이유
1. 원처분의 개요 청구인은 경기도 안양시 OO동 OOOO 대지 240㎡ 및 같은곳 OOOOO 대지 189㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 주택건설사업자인 청구외 OOO에게 90.5.22 국민주택건설용지로 양도하고 90.6.28 자산양도차익 예정신고를 하면서 신고서에 구 조세감면규제법 제62조 제1항에 의한 감면임을 명기하고 해당세액 감면을 공제한 후 양도소득세를 자진 납부하였다. 처분청은 쟁점토지에 대하여 구 조세감면규제법 제62조 의 규정은 매입자인 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 감면할 수 있도록 규정되어 있는데도 불구하고 쟁점토지를 매입한 청구외 OOO이 감면신청을 하지 아니하였으므로 위 감면을 배제하고 94.7.16 청구인에게 90년 귀속분 양도소득세 11,053,800원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.9.12 심사청구를 거쳐 94.12.1 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 쟁점토지를 주택건설등록업자인 OOO에게 매도하고 기한내 자산양도차익 예정신고를 하면서 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면대상 조항을 명기하였고 주택건설업등록증 사본과 사업자등록증 사본을 첨부하였으므로 이는 매입자가 감면신청한 것으로 보아야 하고, 또한 쟁점토지에 주택이 신축 준공되어 목적이 달성되었으므로 당연히 감면되어야 하는데 신고후 4년이나 경과한 후에 양도소득세를 결정고지함은 부당하다. 나. 국세청장 의견 구 조세감면규제법 제62조 의 규정에 의하여 국민주택건설용지에 대한 양도소득세를 감면받기 위하여는 주택건설등록업자가 감면신청을 하여야 함에도 쟁점토지를 매입한 청구외 OOO이 감면신청을 하지 아니하였으므로 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세에 대하여 감면규정을 적용하지 아니하고 감면 배제한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 심판청구의 다툼은 국민주택건설용지로 토지를 양도한 경우 이를 매입한 자가 감면신청을 하지 아니했다고 하여 감면을 배제한 처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다. 나. 구 조세감면규제법(89.12.30 법률 제4165호로 개정된 것) 제62조 제1항에서 내국인이 토지를 국민주택건설용지로 주택건설등록업자에게 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고, 그 제4항 및 같은법시행령 제50조 에서 “제1항의 규정은 주택건설등록업자가 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고 기한내에 세액감면신청서에 의하여 매매계약서 사본, 주택건설업등록증 사본, 양수한 토지의 등기부등본등 필요서류를 첨부하여 감면신청을 하는 경우에 한하여 적용한다”고 규정하고 있다. 전시한 규정에 의하여 국민주택건설용지에 대한 양도소득세의 감면을 받기 위해서는 반드시 그 토지를 매입한 자가 과세표준신고 기한내에 감면신청을 하여야 하며 위 기한내에 매입자가 감면신청을 하지 아니하였거나 또는 매입자가 아닌 양도자가 감면신청을 한 경우에는 양도소득세를 감면 받을 수 없다고 해석하여야 할 것이다.(대법 88누 1462, 88.5.24 및 국심 89중 2353, 90.3.16 같은 취지임) 살피건대, 청구인은 양도차익 예정신고시 매입자인 청구외 OOO의 주택건설업등록증 및 사업자등록증 사본을 첨부하였으므로 이는 매입자가 감면신청한 것으로 보아야 한다고 주장하지만, 전시한 규정에서 본 바와 같이 감면신청은 명백히 사업시행자가 제출하도록 되어 있는데도 불구하고 별도의 세액 감면신청서를 매입자 명의로 제출한 사실이 없으므로 적법한 감면신청이 있었다고 보기 어렵다. 따라서 쟁점토지에 대한 감면을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다. 다. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.