이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1998년도 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 8필지 토지 48,543㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 소유하고 있으므로, 이건 토지의 과세표준액(8,808,385,754원)에

지방세법 제234조의16

제1항 및 제2항의 세율을 적용하여 산출한 1998년도 정기분 종합토지세 110,023,830원, 도시계획세 17,300,620원, 교육세 22,004,760원, 농어촌특별세 16,259,350원, 합계 165,588,560원을 1998.10.21. 부과 고지하였다. 그러나 처분청은 이건 토지(48,543㎡)중 1,616㎡가 사권 제한 토지이므로 종합토지세의 50%를 감면하였어야 하는데도 착오로 감면하지 아니한 사실이 확인됨에 따라, 당초 부과 세액을 1998.11.28. 종합토지세 103,953,510원, 도시계획세 16,728,820원, 교육세 20,790,700원, 농어촌특별세 15,359,120원, 합계 156,832,150원으로 직권 감액 경정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 처분청이 한 이건 종합토지세 등 부과 처분의 경정을 청구하면서 그 이유로,

첫째, 청구인 소유의 이건 토지(48,543㎡)중 40,462.32㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)는 벤처센터빌딩, 보세장치장, 근로탁아복지관, 구내식당, 일반창고, 펌프장, 근로자 복지시설, 정수장, 골프연습장 용도로 사용되고 있으므로,

공업배치및공장설립에관한법률 제45조의7

제3항제4호(입주기업체 및 지원기관을 위한 아파트형공장 기타시설의 설치와 그 매각 및 임대에 관한 사업) 및 제6호(입주기업체 근로자의 후생복지·교육사업 및 주택건설사업)의 사업용 부동산에 해당되어, 쟁점토지의 취득시기와 관계없이

지방세법 제276조

제4항의 규정에 의거 1998년도분 종합토지세의 100분의 50을 경감하여야 하는데도 쟁점토지를 1997.10.1. 이전에 취득하였다는 이유로 처분청이 종합토지세를 경감하지 아니한 처분은 부당하고,

둘째, 쟁점토지는 청구인이 타인에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지 또는 임대한 토지이므로

지방세법시행령 제194조의15

제4항제18호의 규정에 의거 종합토지세의 분리과세 대상 토지인데도 종합합산 및 별도합산 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 ㅇㅇ단지공단 소유의 토지에 대하여 종합토지세를 부과 고지한 처분이 적법한지 여부에 있다.

첫째, 청구인은 쟁점토지가

공업배치및공장설립에관한법률 제45조의7

제3항제4호 및 제6호의 사업용부동산에 해당되므로

지방세법 제276조

제4항의 규정에 의거 1998년도분 종합토지세의 100분의 50을 경감하여야 한다고 주장하고 있다.

지방세법 제276조

제4항에서 산업단지개발사업시행자 및 벤처기업 집적시설의 사업시행자가 산업단지 또는 벤처기업 집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산

〔

ㅇㅇ단지공단의 경우는

공업배치및공장설립에관한법률 제45조의7

제3항제4호

(

입주기업체 및 지원기관을 위한 아파트형공장 기타 시설의 설치와 그 매각 및 임대에 관한 사업

)

및 제6호

(

입주기업체 근로자의 후생복지·교육사업 및 주택건설사업

)

의 사업용부동산을 포함

〕

에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감하며, 다만 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 산업단지 또는 벤처기업 집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있다. 또한 같은 법 부칙(1997.8.30. 법률 제5406호) 제1조에서 이 법은 1997년 10월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제2조에서 제5장의 규정은 2000년 12월 31일까지 적용한다고 규정하고 있다.

위 규정을 살펴볼 때, 취득세 및 등록세와는 달리 종합토지세의 경우 매년 독립적으로 그 토지의 이용현황에 따라 과세 또는 경감되어야 할 것이고,

지방세법 제276조

제4항 단서규정은 토지 취득일부터 3년 이내에 당해 용도에 「사용하지 아니한 경우」 감면된 지방세를 추징한다는 규정이라 할 것이므로

지방세법 제276조

제4항의 규정이 1997.10.1.부터 시행된 규정이라 하더라도 1997.10.1.이후에 취득한 토지에 대해서만 종합토지세를 경감한다는 규정이 아니라, 1997.10.1. 이전에 취득한 토지라 하더라도 1997.10.1. 이후 종합토지세 과세기준일 현재 경감 규정에 따라 사용한 경우에도 종합토지세를 경감한다는 규정으로 해석함이 타당하다 할 것이다.

따라서 ㅇㅇ단지공단의 경우 종합토지세 과세기준일 현재 “산업단지개발사업 시행자 및 벤처기업 집적시설의 사업시행자가 산업단지 또는 벤처기업 집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하여 동 목적에 사용하고 있는 토지”와 “입주기업체 및 지원기관을 위한 아파트형공장 기타시설의 설치와 그 매각 및 임대에 관한 사업, 입주기업체 근로자의 후생복지·교육사업 및 주택건설사업용으로 사용하고 있는 토지”에 대해서는 1997.10.1. 이전에 취득한 토지라 하더라도

지방세법 제276조

제4항의 규정에 의거 종합토지세의 100분의 50을 경감하여야 할 것이다.

청구인은 쟁점토지를 1967.12.30.부터 1987.9.4.까지 취득한 후 1998년도 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 벤처센터빌딩, 보세장치장, 근로탁아복지관, 구내식당, 일반창고, 펌프장, 근로자 복지시설, 정수장, 골프연습장 용도로 사용하고 있고, ① 벤처센터빌딩용 토지(7,396㎡)의 경우 청구인이 동 토지상에 벤처기업 집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 1998.2.4. 서울특별시장으로부터 벤처기업 집적시설 지정을 받고, 1998.3.12. 처분청으로부터 건축허가를 받아 건축중에 있으므로 벤처기업 집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 사용하고 있는 토지 또는 입주기업체 및 지원기관을 위한 기타 시설용으로 사용하는 토지에 해당되어 종합토지세 경감대상 토지로 보아야 하며, ② 보세장치장용 토지(4,167.9㎡)의 경우 타인에게 임대하고 있다 하더라도 임대차계약서 제1조에서 입주업체의 수출입 화물을 장치하고 원활한 통관절차를 지원하기 위하여 임대한다고 되어 있으므로 입주기업체 및 지원기관을 위한 기타 시설용으로 사용하는 토지에 해당되어 종합토지세 경감대상 토지로 보아야 하며, ③ 근로탁아복지관용 토지(4,307.9㎡)의 경우 지하층 부속토지(594.2㎡) 및 1층 부속토지(742.7㎡), 4～5층 부속토지(1,485.5㎡)를 타인에게 임대하여 사무실용도로 사용하거나 청구인의 사무실 용도에 사용하고 있으므로 동 부속토지는 입주기업체 및 지원기관을 위한 기타 시설용 토지에도 해당되지 아니하고, 입주기업체 근로자의 후생복지용 등으로 사용하는 토지에도 해당되지 아니하여 종합토지세 경감대상 토지로 볼 수 없다 하겠으나, 2～3층 어린이집 부속토지(1,485.5㎡)는 공단 입주업체에서 근로하는 사원 및 지역사회 주민자녀들의 보육을 목적으로 하고 있으므로 입주기업체 근로자의 후생복지용으로 사용하는 토지에 해당되어 종합토지세 경감대상 토지로 보아야 하며, ④ 구내식당용 토지(1,408.7㎡) 및 일반창고용 토지(2,084㎡)의 경우 청구인의 구내식당 및 일반창고 등의 용도로 사용하고 있으므로 종합토지세 경감대상 토지로 볼 수 없다 하겠으나, ⑤ 펌프장용 토지(370.5㎡)의 경우 공업용수를 정수장으로 공급하는 시설이므로 입주기업체 및 지원기관을 위한 기타 시설용으로 사용하는 토지에 해당되어 종합토지세 경감대상 토지로 보아야 하며, ⑥ 근로자 복지시설용 토지(7,963㎡)의 경우 타인에게 임대하고 있다 하더라도 임대차계약서 제1조에서 공단 입주자들과 지역사회의 편익증진을 위한 공단 지원시설(판매·문화·근린생활시설)을 개발하기 위하여 임대한다고 되어 있고, 1997.3.13. 처분청으로부터 건축허가를 받아 건축중에 있으므로 입주기업체 및 지원기관을 위한 기타 시설용으로 사용하는 토지 또는 입주기업체 근로자의 후생복지용 등으로 사용하는 토지에 해당되어 종합토지세 경감대상 토지로 보아야 하며, ⑦ 정수장용 토지(3,659㎡)의 경우 공업용수를 정수하는 시설이므로 입주기업체 및 지원기관을 위한 기타 시설용으로 사용하는 토지에 해당되어 종합토지세 경감대상 토지로 보아야 할 것이나, ⑧ 골프연습장용 토지(9,105.32㎡)의 경우 입주기업체 및 지원기관을 위한 기타 시설용으로 사용하는 토지 또는 입주기업체 근로자의 후생복지용 등으로 사용하는 토지에 해당되지 아니하여 종합토지세 경감대상 토지로 볼 수 없다 할 것이다.

그런데도 처분청은 쟁점토지중 벤처센터빌딩, 보세장치장, 근로탁아복지관 건물내의 어린이집, 펌프장, 근로자복지시설, 정수장용 토지에 대하여 종합토지세의 100분의 50을 경감하지 아니한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

둘째, 쟁점토지는 청구인이 타인에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지 또는 임대한 토지이므로

지방세법시행령 제194조의15

제4항제18호의 규정에 의거 종합토지세를 분리과세하여야 한다고 주장하고 있다.

지방세법시행령 제194조의15

제4항제18호에서 ㅇㅇ단지공단이 타인에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지(임대한 토지를 포함)에 대해서는 종합토지세를 분리과세하도록 규정하고 있다. 따라서 ㅇㅇ단지공단이 타인에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지 뿐만 아니라, ㅇㅇ단지공단이 그 소유의 토지를 타인에게 임대한 경우에도 종합토지세 분리과세대상 토지에 해당된다고 보아야 할 것이다.

청구인의 경우 쟁점토지중 벤처센터빌딩용 토지(7,396㎡), 보세장치장용토지(4,167.9㎡), 근로탁아복지관 건물내의 지하층 부속토지(594.2㎡)·1층 일부 부속토지(437.8㎡), 구내식당 건물내의 일부 건물의 부속토지(446.4㎡), 일반창고용 토지(2,084㎡), 근로자복지시설용 토지(7,963㎡), 골프연습장용토지(9,105.32㎡)를 타인에게 임대한 사실이 임대차계약서에 의거 입증되고 있으므로 이에 대해서는 분리과세 대상 토지로 보아야 할 것인데도 처분청이 종합합산 또는 별도합산 과세한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 4. 28.

행 정 자 치 부 장 관