이유
1.처분개요 가. 처분청은 2019년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인 소유의 OOO토지상의 종교교육용 건축물 1,197.36㎡(명칭 : OOO지하 1층.지상 4층 규모로 부속토지 1,324.80㎡를 포함하여 이하 “쟁점신학원”이라 한다)가 종교용으로 사용되지 아니한 것으로 보아, 2019.8.16. 등에 쟁점신학원의 시가표준액에 공정시장가액비율(70%)을 곱하여 산정한 금액(건축물 OOO토지 OOO)을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제111조 제1항 제1호 및 제2호의 세율을 적용하여 산출한 재산세 등 OOO을 청구법인에게 부과.고지하였다. 나. 청구법인은 이에 불복하여, 2019.11.13. 이의신청을 거쳐 2020.3.17. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1) 청구법인은 1950년경 전도ㆍ종교교육ㆍ구호자선 등의 사업을 영위하기 위해 설립된 단체로서 본인 소속으로 쟁점신학원을 설치하하고 주무관청으로부터 1969.6.18. 사설강습소로, 2011.11.18. 교습용 학원시설로 등록인가를 받았다. 청구법인은 쟁점신학원을 통해 매년 신학생을 모집하여 해외선교.외국현지 교역자를 양성하고 있으며 그 간 3,771명의 선교사(목사)를 양성하였다. 「지방세특례제한법」 제50조 제2항에서 종교단체(제3자가 사용하는 것도 포함)가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제한다고 규정하고 있고 청구법인의 쟁점신학원과 같이 선교사 양성활동도 종교활동의 범위에 포함된다는 법원판결(수원지방법원 2018.8.21. 선고 2018구합63168 판결, 같은 뜻임)과 주무관청의 등록여부와 상관없이 종교활동을 영위하고 있다면 종교단체로 보아야 한다는 선결정례(조심 2018지602, 2018.7.6., 같은 뜻임)가 있는바, 쟁점신학원이 비록 「학원의 설립.운영 및 과외교습에 관한 법률」 규정에 따른 교습학원시설로 인가를 받았다 하더라도 위 법원판례와 같이 종교용도인 해외선교사 양성활동(전도사업)에 직접 사용하고 있었음에도 처분청은 청구법인이 쟁점신학원을 종교용에 직접 사용되지 않는 것으로 보아, 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다. (2) 처분청은 쟁점신학원의 교습과정 중 일반인을 상대로 외국어(영어.일본어.중국어) 및 심리상담 과정이 포함되어 있으므로 이는 수익사업에 해당한다는 의견에 대해서도, 청구법인의 목적사업(전도사업)을 영위함에 있어 현지 언어 습득과 해외 선교사의 설교능력을 함양하는데 외국어 및 심리상담과정은 반드시 필요한 과정이다. 다만, 쟁점신학원 모집요강에 일반인을 모집한다는 내용이 일부 포함되어 있으나 실제로는 일반인이 수강한 사실은 없다. 또한, 청구법인이 신학생으로부터 등록금을 받고는 있으나 그 비용만으로 쟁점신학원을 운영함에 있어 매년 적자가 발생하고 있어 후원금 등을 통해 그 적자를 보충하고 있는 실정이며, 이러한 사정을 고려하여 쟁점신학원은 2011.11.22. OOO세무서장으로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인단체로 지정OOO을 받은 사실이 있다. 그럼에도 처분청은 청구법인이 쟁점신학원을 통해 영리목적의 수익사업을 한다고 보아 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다. (3) 처분청은 2011.7.12. 엄격한 심사를 통해 쟁점신학원이 종교활동을 영위하는 것으로 보아 취득세 및 재산세에 대한 감면결정을 하는 공적견해 표명을 하였는바, 처분청은 처음부터 쟁점신학원이 종교활동을 영위하고 있다는 것을 알고 있었음에도 2019년에 이르러 쟁점신학원이 종교용으로 사용되지 않는 것으로 보아, 그 간의 감면결정을 취소하고 이 건 재산세 등을 부과한 것은 신의성실 원칙을 위반한 부당한 처분이다. 나.처분청 의견 (1) 쟁점신학원은 주문관청으로부터 「학원의 설립·운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 학원시설로 인가를 받아 OOO(학교), 대학원(원부), 박사원 과정을 운영 중이고, 건축물대장상의 용도도 제2종근린생활시설(학원)로 기재되어 있으며, 처분청 담당공무원이 현지에 출장하여 확인한 바에 따르면, 쟁점신학원은 일부 예배당.기도실.성가대실을 제외한 나머지 부분인 강의실, 열람실, 원장실, 교무실 등을 학원교습시설로 이용하고 있는 것이 확인되었다. 따라서 청구법인은 종교목적과 직접 관련 있는 예배당, 기도실 등을 제외한 나머지 시설인 쟁점신학원에 대해서는 「지방세특례제한법」 제50조 제2항에 따른 재산세 감면대상으로 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다. (2) 청구법인은 쟁점신학원 수강생(신학생)으로부터 받은 등록금 등이 실비변상적인 성격이라고 주장하나, 이러한 등록금 등이 최소한의 비용이라는 입증책임은 납세자(대법원 1996.4.26. 선고 94누1278 판결, 같은 뜻임)에게 있는 것이며 외국어 및 심리상담과정 개설과 그 강의료는 종교 사업 또는 고유의 사업목적을 위한 실비 수준의 용역제공이라고 보기 어렵다는 법원판결(대법원 2019.5.10. 선고 2019두32405 판결, 같은 뜻임)이 있었는바, 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다. (3) 청구법인은 쟁점신학원의 재산세 등을 처분청이 2011년 이래로 감면결정을 하였다가 2019년에 이르러 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 재산세는 당해 물건을 보유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하므로 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 이용 상황에 따라 과세구분을 하여야 할 것이며, 이러한 재산세 특성상 사전에 견해를 표명하는 것은 어려우며, 그 간 재산세 등을 감면하였다는 사실만으로 처분청의 공적인 의사표시라고 할 만한 이유도 없으므로(조심2015지512, 2015.4.10., 같은 뜻임) 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가. 쟁 점 종교단체가 쟁점신학원을 종교용도로 직접 사용하고 있으므로 재산세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 참조 다.사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 전도.종교교육.구호자선.회관임대사업 등을 영위하기 위하여 1961.5.3. 설립된 것으로 나타난다. (나) 쟁점신학원은 청구법인 소속단체로서 1969.6.18. 서울특별시 교육위원회로부터 사설강습소(수용인원 160명) 설립인가를, 2011.11.18. 서울특별시 서부교육지원청교육청으로부터 평생직업교육 학원시설용 교습과정(수용인원 225명)을 운영하는 학원등록을, 2011.11.22. OOO세무서장으로부터 비영리법인단체 지정(고유번호 OOO)을 각각 받았다. (다) 청구법인은 2011.6.16. 증여를 원인으로 쟁점신학원을 취득(2011.5.12.)한 후, 「지방세특례제한법」 제50조 규정에 따른 종교단체가 종교행위에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하였고, 2011.7.12. 처분청으로부터 감면결정을 받았다. (라) 쟁점신학원의 정관을 보면, 해외선교.외국 현지 교역자 양성 등을 위하여 청구법인 산하에 쟁점신학원을 설립(제1조)하였고, 쟁점신학원은 청구법인 회계(교회)와는 별도로 매년 3월 1일부터 익년 2월 말까지를 학교에 속하는 회계로 구분(제5조)하였고, 쟁점신학교 내에 기획실.교무처.사무처.교목실.도서실 등의 하부조직을 설치(제25조)한 것으로 나타난다. (마) 청구법인(총회장 OOO)은 2018.1.4. “쟁점신학원은 민법 제32조 에 따라 등록된 청구법인 소속 신학원으로 목회자(목사, 선교사, 전도사 등)를 양성하는 비영리 교육기관임을 증명한다”라는 내용의 소속증명서를 발급하였다. (바) 쟁점신학원(평생교육원)이 작성한 평생교육 전문상담사 수강생 및 2018학년도 신입생 등 모집안내 주요 내용은 다음과 같다. (사) 2014년~2018년 법인장부(결산서)에 의하면, 쟁점신학원은 수강생 등록금.장학금 등을 수입원으로 하여, 교직원 인건비.운영비 등을 지출하였으며, 위 기간 동안에 매년 최소 OOO(2015년)에서 최대 OOO(2018년)까지 손실이 발생한 것으로 나타난다. 세부 결산현황은 다음의 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 년도별 쟁점신학원 결산현황(주요 항목 발췌) (단위 : 원) (아) 건축물대장에 의하면, 쟁점신학원은 지하 1층.지상 4층 규모의 연면적이 1,515.63㎡인 건축물로서 그 용도가 지하 1층, 지상 1층(대강당.원생실.부서실.관리실.상담실.도서실 등 597.01㎡), 지상 2층(교무실.원장실.사무실.강의실 2개 등 318.96㎡), 지상 3층(강의실 3개 등 317.71㎡), 지상 4층(성가대실.강의실.대기실.창고 등 157.37㎡)은 제2종근린생활시설(학원, 사무소)인 것으로 나타난다. (자) 처분청은 2016.9.10. 청구법인에게 쟁점신학원에 대한 2016년 7월분 주민세(재산분) OOO부과하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.15. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 2017.10.10. 쟁점신학원은 종교용 시설이 아니라는 이유로 기각 결정(조심 2017지123, 2017.10.10.)하였고, 이후 청구법인은 법원소송을 제기하였고, 대법원은 2019.5.10. 같은 이유로 기각 결정(2019.5.10. 선고, 2019두32405 판결)을 하였다. (차) 처분청 담당공무원이 2019.7.17.부터 2019.7.18.까지 현장을 방문한 후2019.7.23. 작성한 출장복명서에 의하면, “쟁점신학원은 4층 규모의 건축물로서 상호는 OOO으로, 용도는 학원시설용으로 등록되어 있고, 일부 등록금.교습비 등을 수령하는 것으로 보아 교육서비스업 용도로 사용하는 것으로 확인된다”고 기재되어 있다. (카) 통계청장이 고시한 한국표준산업분류표(2007-53호)에 의하면, 교습학원은 업종이 교육서비스업(분류번호 8550)인 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 「지방세특례제한법」 제50조 제2항에서 종교단체 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 등을 면제한다고 규정하면서 그 단서에서 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점신학원이 종교시설에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 2011.11.18.부터 쟁점신학원을 「학원의 설립·운영 및 과외교습소에 관한 법률」 제6조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조 제2항에 의하여 OOO으로 등록하였고 종교단체로 등록한 사실이 없는 점, 신입생 모집요강에 의하면 쟁점신학원은 학원생(신학생.대학원 재학생.교역자.일반인)들로부터 교습비 명목으로 수강료OOO를 수령한 점, 처분청이 현지를 출장하여 확인한 바에 따르면 쟁점신학원은 종교활동 등을 할 수 있는 최소한의 예배시설 등이 갖추어져 있지 않았다고 밝히고 있는 점, 통계청장이 고시한 한국표준산업분류표에 의하면, 교습용학원은 업종을 교육서비스업으로 분류하고 있는 점, 처분청이 쟁점신학원에 대하여 이 건 재산세 등을 부과하기 이전에 취득세 및 재산세를 감면결정 하였다는 사실만으로 청구법인이 주장하는 것처럼 공적견해 표명을 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 2019년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점신학원을 종교 목적으로 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. "수익사업"이란 「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세( 「지방세법」 제112조 에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. (2) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업 (4) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (5) 부가가치세법 시행령 제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 (6) 부가가치세법 시행규칙 제34조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) ① 영 제45조 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. (7) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조(공익법인등의 범위) 법 제16조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 바목에 따른 지정기부금단체등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다. 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 (8) 학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률 제6조(학원 설립ㆍ운영의 등록) ① 학원을 설립ㆍ운영하려는 자는 제8조에 따른 시설과 설비를 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 설립자의 인적사항, 교습과정, 강사명단, 교습비등, 시설ㆍ설비 등을 학원설립ㆍ운영등록신청서에 기재하여 교육감에게 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 교습과정, 강사명단, 교습비등, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.