이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.8.19.부터 OOO에서 유압기 제조업을 영위하는 법인이고, OOO(이하 “쟁점대표이사”라 한다)은 청구법인의 대표이사이자 최대주주이다(자기주식을 제외한 쟁점대표이사와 특수관계자가 81.67% 보유).

나. 청구법인은 2016.9.19. 쟁점대표이사와 공동 명의로 “온도헌팅 방지 기능을 구비하는 지역난방용 열교환 시스템 및 이를 이용한 온도 헌팅 제어방법”에 대한 특허(이하 “쟁점특허”라 한다) 등록을 하였고, 2018.2.10. 쟁점특허를 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득한 후, 2018사업연도 법인세 신고시 결산서상 무형자산OOO를 손금산입하는 한편, 쟁점금액을 쟁점대표이사의 기타소득(필요경비 80% 적용)으로 보아 원천세를 신고·납부하였다.

다. OOO국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점특허는 청구법인의 연구전담부서의 연구성과로 개발된 것으로 당초부터 청구법인의 소유이므로 청구법인이 쟁점금액 상당의 가공자산을 계상하여 법인의 자금을 사외유출한 것으로 보아 법인세등을 경정하라는 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2020.8.24. 쟁점금액을 손금산입(△유보 처분)하는 동시에 손금불산입(상여 처분)하고, 쟁점특허의 감가상각비 상당액을 손금불산입하여 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였으며, 2020.8.26. 쟁점대표이사에 대한 상여로 소득처분한 쟁점금액에 대해 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점특허는 쟁점대표이사가 아이디어와 노하우를 제공하고, 제품개발에도 참여하여 공동으로 등록한 것이므로 쟁점대표이사의 기여없이 공동등록한 것으로 간주하여 이루어진 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(1) 쟁점대표이사는 OOO 기계공학과를 졸업한 공학엔지니어로 OOO 기계설계실에 입사하여 광산기계 설계업무를 하였고, OOO(주)에서 pcb 공장 자동화기계 설계 및 제작업무를 총괄한 이력을 바탕으로 2003년 청구법인을 설립하였다.

(2) 쟁점특허는 종래 존재하던 기술의 일부를 재구성하는 것으로 관련 업종에서 35년간 종사한 전문가인 쟁점대표이사 개인의 아이디어와 노하우의 산출물이고, 아이디어와 가능성만으로도 특허 출원이 가능하였으므로 발명자로서 특허권은 마땅히 존중되어야 한다.

(가) 에너지절감형 부스터펌프시스템(2007년), 팽창탱크 개발업무(2010년), 지역난방용 열교환기 개발업무(2013～2015년)의 경우 기초적인 개발아이디어는 쟁점대표이사의 개인적 노력을 제품화하는 단계의 일환으로서 이러한 제품개발에 대한 구상은 근무시간 이외 거의 모든 시간을 거쳐 쟁점대표이사의 고민과 노력으로 이루어진 산물이다.

(나) 쟁점특허의 개발기간은 2013년 9월∼2015년 3월이나, 쟁점특허는 쟁점대표이사가 2003년 이전 OOO(주)에서 근무할 당시부터 오랜 연구와 아이디어 작업을 하여온 것으로서, 특허출원 개발시점에 부속연구소 직원은(1명) 입사 4년차로서 발명에 크게 기여하지 못했다. 실제 쟁점대표이사의 아이디어와 기술 노하우가 특허개발에 차지하는 비중은 거의 대부분이라 하여도 무방할 것이다.

(다) 특허의 출원은 완성된 제품이 없더라도 아이디어와 가능성만으로도 가능하였지만, 청구법인에게 설계·기술·개발과정에서 쟁점대표이사의 아이디어와 노하우를 제공하고, 청구법인에서 연구개발비와 인력을 제공하였으므로 법인과 개인의 기여도를 특정지을 수 없음으로 인해 특허권 취득비율을 법인과 개인 공동으로 취득하게 된 것에 불과하다.

(3) 특허등록 당시 청구법인의 연구소(2009년 설립)는 대표이사의 아이디어와 노하우인 창작기술을 기반으로 제품 상용화ㆍ양산화를 위한 시연, 시제품을 제작 수행하는 장소로 활용하였고, 또한 부수업무로 쟁점특허를 포함한 산업재산권에 대하여 특허출원 등을 관리하는 보조업무를 수행하는 장소로 사용되었으므로 연구소는 쟁점특허의 발명과는 직접 연관성이 없다.

나. 처분청 의견

사실상 청구법인을 지배하는 쟁점대표이사는 그러한 지위를 이용하여 청구법인 소유의 특허권을 쟁점대표이사와 공동으로 특허등록을 한 후, 이를 다시 청구법인이 취득하는 방법으로 법인자금을 부당하게 유출한 것이므로 쟁점특허 매입거래를 부인한 처분은 정당하다.

(1) 청구법인은 오랜 기간 관련 업종을 영위하였고, 연구전담부서를 설립한 후, 인적·물적설비를 투여하여 발명활동을 영위하였으며, 이를 위해 매년 고액의 연구개발비를 지출하는 등 쟁점특허의 개발을 청구법인이 주도적으로 수행한 것으로 나타나고 있다.

(2) 쟁점대표이사는 청구법인의 근로자로 법인 연구개발에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고, 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자인 근로자 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 함에도 쟁점대표이사가 아이디어만 제공하고 청구법인에서 연구개발한 특허를 고액에 취득한 것은 정상적인 상거래 관행상 인정하기 어렵다.

(3) 쟁점대표이사와 특수관계자는 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있어 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있고, 쟁점대표이사가 쟁점특허의 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부 등을 확인할 만한 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점특허의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 쟁점특허 매입거래를 부인하여 법인세 등을 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 소득세법

제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금

(4) 특허법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 사실상 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있는 쟁점대표이사가 그 지위를 이용하여 청구법인과 공동으로 특허등록을 하고, 쟁점대표이사의 특허권을 청구법인이 취득하는 방법으로 법인의 자금을 부당하게 유출하였다며 아래 자료를 제시하였다.

(가) OOO에 따르면 청구법인은 2009.7.13. 연구개발 전담부서인 “기술연구팀”을 둔 것으로 확인되고, 처분청이 제출한 사업연도별 청구법인의 연구인력개발비 지출내역 및 세액공제 금액은 ＜표1＞과 같다.

(다) 처분청은 쟁점특허는 청구법인의 연구전담부서의 연구성과로 개발된 것으로 당초부터 청구법인의 소유이므로 쟁점금액 상당의 가공자산을 계상하여 법인의 자금이 사외유출된 것으로 보아 쟁점금액을 손금산입(△유보 처분)하는 동시에 손금불산입(상여 처분)하고, 쟁점특허의 감가상각비 상당액을 손금불산입하여 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였으며, 쟁점대표이사에 대한 상여로 소득처분한 쟁점금액에 대해 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 청구법인은 쟁점대표이사가 쟁점특허에 대한 아이디어 제공과 개발과정에 직접 참여하였으므로 발명자로서의 쟁점대표이사의 특허권은 인정되어야 한다며 아래의 자료를 제출하였다.

(가) 2016.9.19. 특허청장이 발급한 특허증에 의하면 쟁점특허는 청구법인과 쟁점대표이사가 공동 특허권자로 기재되어 있고, 세부내역은 아래와 같다.

(나) 청구법인은 쟁점대표이사로부터 쟁점특허를 OOO원에 취득하기로 하는 계약을 체결하였다.

(다) 위 양도계약서에 기재된 양도금액은 2018.1.24. ㈜감정평가법인 OOO이 평가한 가액인 것으로 나타나고, 청구법인은 해당 금액은 청구인 지분에 상당하는 가액이라고 주장하나, 그 세부적인 내역은 확인되지 아니한다.

(라) 2018사업연도 청구법인의 재무상태표에는 쟁점특허가 무형자산(산업재산권)의 계정으로 취득가액OOO원이 계상되어 있다.

(마) 청구법인이 제출한 연구개발전담부서 인력현황자료에 따르면 2018.9.5. 현재 연구개발전담부서에 소속된 연구전담요원은 ＜표4＞와 같다.

(바) 쟁점대표이사의 확인서(2020.2.13. 작성)에는 쟁점대표이사의 이력사항, 표창장 수상기록, 기술자격증 현황 및 쟁점특허에 대한 본인의 기여도 등의 내용이 기재되어 있음

(사) 청구법인 연구전담부서 연구원인 이진현의 확인서(2020.2.13. 작성)에는 쟁점대표이사의 아이디어를 바탕으로 연구개발을 수행하였다는 내용이 기재되어 있다.

(아) 에너지 절감형 부스터펌프시스템과 관련하여 ＜표5＞과 같이 특허 출원한 내역을 제출하였다.

(자) 그 외 청구법인은 지역난방용 열교환기의 간헐 난방시 온도 헌팅 제어장치에 대한 개발계획서 등을 별지와 같이 제시하였는데, 해당 자료에는 연구전담요원인 OOO의 역할 외 쟁점대표이사의 역할은 확인되지 아니한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점대표이사의 아이디어와 노하우를 제공하고, 제품개발에도 참여하였으므로 쟁점대표이사의 기여없이 쟁점특허를 공동등록한 것으로 간주하여 쟁점특허 매입거래를 부인하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 2009.7.13. 연구전담부서인 기술연구팀을 설립한 이래 2015년 쟁점특허를 출원하기 전까지 매년 상당한 금액의 연구개발비를 지출하여 연구인력개발비 세액공제를 적용받은 점, 쟁점특허와 관련하여 쟁점대표이사가 아이디어를 제공하였다는 청구주장 외에 쟁점대표이사가 발명에 이르기까지 한 연구내용이나 개발과정에 참여한 내용이 확인되지 아니하는 점, 쟁점대표이사가 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 쟁점특허 개발에 참여하였다고 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고, 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 제시한 감정평가서 및 청구주장에 의하면 쟁점특허는 총 OOO원에 상당하는 가치(청구법인 지분을 포함한 총가치)를 가진다는 것인데, 청구법인이 쟁점특허를 이용하여 이에 상당하는 수입을 얻었다는 입증도 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허의 실제 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 쟁점특허 매입거래를 부인하여 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020중8047, 2021.3.15., 2020부8457, 2021.1.22. 외 다수, 같은 뜻임)

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.