이유
1. 원처분 개요 청구법인이 충남 천안시 OO동 OOOOO 소재 전 714㎡ 및 같은동 OOOOO 소재 과수원 1,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 포함하는 충남 천안시 OO동 OOO외 26필지 소재 토지 53,014㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 청구외 주식회사 OO주택(이하 “OO주택”이라 한다)에게 양도하기로 계약하고 청구법인이 우선 전체토지에 대하여 OO주택에게 소유권이전등기를 한 후 전체토지중 천안 OO OO 토지구획정리사업지구(이하 “토지구획정리사업지구”라 한다)에서 제외되는 토지에 대하여는 그 소유권을 환원받기로 하였다. 그후 전체토지중 쟁점토지 등이 토지구획정리사업지구에서 제외됨에 따라 OO주택이 그 소유권을 청구법인에게 환원하여야 함에도 불구하고 청구법인의 의사와는 무관하게 청구외 OO주택공사에게 쟁점토지를 양도하고 그 매매가액을 수령하여 청구법인을 수령자로 하는 공탁금 258,100,000원을 공탁함에 따라 청구법인은 위 공탁금을 수령한 92.3.30을 쟁점토지의 양도시기로 보아 92.1.1～92.12.31 사업년도(이하 “92사업년도”라 한다)에 쟁점토지의 양도차익 등에 관한 법인세 과세표준 및 세액신고를 한데 대하여 처분청은 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속년도를 91.1.1～91.12.31사업년도(이하 “91사업년도”라 한다)로 보아 93.10.16 청구법인에게 91사업년도분 법인세 217,694,800원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.12.11 심사청구를 거쳐 94.3.17 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구외 OO주택은 전체토지에 OO 매매계약서상의 약정에 따라 청구법인에게 전체토지중 토지구획정리사업지구에서 제외된 쟁점토지와 충남 천안시 OO동 OOOOO 소재 과수원 675㎡ 및 같은동 OOOOO 소재 과수원 276㎡(이하 “관련토지”라 한다)에 관하여 그 소유권 자체를 환원하여 줄 의무가 있었던 것으로서 토지보상금 등으로 대물변제할 수 있었던 것이 아니며, 위 OO주택이 청구법인에게 아무런 통보도 하지 아니한 채 청구외 OO주택공사에게 쟁점토지 및 관련토지를 양도하고 그 보상금으로 401,701,000원을 수령하여 그 중 258,100,000원에 대하여만 청구법인을 수령자로 하여 공탁함에 따라 청구법인은 위 공탁금 258,100,000원을 92.3.30 이의를 유보하면서 수령한 것인 바, 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속년도는 위 공탁금을 청구법인이 수령한 날이 속하는 92사업년도라고 할 것이므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속년도를 91사업년도에 속하는 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 전체토지중 쟁점토지가 청구외 OO주택공사에 의하여 수용되었고 그 보상금을 청구외 OO주택이 수령하여 청구법인을 공탁금의 수령자로 하여 258,100,000원을 공탁한 것인 바, 그 공탁금을 공탁한 날인 91.10.9이 속하는 사업년도의 익금으로 보아야 할 것이며 손해배상청구소송 후에 그 가액이 조정되었을 경우 조정된 차액만 그 조정이 확정된 날이 속하는 사업년도의 익금으로 보아야 할 것이므로 청구외 OO주택이 쟁점토지에 OO 보상금에 대하여 청구법인을 공탁받을 자로 하여 91.10.9 서울지방법원 북부지원에 공탁한 공탁금 258,100,000원을 91사업년도의 익금으로 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속사업년도를 가리는데 있다. 나. 관계법령 법인세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 내국법인이 각 사업년도에 있어서 부동산 등의 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 하되, 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도한 경우에는 소유권등 이전등기일 또는 인도일이 속하는 사업년도로 하는 것으로 규정하고 있다. 다. 사실관계 (1) 청구법인이 전체토지를 91.5.22 OO주택에게 110억원에 양도하기로 계약하면서 전체토지중 토지구획정리사업지구에서 제외되는 토지에 대하여는 매매목적물에서 제외하기로 하되, 청구법인이 전체토지의 전부에 대하여 우선 OO주택에게 소유권이전등기한 후 추후 토지구획정리사업지구에서 제외되는 토지에 대하여는 그 소유권을 청구법인이 환원받기로 약정하였는 바, 그 후 천안시의 환지예정지 지정처분 결과 토지구획정리사업지구에서 제외된 쟁점토지 및 관련토지에 대하여는 OO주택이 청구법인에게 그 소유권을 환원하여야 함에도 불구하고 쟁점토지 및 관련토지가 다시 청구외 OOOO공사 시행의 OOOO 택지개발예정지구(이하 “택지개발예정지구”라 한다)로 91.9.9 지정되자 OO주택은 청구법인과는 아무런 협의도 없이 91.10.2 위 OOOO공사에게 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 법률의 규정에 의한 협의취득절차에 의하여 쟁점토지 및 관련토지의 소유권이전등기를 경료하여 주고 이에 따른 보상금으로 쟁점토지보상분 258,100,000원, 관련토지보상분 143,601,000원 합계 401,701,000원을 지급받고 OO주택은 쟁점토지만이 청구법인에게 소유권이전 등기를 환원할 의무가 있는 것으로 주장하면서 쟁점토지에 OO 보상금 258,100,000원을 91.10.9 서울지방법원 북부지원에 공탁한데 대하여 청구법인이 그 이의를 유보하면서 92.3.30 수령한 사실이 쟁점토지 등에 관한 매매계약서 및 청구법인이 OO주택을 상대로 제기한 손해배상청구소송(사건번호 92가합57245)의 판결문 등에 의하여 확인되고 있으며, 이러한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 그리고 청구법인이 92.3.30 쟁점토지의 보상금에 상당하는 공탁금 258,100,000원을 수령하였으며, 92.9.7 OO주택을 상대로 한 손해배상청구소송을 제기하였는 바, 그 판결문(92가합57245, 93.7.15 선고)에 의하면 OO주택이 청구외 OO주택공사로부터 그 보상금을 지급받고 쟁점토지 및 관련토지에 OO 소유권이전등기를 위 OO주택공사에게 경료하여 줌으로써 OO주택의 청구법인에 OO 소유권이전등기의무는 이행불능이 되었으며, 만일 청구법인이 OO주택으로 부터 쟁점토지 및 관련토지에 관한 소유권을 환원받았다고 하더라도 청구외 OO주택공사시행의 택지개발예정지구로 지정되어 쟁점토지 등의 소유권을 위 OO주택공사에게 경료하여 줄 수 밖에 없는 상황으로서 OO주택이 청구법인에게 쟁점토지의 소유권을 환원하는 것은 불가능하므로 OO주택의 행위로 인하여 청구법인이 입은 손해에 대하여 OO주택이 그의 공탁금 258,100,000원 외에 143,601,000원 등을 청구법인에게 추가로 지급하라는 판결을 하고 있다. (2) 이와같은 사실들로 볼 때, 청구법인이 전체토지를 OO주택에게 양도함에 있어서 그 매매계약서상 토지구획정리사업지구에서 제외되는 토지에 대하여는 그 소유권을 환원받기로 약정하고 91.5.29 쟁점토지를 포함하는 전체토지에 OO 소유권이전등기를 경료하여 주었으나 OO주택이 토지구획정리사업지구에서 제외된 쟁점토지의 소유권을 청구법인에게 환원하지 않고 91.10.2 청구외 OO주택공사에게 양도함에 따라 그 소유권의 환원이 불가능하게 되어 쟁점토지의 양도가액에 상당하는 금액을 청구법인이 OO주택의 공탁금으로 수령하였다고 할 것인 바, 이는 결과적으로 청구법인이 쟁점토지를 OO주택에게 양도한 것에 해당되며, 그 양도시기는 앞의 관계법령에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지의 매매대금이 청산된 날이라고 하겠으나 그 매매대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 소유권이전등기일이 양도시기가 된다고 할 것이므로 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속 사업년도는 그 소유권이전등기일인 91.5.29이 속하는 91사업년도로 보는 것이 타당할 것으로 판단된다. 설사 이 건 쟁점토지의 소유권이전등기일이 속하는 사업년도를 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속사업년도로 볼 수 없다고 하더라도 청구법인이 OO주택에게 쟁점토지를 포함하는 전체토지의 소유권이전등기를 91.5.29 경료하여 준 것이므로 그 매매계약서상 약정에 의하여 쟁점토지 등이 토지구획정리사업지구에서 제외되는 날 이후 부터는 그 실질적인 소유자가 청구법인이라고 할 것이나 그 등기부상 소유자는 OO주택인 바, 토지구획정리사업지구에서 제외된 쟁점토지의 소유권이 청구법인에게로 환원되지 않은 상태에서는 청구법인이 쟁점토지를 OO주택에게 사실상 명의신탁한 것이나 다름 없다고 할 것이다. 그러므로 쟁점토지의 등기부상 명의자인 OO주택이 그 실질소유자인 청구법인의 의사와 관계없이 제3자에게 쟁점토지를 양도하였다고 하더라도 그 등기부상 명의자인 OO주택이 제3자에게 쟁점토지를 양도한 시기를 그 실질소유자인 청구법인이 쟁점토지를 양도한 시기로 보아야 할 것인 바, 청구법인의 쟁점토지의 양도시기는 늦어도 OO주택이 쟁점토지를 청구외 OO주택공사에게 양도하고 그 잔금 등을 수령한 날인 91.10.2로 보아야 할 것이므로 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속사업년도는 91사업년도인 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도에 OO 손익의 귀속사업년도를 91사업년도로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 타당한 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.