이유
1. 사실

청구인은 서울시 중랑구 OO동 OOOOO에 본점을 둔 법인인 바, 처분청은 청구법인의 86.1.1-88.12.31간의 법인세 소득금액을 조사 결정함에 있어서 청구법인이 운영하는 화물차 33대 전부가 지입차량인데도 그중 10대만을 지입차량으로 기장하고 나머지 23대는 회사 직영으로 기장함에 따라 위장 직영차량에 대한 실제 지입차주의 인적사항 및 지입차량별 수입 및 대응원가에 관한 장부를 제시하지 못한다 하여 청구법인의 86.1.1-88.12.31간 법인세를 추계 결정하였으며 금전등록기 영수증 이면에 유류 판매자의 확인이 없다 하여 86.1.1-89.9.30 기간중 유류 구입에 따른 부가가치세 매입세액을 불공제 처분함으로서 90.2.2 청구법인에게 90년도 수시분 법인세 137,725,220원 및 동방위세 20,282,830원과 90년도 수시분 부가가치세 276,010,090원을 결정고지하자, 청구법인은 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 90.7.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 청구법인은 81.11.6 설립되어 2.5톤～11톤 트럭으로 화물운송업을 영위하고 있는 법인인 바, 동 법인의 대표이사직을 “OOO”이 수행하다가 88.10월경 부도 발생등으로 부득이 실무를 전혀 알지 못하는 동생 “OOO”에게 89.6.27 대표이사직을 인계했으나 청구법인의 대주주는 현재까지도 전대표이사인 OOO이며, 그동안 부도등으로 경황이 없던 차에 동 OOO이 수원지방검찰청에 구금되고 청구법인의 경리장부 일체가 영치되는 과정에서 세무조사가 착수되어 세무조사 당시 26세이고 중졸이며 운전기사 경력뿐인 현 대표이사 OOO에게 사실과 다른 확인서를 받아 이를 근거로 법인소득금액을 추계 경정, 과세한 것은 부당하니 장부 영치가 해제되어 현재 비치, 기장하고 있는 장부, 증빙서류에 의거 법인소득금액을 실지조사결정, 과세하여 달라는 주장이며,

나. 청구법인의 유류구입은 실제로 구입하지도 않은 유류비라 하여 동매입세액을 불공제하였으나 청구법인이 구입한 유류비의 금전등록기 영수증에 이면기재가 있음에도 동 영수증에 공급자의 확인이 없다 하여 이를 조사하지도 않고 동 매입세액을 불공제한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

가. 법인세 추계결정 과세에 대하여 본다.

이 건 사실관계를 보면, 운송원가의 90%이상을 점유하는 유류비 증빙이 허위인 사실과 위장 직영차량 23대는 청구법인 소유로 등록되었으나 사실은 개인차주가 있다는 청구법인 대표자 OOO의 89.11.29자 확인서 내용에 따라 청구법인의 지입차량 관리 수수료 수입을 구분하여야 하고, 지입차주별 종합소득세등 과세가 가능하여야 할 것인데도 청구법인은 위 사실관계에 따른 기장이 전혀 갖추어 지지 아니한 상태로 확인되므로 법인의 소득금액을 추계 결정한 당초 처분은 잘못이 없다는 의견이며,

나. 부가가치세 매입세액 불공제 처분과세에 대하여 본다.

처분청의 이 건 과세관계 서류에 의하면 청구법인의 89.1기 확정신고 부가가치세 신고서를 분석한 바, 매출액에 대한 연료 점유비가 64.9%로서 업종별 손익항목 비교분석표상 전국평균치 24.01%보다 40.89%과다한 것에 착안하여 조사 착수한 결과 청구법인은 개인소유차량 33대를 지입받아 지입수수료만을 받은 것이 사실인데도 개인명의로 사업자등록된 10대를 제외한 23대를 회사직영차량으로 처리한 사실과 위 개인소유 차량을 위장 직영 처리하는 과정에서 청구법인이 실지 구입하지 아니한 유류비 해당 금전등록기 영수증을 개인 차주들로부터 매신고시마다 일괄 제출받아 부가가치세 매입세액 공제받은 사실을 청구법인의 기장 및 대표자 OOO의 확인서에 의해 확인하여 매입세액 불공제 처분한 것임을 알 수 있는 바, 위와 같은 사실은 89.11.29자 청구법인 대표이사 OOO의 확인서에 의해 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액으로 인정되며, 또 청구법인 보관 금전등록기 영수증에 공급받는자의 사업자 등록사항이 기재되어 있지 아니한 것으로 보아서도 공제받을 수 없는 매입세액으로 인정된다는 의견이다.

4. 쟁점

가. 청구법인의 장부 및 증빙이 없거나 미비하다 하여 법인소득금액을 추계 결정, 과세한 당초 처분의 당부와,

나. 유류비에 대한 금전등록기 계산서상 이면기재가 없다 하여 매입세액을 불공제한 당초 처분의 당부에 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

가. 쟁점 “가”에 대하여 살펴본다.

처분청의 이 건 법인세 및 동방위세의 과세표준 및 세액의 경정결의서에 의하면 소득금액 계산에 필요한 장부와 증빙이 미비하므로 추계 결정한다 하였으며 청구법인은 처분 조사당시인 89.11.29에는 장부등 제증빙이 수원지방검찰청에 영치되어 제시할 수 없는 상태이었으나 현재는 비치되어 있으니 실지조사 결정하여 달라는 주장이므로 우선 관련 법규를 본다.

법인세법 제32조

제3항 및

동법시행령 제93조

제1항에서 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때”에 해당하는 경우는 법인세 과세표준과 세액을 추계결정하도록 규정되어 있으므로 이 건 추계 결정, 과세 처분의 당부를 살펴본다.

청구법인에 대한 세무조사시(89.11.29)는 청구법인의 대표이사인 OOO의 형이며 실대주주인 OOO(40,000주중 18,000주 소유 45%)이 부도발생등으로 수원지방검찰청에 구금되어 청구법인의 장부들을 영치(89.11.16～90.6.30)한 관계로 장부와 그 증빙서류를 제시할 수 없었으나 현재는 제시할 수 있으니 이에 의거 실지조사결정해야 한다고 하면서 그 근거로 수원지방검찰청 검사장이 확인한 “압수수색사실증명원”과 동 지방검찰청 검사 OOO이 확인한 “압수 수색 사실증명원”을 제시하고 있어 이를 확인한 바 청구법인의 장부를 수원지방검찰청이 압수, 수색하여 경리장부 일체를 89.11.16부터 90.6.30까지 수원지방검찰청에 보관해 둔 사실이 있다는 내용이어서 청구주장대로 세무조사당시인 89.11.29에는 경리장부일체가 영치되어 처분청에 제시할 수 없는 상태이었었음을 알 수 있으며 처분청이 추계결정의 근거로 하기 위하여 청구법인의 대표이사인 OOO으로부터 89.11.29 확인서를 징취하였으나 동 OOO은 청구법인의 주식을 1주도 소유하고 있지 않은 형식상의 대표이사로서 89.11.29 조사당시 26세이며 중학교 졸업자로서 운전기사등의 약력이외에는 다른 경력이 없는 자이며 세무조사당시 OOO이 구금된 상태이었으므로 조사공무원의 구술에 따라 확인서를 제시하게된 것이라고 하면서 청구법인은 그 근거로 OOO의 이력서를 제시하고 있어 이를 확인한 바 청구주장과 일치하고 있고, 또한 청구법인은 86년부터 장부를 비치·기장하여 법인세등을 신고 납부한 것에 대하여 처분청은 이를 시인하였고 그에 대한 장부 및 증빙은 수원지방검찰청에 영치 당한바 있어 처분청에 제시하지 못하였으나 현재는 실지 조사할 수 있는 장부 및 증빙, 즉 총계정원장, 매입매출장 및 원장, 금전등록기명세서 영수증, 금전등록기, 세금계산서철, 전표철 및 영수증을 제시하고 있으며, 이 건 법인세·동방위세 과세표준 및 세액의 결정 결의서의 조사서에 의하면 장부와 증빙이 미비하므로 추계결정한다 하였으나 장부·증빙이 미비한 내역에 대하여는 조사지적함이 없이 막연히 기술한 점등을 종합하여 볼 때, 처분청 조사당시인 89.11.29에는 장부등 제증빙이 수원지방검찰청에 영치되어 제시할 수 없는 상태이었으나 현재는 비치되어 있으니 실지조사 결정하여 달라는 청구주장은 타당한 반면 청구법인의 소득금액을 추계 결정, 과세한 당초 처분은 부당하다고 판단되므로 취소하고 장부와 증빙에 의거 실지조사 결정함이 타당하다고 판단된다.

나. 쟁점 “나”에 대하여 살펴본다.

청구법인은 처분청이 금전등록기 영수증에 공급받는자의 인적사항과 공급대가를 공급가액과 부가가치세액으로 구분하여 기입하지 아니하였다고 하여 동 매입세액을 불공제 처분하였으나 이는 89.11.16 수원지방검찰청에 장부 및 증빙이 영치된 상태에서 17상자나 되는 금전등록기 영수증을 제시할 수 없는 상태이었으니 이를 재조사확인하여 동 매입세액을 공제하여야 한다는 주장이므로 이의 당부를 살펴본다.

청구법인이 제시한 부가가치세 신고서 및 법인세 과세표준 및 세액결의서에 의하면 청구법인은 화물운송업을 영위하면서 86년부터 부가가치세 및 법인세·동방위세등을 신고납부한 것에 대하여 처분청은 이를 시인하였으며 청구법인은 직영차량 23대의 차량등록원부를 보아도 그 소유가 청구법인 명의로 되어 있다고 하면서 차량명세 및 원부를 제시하고 있어 이를 확인한 바 청구주장과 일치하고 있고, 또한 청구법인은 금전등록기 영수증이 영치된 관계로 처분청에 제시할 수 없는 상태이어서 제시못하였으나 현재는 제시할 수 있다고 하면서 이를 제시하고 있는 점등을 종합하여 볼 때 이 건 쟁점 유류비에 대한 매입세액의 공제 여부는 쟁점 “가”에서 심리 판단한 바와 같이 법인소득금액의 실지조사결정과 관련하여 유류비의 실질구입여부등을 재조사 경정 결정하여야 한다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.