이유
1. 원처분 개요 처분청은 청구법인의 ’91.4.1-’92.3.31 사업년도분 법인세 실지 조사 결정을 하면서 임시투자세액 등 296,540,768원중 당초 공제신청된 188,114,404원만 공제한 후 ’93.12.16 동 사업년도의 법인세 247,246,770원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’94.2.8 심사청구를 거쳐 ’94.5.23 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 법인세 자진납부시에는 산출세액이 464,039,059원이므로 임시투자세액 등 296,540,768원을 전액 공제할 경우 차감세액이 167,498,291원으로 최저한 산출세액 190,478,067원에 미달하므로 임시투자세액을 전액 공제할 수 없었을 뿐 아니라 한도액만 공제하여도 환급액이 많이 발생하여, 감면세액중 108,426,364원을 이월한 188,114,404원만 공제신청하였고 감면받은 세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하였는 바, 법인세 실지조사에 따라 법인세 산출세액이 652,331,627원으로 증가되었으며, 임시투자세액 등 296,540,768원을 전액 공제하여도 차감세액이 355,790,859원이므로 최저한 산출세액 256,934,268원을 초과하므로 임시투자세액 등을 공제한 금액으로 감면세액을 결정하여야 하며, 또한 기업합리화적립금은 세액공제를 받은 사업년도의 이익처분시 적립하는 것이므로 이월공제액이 있는 경우 동 이월공제액을 제외한 당해 사업년도에서 공제된 부분에 대하여만 기업합리화적립금을 적립하는 것이며, 결산확정일 이후 세무조정이나 정부조사결정에 의하여 당해 사업년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 다음 사업년도의 이익처분시 적립할 수 있으므로 이월공제될 임시투자세액 108,426,364원 전액을 공제한 금액으로 법인세를 결정하여야 한다는 주장이다. 나. 국세청장의견 세액공제를 받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고 이를 적립하지 아니한 경우에는 세액공제를 적용하지 아니하는 것이므로 청구법인의 이익잉여금 처분계산서상 당해년도의 처분가능이익중 기업합리화적립가능액이 312,728,404원임에도 청구법인은 당해년도 임시투자세액 296,540,768원중 188,114,404원만 적립한 사실이 확인되는 바, 청구법인이 당해 사업년도에 기업합리화적립금으로 적립하지 아니한 임시투자세액 108,426,364원을 당해 사업년도의 법인세에서 공제하지 아니하고 결정한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건의 다툼은 기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 공제받지 못한 임시투자세액을 세무조사후 세액이 증가되었을 경우 결정세액에서 추가공제가 가능한지의 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 조세감면규제법(’91.12.27개정) 제72조 제1항 및 같은 법 시행령 제57조의2 제1항에 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 제조업을 영위하는 중소기업이 당해사업에 직접 사용하는 기계장치를 새로이 취득하기 위하여 투자한 금액 등에 대하여는 동금액의 100분의 3(국산기자재는 100분의 10)범위안에서 투자가 종료된 과세년도의 법인세에서 공제받을 수 있도록 되어 있고, 같은 법 제89조 제1항에 제72조의 규정에 의하여 공제할 세액이 제88조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세년도의 다음 과세년도의 개시일부터 4년이내에 종료하는 각 과세년도에 이월하여 그 이월된 각 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제하도록 되어 있으며, 같은 법 제91조 및 같은 법 시행령 제65조 제1항 제2호에는 임시투자세액등의 공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제 받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하며, 이를 적립하지 아니한 경우에는 세액공제를 적용하지 아니하도록 되어 있으나, 내국법인이 당해 과세년도의 결산확정일(사업년도 종료일이후 60일)이후 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그러하지 아니하도록 규정되어 있다. 다. 심리 및 판단 (1) 청구법인의 ’91.4.1-’92.3.31 사업년도 임시투자세액 등의 규모와 공제받은 금액 및 기업합리화적립금의 적립액에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 임시투자세액 등의 공제에 대한 관련법령을 보면 임시투자세액의 공제는 법인이 임의적으로 조정하여 공제받을 수 있는 것이 아니나, 최저한세의 적용등으로 불가피하게 공제받지 못한 부분은 이월공제가 가능토록 되어 있으며, 당해 과세년도의 결산확정후 세무조정 등으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 추후 적립이 가능하도록 되어 있는 바, (3) 이에 대한 대법원의 판례나 당심의 선결정례를 보면, 기업합리화적립금의 적립은 감면이나 소득공제등의 사전요건이 아니라 사후요건이고, 기업합리화적립금이 세무조정에 의하여 증액되었는지의 여부에 관계없으며, 당해 적립하여야 할 기업합리화적립금에 상당하는 충분한 이익잉여금이 있었던 경우에도 그 다음 사업년도에 적립했으면 되도록 되어 있고, [대법원 93누15601(1994.1.4)외 다수] 또한 세액공제는 신고조정사항에 해당하므로 결산시에 예상하지 못했던 세액공제가 결산확정일이후 확인이 되어 추가함으로써 잉여금 처분시 기업합리화적립금을 이에 상당하는 금액을 부족하게 적립한 경우에도 당해 세액공제를 하여야 하도록 되어 있다. [국심 91서2585(1992.3.23)] (4) 위와 같은 관련규정 및 선결정례 등을 감안하여 볼 때 임시투자세액의 공제는 최저한세의 적용 등으로 전액공제가 어려울 경우 이월이 가능하며, 또한 결산시 예상못했던 세액공제는 추가공제가 가능하고 이 경우 기업합리화적립금의 전액 적립을 요하지는 아니하며, 기업합리화적립금은 세액공제의 당해과세년도에 반드시 적립을 요하는 것이 아니라 추후 적립이 가능한 것으로 해석된다. (5) 청구법인은 임시투자세액 등 296,540,768원의 전액을 공제신청할 경우 최저한세의 적용으로 22,979,776원(최저한세 산출세액 190,478,067원)을 공제받을 수 없음이 확인되고, 또한 당해 과세년도의 결산확정후 세무조사에 의하여 세액이 증가되었으므로 기업합리화적립금은 관련규정에 따라 추후 적립이 가능하며, 청구법인의 당해 과세년도의 당기말미처분 이익잉여금은 501,682,338원으로 세액공제에 따른 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 것이 당해 과세년도의 이익잉여금의 사외유출(배당 등)을 목적으로 한 고의성이 있다고 볼 수 없으므로, 세무조사에 따라 세액이 증액되었다면 당해 과세년도의 결산확정시 기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 공제하지 아니하였던 임시투자세액은 공제함이 타당하다고 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있다 할 것이므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.