이유
1. 원처분개요 가. 청구법인은 하이샷시 제조업을 영위하는 법인으로 90.8.11 경기도 용인군 내사면 OO리 OOOOOOO외 3필지 전·답 5,260㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 같은리 OOOOO 임야 2,965㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 취득하고, 91.5.26 쟁점외토지위에 공장건물을 착공하여 91.12.26 준공하고, 92.10.20 그 공장에 입주하였다. 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후 쟁점외토지위에 공장을 준공하여 92.10.20 입주하기 전까지는 쟁점토지를 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 그 차입금 지급이자 90.1.1～90.12.31 사업년도분 7,350,701원, 91.1.1～91.12.31 사업년도분 24,018,946원, 92.1.1～92.12.31 사업년도분 21,900,422원을 당해 사업년도에 손금불산입하고 93.8.16 청구법인에게 90.1.1～90.12.31 사업년도 법인세 23,480,380원 및 동 방위세 3,867,670원, 91.1.1～91.12.31 사업년도 법인세 6,580,870원, 92.1.1～92.12.31 사업년도 법인세 8,796,180원을 부과하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 93.10.15 심사청구를 거쳐 94.1.13 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 ① 청구법인은 쟁점토지와 쟁점외토지를 90.8월에 취득하여 원자재 및 완제품의 야적장으로 사용하다가 쟁점외토지위에 91.5월 공장을 착공하여 준공하고 92.10월 그 공장에 입주하였는 바, 청구법인의 생산제품 특성상 그 원자재가 입고되어 완제품 생산후 출하되기까지는 최소한 2,500평 정도의 야적장이 소요되는데 확보된 야적장으로는 협소하여 공장진입로에 위치한 타인의 토지까지도 일부 사용하고 있는 실정이며, 처분청에서 비업무용으로 본 쟁점토지는 현공장이 속해있는 쟁점외토지와 인접한 토지로 지목상 전·답이나 취득당시부터 사실상 야적장으로 사용한 토지로 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제18호에 규정한 야적장에 해당되므로 비업무용부동산으로 본 처분은 부당하다. ② 설사, 쟁점토지를 비업무용부동산으로 본다 하더라도 90.1.1～90.12.31 사업년도의 각 사업년도 소득을 경정하여 결정한 것은 잘못된 것이고 91.1.1～91.12.31 사업년도의 추가납부세액으로 과세하여야 하는 것이며, 동 추가 법인세액에 대한 과소납부가산세는 동 유예기간이 경과한 날이 속하는 사업년도 법인세의 법정신고 납부기한 다음날로부터 기산하여야 한다. 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 91.5.26 공장신축공사를 시작하여 91.12.26 준공하고 각종 기계설비의 설치를 마친후 92.10월 공장을 이전한 점과 용인군수로부터 야적장 및 공장진입 도로로 사용하기 위한 토지를 93.2.25에 국유재산 대부계약을 체결한 사실 그리고 쟁점토지가 원래 전·답인 것을 성토하여 야적장으로 사용하는데 대하여 93.5.26과 93.6.7 2회에 결쳐 용인군수로부터 불법 전용농지 원상복구 지시를 받았는 바 동 지시문에서 불법전용행위일을 92.10.17로 보고 있는 점 등으로 보아 청구법인이 쟁점토지를 야적장으로 사용한 것은 공장이전일 이후일 것으로 보여지므로 쟁점토지 취득일로부터 공장이전일까지는 비업무용부동산에 해당된다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부 ② 비업무용부동산에 해당될 경우 처분청의 과세방법이 정당한지 여부 나. 쟁점①에 대하여 (1) 법인세법 제18조의3 제1항 제1호 및 같은법시행령 제43조의2 제1항 제1호에서 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고, 같은법시행규칙 제18조 제3항 제1호에서는 부동산(제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월( 지방세법시행령 제84조의4 제1항에 규정된 공장용 부지의 경우에는 2년, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산이 비업무용부동산으로 규정되어 있다. (2) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 때부터 야적장으로 사용하였다고 하면서 OO리 이장 OOO의 확인서등을 제시하나, 내사면장의 93.5.26자 불법전용농지 원상복구지시공문을 보면 청구법인은 쟁점토지를 92.10.17부터 야적장으로 사용한 것으로 확인될 뿐만 아니라 쟁점토지가 원자재나 제품의 야적장으로 사용되기 위해서는 그 원재료를 사용할 수 있는 공장이 가동되고 제품이 생산되어야 하는데 쟁점토지 인근에 위치한 쟁점토지위에 공장건물을 신축하여 청구법인이 그 공장에 입주한 것은 92.10월 이후이고 신축공장에 입주하기전에 쟁점토지를 야적장으로 사용한 사실을 객관적으로 알 수 있는 증빙자료는 없으므로 쟁점토지를 취득한 때부터 야적장으로 사용하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 다. 쟁점②에 대하여 (1) 법인세법시행규칙 제18조 제7항에서 “제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날로부터 비업무용부동산으로 본다. 이 경우 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도 이전 사업년도의 지급이자 및 영 제30조 제1호의 규정에 의한 유지·관리비를 손금에 산입하지 아니하는 때에는 다음 각호의 방법에 의하여 계산하여 증가하는 세액중 하나를 선택하여 동 세액을 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도의 법인세에 가산하여 납부한다”고 규정되어 있고, 그 제1호와 제2호를 규정하고 있다. (2) 청구법인은 쟁점토지를 90.8.11 취득하였고 쟁점토지는 건축물 또는 시설물이 없는 토지이므로 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정에 의하여 취득한 후 1년인 91.8.11까지 당해 부동산을 직접 업무에 사용하지 아니하여 취득한 날부터 비업무용부동산으로 보게 되나, 그 추가납부할 법인 세액은 취득후 1년이 경과된 날(91.8.11)이 속하는 사업년도인 91.1.1～91.12.31 사업년도의 법인세에 가산하여 납부하는 것이고, 처분청 조사서에 의하면 90.1.1～90.12.31 사업년도의 쟁점토지관련 지급이자손금불산입금액은 7,350,701원으로 확인되는 바, 청구법인이 취득후 1년이 경과된 날이 속하는 사업년도의 법정신고기한내인 92.3.31까지 위 7,350,701원의 추가납부할 법인세액을 법인세에 가산하여 신고납부하지 아니하여 처분청이 경정을 하는 경우에도 91.1.1～91.12.31 사업년도의 법인세에 가산하여 징수하여야 함에도 처분청이 90.1.1～90.12.31 사업년도의 법인세를 경정한 것은 관련법령을 오해한 처분으로 이부분 청구주장은 이유가 있다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.