이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.6.10.부터 2015.5.22.까지 OOOⅡ일반산업단지(이하 “OOO산업단지”라 한다) 내 생산용지인 OOO3,988㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 아래 <표>와 같이 연부로 취득하고, 처분청에 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고하면서 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 산업단지에 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받았으며, 그 세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 신고·납부하였다. <표> 쟁점토지 대금 납부내역 나. 처분청은 청구법인의 쟁점토지 취득일을 마지막 연부금 지급일인 2015.5.22.로 보고 그 날부터 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(2015.6.29.)한 사실을 확인하여, 2015.11.6. 청구법인에게 쟁점토지의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.1. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 2011.6.10.부터 2015.5.22.까지 연부로 취득하면서 공장신축을 위하여 2011.11.18. 착공하여, 2012.3.7. 사용승인을 받아 2012.3.12. 소유권보존등기를 경료하였는바, 이는 쟁점토지 취득일부터 3년이 경과하기 전에 해당 용도로 직접 사용을 개시하였고, 쟁점토지와 그 지상의 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 타인에게 매도한 2015.6.29.까지 일체의 휴지기간 없이 해당 목적사업으로 직접 사용하여 왔으므로 감면부동산에 대한 추징요건을 규정하고 있는 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호 또는 제2호 중 그 어디에도 해당하지 아니한다. 산업단지에 대한 감면의 사후관리 조항인 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에서는 아무리 늦어도 취득일부터 3년이 경과하기 전까지는 해당 용도에 직접 사용하라는 내용으로서 해당 호에서 3년의 기산점을 명시적으로 “취득일부터”라고 명료하게 적시하고 있는 반면, 같은 항 제2호에서는 명시적인 시기(始期)와 종기(終期)를 적시하지 않고, “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”라고 기술되어 있는바, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건은 엄격하게 해석하여야 하고, 이와 같이 감면요건의 사후관리 조항을 해석함에 있어서도 동일한 엄격해석의 원칙이 적용되어야 할 것이므로 청구법인은 쟁점토지를 해당 용도로 4년 8개월 동안 사용하여 “해당 용도로 사용한 기간이 2년 미만이라는” 추징요건에 해당되지 않는다. 또한, 처분청에서 제시한 판례(대법원 2005.6.24. 선고 2003두3857 판결)는 연부취득에 따른 직접 사용 유예기간의 기산일은 최종연부금을 사실상 완납하여 납세의무가 완성되는 잔금지급일(잔금지급 전 등기를 하는 경우에는 등기일)로 보아야 한다는 것으로서, 이는 연부금 완납일(=잔금지급일)부터 3년 이내에는 직접 사용을 개시해야 하는 직접 사용 유예기간의 기산일에 대한 내용에 해당되어 이 건에 적용할 수 없다 할 것이다. 나. 처분청 의견 「지방세법」 제7조 제1항 및 제10조 제1항에서 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과하며, 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하되, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 계약보증금 포함)으로 한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제20조 제5항에서 연부로 취득하는 것은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 대법원에서 “연부로 취득하는 경우의 취득시기를 규정한 「지방세법 시행령」 제20조 제5항은 조세채권의 조기인식을 위하여 특례를 둔 것으로서 함부로 확장해석 할 수 없으며, 토지의 성질상 연부금에 상응하는 부분으로 분할하여 사용할 수는 없고, 전체를 일괄적으로 사용하여야 하는 점을 감안하면, 연부취득 중인 토지의 직접 사용에 관한 유예기간 기산일은 원칙적으로 연부대금을 완납한 때이고, 그 대금완납 전에 소유권이전등기를 한 때에는 그 등기일이라고 봄이 상당하다(대법원 2005.6.24. 선고 2003두3857 판결, 같은 뜻임)”고 판시하였다. 연부취득에 따른 직접 사용 유예기간의 기산일은 최종 연부금을 사실상 완납하여 납세의무가 완성되는 잔금지급일(잔금 지급전 등기를 하는 경우에는 등기일)로 보아야 할 것으로, 쟁점토지의 취득시기(잔금지급일)가 2015.5.22.이고 매각시기가 2015.6.29.이라면, 설령 쟁점토지상에 건물을 신축하여 해당 용도로 2년 이상을 사용하였다 하더라도 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각한 경우에 해당되므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 연부취득 중에 있는 토지상에 건축물을 신축하여 2년 이상을 사용하다가 연부금 잔금을 완납한 후 매각한 경우 연부취득 중의 사용을 직접 사용 기간에 포함시킬 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다. 20. "연부(年賦)"란 매매계약서상 연부계약 형식을 갖추고 일시에 완납할 수 없는 대금을 2년 이상에 걸쳐 일정액씩 분할하여 지급하는 것을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. ② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」 또는 「수산업법」 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다. 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다. ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 ⑤ 연부로 취득하는 것(취득가액의 총액이 법 제17조의 적용을 받는 것은 제외한다)은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다 (3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것 을 말한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 2. 경감 내용 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다. ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징 한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 (해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2004.7.14. 본점을 OOO으로, 목적사업을 산업용 전기시스템의 제조·유통·판매 무역업 등으로 하여 설립된 후, 2013.3.11. 이 건 건축물로 본점을 이전하여 사용하다가 2015.10.1. OOO로 본점을 이전하였다. (나) 청구법인(매수인, 을)은 2011.6.10. 처분청(매도인, 갑)과 쟁점토지에 대하여 아래와 같이 매매계약을 체결하고, 매매대금을 연부형식으로 지급하였는바, 계약금OOO은 2011.6.10., 1차 중도금OOO은 2012.6.11. 및 2012.10.5., 2차 중도금OOO은 2013.6.10., 3차 중도금OOO은 2014.12.16., 잔금OOO은 2015.5.22.에 각 납부하고, 해당 연부금 납부 시마다 처분청에 취득세를 신고·납부하였다. <용지매매계약서> (다) 처분청은 2011.8.26. 청구법인이 OOO산업단지 내 생산시설용지에 대한 준공인가 전에 OOO주식회사가 발행한 이행(지급)보증보험증권(보험내용 : OOO산업단지 용지매매계약에 따른 철거이행보증금 반환 지급보증)을 첨부하여 토지사용 신청을 하자 쟁점토지에 대한 사용을 승인하였다. (라) 청구법인은 2011.11.8. 쟁점토지상에 이 건 건축물을 착공하여, 2012.3.7. 사용승인(공장 2,437.02㎡)을 받은 후, 2015.6.29. 주식회사 OOO에 매각하였는바, 청구법인이 쟁점토지 상의 이 건 건축물을 취득하여 매각하기까지 공장용도로 사용하였다는 데에는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다. (마) 쟁 점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 2012.1.20. 처분청 앞으로 소유권보존등기되었다가, 2015.5.22. 매매(2011.6.10.)를 원인으로 청구법인 앞으로 소유권이전등기되었으며, 2015.6.30. 매매(2015.6.29.)를 원인으로 주식회사 OOO으로 소유권이전 등기가 경료되었다. (2) 지방세법령에서 연부란 매매계약서상 연부계약 형식을 갖추고 일시에 완납할 수 없는 대금을 2년 이상에 걸쳐 일정액씩 분할하여 지급하는 것을 말하고, 연부로 취득하는 것은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다고 규정하고 있으며, 지방세특례제한법령에서는 직접 사용을 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 정의한 후, 산업단지에서 취득하는 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면하되 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 취득세는 과세물건의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세로서 그에 대한 조세채권은 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 발생하는 것이므로 「민법」 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등의 이행과는 관계 없이 사실상 취득한 때에 취득세 납세의무가 성립하는 것인바, 여기서 사실상 취득이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는 것으로 그 실질적 요건에 해당되는지 여부는 대금지급의 완료 여부에만 국한하는 것은 아니고 취득의 유형 및 그에 따른 계약내용, 대금지급의 형태 및 그 경위, 취득자 지위에서의 과세물건 인도 여부 및 그 물건의 사용·수익 관계, 이와 관련된 사실상 소유자로서의 재산세 납세 여부 등을 종합하여 판단하여야 할 것(대법원 2003.10.23. 선고 2002두5115 판결, 대법원 1994.5.24. 선고 93누23527 판결, 대법원 1980.2.12. 선고 79누138 판결, 같은 뜻임)이다. 또한, 부동산 취득에 대한 취득세의 감면과 추징은 과세대상 물건인 부동산 등을 사실상 취득한 것을 전제로 하여 정책적 목적 등을 이유로 감면혜택을 부여하고, 그에 부합하지 않게 일정기간 사용하지 않고 매각하였을 경우 감면한 취득세를 추징하는 것인 점, 더욱이 「지방세특례제한법」 제2조 제8호에서 “직접 사용”은 부동산의 사실상 취득자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 정의하고 있는 점, 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호는 부동산의 취득일부터 목적사업에 직접 사용할 수 있는 유예기간을 둔 것이고 제2호는 취득이 전제가 된 후 그 유예기간 내에 사용을 개시하였다면 그 날부터 최소한 2년 이상은 해당 사업에 직접 사용한 후 처분하라는 취지인 점 등에 비추어 해당 부동산의 사실상 취득 전에 사용한 기간은 직접 사용한 기간에 포함하지 않는 것이 타당하다 할 것이다. (나) 이 건은 청구법인이 쟁점토지에 대하여 연부취득하는 계약을 체결하고 연부금 잔금 완납 전에 매도자로부터 사용승낙을 받아 그 토지를 사용·수익한 경우, 이를 사실상 취득한 것으로 보아 그 날부터 2년 이상 해당 사업에 사용한 기간을 ‘직접 사용’ 기간에 포함할 수 있는지가 쟁점이라 할 것인바, 청구법인이 산업단지 내의 쟁점토지에 대하여 체결한 연부계약서에 연부대금 지급방법 및 대금완납 전 사용 등을 약정하고 있어 일반적인 매매계약과는 그 형식을 달리하고 있는 점, 그 계약의 내용대로 연부금을 지급하였고 그 때마다 취득세 등을 신고·납부하였으며, 하자 없이 잔금을 완납하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 완료한 점, 연부금을 지급하는 중 처분청으로부터 쟁점토지를 사용할 수 있는 적법한 권한을 부여받아 그 지상에 공장용 건축물을 신축하고 이를 가동하여 매출을 발생시키는 등 동 토지를 사용·수익(직접 사용)하는 배타적인 지배 상태에 있었다고 볼 수 있는 점, 연부금 지급이 개시된 시점부터 청구법인이 쟁점토지의 재산세를 납부한 점, 더욱이, 지방세법령상 연부취 득의 경우 연부계약을 체결한 매수인이 계약상 또는 사실상의 연부금 지급일에 연부금을 지급한 금액에 상당하는 비율만큼 재산을 부분 취득하는 것(대법원 1988.10.11. 선고 86누703 판결, 같은 뜻임)으로도 볼 수도 있는바, 청구법인이 연부금 지급시기마다 그에 상당하는 부분만 취득한 것으로 본다 하더라도 쟁점토지를 목적대로 사용하기 시작하여 결국 취득하였다면 그 사용시기부터 쟁점토지 전부를 직접 사용한 것으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 청구법인은 최소한 쟁점토지를 사용·수익한 시점에 쟁점토지에 대한 사실상 소유자로서의 지위를 갖추었다고 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구법인은 쟁점토지에 대한 연부금 지급만 완료되지 아니하였을 뿐 쟁점토지상에 공장용 건축물을 신축하여 사용한 시점부터사실상 소유자의 지위에서 쟁점토지를 2년 이상 직접 사용하다가 매각하였으므로 추징대상에 해당되지 않음에도 처분청이 연부금 잔금 완납일을 취득일로 보아 청구법인에게 이 건 취득세를 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.