이유
1. 원처분 개요 청구인은 부동산임대업을 영위하는 사람으로서 경기도 고양시 OO동 OOOOO에 근린생활시설 2,500.7㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하기 위하여 92.4.9 청구외 OOOO주식회사와 공사도급계약을 체결하고서 92.4.9～93.3.29의 기간중 실제 공사를 진행하고, 93.5.17 위 시공사가 공사잔대금을 청구하면서 교부한 세금계산서(공급가액 870,000,000원, 세액 87,000,000원)에 의하여 매입세액 87,000,000원을 공제하고 93년 제1기분 부가가치세 확정신고(93.7.25)를 하여 93.8.24 위 매입세액을 환급받았다. 처분청은 청구인이 쟁점건물의 신축과 관련하여 시공업체인 위 OOOO주식회사로부터 교부받은 위 세금계산서가 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로 사실과 다른 세금계산서라고 보아 위 매입세액을 불공제하고 93.8.16 청구인에게 당해 기분 부가가치세 95,700,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.10.14 심사청구를 거쳐 94.1.4 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 92.4.9 청구외 OOOO주식회사와 착공일을 92.4.15, 준공일을 93.4.15, 공사금액을 1,463,000,000원(부가가치세 포함)으로 하고, 공사대가는 준공검사후 50일내에 자체사용검사를 실시하여 그 결과를 시공사에 통보하고, 위 통보일로부터 5일내에 잔여공사대금을 청구할 수 있도록 정하였고, 93.3.29 쟁점건물의 준공검사가 완료된 후 자체사용검사를 실시하고 93.5.17 당해 검사결과를 시공사인 OOOO주식회사에 통보하고 같은 날로 공급가액이 870,000,000원으로 된 세금계산서를 교부받았는 바 위 공사 계약조건에 따라 잔여공사대금을 청구하고 관련 세금계산서를 교부한 93.5.17을 이 건 공급시기로 보아야 할 것이므로 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 국세청장은 이 건 용역의 제공은 도급계약서상의 대가지급조건 및 대가지급사실로 볼 때 중간지급조건부 용역의 제공에 해당되므로 쟁점건물이 준공된 93.3.29 이후인 93.5.17 교부받은 이 건 세금계산서는 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 할 것이므로 이를 이유로 매입세액 불공제한 처분청의 처분은 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함이 타당한지 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다. 나. 관련규정 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제4호 및 제22조 제2호와 같은법시행규칙 제9조 의 규정에 의하면 완성도기준지급·중간지급조건부 거래라 함은 재화 또는 용역을 공급하는 경우 재화가 인도되기 전이나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우를 말하며, 이 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 한다고 규정하고 있고, 같은법 제16조 및 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하면 세금계산서의 작성년월일등 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 되어 있다. 다. 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부 (1) 청구인은 92.4.9 청구외 OOOO주식회사와 쟁점건물의 신축공사계약을 체결하고 92.4.9 위 회사에 계약금 130,000,000원을 지급하는 등 쟁점건물의 신축공사가 시행된 92.4.9부터 공사완료 8개월 후인 93.11.30까지의 기간중에 계약금, 기성금 및 잔금 등을 6회에 걸쳐 옹 1,463,000,000원을 지급하였음이 확인되는 바, 위 공사대가지급 사실로 볼 때 이 건 용역의 제공은 중간지급조건부 거래에 해당됨을 알 수 있다. (2) 청구인은 그 계약조건 제19조에 「건물준공후 50일내에 자체검사를 하여 당해 결과를 통보하고 그로부터 5일내에 공사대가를 청구할 수 있다」고 되어 있는 공사도급계약서와 발행자가 청구인, 발행일이 93.5.17로 되어 있는 자체검사통지서 및 93.5.17 당해 자체검사용검사통지서가 접수된 것으로 기재되어 있는 위 OOOO주식회사 접수부사본을 제시하고 있으나 청구인이 자체사용검사를 실시한 사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 위 자료의 보관상태로 볼 때도 이 건 공사계약일(92.4.9)등에 작성된 것으로 보여지지 아니할 뿐만 아니라 청구인이 쟁점건물이 준공(93.3.29)된 이후인 93.5.7에 이르러 비로소 부동산임대업의 사업자등록을 하고 있는 점 등으로 고려해 보면 청구인이 위와 같이 계약조건을 정하고 자체사용검사를 실시한 것으로 인정하기 어렵다 하겠다. (3) 또한, 청구인은 93.5.17 OOOO주식회사로부터 공사잔여대금957,000,000원(부가가치세 87,000,000원 포함)의 청구를 위한 이 건 세금계산서를 교부받은 것으로 밝히고 있으나 전시한 바와 같이 당해 세금계산서 발행일 이후 지급된 공사대금이 93.6.29 500,000,000원, 93.11.30 553,000,000원등 총 1,053,000,000원으로 위 세금계산서상의 공사대금과 그 후 청구인이 지급한 공사대금이 서로 일치하지 않고 있다. 위 규정과 사실을 종합하여 볼 때 처분청이 이 건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분에 잘못이 없다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.