이유
1. 처분개요 청구법인은 2004.8.21. 개업하여 냉난방기 도소매 및 설치업을 영위하는 법인으로서 냉난방기 설치공사와 관련하여 2006년 2기 투투냉난방(사업자 OOO, 이하 쟁점거래처 이라 한다)으로부터 교부받은 세금계산서 7매, 공급가액 41,123,500원(이하 쟁점세금계산서 라 한다)의 매입세액 4,112,350원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 2006년 2기 세금계산서합계표 불부합자료에 의하여 쟁점세금계산서는 폐업자와 거래한 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액 불공제하고 2007.10.1. 청구법인에게 2006년 2기 부가가치세 4,943,040원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2008.4.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 주로 LG전자의 냉난방기를 설치ㆍ판매하면서 설치공사는 재하청을 주고 있는 바, 쟁점세금계산서는 이전부터 다른 하도급업체에서 직원으로 근무하던 OOO이 쟁점거래처를 개업하여 OOOOOOOO(이하 쟁점공사 라 한다) 등의 냉난방기 설치공사를 하도급하고 교부 받은 것으로, 쟁점거래처와 계약시 사업자등록증을 통하여 정상적인 사업자임을 확인하였고, 계약내용에 따라 공사완공 후 결제대금을 송금하여 실제 거래한 사실이 확인됨에도 단지 쟁점거래처가 형식상 폐업되었다 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 쟁점거래처는 폐업신고 후 부가가치세 신고사실이 없고, 청구법인이 국세청 홈페이지 등을 통하여 쟁점거래처의 정상사업자 여부를 확인할 수 있었음에도 이러한 절차를 이행하지 아니한 채 쟁점세금계산서를 수취한 것은 최소한의 주의의무를 다하였다고 보기 어려우므로 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 폐업신고서를 제출한 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제5조 【등 록】 ① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. ② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다. ④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다. ⑤ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다. ⑥ 사업장 관할세무서장은 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자등록증을 갱신ㆍ교부할 수 있다. (2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 쟁점세금계산서는 쟁점거래처의 폐업이후 교부한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 매입세액 불공제하고 부가가치세를 과세하였다. (2) 청구법인은 공사계약 당시 쟁점거래처로부터 사업자등록증을 제시 받아 정상사업자임을 확인하였고, 계약내용에 따라 공사완료 후 거래대금을 지급하고 세금계산서를 수취하여 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하며 쟁점거래처 사업자등록증 사본, 공사도급계약서, 대금결제 내역서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인이 냉난방기 설치공사 하도급과 관련하여 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서 및 대금결제 내역은 아래와 같다. OOOOOOOOOOO O OOOO OOOOOOOO (OO O OO) (나) 쟁점거래처는 2006.6.30. OO세무서에 폐업신고서를 제출하였고, 국세청 홈페이지에 쟁점거래처의 폐업일이 게재된 날은 2006.7.3.( 폐업자료는 매주 월요일에 갱신)로 나타난다. (다) 청구법인이 제출한 공사도급계약서(쟁점거래처의 냉난방기 설치공사 중 4건)에 의하면, OOOOOOOOOO 계약일은 2006.7.1.로 국세청 홈페이지상 쟁점거래처의 폐업 공시일 이전이고, 청구법인이 분실을 이유로 공사도급계약서를 제시하지 못하고 있으나 쟁점세금계산서 중 OOOOO 공사에 대한 세금계산서가 제일 먼저 교부된 점을 감안할 때, 쟁점공사 계약이전에 OOOOO 공사계약이 체결된 것으로 보이며, 청구법인에 냉난방기를 공급하고 있는 OOOO의 감리정보에 의하면 쟁점거래처의 폐업신고 이전인 2006.6.29.에 쟁점거래처의 선배관 및 드레인 공사가 진행중인 사실이 확인되므로 쟁점공사 등의 계약당시 사업자등록증을 제시 받아 쟁점거래처를 실제 사업자로 확인하였다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있는 것으로 판단된다. (라) 또한, 쟁점공사 계약이후 나머지 공사계약(OOOOO O OOOOOOOOOO, OO OOOOO O OOOOOOOOOO, OOOOO O OOOOOOOOO.) 및 쟁점세금계산서의 교부(2006.8.3.∼2006.8.23.)가 쟁점거래처의 폐업 신고일과 가까운 시기에 이루어져 청구법인이 쟁점거래처의 폐업 여부를 다시 확인하지 아니한 것으로 보인다. (3) 살피건데, 사업자등록이 말소된 경우에는 세금계산서를 교부할 수 없으므로 폐업자가 교부한 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이나, 쟁점공사 계약일은 2006.7.1.로 쟁점거래처의 폐업일이 공시되기 이전이므로 공사 계약당시 청구법인이 쟁점거래처의 폐업여부를 확인하기 어려웠던 것으로 보이는 점, 쟁점거래처의 폐업신고일을 전후하여 쟁점공사를 포함하여 쟁점거래처 1개 업체로부터 연속적으로 일련의 공사를 하는 경우 최초 공사시 정상사업자 여부를 확인하면 그 이후 시행하는 개별 공사마다 정상사업자인지 여부를 확인하기는 현실적으로 어려운 점 등으로 볼 때, 쟁점세금계산서 교부당시 청구법인이 쟁점거래처의 폐업사실을 알지 못한 책임을 묻기는 어려운 것으로 인정되므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.