공동으로 노유자시설을 신축한 후 사업양수도방식을 통하여 시설을 양수받은 경우 법인이 당해 시설전부를 새로이 취득한 것으로 보는 것이 적법한지 여부(경정)

예규·판례

공동으로 노유자시설을 신축한 후 사업...

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심판청구

조심2009지1025

생산일자 2010-12-07

AI 요약

요지

소유권이전등기를 경료한 점을 종합하여 볼 때, 청구법인이 이 건 건축물 전부를 새로이 취득한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법함.

상세내용

이유
1. 처분 개요

가. 처분청은 2007.10.16. 청구법인이 OOO와의 자산양수도계약으로 OOO 외 5필지상의 건축물 59,328.5㎡(용도 : 노인복지시설, 명칭 : OOO, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 2007.10.31. 취득하였음에도 이에 대한 취득세 등을 신고납부하지 아니하였다고 보아 그 취득가액 59,727,609,693원 중 2008.3.24. 신고한 금액 853,938,647원을 차감한 58,873,671,046원을 과세표준으로 하고

「지방세법」 제112조

제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 527,913,780원, 농어촌특별세 76,089,190원, 등록세 527,913,780원, 지방교육세 97,640,010원, 합계 1,229,556,760원(가산세 포함)을 2009.6.12. 청구법인에게 부과고지 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

종전부터 소유하고 있던 토지상에 유료노인복지주택을 신축하고 운영하기 위하여 처음에는 청구법인 단독명의로 건축허가를 받았다가 청구법인이 교육과학기술부의 통제로 인해 자금확보 등에 어려움이 있어 이후에 설계를 변경하고 OOO를 공동건축주로 하여 건축허가를 받아 사업을 진행하던 중 준공검사 및 보존등기가 되기 전에 미분양물량의 과다와 경영난으로 인한 OOO의 부도로 OOO를 M＆A방식에 의하여 처분하기에 이르렀고, 위 과정에서 투자기업인 OOO가 이 이 건 건축물의 인수를 거부함에 따라 청구법인이 OOO와 자산양수도계약을 체결하고 이 건 건축물을 인수하였는바,

이는 청구법인이 그룹의 모기업인 총괄시행자일 뿐만 아니라 OOO의 주식을 100% 소유하고 있어 OOO가 하는 행위나 청구법인이 하는 행위는 하나의 경제적 실체자로 인식함으로써 청구법인의 토지를 OOO에게 양도하고, OOO를 시행자 겸 시공자로 참여토록 하는 등 이 건 건축물을 OOO의 자산으로 회계처리하였다가 이후 OOO의 최대 주식보유자인 경영진이 청구법인에서 다른 투자기업으로 변경됨에 따라 OOO의 자산으로 되어 있는 토지와 이 건 건축물을 청구법인 명의로 보존등기한 것으로, 이 건 건축물의 진정명의인이고 실제 취득자인 청구법인이 이를 회수한 것에 불과한 것일 뿐임에도 이를 새로이 취득한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 중복과세에 해당되는 위법부당한 처분이라 하겠으므로 이는 취소되어야 할 것이고,

설사 이 건 건축물 취득이 새로운 취득에 해당된다고 인정한다 하더라도 2006.12.12. OOO가 이 건 건축물을 취득한 후 2년 이내인 2008.3.24. 청구법인 명의로 소유권이전등기한 것에 대하여 처분청이 취득세 등을 추징하자 이에 불복하여 OOO가 심판청구를 제기한 사건에 대하여 OOO은 취득세에 있어서는 OOO의 지분을 인정하여 100분의 50을 경감하고, 등록세에 있어서는 소유권보존등기 당시 지분(100분의 1)을 인정하는 결정(일부 감액)을 한 이상, 청구법인의 이 건 건축물 취득에 따른 이 건 취득세 등의 부과처분 또한 위 결정에 맞게 경정되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 이 건 건축물의 취득이 하나의 경제적 실체자인 내부자간의 형식적인 취득으로서 이 건 건축물의 진정명의인인 청구법인이 자산을 회수한데 불과하다고 주장하나,

취득세의 납세의무자를 규정한

「지방세법」 제104조

제8호에서 취득이라 함은 매매, 교환 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득·승계취득 또는 유상·무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고 있어 취득세의 과세객체가 되는 취득은 취득자가 소유권 이전, 등기·등록 등 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 그 자체를 말하는 것으로,

2007.10.16. 청구법인은 OOO와의 자산양수도계약 당시 양도대상자산 목록 중 이 건 건축물의 가액을 83,727,609,693원(토지가액

24,000,000,000원 포함)으로 계약체결한 점, 2008.4.10. 소유권이전등기를

경료한 점을 종합하여 볼 때, 청구법인이 이 건 건축물 전부를 새로이

취득한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 OOO와 공동으로 노유자시설을 신축한 후 청구법인이 사업양수도방식을 통하여 당해 노유자시설을 양수받은 경우 청구법인이 당해 노유자시설 전부를 새로이 취득한 것으로 보아 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제29조【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록을 하는 때

제104조【정의】

취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상, 무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

제105조【납세의무자 등】

② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기

·선박·광업권·어업권·골프회원권ㆍ승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」 또는 「항공법」 등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고, 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량·기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.

제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득 및

「소득세법」 제101조

제1항 또는

「법인세법」 제52조

제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액·가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제130조【과세표준】③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

(2)

지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

③ 제1항·제2항 및 제5항의 규정에 의한 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. 다만, 수입 또는 건조에 의하여 연부로 취득하는 선박에 대하여는 그러하지 아니하다.

④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을

「도시개발법」 제40조

에 따른 환지처분 또는 「도시 및

주거환경정비법」 제54조

의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

⑥ 연부로 취득하는 것으로서 그 취득가액의 총액이 법 제113조의 적용을 받지 아니하는 것에 있어서는 그 사실상의 연부금지급일을 취득일로 보아 그 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다)을 과세표준으로 하여 부과한다.

제82조의2【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표, 결산서

제82조3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용{소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다}을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2004.8.2.

청구법인은 노유자시설인 이 건 건축물OOO에 대한 건축허가를 받았다가 2006.4.27. 설계변경 및 건축주를 청구법인 단독에서 청구법인과 OOO 공동으로 하는 내용으로 하여 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받았다.

(2) 2006.12.12. 청구법인과 OOO는 공동명의로 이 건 건축물에 대한 임시사용승인을 받았으나, 2007.1.8. OOO 명의로 하여 이 건 건축물에 대한 취득세와 등록세를 신고(납부일 2008.3.24.)하였다.

(3) 2007.10.16. 청구법인과 OOO는 투자계약을 체결하였는데, 그 계약서는 OOO가 투자자로서 피투자기업인 OOO의 신주를 인수하며, OOO가 청구법인에게 OOO의 자산 및 부채를 양도하는 자산양수도계약을 체결하고, 이에 따라 해당 자산, 부채 및 관련계약의 이전절차가 완료되는 것을 선행조건으로 청구법인에게 이 건 건축물을 양도한다는 등의 내용으로 되어 있으며,

같은 날 청구법인과 OOO는 자산양수도계약을 체결하였는데, 그 계약서는 양도기준일은 2007.9.30.로 하고, 양도대상은 OOO을 영위하기 위하여 양도기준일 현재 소유하고 있는 자산과 OOO을 영위하기 위하여 양도기준일 현재 부담하고 있는 부채 및 OOO과 관련하여 양도기준일 현재 OOO가 일방 당사자로 체결한 계약으로 하며, 청구법인은 양도대상자산 등의 양수의 대가로 OOO에게 43,145,471,171원(부가가치세 제외)을 지급하되, 양도대금 중 18,245,471,171원은 OOO의 청구법인에 대한 차입금 채무와 본 계약 체결일자로 대등액에서 상계하고, 나머지 24,900,000,000원은 6회 분할하여 지급(아래 표 참조)하는 것으로 하며, 양도대상자산 중 이 건 건축물의 가액은 83,727,609,693원(토지가액 24,000,000,000원 포함)으로 하고, OOO는 거래종결일까지 일체의 양도대상자산 등을 청구법인에게 양도하며, 명의변경(인·허가변경 포함) 또는 권리나 의무의 이전에 필요한 제반 절차(법적 대항력을 갖추기 위한 채권양도통지 포함)을 이행한다는 등을 내용으로 되어 있다.

지급일

2008. 3.31.

2008. 9.30.

2009. 3.31.

2009. 9.30.

2010. 3.31.

2010. 9.30.

지급액

4,150백만원

(4) 2008.2.26. 청구법인과 OOO는 공동으로 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받은 후 2008.3.24. 청구법인과 OOO 지분을 각각 100분의 99와 100분의 1로 하여 이 건 건축물에 대한 소유권보존등기절차를 완료하였다.

(5) 한편, 2008.2.5. 청구법인과 OOO는 청구법인이 이 건 건축물에 대한 OOO 지분 100분의 1 전부를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 2008.4.10. 청구법인은 이 건 건축물에 대한 OOO 지분 전부(100분의 1)에 대한 소유권이전등기를 하였다.

(6) 살피건대, 청구법인은 유료노인복지사업을 영위하기 위하여 당초 단독으로 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받았다가 관련 사업인가 조건 미이행으로 발생되는 문제점에 대하여 OOO와 공동책임을 지는 것으로 협약을 체결한 후 OOO와 공동으로 이 건 건축물을 신축하는 것으로 건축주 명의변경을 하고 건축공사를 진행한 다음 OOO와 공동명의로 각각 임시사용승인 및 사용승인을 받았으며,

학교법인의 수익사업으로 인한 OOO으로부터의 허가 등에 대한 번거로움을 피하고 일괄기장하여 소득세 등을 신고하는 것이 편리하다고 판단하여 이 건 건축물의 신축 및 분양과 관련한 회계처리 전반을 OOO의 장부에만 기장하고 있는 것으로 보일 뿐 이 건 건축물 취득과 관련하여 청구법인과 OOO의 취득지분에 대하여 별도로 정하고 있는 어떠한 자료도 확인되고 있지 아니한 이상, 당초 이 건 건축물은 청구법인과 OOO가 공동으로(각각 2분의 1 지분) 신축 취득한 것으로 보아야 하겠고OOO,

이 건에 있어 청구법인과 OOO는 2007.10.16. OOO가 이 건 건축물을 연부로 매도하기로 하는 자산양수도계약을 체결하면서 청구법인이 이 건 노인복지시설관련 부채를 인수하고 OOO가 청구법인에 지급해야 할 차입금은 양도대금의 일부와 상계처리하되, 나머지 금액은 3년간에 걸쳐 연부로 지급받기로 한 이상,

청구법인과 OOO가 이 건 자산양수도계약 체결 당시에는 이 건 건축물에 대한 OOO의 지분(2분의 1) 중 이 건 건축물 관련 부채 승계액(47,708,402,250원)의 2분의 1인 23,854,201,125원과 차입금 상계액 18,245,471,171원을 합한 42,099,672,296원(연부계약에 따른 계약보증금조)이 이 건 건축물 가액(112,451,747,007원)의 2분의 1에 해당하는 금액에서 차지하는 비율(74.87%) 해당부분만 청구법인이 취득하였다고 봄이 타당하다 할 것이어서 청구법인은 자산양수도계약 체결 당시에는 이 건 건축물 전부를 새로이 취득한 것이 아니라 위에서 산출한 비율에 해당하는 부분만을 새로이 취득하였다 하겠으므로OOO, 취득세에 있어서는 이 부분에 대해서만 납세의무만 있다고 보아야 할 것이다(나머지는 등기일에 취득한 것으로 본다).

다만, 등록세는 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금이므로 2008.3.24. 소유권보존등기 당시의 지분(100분의 99)에 대하여 납세의무가 있다 하겠다.

따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 일부 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「지방세법」 제77조

제5항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2항, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.