쟁점주식거래는 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당하는 것으로 보이므로, 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제2호, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 가목 및 같은 조 제3항(상증세법상 보충적 평가방법)에 따라 쟁점주식을 평가하는 것이 타당한 것으로 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 1995.6.10. 개업하여 충청남도 아산시 둔포면 OOO에서 자동차용 소음기 제조업 등을 영위하는 법인으로, 청구법인의 대표이사였던 a(개명 후 c)는 서울중앙지방법원으로부터 청구법인에 대한 자금 횡령 및 배임으로 2019.1.29. 징역 2년 6월을 선고받았고[2018고합908 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)], 쟁점판결은 서울고등법원 2019.6.20. 선고 2019노407 판결로 확정되었다. 나. 대전지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.2.3.부터 2021.4.19.까지 청구법인의 2015∼2019사업연도에 대하여 법인통합조사를 실시한 결과, (1) 청구법인의 대표이사인 a는 청구법인의 계좌에서 현금을 인출하여 현금시재로 처리한 후 현금 및 수표로 전달받거나 a 계좌로 입금받는 방식 등으로 허위 회계처리를 하였고, 또한 청구법인이 주식회사 d와 주식회사 e에게 OOO원, OOO원을 각 대여한 것처럼 허위 대출을 하여 해당 대출금을 대표이사 개인의 채무변제에 사용하는 등 청구법인의 자금을 횡령 및 사적으로 사외유출한 것으로 확인하였으며, (2) a가 2016.6.21. 본인이 소유한 b㈜(주권상장법인, 이하 “b”이라 한다) 주식 30만주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 특수관계인인 청구법인에게 장외거래로 양도(이하 “쟁점주식거래”라 한다)하면서 최대주주 등의 할증평가를 가산한 금액으로 쟁점주식의 시가를 산정한 것에 대하여, 청구법인이 쟁점주식을 ‘고가 매입’한 것으로 보아, 거래당일 종가를 시가로 보아 OOO원을 손금불산입하고 소득처분(상여)하는 것으로 조사종결하고, 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다. ＜표1＞ 쟁점주식거래 관련 과세 내역 (단위: 주, 원) 다. 이에 처분청은 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제4항에 따라 청구법인 대표이사 a에 대한 상여로 소득처분하는 내용 등으로 2021.6.17. 청구법인에게 2016년 귀속 OOO원, 2017년 귀속 OOO원, 2018년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 각각 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) (쟁점①) 쟁점판결에 따라 a가 횡령한 것으로 보아 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 처분은 부당하다. (가) 횡령한 금액 중 납세의무 성립 전(과세기간 종료일 전)에 회수한 금액은 소득처분대상이 아니다. 1) 쟁점판결에 따른 현금시재 부족액은 아래 ＜표2＞와 같이 2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원으로 「형법」상 a가 일시적으로 유용한 사실은 있으나, 매 사업연도 말에 부족한 현금 시재액을 전액 보충하였으므로 상여로 처분할 수 없다. ＜표2＞ 현금시재 부족액 (단위 : 원) 2) 특히 2018사업연도 OOO원은 해당 사업연도 말 전에 회수되어 법인세 과세표준신고 시 이를 포함하여 신고하였는바, 입금된 금액에 대해서는 실질귀속에 따라 소득처분을 하여야 하므로 청구법인에게 귀속된 이상 상여처분 대상이 되지 아니한다(국세청 법인22601-1407, 1986.4.30.). (나) 타법인에 대여한 형식을 취해 횡령한 금액이라 하더라도 당초 회수를 전제로 한 대여금이므로 소득처분 대상이 아니다. 1) 대여금에 대해 사업연도 말에 이자와 일부 원금을 회수하고 있고, a의 청구법인 내에서의 실질적인 지위 및 청구법인에 대한 지배 정도로 보아 a의 의사를 청구법인의 의사와 동일시하거나 a와 청구법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우에 해당하므로 회수를 전제로 한 대여금에 해당하는바, 횡령으로 처벌받았다고 하더라도 소득처분 대상이 아니므로 부과처분을 취소하여야 한다. 2) a의 재산규모는 약 OOO원으로 대여금을 회수할 것이 객관적으로 입증되는바, 사외유출되어 a에게 확정적으로 귀속된 것으로 보아 소득처분하는 것은 부당하다(조심 2016서904, 2016.6.21.). ＜표3＞ a의 재산소유현황(2015.12.31. 기준) (다) 납세의무 성립 후에 회수한 대여금은 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었으므로 「국세기본법」 제45조의2 제2항 등이 규정한 후발적 경정청구를 하여 그 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다. 횡령으로 형사처벌되었다고 하더라도 이러한 위법소득이 반환된 이상 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되어 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었으므로 소득처분은 취소되어야 한다(대법원 2015.7.16 선고 2014두5514 전원합의체 판결 및 서울고등법원 2021.1.28 선고 2020누38258 판결). (2) (쟁점②) 대주주 간의 상장주식의 장외 거래는 경영권이 수반된 거래이므로 「상속세 및 증여세법」 제63조 와 「법인세법 시행령」 제89조 에 따른 할증평가대상이며 부당행위계산 대상이 아니다. (가) 「법인세법」상 주권상장법인이 발행한 주식의 시가는 ① 한국거래소에서 거래한 경우와 ② 한국거래소에서 거래하지 않은 경우(장외거래 등)로 나누어지는데 이는 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 「법인세법」상 주권상장법인 발행 주식의 시가

구분	적용 법령	시가
한국거래소 거래 ○	「법인세법 시행령」제89조 제1항	한국거래소 최종 시세가액 ( 「상속세 및 증여세법」제63조 미적용 → 할증평가 ×)
한국거래소 거래 ×	「법인세법 시행령」제89조 제2항	시가가 불분명한 경우로 「상속세 및 증여세법」제63조 적용 → 할증평가 ○

즉 「법인세법 시행령」제89조 에서는 ‘주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래하지 않은 경우의 해당 주식의 시가는 「상속세 및 증여세법」을 적용’하도록 규정하고 있는바, 최대주주 등이 보유한 주식은 할증평가액을 가산한 금액이 시가이고, 기획재정부 예규, 국세청 과세기준자문, 판례 및 국세청에서 발행한 ‘상속세·증여세 실무해설’ 책자에서도 일관되게 동일한 입장이다. (나) 쟁점주식거래는 ① 한국거래소에 거래하지 않은 경우(장외에서 주식 양수도 계약으로 거래)이고, ② a가 청구법인의 최대주주 등에 해당함에 다툼이 없다. 따라서 쟁점주식거래의 「법인세법」상 시가는 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 따라 「상속세 및 증여세법」제63조 제1항을 준용하여 평가한 가액(평가기준일 이전·이후 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종시세가액의 평균액)에 「상속세 및 증여세법」제63조 제3항에 따른 할증평가액을 가산한 금액이 되는 것이고, 청구법인은 할증평가액을 가산한 금액으로 쟁점주식을 매입하였던바 청구법인이 특수관계인인 a로부터 쟁점주식을 고가 매입한 사실이 없으므로 쟁점주식거래는 「법인세법」제52조 의 부당행위계산의 부인 대상에 해당하지 않는다. (다)「상속세 및 증여세법」상 최대주주 등의 보유주식에 대하여 할증평가를 하는 이유는 최대주주 등이 보유하는 주식은 통상적인 주식가치에 더하여 당해 회사의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치, 이른바 ‘경영권 프리미엄’이 있음을 반영한 것으로, 주권상장법인이나 코스닥상장법인, 비상장법인의 주식 및 출자지분에 대하여 「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 제1호에 따른 방법으로 평가하거나, 기업공개중인 법인 주식, 미상장주식 등을 평가할 때까지 모두 적용된다. 1) 최대주주 보유주식 할증평가는 증여자 또는 양도자 입장에서 경영권 프리미엄을 보유하였다 하여 할증평가를 하는 것으로, ① 거래 시점에서, ② 주식을 이전하는 자를 기준으로, ③ 이전되는 주식이 “최대주주로서 보유하는 주식”이면 적용되는 것으로, 다만 아래와 같이 경영권 프리미엄이 형성되어 있다고 보기 어렵거나 프리미엄이 반영된 거래가액을 시가로 인정하는 경우 등에는 할증평가를 하지 않도록 하고 있다( 「상속세 및 증여세법」제63조 제3항, 「상속세 및 증여세법 시행령」제53조 제7항). ＜표5＞ 국세청 발간 ‘「상속세 및 증여세법」실무해설’ 책자

할증평가 제외 주식 : 직전 3개 사업연도의 소득이 계속하여 결손금이 있는 법인, 최대주주 등이 특수관계 없는 자에게 매도한 가액이 시가로 인정된 경우, 합병·증자·감자·현물출자 또는 전환사채의 증여이익을 계산하는 경우, 순환출자주식, 사업개시 3년 미만 법인으로서 영업이익이 모두 결손인 법인의 주식, 상속·증여세 신고기한 이내에 청산이 확정된 법인의 주식 등

2) 즉 최대주주 등의 보유주식이면 「상속세 및 증여세법」상 할증평가 제외 주식에 해당되지 아니하면 할증평가 대상이 되고, 「상속세 및 증여세법」은 사실상 경영권 이전이 수반되었는지, 사실상 경영권 프리미엄이 있었는지 등과는 무관하므로 쟁점주식의 거래는 최대주주 등의 보유주식으로 할증평가 대상임이 명확하다 할 것이다. 3) 쟁점주식과 같은 b 상장주식의 2017년 장외거래에 대하여 조세심판원은 이미 인용결정을 하였고[조심 2023전589·2023서8130(병합)], 해당 심판결정의 주식 매매거래와 쟁점주식거래는 종목, 양도인, 양수인이 동일한 연속된 거래로 볼 수 있다. 나. 처분청 의견 (1) (쟁점①) 쟁점판결에 따라 청구법인의 대표이사 a가 청구법인 자금을 횡령한 것으로 보아 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 처분은 타당하다. (가) (납세의무 성립 전 회수 주장에 대한 반박) 청구법인은 매 사업연도 말에 부족한 현금시재를 보충하였다고 주장하나, a의 지시에 따라 청구법인은 회계감사에 대비하여 실제로 횡령된 금원이 반환·회수된 사실이 없음에도 매년 말 일시적으로 현금시재를 일치시키는 방법으로 관리하였을 뿐, 횡령한 금액이 실질적으로 반환·회수된 것은 아니다. ＜표6＞ 청구법인 직원의 2018.8.6.자 검찰 진술조서 1) 청구법인은 검찰의 압수·수색 개시(2018.6.28.) 후 2018년 9월 횡령금이 정상적인 것처럼 회계처리하기 위하여 SAP시스템에 임원대여금을 소급하여 회계처리하기도 하였다. ＜표7＞ 현금시재 소급계상 내역 (단위 : 백만원) 2) 청구법인은 현금시재 횡령 금원을 자금관리 담당직원이 허위로 기록된 SAP의 현금계정 잔액과 회사금고의 실질적 현금시재의 차액을 별도로 관리하였다. 3) 이 건은 소득금액변동통지 처분으로, 원천징수납세의무에 따라 이루어진 것인데, 원천징수하는 소득세·법인세의 납세의무 성립시기는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때로 규정하고 있는바, 2018년 1월 횡령하는 시점이 지급하는 때에 해당하므로 2018년 1월에 납세의무가 성립되었다고 보아야 한다. 따라서 2018사업연도의 경우 납세의무가 성립되기 전에 소득처분을 하였으므로 이와 관련된 청구주장은 그 이유가 없다고 보아야 한다. (나) (회수를 전제로 대여하였다는 청구주장에 대한 반박) 쟁점판결에 따르면 청구법인의 대주주이자 실질적 운영자인 a는 2015.1.9.부터 2018.1.2.까지 30회 이상에 걸쳐 허위의 회계처리 또는 허위대출의 방법 등으로 청구법인의 자금을 수시로 횡령하여 청구법인의 자금을 개인의 사금고처럼 사용하였고, 청구법인 내 a의 횡령을 통제하거나 지시 감독할 만한 사람이나 부서가 존재하지 않았는바, 주식회사 e에 대한 대여금은 회수를 전제로 한 대여금으로 볼 수 없다. 1) 청구법인의 직원 역시 검찰 조사 시 ‘a가 2010년 이후부터 회장으로서 청구법인을 실질적으로 지배하였다’고 진술하였다. 또한 청구법인 직원은 주식회사 e에 대한 대여는 ‘a가 일방적으로 지시하여 이루어졌고, 관련 이사회회의록은 형식적으로 작성되었으며 실제로 관련 이사회가 진행된 바 없다’고 진술하였다. 그리고 대여금 관련 담보를 제공받아야 한다고 건의하였으나, a 회장이 ‘내가 아는 업체이니 회수에 대해 걱정하지 말라’고 하여, 그 지시에 따를 뿐 담보에 대하여 알아볼 생각도 하지 못하였다고 진술하였다. 2) 당초 횡령된 돈이 회수를 전제로 한 것인지 여부는 횡령 당시를 기준으로 판단해야 하는바, 횡령 당시 청구법인 내에서 a의 지위와 지배력, 허위대출을 통한 횡령 경위, 장기간 30회 이상 수시로 이루어진 점, a의 횡령에 대하여 청구법인측에서 알고도 이를 장기간 묵인한 점 등을 고려하면, 청구법인과 a의 경제적 이해관계가 다르다고 볼 수 없다. 3) 처분청은 검찰수사 전 회수된 주식회사 d에 대한 대여금 OOO원은 상여처분 대상에서 제외하였다. (다) (후발적 경정청구 주장에 대한 반박) a가 횡령액을 변제한 것은 ‘검찰수사 개시 후’로, a가 형사 사건에서 유리한 양형을 받기 위한 목적에서 이루어진 것이지, 청구법인이 자발적으로 횡령금을 회수한 것이 아니다. 1) 「법인세법 시행령」 제106조 제4항 단서(경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우)에 해당하는 경우에는 사외유출된 금액이 회수되었다고 하더라도 사내유보로 볼 수 없어 소득처분은 적법하다. 2) 대법원은 사외유출된 소득이 환원되었다고 하더라도 이미 발생한 소득세 납세의무에 영향이 없음을 판시하고 있다(대법원 2016.9.23. 선고 2016두40573 판결 등). (2) (쟁점②) 쟁점주식의 시가는 ‘거래일 거래소 종가’로 보는 것이 타당하다. (가) 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에서 ‘유사한 상황의 거래에서 해당 법인이 특수관계인 외에 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’을 시가의 의미를 규정하고 있는 점을 고려할 때, 비록 상장주식이 ‘장외’에서 거래되었다고 하더라도 해당 거래가 장내 거래와 다른 조건 또는 다른 상황하의 거래라고 볼 수 있는 특별한 사정이 없는 이상, 장내 거래 최종시세가액은 같은 날 장외 거래의 시가로 볼 수 있다. (나) 서울고등법원 2019.3.20. 선고 2018누66199 판결도 ‘경영권 이전을 수반하지 않는 상장주식의 장외거래인 경우에는 거래일의 종가를 시가’로 본 것이 정당하다고 판시하였다. (다) 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 개정 내용 및 연혁을 고려하면, 쟁점주식거래에 적용되는 개정 전 시행령 하에서도 장외거래를 장내거래와 달리 볼 특별한 사정이 없는 한, 거래일 최종시세가액을 시가로 봄이 타당하다. 2021.2.17. 대통령령 31443호로 개정된 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 단서는 아래와 같이 상장주식을 장외에서 거래하는 경우나 대량매매의 경우에도 거래일 최종시세가액을 시가로 규정하였다. 개정된 시행령 제89조 제1항은 개정 전 시행령과 같이 ‘상장주식 장내 거래의 경우’ 거래일 최종시세가액을 시가로 본다는 점을 명시적으로 규정하지 않고 있는데, 개정된 시행령 제89조 제1항 ‘본문’의 ‘시가’의 의미에 의할 때, 상장주식 장내 거래의 경우 거래일 거래소 종가를 시가로 인정할 수 있으므로, 결국 개정된 시행령 제89조 제1항에 의하면, 상장주식의 경우 장내 거래나 장외 거래 모두 거래일 최종시세가액을 시가로 규정하고 있다고 봄이 타당하다. (라) 쟁점주식거래는 경영권 이전과 아무런 관련이 없고 청구법인은 a의 지시에 따라 쟁점주식을 매입하였는바, 쟁점주식에 대하여 최대주주 할증평가를 해야 할 사정이 인정되지 않는다. 1) 쟁점판결은 쟁점주식거래 당시 경영권 이전이 수반되는 등 경영권 프리미엄 등을 반영해야 할 사정이 없었으므로 쟁점주식 거래일 종가를 시가로 봄이 타당하다고 판단하였다. 2) a 역시 관련 검찰 피의자신문 과정에서 ‘쟁점주식거래가 b에 대한 경영권 이전과 무관’하고, ‘청구법인은 쟁점주식을 취득할 필요가 없음에도, a 자신이 청구법인으로 하여금 쟁점주식을 매입하도록 하였다’고 진술하였다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점판결에 따라 청구법인의 대표이사 a가 청구법인 자금을 횡령한 것으로 보아 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 처분의 당부 ② 쟁점주식의 시가는 한국거래소 최종시세가액이 아닌 최대주주 할증평가를 가산한 금액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점판결의 주요내용은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 쟁점판결 주요내용 (2) 청구법인 대표이사 a의 검찰 피의자신문조서의 주요내용은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ a의 검찰 피의자신문조서 주요내용 (3) 처분청의 2016∼2018년 귀속 소득금액변동통지의 내역은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 2016∼2018년 귀속 상여 소득처분내역 (단위 : 원) 청구법인은 위 소득처분에 대하여 횡령금을 아래 ＜표11＞과 같이 회수하였다고 제시하였다. ＜표11＞ 청구법인이 제시한 횡령금액 회수내역 (단위 : 백만원) (4)청구법인이 발행한 주식의 보유 현황은 아래 ＜표12＞와 같으며, ＜표12＞상 f은 청구법인의 대표이사 a의 형제이다. ＜표12＞청구법인 발행주식 보유 현황 (단위:주, 천원, %) (5) 쟁점주식 양수도 계약서의 주요내용은 아래 ＜표13＞과 같다. ＜표13＞ 쟁점주식 양수도 계약서 주요내용 (6) 청구법인은 쟁점주식거래 이전·이후 2개월 기간의 장내 거래내역을 아래 ＜표14＞와 같이 제시하였다. ＜표14＞ 쟁점주식거래 이전·이후 2개월 장내 거래내역 (단위 : 주, 원) (가) 위 ＜표14＞에 따르면 쟁점주식거래 이전·이후 2개월 동안의 거래가액 평균액은 OOO원이며, 이에 대하여 30% 할증률을 적용하면 OOO원으로 이는 위 ＜표1＞의 1주당 매매가액 OOO원과 상이하다. (나) 청구법인은 2016.4.22.부터 2018.6.20.까지의 평균액 OOO원에 할증률 30%를 적용하여 시가를 OOO원으로 산정한 것으로 보인다. (7) 청구인은 청구법인의 등기부상 대표이사의 변동내역을 아래 ＜표15＞와 같이 제시하였다. ＜표15＞ 청구법인의 대표이사 변동내역 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 1) 처분청은 납세의무성립 전에 회수된 횡령금액은 소득처분대상이 아니라는 청구주장이 부당하다는 의견이나, 「법인세법」 제67조 는 “제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제106조 제4항은 “내국법인이 「국세기본법」 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있는바, 사업연도 중에 횡령금액이 회수되었다면 특별한 사정이 없는 한 상여로 소득처분할 수 없다고 보는 것이 타당하다. 이 건의 경우, 청구법인이 심판관회의시 제출한 무통장입금증 등 금융거래내역 등에 의하면 2018사업연도는 횡령금액이 납세의무 성립 전에 회수된 것으로 보이며, 동 횡령금액 중 일부 금액이 회수되었다는 점에 대하여 양 당사자 간에 다툼이 없는바, 2018사업연도 납세의무 성립 전에 회수된 횡령금액 OOO원(=현금 OOO원+장기대여금 OOO원)은 과세대상에서 제외하는 것으로 하여 2018년 귀속 소득금액변동통지 금액을 경정하는 것이 타당하고 할 것이다. 그러나 2016사업연도 및 2017사업연도는 횡령금액이 실제로 반환된 것이 아니라 단순히 회계처리만 이루어진 것으로 보이는 점, 쟁점판결은 a가 청구법인의 자금을 허위회계 처리를 통해 횡령하였다고 판단한 점, 이 외에 2016·2017사업연도와 관련하여 납세의무 성립 전에 횡령금액이 회수되었음을 입증할 수 있는 구체적인 증거가 확인되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 2016·2017사업연도의 경우 납세의무성립 전에 횡령금액이 회수되었다고 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 2) 또한 청구법인은 타법인에 대여하는 형식으로 횡령한 금액이라도 당초 회수를 전제로 한 대여금이므로 소득처분대상이 아니라고 주장하나, 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하며, 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 관하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하는바(대법원 2008.11.13. 선고 2007두23323 판결, 같은 뜻임), 쟁점판결에 따르면 a는 청구법인의 대표이사이자 대주주 겸 실질적 운영자로서 청구법인 운영 및 자금집행 업무를 총괄하고 있었던 점, a가 청구법인의 회계담당 직원에게 지시하여 횡령이 이루어진 것으로 확인되는 점, 청구법인 직원의 2018.8.6.자 검찰 진술조서에 따르면 해당 직원은 “a가 ‘내가 아는 업체이니 회수에 대해 걱정하지 말라’고만 하고 다른 지시가 없어 결국 담보제공을 받지 못했다”고 진술한 점, 청구법인과 대표이사 a의 경제적 이해관계가 일치하지 않는 특별한 사정이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 3) 청구법인은 납세의무 성립 후에 회수한 대여금은 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되어 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었으므로 해당 소득처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 본래 사외유출되어 해당 법인의 대표자 등에게 귀속된 금액에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 금액이 해당 법인에 환원되었더라도 이미 성립한 소득세 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호에 따라 소득처분을 하는 것이 원칙이며, 다만 같은 조 제4항 본문은 해당 법인이 소정의 기한 내에 자발적인 노력에 의하여 그 금액을 회수한 경우에는 그 금액이 사외유출되지 아니한 것으로 보아 원칙에 따른 소득처분을 하지 아니하도록 함으로써 해당 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 주고 있고, 해당 법인이 사외유출된 금액을 회수하더라도 그것이 해당 법인의 자발적인 노력에 의한 것이 아닌 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 소득처분을 하도록 한 것이 같은 항 단서이므로, 그것이 「소득세법」을 위반하여 소득의 귀속이 없음에도 과세하는 것이라고 볼 수 없는바(대법원 2016.9.23. 선고 2016두40573 판결, 같은 뜻임), a는 해당 횡령 자금을 검찰 수사 개시 후에 청구법인에 반환하였으므로 이는 자발적인 노력에 의하여 횡령금액이 회수된 것이라고 보기 어려우므로, 이에 대하여 처분청이 「법인세법 시행령」 제106조 제4항 단서에 따라 소득처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021부2384, 2021.12.13., 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점주식의 시가를 한국거래소 최종시세가액으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점주식 매매계약 체결일인 2016.6.21.경 쟁점주식 거래와 유사한 상황에서 b 발행 주식이 특수관계인 외의 불특정 다수인에게 장외 거래된 사실이 없으며, 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 장외 거래된 사실도 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점주식거래는 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당하는 것으로 보이므로, 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제2호, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 가목 및 같은 조 제3항에 따라 쟁점주식을 평가하는 것이 타당한 것으로 판단된다[조심 2023전589ㆍ2023서8130(병합), 2023.8.31., 같은 뜻임]. 따라서 쟁점주식 거래일(2016.6.21.) 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액의 평균액에 100분의 30을 가산한 금액을 쟁점주식의 시가로 보아 2016년 귀속 소득금액변동통지 금액을 경정하는 것이 타당하다고 하겠다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법 2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법 ＜부 칙＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제13조(시가의 범위 등에 관한 적용례) 제89조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 거래하는 분부터 적용한다.

제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 ④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 세무조사의 통지를 받은 경우 2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우 5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 (3) 법인세법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제844호로 개정된 것) 제42조의6(주권상장법인이 발행한 주식의 시가) ① 영 제89조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항에 따른 최대주주 또는 최대출자자가 변경되는 경우 2. 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항에 따른 최대주주등 간의 거래에서 주식등의 보유비율이 100분의 1 이상 변동되는 경우 (4) 상속세 및 증여세법(2016.12.20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것) 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다. 나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다. 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. 2. 제1호 외에 국채(國債)·공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대해서는 제1항 제1호에도 불구하고 해당 법인의 사업성, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. 1. 기업 공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령으로 정하는 기간에 유가증권 신고를 한 법인의 주식등 2. 제1항 제1호 다목에 규정된 주식등 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 주식등을 거래하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간에 거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등 3. 거래소에 상장되어 있는 법인의 주식 중 그 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일 현재 상장되지 아니한 주식 ③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. (5) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것) 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다. ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 소득세·법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다. ③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 원천징수하는 소득세·법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. (각 호 생략) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (6) 국세기본법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 개정되기 전의 것) 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우 2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우 3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우 4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우