이유
1. 원처분개요 청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO OOOOO OO OOOO 대지 72.638㎡, 아파트 130.98㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1987.8.26 취득하여 1994.7.22 양도한데 대하여 1세대2주택에 해당하는 것으로 보아 당초 1995.5.31 실지거래가액(취득가액 69,700,000원, 양도가액 180,000,000원)에 의거 양도소득세 과세표준 확정신고납부를 하였다가, 청구인이 1994.3.26 신축한 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 소재 대지 129.9㎡, 위지상 다가구주택 299.78㎡(이하 “임대주택”이라 한다)이 조세감면규제법 제67조 제2항에서 규정하고 있는 주택으로 보지 아니하는 장기임대용주택에 해당한다 하여 쟁점주택의 양도를 비과세되는 1세대1주택으로 보아 1995.7.10 당초 과세표준 확정신고시 납부한 양도소득세 34,140,500원에 대하여 환급을 요구하는 수정신고를 하였다. 처분청은 당초 청구인이 수정신고한 것을 인정하여 자진신고납부한 양도소득세 34,140,500원을 환급하였다가 국세청 감사시 청구인소유 다가구주택(OO동)은 쟁점주택 양도시점에서 1세대1주택 판정시 소유주택으로 보지 아니하는 임대주택이 아니라 하여 쟁점주택 양도에 대하여 1세대1주택 비과세를 배제하고 청구인이 신고한 실지거래가액에 의하여 양도소득세 산출세액 34,140,500원을 결정하고 이에 납부불성실가산세 3,414,050원을 가산하여 1996.2.16 이에 대한 양도소득세 37,554,550원을 청구인에게 고지하였다가 심사청구기간 중인 1996.5.10 납부불성실 가산세 적용이 부당하다 하여 이를 취소하고 양도소득세 34,140,500원으로 경정결정을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.4.13 심사청구를 거쳐 1996.7.18 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 첫째, 청구인이 1994.3.26 신축한 임대주택은 장기 임대용으로 신축한 것으로서 신축당시부터 장기 임대하고자 주택임대 신고서를 관할 구청인 강남구청에 제출하였으나 동 구청의 접수거부로 신고하지 못하여 사업장 관할 개포세무서장에게 1995.5.31 신고하였으며 또한 신축 즉시 건물관리업자인 OO 건물관리용역과 관리계약을 하는등 장기임대하기 위하여 노력하였고 나아가 신축 즉시 임대를 개시함과 동시에 임대기간(1994.4.30～1994.12.31)에 대한 종합소득세를 확정신고 기한내(1995.5.31)에 신고납부한 사실이 있으므로 이는 별도의 소유주택으로 보지 않는 조세감면규제법상의 장기임대주택에 해당되므로 쟁점주택은 1세대1주택으로서 비과세되어야 한다. 둘째, 1995.12.30 개정된 소득세법시행령에서 1996.1.1 이후 결정되는 양도소득세부터는 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로서 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년이내에 종전주택을 양도하였으면 이를 1세대1주택으로 보기로 하였는 바, 위 임대주택이 장기임대주택에 해당되지 아니한다 하더라도 쟁점주택은 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다. 나. 국세청장 의견 이 건의 경우, 쟁점주택 양도일(1994.7.22) 현재 청구인이 서울틀별시장에게 주택임대업법 제6조 에 의한 주택임대업자 등록이나 임대주택 소재지를 관할하는 세무서장에게 조세감면규제법 시행령 제64조 제2항에 규정한 주택임대신고(주택임대를 개시한 날로부터 3월이내에 주택임대신고서를 제출하여야 함)를 하여야 하나 쟁점주택 양도일 이후인 1995.5.31 주택임대업 사업자등록을 신청(사업개시일 : 1995.1.1)을 하였으므로 쟁점주택 양도당시에는 주택임대업을 계속적으로 영위할 의사가 없었던 것으로 보아지므로 쟁점주택 양도일 이후에 제출한 주택임대신고서에 의하여는 양도당시 법 소정의 임대사업자로 볼 수는 없는 것인 바, 청구인이 보유하고 있는 임대주택은 쟁점주택 양도시점에서 1세대1주택 판정시 소유주택으로 보지 아니하는 장기임대주택이 아닐 뿐만 아니라 청구인 또한 임대사업자로 볼 수 없어 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세처분을 배제하고 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 임대주택이 조세감면규제법 제67조 에서 규정하는 장기임대주택에 해당되는지 여부 나. 관련법령 이 건 양도당시 시행된 구 소득세법 제5조 제6호 (자)목 및 동법 시행령 제15조 의 규정에 의하면 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하거나 5년이상 보유하는 경우에는 그 주택과 부수토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하도록 규정되어 있으며, 1995.12.30자로 개정된 소득세법시행령 제155조 제1항에 의하면 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로서 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보도록 규정하고 있고 동조 제8항에서는 “1세대1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서 총리령이 정하는 다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구 주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다”라고 규정하고 있는 바, 위 소득세법시행령 제155조 제1항 및 제8항은 동 시행령부칙 제8조 제2항의 규정에 의하여 1996.1.1 이후 양도소득 금액을 결정하는 것부터 적용하도록 하고 있음을 알 수 있다. 한편, 조세감면규제법 제67조 제1항에 의하면 5년이상 임대한 후 양도하는 장기임대주택에 대하여는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있고 동조 제2항에서는 “ 소득세법 제5조 제6호 (자)목의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 내국인의 소유주택으로 보지 아니하므로 1세대1주택 비과세요건 판정에 영향을 주지 아니한다”라고 규정하고 있으며 동조 제3항에서는 “제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다”라고 규정하고 있고 동법시행령 제64조 제2항에서는 “법 제67조 제3항의 규정에 의하여 임대주택에 관한 사항을 신고하고자 하는 내국인은 주택의 임대를 개시한 날로부터 3월이내에 재무부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지(임대주택사업자의 경우에는 해당법인의 본점 또는 주사무소의 소재지)를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다”라고 규정하고 있다. 다. 사실 및 판단 쟁점주택은 청구인이 1987.8.26 취득하여 7년정도 보유하다가 1994.7.22자로 양도하였으며 청구인이 1994.3.26 신축 취득한 임대주택외에는 다른 주택을 소유하지 아니한 것으로 확인되고 있는 바, 먼저 임대주택이 청구인이 주장하는 바와 같이 조세감면규제법 제67조 에서 규정하는 장기임대주택에 해당되는지 여부를 살펴본다. 첫째, 청구인이 보유하고 있는 임대주택이 조세감면규제법 제67조 에서 규정하는 임대주택의 요건(국민주택규모 이하이고 5호이상 임대)을 갖추고 있다는 점에 대하여는 처분청도 다툼이 없고 다만 쟁점주택 양도이후에 주택임대신고서를 제출하였다는 이유로 임대주택으로 보지 아니한 것으로 밝혀지고 있다. 둘째, 당해 임대주택은 쟁점주택 양도(1994.7.22)이전인 1994.3.26자로 신축되어 소유권보존등기 되었고 신축등기이전인 1994.3.1자로 건물관리용역업자인 OO 건물관리용역과 임대주택에 대한 관리용역계약을 체결한 사실이 보증보험증권서등에 의하여 확인되고 있으며 청구인이 1994.2.10부터 1994.9.5 사이에 임대주택 7가구에 대하여 세입자들과 임대차계약을 체결하여 1994년도 임대소득금액(6,850,723원)을 처분청에 신고한 사실이 임대차계약서 및 1994년도분 종합소득세 확정신고서등에 의하여 확인되고 있는 점에 비추어 볼 때 쟁점주택 양도당시 청구인이 주택임대사업자임에는 틀림이 없는 것으로 판단된다. 셋째, 조세감면규제법상 주택임대 개시일로부터 3월이내에 주택임대신고서를 관할 세무서장에게 제출하도록 규정하고 있지만 동 임대신고서를 지연제출한 경우에 임대사업자로 보지 아니한다는 특별한 규정은 없으며 특히, 청구인의 경우에는 당해 임대주택이 다가구 주택으로서 임대주택법상의 임대사업자 등록대상이 되지 아니하여 관할구청에서 등록을 거부함에 따라 임대사업자 등록 및 주택임대신고서 제출이 지연된 것으로 밝혀지고 있다. 위와 같은 사실을 종합하여 볼 때 청구인이 비록 쟁점주택 양도이후에 주택임대신고서를 제출하였다 하더라도 실질내용에 있어서는 쟁점주택 양도당시 장기임대사업자에 해당하므로 당해 임대주택은 조세감면규제법 제67조 에서 규정하는 임대주택에 해당되는 것으로 판단된다. 그러므로 개정소득세법시행령 제155조 제8항을 적용하여 양도소득세를 비과세하여야 한다는 청구주장은 그 심리를 생략하더라도 쟁점주택은 1세대1주택에 해당되어 양도소득세가 비과세 되어야 할 것이고 이 건 심판청구는 청구주장에 이유가 있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.