이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.12.30. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 6,611.9㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구외 (주)○○(대표이사 박○○)로부터 무상취득한 후 2005.1.11. 지방세법 제288조 제2항에서 규정하고 있는 기술진흥단체가 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 하여 취득세 등의 과세면제를 신청하자 같은 날 기술진흥단체에 해당되지 아니한다는 사유로 이를 반려하자 이 사건 토지의 과세시가표준액 9,917,850,000원에 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 198,357,000원, 농어촌특별세 19,835,700원, 합계 218,192,700원은 2005.1.31. 신고 납부하고 등록세 148,767,750원, 지방교육세 29,753,550원, 합계 178,521,300원은 2005.2.28. 신고 납부하자 이를 각각 수납하여 징수 결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1994.8.12. 특정연구기관육성법 제8조 및 같은법시행령 제12조 의 규정에 의하여 전 과학기술처장관으로부터 대덕전문연구관리본부 설치 승인을 받고 같은 날 설립허가(제174호)를 받은 법인으로서 정관 제2조에서 과학기술진흥에 기여함을 목적으로 하고 제4조에서 과학기술진흥을 위하여 설립된 단체의 육성지원사업을 주된 사업으로 한다라고 규정하고 있고 과학기 술부장관도 청구인을 과학기술진흥단체라고 해석(과학기술진흥과-11 2005.1.5.) 하고 있으므로 과학기술창조의 전당신축부지로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지의 취득세 등은 지방세법 제288조 제2항의 규정에 의하여 과세면제 되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 지방세법 제288조 제2항에서 규정하고 있는 기술진흥단체에 해당되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제288조 제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외에 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체 ·청소년단체가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고 규정하고, 특정연구기관육성법 제8조 제1항 및 제2항에서 특정연구기관은 합동하여 공동이용시설을 설치할 수 있으며, 공동이용시설의 설치·관리 및 운영에 관한 업무와 특정연구기관 상호의 관련사업을 행하게 하기 위하여 과학기술부장관의 승인을 얻어 공동관리기관을 설치할 수 있다고 규정하고, 같은법시행령 제12조 에서 공동관리기구의 명칭은 “대덕전문연구단지관리본부”라 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제13조 에서 공동관리기구는 다음 각호에 관한 업무를 행한다고 규정하면서, 그 제1, 2, 3호에서 공동이용시설의 설치·관리 및 운영, 연구기관의 업무에 관한 협조, 연구기관 직원의 복리증진과 후생시설의 설치·관리 및 운영이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1994.8.12. 특정연구기관육성법 제8조 및 같은법시행령 제12조 의 규정에 의하여 전 과학기술처장관으로부터 설립허가(174호)를 받은 재단법인으로서 2004.12.30. 이 사건 토지를 청구외 (주)스마트시티(대표이사 박관민)로부터 무상 취득한 후 이 사건 토지의 과세시가 표준액(9,917,850,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등은 2005.1.31. 신고 납부하고 등록세 등은 2005.2.28. 신고 납부한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데, 청구인은 특정연구기관육성법 제8조 및 같은법시행령 제12조 의 규정에 의하여 전 과학기술처장관으로부터 대덕전문연구단지관리본부 설치 승인을 받고 같은 날 과학기술진흥에 기여함을 목적사업으로 하여 설립허가를 받은 법인으로서 과학기술부장관이 청구인을 과학기술진흥단체라고 해석하고 있으므로 과학기술창조의 전당부지로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지의 취득세 등은 지방세법 제288조 제2항의 규정에 의하여 과세면제 되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법 제288조 제2항에서 정부로부터 허가 등을 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체 등이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로 동 규정에서의 기술진흥단체는 지방세법령에서 구체적으로 명시하고 있지 아니함에 따라 법인의 정관 상 목적사업·예산 및 사업실적 등을 고려하여 개별적으로 판단하여야 할 것이고 기술진흥의 사업이 부수업무 또는 지원업무가 아닌 주된 사업이어야 하며 주된 사업의 판단은 정관 상 목적사업과 관련하여 사업실적 및 예산의 사용용도 등에 있어 그 비율이 높은 사업을 주된 사업으로 판단하여야 할 것이므로 청구인의 경우는 정관 제2조에서 대덕연구단지 입주기관 상호 간의 관련 사업과 국가사무 위탁업무 및 단지 내 공동이용시설의 설치 운영 등 연구환경 조성사업을 수행함으로서 연구기관 종사자와 그 가족의 복지 증진 및 과학기술진흥에 기여함을 목적으로 한다라고 규정되어 있고 정관 제4조에서는 제2조의 목적달성을 위하여 공동이용시설의 설치운영 및 관리, 연구기관 종사자 및 그 가족의 후생복지증진사업운영, 단지의 홍보 및 국제협력과 연구기관 간의 공동관심 사업, 과학기술진흥을 위하여 설립된 단체의 육성지원 사업 등을 수행하도록 규정되어 있을뿐만 아니라 청구인이 제출한 2005년도 사업계획 및 실행예산서 상 조직은 행정관리부, 단지관리부, 체육공원부, 보육원으로 편성하여 운영되고 있고 수지 예산 총괄표에도 체육공원 운영 등의 수입을 복지시설회계로, 보육원운영수입을 보육사업회계로, 종합복지관 운영수입 등을 수탁사업회계로, 기금회계, 건설사업특별회계로 구분되어 있는 것으로 미루어보면 청구인의 주 목적사업은 과학기술 진흥 등을 위한 개발사업이 아니라 대덕전문연구단지 내의 공동이용시설의 설치, 관리, 운영과 연구기관 직원들의 복리증진, 후생시설의 설치, 관리 운영 등이 주 목적 사업이라고 보아야 함으로 비록 과학기술부장관이 청구인을 기술진흥단체라고 해석하고 있어도 이 사건 토지에 대한 취득세 등은 과세 면제 대상에서 제외되는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2005. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관