이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO.가 100% 투자한 자회사로, 1998.4.17. 고성능 금속절삭기구OOO의 제조 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 청구법인은 설립 이후 수 차례 증자(외국인투자)를 한 결과, 그 과정에서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2 에 따라 법인세를 감면받았는데, 2016, 2017사업연도 법인지방소득세를 신고·납부하면서 조특법에 따른 감면을 적용하지 아니하고

「법인세법」제13조

에 따라 계산한 ‘법인세 과세표준’을 법인지방소득세 과세표준(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원)으로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 각 신고·납부하였다.

＜표1＞ 법인지방소득세 신고·납부내역

OOO

다. 이후 청구법인은 2022.4.21.

조특법 제121조의2

에 따라 감면받은 법인세에 따라 법인지방소득세도 감면이 적용되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청들은 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

＜표2＞ 거부처분내역

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2014.1.1. 법률 제12153호로 「지방세법」이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고.납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 됨에 따라 청구법인과 같이 조특법에 따라 법인세를 감면받은 경우는 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세도 감면 효과를 보았으나, 2014.1.1. 「지방세법」이 개정되어 지방소득세를 법인세액에 연동되지 아니하고 독립하여 계산하는 방식으로 전환된 후로는 법인지방소득세에 대해 조특법에 따른 세액감면을 적용할 수 없게 되었다.

청구법인은 2008.12.8., 2011.8.22. 기획재정부 장관으로부터

조특법 제121조의2

규정에 따라 외국인투자에 대한 조세감면결정을 받았고 이를 근거로 청구법인은 승인된 투자금액에 대하여 7회에 걸쳐 유상증자OOO를 하였는바, 이 건 외국인투자를 결정ㆍ이행함에 있어 법인세 이외에도 이에 부가되는 법인지방소득세도 감면을 받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었고 이러한 신뢰는 개정 전 위 조세감면결정에 기인한 정당한 것이었다.

따라서 개정 「지방세법」 부칙 제15조에서 경과규정대로 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 대하여는 종전의 규정을 적용하도록 하였으므로 이 건과 같이 종전 규정에서 세액감면을 받을 것으로 정해져 있었고, 적어도 기획재정부 장관으로부터 조세감면결정을 받은 이 건에 대해서까지 개정된 「지방세법」을 소급 적용하는 것으로 해석한다면 이는 부당하므로 종전 규정대로 세액감면을 계속 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

납세의무가 성립하기 전 원인행위 시 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 마땅히 보호되어야 할 것(대법원 2001.5.29. 선고, 98두13713 판결, 같은 뜻임)이 아니므로,

2014.1.1.이전에는 「지방세법」상 법인세분 지방소득세가 법인세 납부세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 각종 감면이 적용된 법인세 납부세액을 기준으로 법인세분 지방소득세를 산출하는 결과 지방소득세에서도 법인세 감면의 반사적 효과를 보았던 것이며,

지방세법령상 지방소득세 관련 규정에 따른 법률효과가 아니므로, 이를 개정 「지방세법」 부칙 제15조에서 종전 규정의 적용대상으로 정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세감면결정이 있는 건에 대하여 부여된 조특법상 법인세 세액감면효과는 2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조(일반적 경과조치)에 따라 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에도 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)　청구법인은 2008.11.24., 2011.8.5. OOO에게 외국인 투자사항에 대한 조세감면 신청을 하였고, OOO은 2008.12.8., 2011.8.22. 아래 ＜표3＞과 같이 청구법인에 대한 조세감면 결정을 하였다.

＜표3＞ 조세감면 결정내용 중 발췌

OOO

(2) 이후 청구법인은 위 조세감면결정(2회)에 따라 승인된 투자금액에 대하여 7회에 걸쳐 OOO원의 유상증자를 하였다.

(3) 청구법인은 2016, 2017사업연도 법인세 신고·납부 당시,

조특법 제121조의2

에 제2항에 따른 외국인투자에 대한 감면액 등을 차감하여 계산한 법인세를 신고·납부하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 이 건 외국인투자를 결정ㆍ이행함에 있어 법인세 이외에도 이에 부가되는 법인지방소득세도 감면을 받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었고 이러한 신뢰는 개정 전 위 조세감면결정에 기인한 정당한 것이므로 2014.1.1.「지방세법」개정 후에도 이러한 신뢰는 보호되어야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 「지방세법」이 개정되기 전에는 법인세분 지방소득세를 산정함에 있어 법인세 납부세액을 지방소득세의 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산정함에 따라 법인세 감면에 따른 세액감소 효과를 보았다 하더라도 이는 간접적인 효과에 불과한 점,

이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에서 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데 2014.1.1. 개정 후 지방세법령에서 외국투자기업 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 조특법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 제2항에 따라 외국투자기업에 대한 법인세 감면에 따라 법인세분 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점,

청구법인이 주장하는 이 건 조세감면결정서 내용에는 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 감면한다고 결정만 할 뿐 법인지방소득세까지 감면한다는 내용이 없는 점 등에 비추어, 처분청들이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」제96조

제7항과

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다.

구분

세율

소득세분

법인세분

소득세액의 100분의 10

법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제89조(납세지 등) ① 지방소득세의 납세지는 다음 각 호와 같다.

2. 법인지방소득세 : 사업연도 종료일 현재의

「법인세법」 제9조

에 따른 납세지. 다만, 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우에는 각각의 사업장 소재지를 납세지로 한다.

② 제1항 제2호 단서에 따라 둘 이상의 지방자치단체에 법인의 사업장이 있는 경우 또는 각 연결법인의 사업장이 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 법인지방소득세를 안분하여 그 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 각각 신고납부하여야 한다.

제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은

「법인세법」 제13조

에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득,

「법인세법」 제56조

및

「조세특례제한법」제100조의32

제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

부 칙

제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제92조 제2항, 제103조의3 제4항의 개정규정은 2020년 1월 1일부터, 제103조의 20 제2항의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행하며, 제103조의29의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 법인세법

제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[

「조세특례제한법」 제6조

제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나

「국세기본법」 제45조

에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

② 제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다.

1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액

2.

「조세특례제한법」 제132조

에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액

제76조의13(연결과세표준) ① 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제3항제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

1. 각 연결사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

2. 이 법과 「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

3. 이 법과 「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

② 제1항 제1호에서 “연결사업연도의 결손금”이란 제76조의14 제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득이 0보다 적은 경우 해당 금액으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나,

「국세기본법」 제45조

에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금과 제76조의14제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 해당 연결사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는 처분손실을 말한다.

③ 제1항 제1호에 따라 결손금을 공제하는 경우 다음 각 호의 결손금은 해당 각 호의 금액을 한도로 공제한다.

1. 연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금 : 각 연결사업연도의 소득 중 해당 연결법인에 귀속되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득금액(이하 이 조에서 “연결소득 개별귀속액”이라 한다)

2. 연결모법인이 적격합병에 따라 피합병법인의 자산을 양도받는 경우 합병등기일 현재 피합병법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 법인만 해당한다)의 제13조 제1항 제1호의 결손금 : 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득

3. 연결모법인이 적격분할합병에 따라 소멸한 분할법인의 자산을 양도받는 경우 분할등기일 현재 소멸한 분할법인의 제13조 제1항 제1호의 결손금 중 연결모법인이 승계받은 사업에 귀속하는 금액 : 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 소멸한 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득

④ 제1항에 따른 결손금, 비과세소득, 소득공제액의 공제 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서

「외국인투자 촉진법」 제27조

에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. 산업지원서비스업 : 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업

나. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업

②

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호·제2호 및 제121조의4 제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.