이 건 과세처분은 관련 규정에 따른 것으로 적법함

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2018년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 주택(56건), 종합합산과세대상토지(713건), 별도합산과세대상토지 (536건)를 보유하고 있는 종합부동산세 납세의무자로서, 2018.9.28. 2018년 귀속 종합부동산세와 관련해서 합산배제 대상주택에 관한 합산배제신고서를 제출하였다. 나. 처분청은 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 및 제5조의3에서 규정한 산식(이하 “쟁점산식”이라 하고, 해당 규정을 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 청구법인의 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 산정하여, 2018.12.15. 청구법인에게 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정·고지하였다(이후 4차례의 수시부과·환급 등을 거쳐 확정된 세액은 OOO원이다). 다. 청구법인은 2023.7.5. 쟁점규정은 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 과소 공제하고 있으므로 무효인 규정에 해당한다고 주장하며, 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.8.23. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.1. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점규정을 적용한 종합부동산세 산출방식은 이중과세에 해당한다. (1) 동일한 과세대상에 대하여 보유세인 재산세와 종합부동산세를 중복하여 과세하는 것은 이중과세에 해당되므로, 「종합부동산세법」은 종합부동산세액을 산정할 때에 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하여 이중과세를 방지하고 있고, 그 구체적인 계산방법을 시행령에 위임하였다. (가) 「종합부동산세법 시행령」에 따르면 공제할 재산세액은 아래와 같은 산식(쟁점산식)으로 계산하도록 되어 있다.

해당부동산의 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	(감면 후 공시가격-과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 세율
		대상 부동산을 합산하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(나) 「종합부동산세법」 제9조 제3항과 제14조 제3항 및 제6항은 종합부동산세액에서 해당 재산의 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하고, 같은 법 제9조 제4항 및 제14조 제7항은 재산세로 부과된 세액의 산정방법 등 기술적 사항을 시행령에 위임하였는데, 쟁점규정은 재산세의 공정시장가액비율 및 종합부동산세의 공정시장가액비율을 모두 적용하도록 하여 재산세를 과소공제하고 있으므로 위임입법의 범위를 벗어난 위법·무효인 규정이므로 정당한 세액을 초과하는 부분에 대한 과세처분은 취소되어야 한다. (2) 대법원은 “법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하는 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 한다”고 하여 “공제되는 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율×재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다”고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다. (3) 위 대법원 판결 이후 2015.11.30. 개정된 쟁점규정은 기존 시행규칙 산식을 시행령으로 끌어올려 규정한 것에 불과하므로 구속력을 인정할 수 없다. (4) 따라서 쟁점산식에 따라 종합부동산세에서 공제할 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 계산하는 것은 이중과세에 해당하므로, 공제받지 못한 재산세 등의 환급과 관련된 이 건 경정청구 거분처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 「종합부동산세법」 제8조 및 제13조에 의하면 과세기준금액을 초과한 공시가격(공시가격 - 종합부동산세 과세기준금액)에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 산정하고 있고, 같은 법 제9조 제3항과 제14조 제3항 및 제4항에는 ‘과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 재산의 재산세로 부과된 세액은 종합(별도)합산세액에서 이를 공제한다’고 규정하여 종합부동산세액에서 부과된 재산세 상당액을 공제하는 것으로 규정하고 있다. 또한 같은 법 제9조 제4항 및 제14조 제7항에서 종합부동산세액의 계산에 있어서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하여 구체적인 계산방법을 대통령령에 위임하고 있고, 2015.11.30. 개정된 같은 법 시행령 제4조의2와 제5조의3에서 그 계산방법을 명확히 하고 있는바, 청구주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것) 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. ④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. ⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29524호로 개정되기 전의 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. ② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ①법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - 6억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」 제109조 제2호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」 제111조 제1항 제3호에 따른 표준세율
		주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」 제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」 제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율
		종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」 제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」 제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율
		별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. 1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지 2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (4) 지방세법 시행령(2022.6.30. 대통령령 제32747호로 개정되기 전의 것) 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다. 1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70 2. 주택: 시가표준액의 100분의 60 다. 사실관계 및 판단 (1) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 관련규정의 개정경과는 다음과 같다. (가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전 시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]의 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다. (나) 그런데 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전 시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 뜻한다고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다. (다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전 시행령 산식을 아래와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 6억원을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다.

종 전	개 정
□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액	□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분은 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 , 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세대상인 주택.토지분 과세표준에 대하여 종합부동산세 과세대상인 주택.토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점, 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것)은 공제되는 재산세액의 계산을 쟁점산식에 의하도록 개정하였고, 이는 입법자가 구 「종합부동산세법」 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위 내에서, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 한 것으로 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없는 점(대법원 2023.8.31. 선고 2019두39796 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020서1978, 2020.12.29. 외 다수, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.