관련 업무 전반을 위임하여 조속한 사업추진을 도모한 점 등 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 해당 사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다 할 것이므로 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하여야 한다.
나. 처분청 의견
쟁점토지상에 조성될 쟁점사업은 청구법인이 농업경제 인프라 구축을 위해 2010년 8월경 내부방침을 확정하여 추진한 사업으로서 사업부지의 위치 및 규모, 부지매입 계획과 건립계획 등 모든 사업 등은 청구법인의 책임하에 진행되었을 뿐만 아니라, 쟁점토지의 취득까지 장기간 소요, 사업시행자 신청, 실시계획인가 신청 등 사업진행이 지연된 주요 원인은 청구법인의 내부적 사유에 있다 할 것이고, 쟁점토지를 취득하는 과정에서 토지소유자와의 가격협상 등 충분한 협의와 검토를 거쳤더라면 사업이 원활히 추진될 수 있었다 할 것이므로 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 1년이 경과할 때가지 해당 용도에 사용하지 못한 사유는 외부적인 사유가 아니라 청구법인의 내부적 사유에 기인한 것이어서 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하기는 어려워 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
OOO가 쟁점토지를 취득하여 유예기간(1년) 내에 구매·판매 사업 등에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
나. 관련 법률
지방세특례제한법
제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ①
농업협동조합중앙회
, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회
가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산
(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」 제70조 제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
에 대하여는 취득세의 100분의 50을
, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2014년 12월 31일까지
경감한다
.
1.
구매·판매·보관·가공·무역 사업용 토지와 건축물
2. 생산 및 검사 사업용 토지와 건축물
3. 농어민 교육시설용 토지와 건축물
②
농업협동조합중앙회
, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회, 엽연초생산협동조합중앙회
가 회원의 공동이용시설사업 등에 사용하기 위하여 취득하는 부동산
(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)
에 대하여는
다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지
취득세를 경감한다
.
1.
회원의 교육·지도·지원 사업과 공동이용시설사업용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감
한다.
2. 신용사업용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 25를 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.
정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다.
(가) 청구법인은 OOO거점 물류센터건립투자를 위하여 처분청에 관련사항을 검토하여 줄 것을 요청(농기 14409-204, 2011.4.1.)하였고, 처분청은 청구법인의 검토요청에 대하여 아래 <표1>과 같이 회신(친환경농정과-10739, 2011.4.6.) 하였다.
<표1> 청구법인의 검토요청에 대한 처분청의 회신
(나) 청구법인은 OOO물류센터 부지매입절차와 관련하여 처분청에서 계획하고 있는 진행방향, 매입가격수준 및 인·허가사항 등에 대하여 처분청에 문의하였고(농기 14409-709, 2011.11.7.), 처분청은 부지매입절차와 관련하여 아래 <표2>와 같이 회신(친환경농정과-34613, 2011.11.15.) 하였다.
<표2> 청구법인의 문의에 대한 처분청의 회신
(다) 청구법인은 OOO물류센터 건립계획 확정에 따라 건립부지에 대한 매입업무 대행, 도시관리계획 변경 등 행정절차 추진 및 기반시설지원 등을 아래 <표3>과 같이 처분청에 요청(농기 14409-6, 2012.1.4.) 하였다.
<표3> 청구법인의 협조요청(요약)
(라) 청구법인과 OOO및 처분청은 OOO물류센터건립 사업’의 조속한 추진을 위하여 2012.2.8. 투자양해각서(MOU)를 체결하였다.
<
투자양해각서(MOU) 요약 >
(마) 청구법인과 처분청은 2012.9.13. OOO물류센터 부지조성사업의 ‘보상업무 위·수탁 협약서’를 체결하였다.
< 보상업무 위·수탁 협약서(발췌) >
(바) 처분청은 OOO물류센터 부지조성사업의 보상업무 위·수탁 협약 체결에 따라 신속·원활한 보상업무의 추진을 위해 2012.9.20. 자체적으로 손실보상 추진계획을 수립하여 그 계획서를 청구법인에게 통보(친환경농정과-105898, 2012.9.26.) 하였다.
(사) 처분청은 2013.6.13. OOO고시 제2013-34호로 쟁점토지 일대를 OOO물류센터 및 농산물비축기지 건립을 위한 군관리계획(유통업무설비 등) 경정(변경) 및 지형도면을 승인 고시하였다.
(아) 청구법인은 쟁점사업의 추진을 위하여 물류센터 부지의 일부토지인 쟁점토지를 2013.8.13.부터 2014.2.10.까지 취득하였다.
(자) 처분청은 2013.10.10. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제86조 등의 규정에 따라 OOO계획시설(유통업무설비, 완충녹지)의 사업시행자로 청구법인을 지정·고시(장성군 고시 제2013-68호) 하였다.
<표4> OOO계획시설(유통업무설비 등) 사업시행자 지정 고시
(차) 청구법인은 OOO계획시설사업(OOO물류센터)의 사업시행자 지정(2013.10.10.)에 따른 후속조치로 2014.4.16. 실시계획 인·허가를 처분청에 신청하였으며(중앙농기 14409-23, 2014.4.16.), 2014년 제3회 교통향분석·개선대책 심의 내용 및 이행사항 수정 의견을 반영하여 2014.6.19. 변경인가 신청서를 처분청에 제출(중앙농기 14409-407, 2014.6.19.) 하였다.
(카) 청구법인의 실시계획인가 신청에 대하여 처분청은 2014.6.26. 미개설된 부지에 대한 진출입로(중로2-1065)를 확보할 것을 아래 <표5>와 같이 청구법인에 요청(경관도시과-8855, 2014.6.26.) 하였다.
<표5> 처분청의 진입도로 확보 요청 내용(요약)
(타) 청구법인은 처분청의 진입도로 확보요청에 대하여 2014.7.18. 처분청에 아래 <표6>과 같은 내용을 건의하였다.
<표6> 청구법인의 건의 내용(요약)
(파) 처분청은 청구법인의 OOO물류센터 조성사업(유통업무설비, 완충녹지) 실시계획인가 신청에 대하여 2015.8.26. 아래 <표7>과 같이 실시계획을 인가(경관도시과-11044, 2015.8.26.) 하였다.
<표7> 실시계획 인가 내용
(하) OOO는 2016.6.28. OOO물류센터 조성사업에 편입되는 토지에 대한 수용재결을 완료(수용의 개시일은 2016.8.19.)한 후 청구법인 등에게 재결서 정본을 송부(전라남도 지역계획과-14278, 2016.7.12.) 하였다.
(거) 청구법인(발주자)은 2016.10.24. 주식회사 OOO과 쟁점토지를 포함한 OOO외 109필지상에 ‘OOO물류센터 부지조성공사’를 위한 계약을 아래 <표8>과 같이 체결하여 부지조성공사에 착공하였다.
<표8> OOO물류센터 부지조성공사 계약내용(요지)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가)
「지방세특례제한법」제14조
제1항 제1호 및 같은 법 제178조 제1호에서 OOO가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 구매·판매·보관·가공·무역 사업용 토지와 건축물에 대하여는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
(나) 살피건대, 유예기간 내 해당용도에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 사업에 대한 취득세 등을 감면하는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229판결 참조), 처분청은 청구법인의 쟁점사업 건립부지 매입요청 등에 대하여 두 차례(2011.4.6., 2011.11.15.)에 걸친 사전회신, 투자양해각서 체결(2012.2.8.), 보상업무의 위수탁계약 체결(2012.9.13.) 및 손실보상 대책 세부추진계획을 청구법인에게 통보(2012.9.26.)하는 등 쟁점사업에 편입되는 토지 등의 취득 및 손실보상업무 등을 청구법인으로부터 위탁받아 수행하였음에도 쟁점사업 건립부지에 대한 토지의 최종 수용재결은 보상업무의 위수탁계약 체결(2012.9.13.)부터 4년여의 기간이 경과한 2016.8.19.에 이르러서야 완료한 사실이 확인되는 점, 청구법인은 쟁점사업에 편입되는 토지의 최종 취득일(2016.8.19.)부터 1년 이내인 2016.10.24. 쟁점사업의 부지조성공사계약을 체결하여 해당 용도로 직접 사용하기 위한 건축 공사에 착공한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간 내에 건축공사에 착공하지 못하였다 하더라도 쟁점토지를 취득하기 위한 과정과 이를 취득하여 해당 용도에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다한 사실이 인정된다 할 것이고, 쟁점토지를 취득(2013.8.13.～2014.2.10.)하여 1년 내에 직접 사용하지 못한 사유는 청구법인이 아닌 처분청에 그 귀책이 있어 보이므로 처분청이 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다(조심 2012지557, 2012.12.26. 외 다수, 같은 뜻임)고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로
「지방세기본법」 제96조
제4항과
「국세기본법」 제81조
, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.