이유
1. 원처분 개요 청구법인은 중소제조업을 영위하는 법인으로서 93.1.1～93.12.31사업년도(이하 “93사업년도”라 함) 법인세 과세표준과 세액 신고납부시 구 조세감면규제법 제15조의3 규정의 중소제조업에 대한 특별감면세액 4,060,668원(이하 “쟁점감면세액”이라 함)을 감면세액으로 공제하고 94.3.31 신고납부하였다. 처분청은 청구법인의 위 사업년도분 법인세과세표준신고시 제출한 이익잉여금 처분계산서상 쟁점감면세액 상당액을 기업합리화 적립금으로 이익처분한 내용이 없다하여 감면세액을 부인하고 93사업년도분 법인세 4,754,230원을 95.6.16 추가경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복 95.7.13 심사청구를 거쳐 95.9.22 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 93사업년도 결산 주주총회(94.3.18)에서 감면받은 세액을 기업합리화 적립금으로 처분하였으나, 법인세 신고에 대한 세무조정시 세무사의 착오로 인하여 이익잉여금처분계산서상에 기업합리화 적립금을 기재누락한 것이며 당해년도 잉여금이 사외로 유출된 사실이 없음에도 동 감면세액을 부인하고 과세한 처분은 부당하다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 구 조세감면규제법 제15조의3 의 규정에 의한 중소제조업에 대한 임시특별세액감면은 당해 중소제조업자가 동법 제91조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 감면받고자 하는 세액에 상당하는 금액을 당해사업년도의 이익금처분시 기업합리화 적립금으로 적립하는 경우에 한하여 적용되는 것(재무부 조세 46070-376, 94.12.20 같은 뜻임)으로, 처분청이 제시한 청구법인의 93사업년도 법인세 신고시 제출한 이익잉여금처분계산서에 의하면 임의적립금으로 1억원을 적립한 사실은 있으나 기업합리화 적립금은 적립된 사실이 없을 뿐만 아니라 청구법인은 동 적립금 기재누락에 대한 수정신고를 한 사실이 없었고, 적립금 미적립에 대한 처분청의 과세가 있자 이 건 심사청구에서 기업합리화 적립금을 적립하였으나 세무사의 착오로 기재누락하였다는 청구법인의 주장은 사실로 보여지지 아니하므로, 쟁점감면세액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하지 아니한 데 대하여 감면세액 부인하고 과세한 당초처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 다툼은 쟁점감면세액 상당액을 당해사업년도에 기업합리화 적립금으로 적립한 사실이 없다하여 감면배제한 처분이 정당한지의 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 등 1) 구 조세감면규제법 제15조의3 제1항(92.12.8 신설)에서 제조업을 영위하는 중소기업에 대하여는 92.1.1 이후 최초로 개시하는 과세년도의 개시일부터 2년이내에 종료하는 과세년도까지 당해사업에서 발생한 소득(“제조업 소득”이라 함)에 대한 법인세의 산출세액에서 제조업소득금액이 1억원 이하분은 산출세액의 100분의 40, 1억원 초과분은 산출세액의 100분의20을 감면한다고 규정하고, 2) 같은법 제91조 제1항 및 제2항에서 제15조의3의 규정에 의한 임시특별세액감면을 받은 내국법인은 당해사업년도의 이익처분에 있어서 그 감면받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 하고 이를 적립하지 아니한 경우에는 세액감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 단서에서 「대통령령이 정하는 경우」에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 3) 동법시행령 제65조 (1993.12.31 전문 개정전의 것) 제1항에서 「법 제91조 제2항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다. 1. 기업회계상 처분가능이익이 당해년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우 2. 내국법인이 당해과세년도의 결산확정일( 법인세법 제26조 제3항의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우」라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서 「제1항의 경우에 있어서는 그 다음 사업년도의 이익금처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다」라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 1) 청구법인은 중소제조업을 영위하는 법인으로 위 관련법령 1)의 요건에 의한 감면대상법인에 해당됨에는 서로 다툼이 없다. 2) 청구법인이 93사업년도 법인세신고시에 제출된 이익잉여금처분계산서의 당기분 내역을 보면, 당기말 미처분이익잉여금이 152,978,185원이고 이익잉여금처분액은 임의적립금으로 100,000,000원을 처분하고 잔액 52,978,185원은 차기이월이익잉여금으로 남아 있으며, 그 처분확정일을 보면 직전기 처분일과 같은 날짜인 93.3.2로 되어 있음을 알 수 있다. 3) 청구법인은 위 이익잉여금처분계산서는 세무사등이 실시로 잘못 작성하여 제출된 것이고, 실제로는 94.3.18 제7기(93.1.1～93.12.31) 주주총회에서 쟁점감면세액 상당액 4,060,668원을 기업합리화적립금으로 처분하였다고 주장하며, 동 주주총회의사록, 이월이익잉여금 및 기업합리화적립금의 계정원장등을 제시하고 있다. 4) 94.1.1～94.12.31사업년도분 법인세 과세표준신고시 제출된 이익잉여금처분계산서의 전기분 내역을 보면, 기말 미처분이익잉여금이 152,978,185원, 이익잉여금처분액은 기업합리화적립금 4,060,668원, 임의적립금 100,000,000원, 차기이월 이익잉여금 48,917,517원으로 작성되어 있고(그 처분확정일은 94.3.2로 되어 있음), 당기분 내역의 전기이월이익잉여금이 48,917,517원임을 알 수 있으며, 동 사업년도분 대차대조표(95.3.24 OO일보 공고분)상 자본계정의 이익잉여금란에 기업합리화적립금 4,060,668원이 등재되어 있음이 확인된다. 라. 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 판단한다. 1) 기업합리화적립금과 관련된 대법원의 판례(대법 93누15601, 94.1.4, 대법 85누638, 85.11.12, 대법 85누190, 85.9.10, 대법원 84누774, 85.10.22, 대법 82누462, 83.3.22, 대법 79누403, 81.2.10)에 의하면, 기업합리화적립금의 적립은 감면이나 소득공제등의 사전요건이 아니라 사후요건이고, 기업합리화적립금이 세무조정에 의하여 증액되었는지 여부에 관계가 없으며, 당해 사업년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 상당하는 충분한 이익잉여금이 있었던 경우에도 그 다음 사업년도에 적립하면 된다는 것이 대법원의 일관된 입장임을 볼 때, 조세감면규제법시행령 제65조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 “.....세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우”라 함은 당해사업년도의 결산확정시 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액을 추산하여 이를 적립한 상태에서 세무조정으로 인하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제가 증가되어 기업합리화적립금으로 적립한 금액이 증가된 경우는 물론, 기업합리화적립금을 전혀 설정하지 아니하였던 상태에서 세무조정등으로 인하여 세액공제나 세액감면 또는 소득공제를 하게 됨으로써 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액이 신규로 발생된 경우도 포함되는 것으로 해석·적용함이 보다 타당하고 합리적이라 할 것이고, 2) 조세감면규제법 제91조 와 동법시행령 제65조 에서 세액공제나 세액감면(소득공제의 경우에는 그 공제받은 금액에 대한 법인세 상당액)받은 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 한 것은 동 세액공제에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 기업합리화적립금으로 적립하였다가 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조를 개선하고 견실화하기 위한 것이라 하겠는데, 청구법인의 경우 위 사실관계 2)의 이익잉여금처분계산서에 의할 경우에도 93사업년도의 미처분이익잉여금 처분시 미처분된 잔액 52,978,185원이 그대로 이익잉여금으로 이월되어 이에 상당하는 금액이 이월 이익잉여금상태 그대로 유보되어 있고 사외에 유출시킨 바 없었음이 확인된다. 3) 위 사실관계 3) 및 4)를 종합하여 보면, 청구법인은 중소제조법인으로써 회계처리 미숙등으로 93사업년도 법인세신고시 이익잉여금처분계산서의 작성에 오류가 있었음을 인정할 수 있다 하겠으며, 그 다음사업년도 법인세신고시 정당하게 수정된 이익잉여금 처분계산서를 제출하여 이를 수정보완하였고, 그 다음 사업년도에 공고된 대차대조표에 의하면 쟁점감면세액 상당액이 기업합리화적립금으로 계상되어 있는 사실을 알 수 있으며, 기타 부당한 목적이 있었던 사실도 발견되지 아니한다. 4) 그렇다면 쟁점감면세액 상당액에 해당되는 기업합리화적립금 4,060,668원이 93사업년도 법인세신고시 제출된 이익잉여금처분계산서상 처분액으로 기재되지 아니한 사실만을 이유로 처분청에서 쟁점감면세액을 감면배제한 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.