이유
1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOOO 대지 464.3㎡ 지상에 종전 주택을 멸실하고 연립주택 4세대 1,128.3㎡(이하 “신주택”이라 한다)를 신축하여 그 중 401호(전용면적 166.27㎡, 이하 “쟁점1주택”이라 한다)는 수입금액을 720,000,000원으로 하여 91년 귀속중에 자가사용하는 것으로, 201호(전용면적 193.62㎡, 이하 “쟁점2주택”이라 한다)는 94.4.27 청구외 OOO에게 454,915,550원에 분양한 것으로 하여 각각 실지조사결정에 의하여 91년 귀속 및 94년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신고한 내용대로 실지조사결정에 의하여 쟁점1주택과 쟁점2주택에 대한 소득금액을 산정하여 93.8.16 91년 귀속 종합소득세 48,813,640원과 96.2.16 94년 귀속 종합소득세 14,049,230원을 청구인에게 각각 결정고지하였다가, 신주택의 공사원가 중 토지가액으로 계상한 1,406,506,000원에 대하여는 취득당시 매매계약서등 증빙서류가 없어 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당된다는 97.3월 국세청감사지적에 따라 구 소득세법 제120조 제1항의 규정에 의하여 쟁점1·2주택에 대한 소득금액을 추계로 결정하여 97.4.8 청구인에게 91년 귀속 종합소득세 59,390,290원과 94년 귀속 종합소득세 119,111,120원을 추가로 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.5.30 심사청구를 거쳐 97.5.29 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구인은 신주택을 판매목적으로 신축하였으나 쟁점1주택의 경우는 청구인이 소유하고 있는 상태에서 신축후부터 현재까지 청구인이 자 OOO과 그의 가족이 거주하고 있으므로 쟁점1주택에 대하여는 자가사용으로 보아 사업소득에서 제외되어야 하고 (2) 청구인이 쟁점2주택에 대한 종합소득세 과세표준확정신고시 세무사 청구외 OOO이 비치기장한 장부와 증빙에 의하여 쟁점2주택의 토지가액을 1,406,506,000원으로 실지조사신청한 사실에 대하여 처분청은 구 소득세법 제118조 의 규정에 의하여 비치기장된 장부와 증빙서류에 의하여 소득금액을 실지조사 결정한 후 종합소득세를 청구인에게 결정고지하자 청구인은 이를 납부함으로써 쟁점2주택에 대한 납세의무가 종결된 것으로 알고 있었으나, 97.3월경 국세청 감사시 신주택의 토지가액에 대한 장부와 증빙서류를 제시하지 못하였다 하여(청구인의 기장대리인 세무사 OOO의 폐업으로 장부를 찾지 못함) 실지조사결정한 쟁점2주택의 소득금액을 다시 추계로 결정함은 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 주택신축판매업자가 판매목적으로 주택을 신축하였으나 일부 주택이 분양되지 아니하거나 기타 사정등으로 1주택을 자가사용하는 경우에는 그 자가사용한 주택은 총수입금액에 산입하지 아니하는 것(국세청 소득46011-1137, 94.4.20)인 바, 이는 주택신축판매업자가 실제로 거주하면서 사용하는 경우에 한하여 적용되므로 청구인이 직접 거주하지 않고 청구인의 자 청구외 OOO이 거주하고 있음이 주민등록표에 의하여 확인되는 쟁점1주택에 대하여는 청구인의 91년 귀속 총수입금액에서 제외되는 자가공급으로 볼 수 없고, (2) 77년도에 취득한 신주택의 대지 취득가액에 대하여 청구인 본인도 그 가액을 알 수 없다고 확인서를 제출한 사실과 그 대지의 취득당시 토지등급이 68등급임에도 공사원가로서 전체주택의 대지의 취득가액을 평당 4,421,000원으로 계상한 것은 그 당시 시가에 비추어 과대계상하였음이 분명하며, 또 공사원가 중 85년도에 신축한 다른주택 건축비용 672,000,000원은 청구인이 청구외 (주)OOOO건설산업과 작성한 계약서는 있으나 대금관계서류 및 세금계산서를 수취하지 아니하여 보관하고 있지 않다는 청구인의 확인서에 비추어 볼 때 청구인이 계상한 토지가액 1,406,506,000원은 신빙성이 없을 뿐만 아니라 증빙서류가 미비 또는 허위인 때에 해당되므로 쟁점2주택에 대한 소득금액을 추계로 결정하여 과세한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 (1) 청구인이 판매목적으로 신축한 쟁점1주택에서 신축 후부터 현재까지 청구인의 자 OOO의 가족이 거주하고 있는 경우 쟁점1주택을 자가사용으로 보아 사업소득에서 제외할 수 있는지 여부와, (2) 당초 처분청이 쟁점2주택에 대하여 장부등에 근거하여 실지조사방법으로 소득금액을 산정하여 청구인에게 종합소득세를 고지처분한 후 신주택의 공사원가의 50.8%을 차지하는 토지가액에 대한 장부나 증빙서류가 미비 또는 허위인 때에 해당하는 것으로 보아 추계조사결정에 의하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 (1) 구 소득세법 제120조 (추계조사결정) 제1항 및 같은법시행령 제169조 제1항 제1호에서 정부는 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당하여 같은법 제117조 내지 제119조의 규정에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 결정할 수 없는 때에 한하여 과세표준과 세액을 같은법 제124조 의 규정에 의한 소득표준심의회의 심의를 거쳐 정부가 정하는 추계방법에 의하여 조사결정한다고 규정하고 있고, (2) 구 소득세법 제127조 (과세표준과 세액의 경정결정)에서 같은법 제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 정부는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정한다고 규정하고 있다. 다. 쟁점(1)에 대하여 본다. (1) 사실관계로서 청구인은 77.8.13 종전주택의 대지 464.3㎡ 및 위 지상 단독주택 224.2㎡를 취득하여 그의 가족과 함께 약 8년 동안 거주하다가 위 주택을 철거하고 85.7.29 그 지상에 다른 주택 324.7㎡를 신축하여 거주하였으며, 다시 다른 주택을 철거한 후 신주택을 92.6.19 준공하여 그 신주택 중 쟁점1주택에서 청구인의 자 OOO의 가족이 92.5.12부터 현재까지 거주하고 있으며, 또 청구인도 쟁점1주택의 신축후부터 95.5.22까지 쟁점1주택에서 거주하였던 사실이 신주택의 등기부등본 및 건축물관리대장, 청구인과 청구인의 자 OOO의 주민등록표에 의하여 확인된다. (2) 주택신축판매업자가 판매목적으로 신축한 주택이 분양되지 아니하거나 기타 사정등으로 1주택을 자가사용하는 경우에는 그 자가사용분은 총수입금액에 산입하지 아니하는 것인 바, 이는 당초 주택을 신축하여 보유하는 목적이 판매목적에 있었다 할 지라도 그후 상당한 기간동안 신축주택을 자가사용 및 임대등의 다른 목적에 전용함으로써 주택을 보유하는 목적이 이를 판매함에 있다기 보다는 오히려 임대등의 다른 용도에 있다고 볼만한 객관적인 사정이 존재하는 경우에는 그후에 이를 양도하였다고 하여 주택신축판매업을 영위한 것으로 볼 수 없으므로 그 주택은 사업소득에서 제외되어야 할 것이다(국심 93서2841, 94.2.7 같은뜻). (3) 위와 같이 청구인이 그의 가족과 함께 77년부터 거주하던 종전주택을 멸실하고 92년에 신주택을 신축한 점, 신주택 4세대 중 3세대는 이미 분양한 반면 쟁점1주택은 청구인이 소유하고 잇는 상태에서 신축후부터 현재까지 약 6년 동안 청구인의 자 OOO과 그의 가족이 계속 거주하고 있는 점, 청구인도 쟁점1주택의 신축후부터 95.5.22까지 쟁점1주택에서 거주하였던 점에 비추어 볼 때, 쟁점1주택은 당초부터 판매목적이 아닌 자가사용 및 임대 등의 실수요 목적으로 신축한 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로 장자 쟁점1주택의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 과세하는 것은 별론이고 쟁점1주택은 청구인의 91년 귀속 사업소득에서 제외되어야 할 것으로 판단된다. 라. 쟁점(2)에 대하여 본다. (1) 처분청은 청구인이 94년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고시 쟁점2주택의 수입금액을 454,915,550원으로 신고한 사실에 대하여 청구인의 신고내용대로 수입금액과 소득금액을 실지조사방법으로 결정한 후 부동산임대소득을 합산하여 96.2.16 청구인에게 94년 귀속 종합소득세 14,049,230원을 결정고지하였다가 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당된다는 국세청감사지적에 따라 쟁점2주택의 소득금액을 추계로 결정한 사실이 관련기록에 의하여 확인된다. (2) 청구인은 쟁점2주택의 소득금액을 당초 청구인이 제시한 장부와 증빙서류에 근거하여 실지조사방법으로 결정하였다가 이 건 국세청감사시 장부등을 제시하지 못하였다고 하여 추계로 결정함은 부당하다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴보면, (가) 청구인은 신주택의 공사원가 2,766,506,000원 중 50.8%인 1,406,506,000원을 토지가액으로 계상하였는 바, 1) 위 토지가액 중 77.8.13 취득한 신주택의 대지 464.3㎡의 취득당시 토지등급은 68등급으로서 평당 80,000원인 반면 청구인이 계상한 공사원가는 평당 4,421,000원인 621,000,000원인 점과 청구인이 취득당시 매매계약서등을 제시하지 못하거나 그 취득가액을 기억하지 못하고 있는 것으로 처분청에 확인하고 있는 것에 비추어 볼 때, 청구인이 계상한 전체주택의 대지 464.3㎡의 취득가액은 그 신빙성이 있는 것으로는 보이지 아니하고, 2) 위 토지가액 중 85년도에 준공한 다른 주택의 건물신축비용 672,000,000원에 대하여는 청구인이 대금증빙서류등을 보관하고 있지 않을 뿐만 아니라 주거용건물인 다른 주택을 개인용도로 사용하다가 철거한 경우에는 다른 주택의 건물신축비용을 신주택의 공사원가로서 토지가액에 가산하는 것은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. (나) 따라서 신주택의 공사원가 중 50.8%를 차지하는 토지가액에 대한 장부와 증빙서류가 없거나 청구인이 비치기장한 장부와 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위라서 그 신빙성이 없다면 실지조사결정에 의하여 쟁점2주택의 과세표준과 세액을 결정할 수 없는 경우에 해당된다 할 것이므로 전시한 구 소득세법 제120조 제1항의 규정에 의하여 쟁점2주택의 과세표준과 세액을 추계조사방법으로 결정하여 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다. 마. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.