이유
1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 소재의 연립주택 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축을 위해 2001.12.24. 멸실하고, OOO 소재의 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일, 2003.11.4. 소유권보존등기일)하여 보유하다가 2009.6.23. 양도한 후

「조세특례제한법」제99조의3

에 따라 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면 신청하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 2014.2.17. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.4.22. 이의신청을 거쳐 2014.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)

「조세특례제한법」제99조의3

에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 전액 감면하고 5년이 지나 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것으로 국세행정이 관행적으로 이루어졌으며, 이에 대해서는 종전예규OOO에서도 동일한 취지로 해석하고 있으므로 처분청이 이후 생산된 예규OOO를 근거로 양도소득세를 부과한 것은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이다.

(2) 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당하지 아니하여도 청구인은 납세의무를 성실하게 이행하였으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)

「조세특례제한법」제99조의3

에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정 적용시 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상이 되는지에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 규정하고 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아니고, 종전예규가 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당한다고 직접적으로 표명하였다고 보기 어렵고, 새로운 예규가 종전예규의 해석을 변경하였다기 보다 오히려 양도당시 시행되던 법령을 명확히 해석한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니며, 종전예규 이후에 생산된 예규들은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 일관되게 해석하고 있어 이 건 부과처분이 신의성실 및 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이라 볼 수 없다.

(2) 가산세 감면의 정당한 사유로 납세자의 고의·과실, 법령의 부지 또는 오인은 해당되지 아니하는데, 이 건의 경우 청구인에게 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우며 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있으므로 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 고지한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당된다는 비과세관행이 성립하였고 종전예규가 동일한 취지로 해석한 것인지 여부

② 납부불성실가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이

「소득세법」제89조

제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.3.26. 대통령령 제22085호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은

「소득세법」 제95조

제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는

「법인세법」 제99조

제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{

양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당

시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(4) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것)

제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

제47조의5【납부·환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만,

「인지세법」 제8조

제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다.

납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터

자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에

대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택과 신축주택의 등기부등본에 의하면, 청구인은 OOO 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재건축을 위해 OOO. 이를 멸실하고, 신축주택을 OOO 취득하여 보유하다가 OOO 양도한 것으로 확인된다.

(2) 국세청 예규OOO는 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 구조조정대상 부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며 취득시기는 사용검사필증교부일이 되는 것이라고 해석하고 있고, 이후 생산된 관련 예규OOO에서는 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례

제한법」제99조의3

규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 되어 있다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구인은 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의

양도소득금액이 감면대상에 해당된다는 비과세관행이 성립하였고 국세청 예규가 동일한 취지로 해석하고 있다고 주장하나,

「조세특례제한법」제99조의3

제1항에서 신축주택의 취

득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득

금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로

규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일

전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상으로 볼 수 없으며,

국세청 예규의 내용은 양도소득금액 계산과 신축주택 취득시기에 대한 해석으로 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 답변한 내용이 아닌 점, 이후 생산된 예규에서는 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례

제한법」제99조의3

규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 명확히 해석하고 있는 점 등에 비추어

종

전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이

감면대상에 해당된다는 비과세관행이 성립하였다거나 신의성실 및 소급과세금지 원칙을 위반하였다고 인정할 수 없다

(조심 2013서3215, 2013.10.14., 조심 2013서3711, 2013.11.19. 외 다수, 같은 뜻임)고 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 당초 정상적으로 양도소득세를 신고·납부하였으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,

납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로

하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만,

세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는

정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은

것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로,

청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에

대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은

잘못이 없는 것(조심 2012서4990, 2012.12.31. 외 다수

같은 뜻임)

으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.