이유
1. 처분개요
청구법인은 서울특별시 관악구 OO동 OOOOOO에 본사를 두고 건축물 등에 대한 안전도 관련 용역을 제공하는 법인으로서 1994～1996사업연도(1.1～12.31이며 이하 “사업연도”라 한다)에 435,349,474원(1994사업연도 111,258,755원, 1995사업연도 119,164,669원, 1996사업연도 204,926,050원이며, 이하 “쟁점기술용역사업 관련 소득공제액”이라 한다)을 법인세 신고시 각사업연도 소득금액에서 기술용역사업 소득공제로 각각 공제하고 이에 대한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니하였다.
이에 대하여 처분청은 쟁점기술용역사업 관련 소득공제액에 대한 법인세 감면상당액에 대하여 1998.4.2 청구법인에게 농어촌특별세 28,320,910원(1994사업연도분 7,832,610원, 1995사업연도분 7,864,860원, 1996사업연도분 12,623,440원)을 결정고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 1998.6.1 심사청구를 거쳐 1998.9.14 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
가. 청구법인 주장
농어촌특별세법 제4조
제12호 및
같은법 시행령 제4조
제6항 제1호의 규정에 의하면 조세감면규제법의 기술 및 인력개발관련 감면규정에 대하여도 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있고 같은법 시행령 제7항에서 현행법의 비과세 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 개정법률 부칙 제15조의 경과조치가 적용되는 것에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 종전 규정에 의하여 감면을 받은 부분에 대하여는 당연히 농어촌특별세가 비과세되어야 한다.
나. 국세청장 의견
농어촌특별세법 시행령 제4조
제7항에 의한 비과세 규정은 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제13조 내지 제19조의 경과조치 규정에 따라 적용받게 되는 종전 조세감면규제법에 의한 조세특례 중 농어촌특별세법 및 같은법 시행령에서 비과세 대상으로 규정하고 있는 현행 조세감면규제법상 조세특례 규정과 같은 취지의 조세특례 규정에 대하여만 적용되는 것이고 종전
조세감면규제법 제20조
의 규정에 의한 조세특례는
농어촌특별법 제4조
및
같은법 시행령 제4조
제7항의 규정에 의한 비과세에 해당되지 아니하므로(법인 46012-3244, 1995.8.16) 쟁점용역기술사업 관련 소득공제액에 대한 법인세 감면상당액에 대하여 이 건 농어촌특별세를 과세한 처분은 적법하고 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
이 건 심판청구의 다툼은 쟁점기술용역사업 관련 소득공제액에 대한 법인세 감면상당액이 농어촌특별세 비과세대상에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다.
나. 관련법령
조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것) 제20조【기술용역사업등에 대한 소득공제】제1항에서 「내국인이 영위하는 대통령령이 정하는 기술용역사업과 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업에 대하여는 그 사업을 개시한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일로부터 5년이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 각 과세연도의 소득금액에서 공제한다.」고 규정하고 있고,
같은법 부칙(1993.12.31 법률 제4666호로 전면 개정된 것) 제15조【소득공제에 대한 경과조치】제2항에서 「이 법 시행당시 종전의 제20조 및 제37조의 규정의 적용을 받던 자에 대하여는 잔존감면기간에 한하여 종전의 규정에 의한다.」고 규정하고 있으며,
조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 전면 개정된 것) 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】제1항에서 「제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.」고 규정하고 있다.
또한,
농어촌특별세법 제4조
【비과세】제12호에서 「다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것」이라고 규정하고 있고,
같은법시행령 제4조
【비과세】제6항 제1호에서 「법 제4조 제12호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.
1.
조세감면규제법 제9조
내지 제13조, 제15조, 제43조 내지 제46조, 제50조, 제51조, 제64조 제1항 제9호, 제73조, 제74조, 제112조 제1항 제1호 및 제5호의 규정에 의한 감면」이라고 규정하고 있으며, 같은조 제7항에서 「법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.」고 규정하고 있다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 사실관계
(가) 청구법인의 1994사업연도부터 1996사업연도까지의 소득공제 및 법인세 감면내역은 다음과 같음이 법인세 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.
(단위 : 원, %)
사업연도
소득금액
소득공제액
법인세율
감면세액
비 고
1994
248,014,011
111,258,755
32
35,602,801
1994.1.1부터 농어촌특별세법 시행
1995
265,274,450
119,164,669
30
35,749,400
1996
433,620,588
204,926,050
28
57,379,294
계
946,909,049
435,349,474
128,731,495
(나) 처분청이 청구법인의 1994사업연도부터 1996사업연도까지 법인감면액에 대하여 농어촌특별세 과세한 내역이 다음과 같음이 농어촌특별세 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.
(단위 : 원, %)
사업
연도
법인세
감면세액
농특세
과세표준
농특
세율
농특세
무납부
가산세
결정고지
세액
1994
35,602,801
35,602,801
20
7,120,560
712,050
7,832,610
1995
35,749,400
35,749,400
20
7,149,880
714,980
7,864,860
1996
57,379,294
57,379,294
20
11,475,850
1,147,580
12,623,440
계
128,731,495
128,731,495
25,746,290
2,574,610
28,320,910
(2) 판단
위의 사실을 종합하여 관련법령을 적용하여 보면, 종전 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것) 및 부칙(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제15조 제2항의 규정에 의하여 잔존감면기간(청구법인의 경우 1997사업연도까지)에 한하여 감면적용을 받는다고 하더라도 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 전면 개정된 것)에 감면대상으로 규정되고 농어촌특별세법에서 비과세대상으로 규정하고 있어야만 농어촌특별세가 비과세된다할 것이고(같은뜻 : 국심 제98중1184, 1998.8.14외 다수), 청구법인의 경우 조세감면규제법 부칙의 경과규정에 의하여 1997사업연도까지 종전의 조세감면규제법에 의하여 감면대상이 된다고 할지라도 개정된 조세감면규제법에서 기술용역사업등에 대한 소득공제에 대하여 규정하고 있지 아니하고, 개정된
조세감면규제법 제9조
의 “기술 및 인력개발비에 대한 세액공제”를 기술용역사업등에 대한 소득공제로 볼 수 없는 바, 쟁점기술용역사업 관련 소득공제에 대한 법인세 감면상당액에 대하여 농어촌특별세를 비과세하여야 한다는 청구주장은 이유없으므로 쟁점기술용역사업 관련 소득공제액에 대한 법인세 감면상당액을 농어촌특별세 과세대상으로 보아 이 건 농어촌특별세를 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.
라. 결 론
따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로
국세기본법 제81조
및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.