이유
1. 처분개요 가. 청구인은 2012.11.14. 취득한 OOO 상가주택(이하 ‘쟁점주택’이라 한다)을 2017.11.15. 양도하고 2018.1.31. 주택면적이 상가면적보다 크므로 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다. 나. 처분청은 2018.7.11.～2018.7.30. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점주택 중 2층 상가부분을 주택으로 사용함에 따라 다가구주택 요건을 충족하지 못한다고 보아 면적이 가장 큰 3층에 대하여만 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 2018.8.16. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 쟁점주택은 등기부등본상 1층은 제1종 근린생활시설, 2층은 제2종 근린생활시설, 3～5층은 다가구주택으로 각각 등재되어 있으나, 2층은 실제로 전소유자가 개조하여 2개의 주택으로 임대하였고, 청구인도 이러한 사실을 알고 쟁점주택을 양수하였는바, 2층을 주택으로 사용하였다 하더라도 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에 따른 다가구주택의 형태가 변한 것도 아니고 쟁점주택을 개별적으로 양도할 수도 없으며, 변경하여 사용된 주택으로 인하여 전체를 다세대주택으로 보아 과세한다면 서민을 위한 다가구주택의 취지에 반하는 것이다. 따라서 불법으로 용도변경되어 주택으로 사용된 2층 부분만 과세하고 나머지 부분에 대하여는 비과세를 인정하여야 할 것이다. 나. 처분청 의견 「소득세법 시행령」 제155조 제15항에서 1세대 1주택 적용시 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다고 규정하고 있고, 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에서 ‘다가구주택’이란 주택으로 쓰는 층수(지하층 제외)가 3개 층 이하일 것과 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것을 요건으로 규정하고 있는바, 쟁점주택은 청구인이 2층을 불법으로 용도를 변경하여 전체 4개 층을 모두 주택으로 사용한 사실이 확인되어 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에서 규정하고 있는 다가구주택의 요건을 충족하지 못하므로 쟁점주택 중 면적이 가장 큰 3층 부분에 대해서만 1세대 1주택 비과세를 적용하고 나머지에 대하여는 이를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점주택을 다가구주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조[실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 소득세법 제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택 (3) 소득세법 시행령 제154조[1세대 1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. ③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. 제155조[1세대 1주택의 특례] ⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. (4) 주택법 시행령 제2조[단독주택의 종류와 범위] 1. 「건축법 시행령」 별표1 제1호 가목에 따른 단독주택 2. 「건축법 시행령」 별표1 제1호 나목에 따른 다중주택 3. 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에 따른 다가구주택 [별표1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련) 1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다] 다. 다가구주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다. 1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것.(단서 생략) 2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다. 이하 같다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것 3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 쟁점주택을 양도한 후 주택면적이 상가면적보다 크므로 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점주택 중 2층 상가부분을 주택으로 용도변경하여 사용함에 따라 ‘주택으로 쓰는 층수가 3개 층 이하’라는 다가구주택 요건을 충족하지 못한다고 보아 가장 면적이 큰 3층에 대하여만 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 처분을 하였다. OOO (2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점주택의 건축물대장 및 등기부등본상 용도와 실제 용도를 비교하면 아래 ＜표2＞와 같다. OOO (나) 청구인이 쟁점주택 2층을 근린생활시설에서 주택으로 용도를 변경하여 사용한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 2006.4.28.～2017.4.28. 기간 동안 공시된 개별주택가격에도 2층을 계속하여 주택거주면적에 포함하여 공시한 것으로 나타난다. (다) 쟁점주택에 대한 전입세대열람에 의하면, 2층부터 5층까지 다수의 전입세대가 거주한 것으로 확인되고, 2012년 5월부터 2017년 8월까지 촬영된 인터넷포털 항공사진에 의하면 특별한 구조 변경 없이 2층을 주택으로 사용한 것으로 나타난다. (라) 청구인은 쟁점주택 중 상가부분에 대하여 2013.3.29.부터 2017.11.15.까지 부동산임대사업자로 사업자등록(OOO)을 하고 부가가치세를 신고하였는데, 부동산임대공급가액명세서에는 1층에 대한 임대내역만 신고되어 있다. (3) 청구인은 쟁점주택 2층을 주택으로 용도를 변경하여 사용하였다 하더라도 쟁점주택이 다가구주택임에는 변동이 없으므로 2층에 대하여만 과세함이 타당하다는 주장인 반면, 처분청은 청구인이 2층 상가부분을 주택으로 사용함에 따라 「주택법」상 ‘주택으로 쓰는 층수가 3개 층 이하’라는 다가구주택 요건을 충족하지 못하게 되었으므로 쟁점주택 전체가 아닌 가장 면적이 큰 3층에 대하여만 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함이 타당하다는 의견을 제시하고 있다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택 2층을 주택으로 용도를 변경하여 사용하였다 하더라도 쟁점주택이 다가구주택임에는 변동이 없으므로 2층에 대하여만 과세함이 타당하다고 주장하나, 쟁점주택의 등기부등본 및 건축물대장 등 공부상에 쟁점주택이 다가구주택으로 등재되어 있다 하더라도 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목, 같은 법 시행령 제154조.제155조 및「건축법 시행령」별표1이 규정하는 1세대 1주택 비과세 대상인 다가구주택은 ‘3개 층 이하의 주택 층수’, ‘660㎡ 이하의 바닥면적’ 및 ‘19세대 이하 거주’라는 3개 요건을 모두 충족하여야 하는 것인데, 쟁점주택의 경우 청구인이 2층을 실제 주택으로 사용함에 따라 전체 4개 층이 주택에 해당되어 1세대 1주택 비과세 대상인 다가구주택의 요건을 충족하지 못한다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점주택을 다가구주택 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 3층에 대하여만 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하고 나머지에 대하여는 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.