이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.8.22. 설립되어 경상북도 경주시 OOO에서 혼합조미료 및 떡·면류 제조업을 영위하는 법인으로, 대표이사인 a(이하 “대표이사”라 한다)으로부터 2018.12.17. ‘다층 구조의 면대 제조장치와 다층 구조의 면대를 이용한 면 제조방법’과 ‘떡볶이용 떡 제조장치 및 방법’에 관한 특허권 2건(이하 “쟁점특허권”이라 한다) 중 대표이사의 지분 50%를 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 매입하였다.

나. 대구지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.8.31.부터 2020.10.19.까지 청구법인의 2017∼2019사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 청구법인이 쟁점특허권의 나머지 지분 50%를 대표이사의 부친인 b로부터 무상으로 수증하였음에도 자산을 누락한 것으로 보아 OOO원을 익금산입 및 유보처분하고 조사를 종결하였다.

다. 국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2022.10.24.부터 2022.11.11.까지 조사청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점특허권은 당초부터 청구법인의 인력과 경비로 개발한 사실상 청구법인 소유의 자산으로 쟁점금액을 대표이사에게 부당하게 유출한 것으로 보았고, 이에 처분청은 2023.6.13. 청구법인의 2018사업연도 법인세를 경정하면서 쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점특허권은 대표이사의 독창적인 아이디어에 의해 발명된 것으로서 창의적인 아이디어(기존 제품의 기능 더하기)만으로도 가치가 있는 것일 뿐, 이를 청구법인이 개발한 것으로 볼 근거가 없다.

(가) 일반적으로 발명의 기본원칙 중 하나로 두 가지 제품의 기능을 더하는 것이 있는데, 예를 들어 흑연과 나무의 기능을 더하여 연필이 발명되었고, 연필에 지우개의 기능을 더하여 연필 지우개가 발명되었으며, 연필에 자동기능을 더하여 샤프가 발명된 것이 그 예이다.

(나) 쟁점특허권은 대표이사가 기존 제품의 기능을 더하여 개발한 것으로, ‘다층 구조의 면대 제조장치와 다층 구조의 면대를 이용한 제조방법’에 관한 특허권은 세 가닥의 면을 한 가닥으로 합치는 것이 주 내용으로서 다양한 종류ㆍ색ㆍ식감을 가진 세 종류의 면을 반죽하여 한 가닥의 면으로 만들어 내는 것이 특징이고, ‘떡볶이용 떡 제조장치 및 방법’에 관한 특허권은 기존의 떡볶이 떡 제조장치에 없었던 냉각 장치를 기계에 추가하는 것이 주 내용으로서 냉각시간을 단축하여 생산성 향상 및 식감 향상을 가져올 수 있는 것이 특징이다.

(다) 이는 대표이사의 독창적인 아이디어로 보다 효율적이면서도 다양한 제품을 생산하기 위해 기존 제품의 기능을 더하는 것에 착안하여 발명한 것이다. 처분청 의견처럼 시제품의 제작이 필요하거나 다양한 실험을 필요로 하는 복잡한 발명이 아닌 창의적인 아이디어 자체만으로도 쟁점특허권은 가치가 있는 것이다. 이렇듯 쟁점특허권을 대표이사가 아닌 청구법인이 발명한 것으로 볼 근거가 없음에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 불합리하다 할 것이다.

(2) 쟁점특허권의 출원 당시 청구법인에는 제품 연구개발 전담부서가 없었고, 조사청 세무조사 시 확인한바와 같이 청구법인이 계상한 개발비는 쟁점특허권과 전혀 무관하다.

(가) 쟁점특허권은 2016.8.17. 출원되었고, 출원 당시 청구법인에는 제품 연구개발 전담부서가 없었으며, 당연히 청구법인의 직원이 쟁점특허권과 관련한 연구개발 업무를 진행한 바도 전혀 없다. 참고로 청구법인의 연구개발 전담부서는 2019.9.3. 최초 신설되었다.

(나) 또한 2020년 조사청의 세무조사 시 청구법인의 재무제표에 계상된 개발비(2012∼2019년 합계 OOO원)에 대해 조사했으나, 쟁점특허권과 관련된 것이 아닌 것으로 확인하였다.

(다) 결국 쟁점특허권의 개발과 관련하여 청구법인이 개발한 것으로 볼 근거가 전혀 없음에도 처분청은 대표이사가 개발한 쟁점특허권을 실질적으로 청구법인의 소유로 보아야 한다는 전제하에 이 사건 처분을 한 것이다.

(3) 대표이사는 식품공학을 전공하고 식품제조업체에서 실무경험을 쌓았으며, 청구법인에서도 품질 및 개발과 관련한 업무를 지속적으로 수행해 오고 있다.

(가) 쟁점특허권을 발명한 대표이사는 아래 ＜표1＞과 같이 1996년 OOO식품공업학과를 졸업한 식품관련 전공자로, 1996년 ㈜c에 입사하였고, OOOOEM 업무 및 군납 품질시스템구축업무를 맡으며 실무경험을 쌓았다.

＜표1＞ 대표이사 경력사항

(나) 2000년 청구법인에 입사한 이후 대표이사는 품질 및 개발과 관련한 업무를 지속적으로 수행해 오고 있고, 특히 2009년 청구법인의 식약청 HACCP(식품안전관리인증기준) 인증 시 담당 팀장으로 업무를 총괄하였으며, OOO신제품 개발과 신 라인 구축업무 실무담당자로서 업무를 진행한 엔지니어 출신의 기술형 CEO라 할 수 있다.

(다) 이렇듯 쟁점특허권은 관련 업계의 전공자로서 식품 품질 및 개발업무를 지속적으로 수행해 온 대표이사가 축적된 노하우를 바탕으로 아이디어를 접목하여 만들어낸 결과물이라 할 것이다.

(4) 대표이사에게 일반적인 품질 및 개발업무를 넘어선 새로운 특허권을 발명할 책무는 없는 것이고, 설령 쟁점특허권을 대표이사의 지위에서 개발한 것이라 하더라도 다른 심판사건과 달리 청구법인의 지분 50%를 이미 인정하였으므로 달리 판단되어야 한다.

(가) 청구법인의 경우도 마찬가지이지만 일반적으로 대표이사는 제품의 품질 및 개발에 대한 업무를 총괄한다. 이러한 일반적인 직무 범위를 넘어서서 대표이사에게 새로운 특허권을 발명할 책무는 없는 것이다. 그런데 다른 심판사건 사례에서 과세관청은 대표이사가 개발한 특허권을 대표이사의 지위에서 대표이사 본연의 업무로서 개발한 것이므로 이를 회사의 특허권으로 보아야 한다는 입장이다.

(나) 하지만 이 사건의 경우 쟁점특허권 전체에 대해 대표이사가 출원하고 청구법인에게 양도할 수도 있었지만, 대표이사는 청구법인에 근무하면서 획득한 노하우를 바탕으로 쟁점특허권을 개발한 것이므로 청구법인의 기여도를 인정하는 것이 합리적이라 판단하였고, 이에 50%씩 공동으로 출원하여 대표이사 50%, b(청구법인 지분이나, 발명자가 법인일 수 없어서 형식상 발명자로 진행) 50%를 출원하게 된 것으로서, 이는 다른 심판사건과는 분명한 차이가 있는 것이다.

(다) 반대의 입장에서 전담개발부서나 직원도 없는 청구법인이 쟁점특허권을 개발한 것으로 보기 어려운 상황에서 대표이사가 직무 범위를 넘어 쟁점특허권의 개발에 기여하였다면 이에 대한 기여도를 인정하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(라) 결국 어느 측면에서든 쟁점특허권의 각 50%를 대표이사와 청구법인이 소유하였으므로 다른 심판사건들과 사실관계를 달리하고, 대표이사의 직무로서 쟁점특허권을 발명하였으므로 쟁점특허권 전체를 청구법인의 특허권으로 보아야 한다는 처분청의 입장은 불합리하다 할 것이다.

(5) 다른 심판사건들과 달리 쟁점특허권 중 대표이사 지분 50%에 대한 특허출원비용도 대표이사가 부담하였고, 쟁점특허권을 통해 실제 제품 개발이 이루어져 제품상용화가 되었으며, 이로 인해 실질적인 매출상승 효과가 있었다.

(가) 다른 심판사건들에서는 특허권 출원비용을 법인이 부담하는 경우도 있었지만, 이 사건에서 대표이사는 쟁점특허권의 특허출원비용 OOO원 중 OOO원을 직접 부담하였다. 이는 쟁점특허권 출원비용의 50%에 해당하는 것으로서 관련 계약서 및 공문, 입금내역을 통해 확인된다.

(나) 또한 다른 심판사건들에서는 특허권에 대한 활용내역이 없는 경우도 있었지만, 이 사건에서 청구법인은 쟁점특허권을 활용하여 2019년 제조설비를 설치하였고, 설치 이후 청구법인의 매출은 아래 ＜표2＞와 같이 상승한바, 이러한 사정도 감안되어야 할 것이다.

＜표2＞ 제조설비 설치 전·후 매출변화

(단위 : 억원)

나. 처분청 의견

(1) 대표이사가 쟁점특허권의 지분 50%를 소유할만한 직접적이고 구체적인 근거가 없고, 일부 대표이사의 기여가 있더라고 이는 청구법인 대표로서의 고유 업무에 해당하므로 쟁점특허권의 실질적인 소유권은 청구법인에게 있다.

(가) 청구법인은 2000.8.22. 사업을 개시한 식품제조 전문기업으로서 각종 면ㆍ떡류ㆍ소스를 제조하고 있고 생산된 제품을 d㈜, ㈜e, f㈜, g, h 등에 주로 납품하고 있는 것으로 볼 때, 청구법인과 대표이사가 특허 출연한 쟁점특허권은 대표이사가 청구법인의 대표로 근무하면서 청구법인의 기존 공정과정에서 착안해 낸 사안들이 특허등록으로 실현된 것으로, 청구법인의 최대주주이자 대표자로서 제조공정의 효율성 및 신규 상품 개발과 관련한 연구 및 기술 개발 행위 등은 대표이사로 재직 중 청구법인의 수익 극대화를 위하여 마땅히 행해지는 본연의 업무이므로 해당 업무의 결과물로 생성된 쟁점특허권을 대표이사의 고유 업무와 별개로 대표이사 개인의 발명으로 볼 수 없다.

(나) 또한 ‘발명’과 관련하여 단순한 아이디어의 제시나 기존 기술에 대한 추가ㆍ보완은 발명에 해당되지 않고, 특허권 출원 시 발명자로 기재되어 있다고 하더라도 실제 발명자에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 이를 주장하는 사람에게 있다(대법원 2014.11.13. 선고 2011다77313 판결).

(다) 그러나 청구법인과 대표이사는 쟁점특허권과 관련하여 등록발명의 결과물에 대한 권리가 실제로 누구의 소유인지를 확인할 수 있는 개발과정과 관계되는 서류나 기술의 실현가능성 및 효율성을 검증한 실험 등이 어떤 방식과 어떠한 자원을 가지고 이루어졌는지에 대한 입증 없이 쟁점특허권에 대한 대표이사의 권리를 50%로 정하고 그 대가인 쟁점금액을 지급하였다.

(라) 또한 청구법인의 대표이사는 OOO식품공학을 전공하여 쟁점특허권 상의 식품 제조장치에 대한 엔지니어 출신의 경영자라고 주장하고 있으나, OOO에는 공학계열이 아닌 자연계열인 식품공업과가 있었고, 해당과는 식품 가공·조리 및 식품분석, 영양학을 연구하는 학과로 확인된다. 설령 식품공학과라 하더라도 식품공학이라는 것은 화학 등의 지식을 통해 식품원료 등을 연구하거나 식재료를 가공하는 방법 등을 연구하는 학문으로 알려져 있는바, 쟁점특허권과 같이 면 제조장치 등 기계설비 제조·설계 기술과 노하우를 보유하고 있다고 보기 어렵다.

(2) 쟁점특허권은 청구법인의 업무과정에서 청구법인의 자원(자재, 시설, 직원 등)을 활용하여 연구개발이 이루어진 것으로 쟁점특허권의 실질 소유자는 청구법인이다.

(가) 쟁점특허권 중 ‘다층 구조의 면대 제조장치와 다층 구조의 면대를 이용한 제조방법’에 대한 특허권은 일반적으로 흰색 면(麵)에 일부 기능성 가루를 첨가한 유색 면(麵)이 시각적인 효과만을 강조할 뿐, 이에 따른 식감의 조절이나 향상이 이루어지지 않는 문제가 있음을 설명하고, 식감 및 맛 조절이 가능한 다층 구조의 면대 제조장치를 발명한 것으로 시제품의 제작 및 실험과정에서 청구법인의 인적·물적 시설의 투입 없이는 연구ㆍ발명이 불가능할 것으로 보인다.

(나) 또한 당초 ‘다층 구조의 면대 제조장치와 다층 구조의 면대를 이용한 제조방법’에 대한 특허권은 통상적인 기계장치 관련 기술자가 쉽게 발명할 수 있는 것은 특허등록이 거절되는 것으로 관련 분야에 대한 통상적인 기술자로 보기 어려운 대표이사의 기계장치 발명을 위한 실험도 없이 아이디어만으로 발명할 수 있는지, 아이디어만 있는 자가 특허청의 거절이유에 대해 통상의 지식을 넘어선 기계장치 발명이라는 것을 어떻게 입증하였는지 납득하기 어렵다.

(다) 그리고 쟁점특허권 중 ‘떡볶이용 떡 제조장치 및 방법’에 대한 특허권은 떡 제조장치에 냉각기능을 추가하여 제조과정 중 냉각시간을 단축함으로서 제품 생산성을 향상하는 것을 목표로 하는 것으로 생산성을 향상시켜 제조원가 등을 절감하는 것은 대표이사 고유의 업무로 판단된다.

(라) 일반적으로 단순한 아이디어의 제시 및 구상만으로는 특허등록이 어렵고, 기술의 실현 가능성 및 효율성 등을 검증하기 위하여 다양한 실험이 필요하여 그 과정에서 청구법인의 물적·인적설비 및 비용이 소요되지 않고서는 특허의 등록은 어려운 것으로 쟁점특허권의 실험 및 개발 등에 청구법인의 인적·물적 자원을 활용한 것으로 봄이 타당하다.

(마) 대표이사가 쟁점특허권의 기술개발에 있어 아이디어를 내는 등 일부 기여를 하였다고 하더라도 청구법인의 평균 급여 대비 현저히 높은 임금을 받으면서 청구법인에 고용된 지위에 있는 자가 당연히 법인의 이익을 창출하기 위해 노력해야 하는 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 하는 것이고, 대표이사가 청구법인의 업무과정에서 착안한 아이디어로 특허등록이 되었다면 해당 결과물은 모두 청구법인에게 귀속되는 것이 타당한바, 쟁점특허권은 청구법인의 소유에 해당하는 것이다.

(3) 청구법인이 대표이사로부터 쟁점특허권을 취득하고 그 대가로 쟁점금액을 지급한 것은 사실상 청구법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 볼 수 있다.

(가) 쟁점특허권은 청구법인의 주업인 면ㆍ떡류 제조 및 가공과정의 향상과 신제품 개발을 위한 것으로서 직무발명에 해당하는 것으로 봄이 타당하고, 대표이사가 청구법인의 인력과 기술의 이용 없이 해당 분야의 통상적인 지식을 넘어서는 기술을 발명하였다고 보기도 어렵다.

(나) 또한 이 건을 제외하고는 다른 특허권 출원이나 매입이 없고, 2016년 쟁점특허권 출원 당시 특허법인의 수수료와 2018년 쟁점특허권의 감정평가수수료를 청구법인이 지출하였으며, 세금계산서 수취 및 비용으로 계상하였다가 특허권 등록이 완료되고 이사회 결의를 통해 쟁점특허권의 매입처리가 진행될 시점에야 일부 상환한 금융증빙을 만들어 놓았다.

(다) 쟁점특허권 매입의 이사회 결의일인 2018.12.17. 보다 이르고, 법인세 신고기한(2019.3.31.)이 도래하기도 전인 2018.11.23. 쟁점특허권을 감정평가하면서 그 목적을 정당한 가격 산출이나 이사회 제출이 아닌 “국세청 제출”로 기재하는 등 처음부터 조세회피 또는 부당행위계산부인 규정을 회피할 목적이 있었던 것이 명백하다.

(라) 따라서 청구법인이 쟁점특허권을 취득하고 대가를 지급한 것을 사실상 청구법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 쟁점금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지를 한 처분은 적법·타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 대표이사에게 지급한 쟁점금액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(4) 특허법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다.

3. “실시”란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.

가. 물건의 발명인 경우 : 그 물건을 생산·사용·양도·대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위

나. 방법의 발명인 경우 : 그 방법을 사용하는 행위

다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우 : 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용·양도·대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위

제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

제37조(특허를 받을 수 있는 권리의 이전 등) ① 특허를 받을 수 있는 권리는 이전할 수 있다.

② 특허를 받을 수 있는 권리는 질권의 목적으로 할 수 없다.

③ 특허를 받을 수 있는 권리가 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도할 수 있다.

제42조(특허출원) ① 특허를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 특허출원서를 특허청장에게 제출하여야 한다.

1. 특허출원인의 성명 및 주소(법인인 경우에는 그 명칭 및 영업소의 소재지)

2. 특허출원인의 대리인이 있는 경우에는 그 대리인의 성명 및 주소나 영업소의 소재지[대리인이 특허법인·특허법인(유한)인 경우에는 그 명칭, 사무소의 소재지 및 지정된 변리사의 성명]

3. 발명의 명칭

4. 발명자의 성명 및 주소

② 제1항에 따른 특허출원서에는 발명의 설명·청구범위를 적은 명세서와 필요한 도면 및 요약서를 첨부하여야 한다.

(5) 발명진흥법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다.

제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의해 나타나는 사실관계 등은 다음과 같다.

(가) 대표이사는 2015.1.22.부터 현재까지 청구법인의 대표이사로 재직 중으로 2016.8.17. 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점특허권을 취득하였다.

＜표3＞ 대표이사의 쟁점특허권 취득내역

(나) 쟁점특허권은 청구법인의 의뢰로 2018.11.22. 아래 ＜표4＞와 같이 감정평가법인에 의해 OOO원으로 평가되었는데, 이후 청구법인은 2018.12.17. 이사회를 개최하여 쟁점특허권에 대한 대표이사의 지분 50%를 OOO원(쟁점금액)에 매입하기로 의결하였고, 같은 날짜에 대표이사와 양도계약서를 체결하였다.

＜표4＞ 쟁점특허권의 평가내용

(단위 : 원)

(다) 조사청은 2020.8.31.부터 2020.10.19.까지 청구법인의 2017∼2019사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 아래 ＜표5＞와 같이 쟁점특허권에 대한 대표이사 부친 b의 지분 50%를 무상으로 수증하였음에도 자산을 누락한 것으로 보아 OOO원을 익금산입 및 유보처분하고 조사를 종결하였다.

＜표5＞ 조사종결보고서 상 세부내용

(라) 감사청은 2022.10.24.부터 2022.11.11.까지 조사청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있음에도 이를 대표이사에게 매입하는 방식으로 쟁점금액을 대표이사에게 부당하게 유출한 것으로 보았고, 2018사업연도 법인세 소득금액 조정내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 2018사업연도 법인세 소득금액 조정내역

(단위 : 백만원)

(마) 청구법인은 대표이사가 쟁점특허권을 청구법인과 무관하게 연구·발명하고 특허출원하여 취득한 것으로서 대표이사 개인소유의 재산권이라고 주장하며, 다음의 증빙자료를 제출하였다.

1) 특허청 공고전문에서 확인되는 쟁점특허권의 내용을 요약하면 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 쟁점특허권 내용 요약

2) 청구법인은 2016.4.1. 대표이사와 쟁점특허권과 관련하여 아래 ＜표8＞과 같이 ‘기술특허 출원 등록 합의계약서’를 작성한 것으로 나타난다.

＜표8＞ 계약서 내용 일부

3) 대표이사가 쟁점특허권의 개발과 관련하여 기계장치를 스케치한 노트의 내용(측면도·평면도)과 관련 설비의 사진은 아래 ＜표9＞·＜표10＞과 같다.

＜표9＞ 쟁점특허권 관련 기계장치를 스케치한 노트

＜표10＞ 쟁점특허권 관련 설비 사진

4) 청구법인은 2018.10.20. 대표이사에게 “2016년 기술특허출원등록합의계약서에 의한 정산비용 청구의 건”이라는 제목의 공문을 발송하여 특허등록 소요비용 OOO원의 50%인 OOO원을 대표이사에게 청구하였고, 대표이사는 2018.12.5. 해당 금액을 청구법인 계좌로 입금한 것으로 나타난다.

5) 청구법인이 2018.12.17. 쟁점특허권의 지분 50%를 대표이사로부터 취득한 후, 관련 제조설비를 설치하기 위해 공사를 진행한 내역은 아래 ＜표11＞과 같다.

＜표11＞ 제조설비 관련 세금계산서 수취내역

(단위 : 원)

6) 청구법인은 이외에 대표이사의 졸업증명서, 건강보험자격득실확인서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권의 소유권이 대표이사에게 있으므로, 처분청이 쟁점특허권의 실질적인 소유권자를 청구법인으로 보아 쟁점특허권의 취득거래를 부인한 것은 부당하다고 주장하나,

쟁점특허권을 발명하기 위해서는 시험 자재, 시험 공간, 시험 보조원 등이 필수적인 것으로 보이는바, 쟁점특허권의 발명을 위해서는 청구법인의 인적·물적 자원을 이용해야 하였을 것으로 보이고, 청구법인은 떡·면류 등을 제조하여 납품하는 업체로 청구법인의 업무과정에서 법인의 인적·물적 자원을 활용하여 이루어진 것으로 봄이 합리적인 점, 청구법인은 대표이사가 보유한 경험과 기술로 쟁점특허권을 발명하였다고 주장할 뿐, 식품공업학을 전공한 대표이사가 관련 업체에 근무한 경력 등만으로는 쟁점특허권을 연구개발할 만한 기술력을 갖추었다고 보기 어렵고, 쟁점특허권의 권리를 가지는 자가 누구인지를 밝히기 위한 개발과정 및 기술의 실현가능성·효율성을 검증한 시제품 제작 및 실험이 어떤 방식으로 어떠한 자원을 가지고 이루어졌는지와 발명의 구체적인 연구 활동을 누가 어떻게 수행한 것인지 여부를 입증하지 못하는 점, 쟁점특허권에 대표이사 개인의 아이디어가 반영되었을 수도 있으나 대표이사가 이를 넘어 쟁점특허권 개발에 있어 핵심적인 역할을 담당하였는지 여부가 불분명하고, 청구법인이 제출한 대표이사의 이력 및 계약서 등을 근거로 대표이사가 쟁점특허권을 개발한 것으로 인정하기에는 부족해 보이며, 그 밖에 연구개발을 위한 비용지출내역 등 객관적인 증빙자료가 확인되지 않는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권의 실질소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 쟁점금액을 대표이사에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.