이유
1. 원처분 개요

청구법인은 1998. 7. 7 서울특별시 ○○구 ○○○ XXX번지 소재 ○○상가 XXX호에서 개업하여 금(지금) 도매업을 영위하는 법인으로서 1998년도 2기 예정기간 동안에 17,647,226,240원의 상품을 매출(내수 : 공급가액 6,574,126,348원, 수출 : 공급가액 11,073,099,892원)하였고, 매입처인 청구외 주식회사 ○○○○○(이하 “청구외법인①”이라 한다)로부터 교부받은 매입세금계산서 16,356,949,607(공급가액) 및 청구외 ○○실업 주식회사(이하 “청구외법인②”라고 한다)로부터 교부받은 매입세금계산서 953,802,896원(공급가액) 합계 17,310,752,503원(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)에 대한 매입세액 1,731,075,223원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하여 1,073,942,729원의 부가가치세를 환급신청하였다.

처분청은 ○○세무서장이 자료상으로 통보한 청구외 ○○실업 주식회사(이하 “청구외법인③”이라 한다)로 부터 청구외법인①ㆍ②가 사실과 다른 매입세금계산서를 교부받은 사실이 있는 바, 청구외법인①ㆍ②로부터 청구법인이 교부받은 쟁점매입세금계산서도 또한 사실과 다른 세금계산서라 하여 쟁점매입세액을 불공제하고 환급신청을 거부함과 동시에 1999. 1. 2 청구법인에게 1998년 2기분 부가가치세 1,176,455,080원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999. 1. 13 심사청구를 거쳐 1999. 3. 29 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구외법인①ㆍ②와 정상적으로 물품구매약정서를 작성하고 동 약정서에 따라 실물거래하였고, 또한 예금통장 등을 통하여 매입처에 물품대금을 입금시켰으며, 실지거래내용대로 쟁점매입세금계산서를 교부받았는 바, 허위세금계산서를 교부받았다는 사실을 증명하여 쟁점매입세액을 부인하여야 함에도 청구법인과 아무런 거래관계나 특수관계도 없는 전단계거래의 청구외법인③이 단순히 자료상으로 확인되었다는 이유만으로 금융거래자료 등에 의하여 거래사실이 입증되고 수출까지 하고 있는 청구법인의 실물거래를 확인절차없이 쟁점매입세금계산서에 대하여 사실과 다른 허위의 세금계산서를 교부받은 것으로 간주하고 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

청구법인은 1998. 8. 11 ○○은행에 계좌를 개설하고 이 때로부터 매출거래처에서 매매대금이 입금되는 대로 매입처인 청구외법인①등의 계좌에 입금시켰으며, 청구법인의 대표이사인 청구외 ○○○이 평소 안면이 있었던 ○○○○주식회사와의 거래를 주선함과 동시에 1998. 7. 24에 358,777,000원과 1998. 7. 28에 464,062,000원 및 1998. 7. 29에 389,875,000원을 청구외법인①의 계좌에서 출금하여 매입처인 ○○○○주식회사의 계좌에 대신 입금해 준 사실이 있고, ○○○이 1998. 7. 24 청구외 (주)▽▽▽로부터 113,000,000원과 청구외 ◇◇◇로부터 200,000,000원을 개인적으로 차용하여 청구외법인①의 계좌에 입금한 사실이 있으며, 1998. 7. 29 청구외법인①의 대표이사인 청구외 △△△의 부탁으로 은행마감시간 무렵엔 626,000,000원을 인출하여 청구외 □□□에게 87,000,000원, 청구외 주식회사 ▽▽▽에 100,000,000원을 입금해 주고 나머지는 통장과 함께 청구외법인①의 대표이사에게 전달한 사실이 있고, 기타 친척이면서 거래관계가 있는 청구외 ○△△ 및 ○□□ 등과 몇차례 금융거래가 있었는 바, 1998. 7월부터 1998. 9. 30까지 청구외법인①의 은행 인출액이 16,200,628,373원으로 이 중 4％에 불과한 650,000,000원이 ○○○○주식회사 이외에 이건 매입과 직접 관련없는 ○○○의 사적인 금융거래임에도 청구법인과 직접적인 관계가 있는 것으로 보아 처분청이 국세청장의 실물거래 여부에 대한 구체적인 확인조사를 요하는 직권시정지시를 무시하면서 청구외법인①의 인출금액(162억 상당) 전액이 청구법인의 통제하에서 금융거래를 조작한 것으로 간주한 처분은 부당하다.

만약, 청구외법인①의 매입과 매출이 허위라면 청구법인의 매입도 허위일 수 밖에 없고 따라서 청구법인의 매출(내수 및 수출)도 허위이어야 할 것이나 처분청은 청구법인의 매출에 대하여는 사실을 인정하면서도 단지 청구법인의 매입처가 자료상으로 확인된 청구외법인③과 거래한 사실에 근거하여 청구법인의 매입액 전체를 가공거래로 판정한 처분은 너무나 부당하다.

청구법인의 매입을 부인하기 위해서는 실물거래 없음을 구체적으로 입증하여야 함에도 처분청에서는 심사청구 심리보완자료로 제시한 몇가지의 청구외법인① 등과의 일부 금융거래를 문제삼아 매입액 전체를 가공거래로 간주하고 있는 바, 설령 자료상과 거래를 하였다 하더라도 운송회사의 실물운반내역과 금융자료 등에 의하여 실물거래로 확인되는 경우에는 매입세액을 공제하여야 하는 것(같은 뜻 : 대법 97누 7660, 1997. 9. 30, 국심 96중 2179, 1996. 12. 11외 다수)임에도 구체적인 거래사실에 대한 확인절차없이 청구법인의 매입세액 전액을 불공제함은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

청구외법인①의 매입처인 ○○○○주식회사에 거래대금을 송금함에 있어 청구법인의 대표이사인 청구외 ○○○이 청구외법인①의 계좌에서 인출하여 ○○○○주식회사로 송금한 사실이 있고, 그 내역은 1998. 7. 24에 358,777,000원, 1998. 7. 28에 464,062,000원, 1998. 7. 29에 389,875,000원 합계 1,212,714,000원임이 확인된다.

또한, 위 ○○○은 1998. 7. 29 청구외법인①의 계좌에서 626,000,000원을 인출한 후 청구외 □□□과 ○○○의 누나인 ○△△이 경영하는 주식회사 ▽▽▽의 계좌에 각각 87,166,000원과 100,000,000원을 입금한 사실, 1998. 8. 1 청구외법인①의 계좌에서 55,000,000원을 출금하여 청구법인의 대표이사인 ○○○의 계좌에 입증한 사실, 1998. 8. 11 청구법인 계좌에서 688,000,000원이 출금되어 ○○○의 누나인 청구외 ○○○과 청구외법인①의 계좌에 입금되었다가 다시 출금하여 청구외 ○▷▷과 청구외법인①의 계좌에 입금된 사실, 청구외법인①의 계좌에서 인출된 수표가 이서없이 청구외 ○◇◇과 주식회사 ○○○의 계좌로 입금된 사실 및 1998. 8. 20 청구외법인①의 계좌에서 620,000,000원이 출금되어 청구외 ○△△과 ○□□ 및 주식회사 ○○○의 계좌로 입금된 사실이 확인된다.

청구외법인①의 대표이사인 청구외 △△△은 부동산 등 보유재산이 없어 고액의 거래를 할 수 있는 경제적 능력이 없는 자로서 금 중간상인(속칭 나까마)을 하다가 1998. 7월에 청구외법인①을 설립하였으며, 동 법인은 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○○상가 인근에 위치한 사무실사업자이고, 사무실 규모는 약5평이고, 직원은 아르바이트생 1명인 것으로 처분청 조사복명서에 기재되어 있다.

위 사실을 종합해 볼 때, 청구법인이 청구외법인①ㆍ②로부터 쟁점매입세금계산서를 교부받고 그에 따른 거래대금을 매입처의 통장에 입금시켰으나, 입금액 중 수표로 인출된 금액이 청구법인과 대표이사인 ○○○을 비롯한 그 일가족 등에게 다시 입금된 사실, ○○○이 매입처의 통장을 가지고 현금 등을 인출한 사실이 확인되는 반면, 세금계산서를 발행한 업체가 실물거래에 따른 거래대금을 자기책임하에 직접 인출하여 사용하였음을 확인할 만한 증빙이 없는 이건의 경우 실물거래없이 세금계산서만 주고받은 것으로 볼 수밖에 없으므로 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제1조

제1항 제1호에는 “부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급”이라고 규정하고 있고,

같은법 제6조

제1항에는 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”고 규정하고 있으며,

같은법 제16조

제1항에는 “납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일 및 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항을 기재한 계산서(이하 ‘세금계산서’라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서생략)”고 규정하고 있다.

같은법 제17조

제1항 제1호에는 “사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ‘납부세액’이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ‘매출세액’이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 ‘매입세액’이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 ‘환급세액’이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”이라고 규정하고 있고,

같은법 제17조

제2항 제1호의 2에는 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서생략)은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있으며,

같은법시행령 제60조

제2항 제2호에는 “법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액은 매출세액에서 공제한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 데 대하여, 청구법인은 실물을 매입하고 그에 따른 쟁점매입세금계산서를 사실대로 수취하였으므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) (지)금의 유통과정에 대하여 보면, 수집상은 금을 녹이는 시설 등을 구비하고 일반소비자, 금속관련업자, 국내생산자 및 수입과 무자료유통 관련 물품 등을 수집하여 녹인 후 주로 바(BAR)형태로 도매상에 판매하고, 도매상은 주로 중간도매상의 주문에 의하여 수집상으로부터 금을 매입하여 중간도매상에 공급(금을 가공하는 등의 시설을 갖추기도 함)하며, 중간도매상은 주로 소매상으로부터 주문량을 요청받아 소매상에 납품하고, 소매상은 주로 최종소비자에게 귀금속제품을 판매하는 것으로 확인된다.

(2) 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 1998. 7. 7 귀금속단지인 서울특별시 ○○구 ○○○ XXX번지 소재 ○○상가 X층 XXX호에서 지금과 귀금속(무역)의 제조, 도ㆍ소매업을 영위하는 법인으로 개업(사업자등록번호 ： 208-81-25939)하여 실제로는 거의 중간도매상으로 영업을 하고 있는 바, 1998년도 제2기 부가가치세 신고상황은 아래 표1에 나타난 바와 같이 1998년도 제2기 예정 부가가치세 매출과표 17,647,226천원에 1,073,942천원의 환급세액이 발생하였고, 제2기 확정신고시에는 매출과표 12,567,184천원에 658,721천원의 납부세액이 발생하였으며, 같은 기간의 수입금액 30,214,410원을 수입금액으로 하여 법인세과세표준과 세액을 신고하였음이 확인된다.

또한, 위와 같은 기간에 청구법인의 부가가치율 [(매출과표-매입과표)-매출과표]은 21.78％로 1997년도 전국 지금 도매업의 매매총이익률인 2.36％보다 높게 나타나 있고, 청구법인의 1998년 제2기예정 매입처는 5개업체, 수취한 매입세금계산서는 68매이며, 매출처는 26개업체, 교부한 매출세금계산서는 110매로 확인된다. 또한 청구법인의 대표이사인 ○○○의 처 ◎◎◎도 1997. 4. 1 부터 1998. 6. 30까지 서을특별시 ○○구 ○○동 ×××번지 소재에서 ■■■(사업자등록번호：208-01-×××××)라는 귀금속 도ㆍ소매업을 영위한 사실이 사업자등록증에 의하여 확인된다.

표1. 청구법인의 1998년/2기 부가가치세 신고상황

(단위：천원)

┌───────┬──────┬──────┬──────┐

│ 구 분 │1998/2 예정 │1998/2 확정 │ 합 계 │

├───────┼──────┼──────┼──────┤

│ 매출과표 │ 17,647,226 │ 12,567,184 │ 30,214,410 │

│ (내수) │ 10,780,564 │ 10,096,008 │ 28,876,572 │

│ (수출) │ 6,866,662 │ 2,471,176 │ 9,337,838 │

│ 매입과표 │ 17,313,553 │ 6,317,630 │ 23,631,183 │

│납부(환급)세액│ (1,073,942)│ 658,721 │ (415,221)│

└───────┴──────┴──────┴──────┘

(3) 쟁점매입세액과 관련된 매입거래에 대하여 보면, 1998년 2기 예정기간 중 청구법인이 자금을 매입하고 매입대금을 지급한 것은 총 67회로 입금증으로 확인되는 현금거래가 34회(공급가액 3,131,816,598원, 세액 313,181,640원)이고, 은행계좌를 통한 무통장입금증에 의하여 매매대금을 지급한 것으로 확인되는 것이 38회(공급가액 14,181,737,155원, 세액 1,418,173,736원)인 바, 은행계좌를 통한 무통장입금증에 의한 거래사실은 취급금융기관명, 지급일시, 예금주 및 지급의뢰인 등의 내용이 구체적으로 나타나 있고 기타 실물매입에 대한 입증자료로 제시한 매입매출장 등 장부와 신고서, 거래일자ㆍ품명ㆍ단가ㆍ순도ㆍ중량ㆍ매매금액 등의 거래내용이 상세하게 기재되어 있는 정산표(거래명세표)와 인수증, 거래사실확인서 및 거래상대방의 거래사실확인서와 관련자료 등에 의하여 그 거래사실이 확인되나, 현금으로 거래하였다는 부분은 실물매입 여부와 실제 매매대금 지급사실이 객관적인 입증자료에 의하여 구체적으로 확인되지 아니한다.

(4) 청구법인의 거래상대방에 대하여 보면, 매입처인 청구외법인①의 1998년 2기 예정기간의 주요 거래내역은 아래 표2에 나타난 바와 같이 청구외법인③으로부터 18,496,515천원 등 4개업체로부터 총 18,975,372천원을 매입하여 청구법인에 17,992,622천원 등 총 18,998,348천원을 매출한 사실이 확인된다.

청구외법인①은 관련 부가가치세와 법인세를 신고하였고, 우리심판원에서 청구외법인①의 거래사실에 대하여 공문으로 조회한 바, 청구외법인①은 사업장(본점소재지)인 서울특별시 ○○구 ○○동 XXX번지 소재에서 물품을 매매하는 사무실과 별도의 작업실을 설치(사진제시)하고 사업을 영위하고 있고, 위의 거래내역이 실물거래에 따른 매매대금 수수내용이 사실인 것으로 회신하였으며, 청구외법인①의 대표이사인 청구외 △△△이 1998. 12. 31 진술한 거래사실확인서에 의하면 1998. 7. 22부터 청구법인과 거래를 시작하여 99.8％ 이상의 순금(검인품)을 1㎏ 단위의 골든바 형태로 매매 하루전에 물량과 단가를 정하여 당일 오전 11시를 전후하여 납품한 후 오후 4시 전후에 주로 은행을 이용한 대금결제를 하였고, 일부는 현장에서 현금교환으로 매매가 이루어졌고 거래사실을 구체적으로 진술하였다.

한편, 우리 심판원에서 청구외법인①의 매입처인 청구외 □□□□□□□주식회사(구□□□□주식회사)에 공문조회결과 회신받은 내용(□□□□ 제022호, 1999. 11. 22)에 의하면, 1998. 7. 24 금괴 30kg 거래금액 358,777,107원, 1998. 7. 28 금괴 40kg 거래금액 464,062,396원, 1998. 7. 29 금괴 34kg 거래금액 379,875,467원, 합계 104kg 1,202,714,970원의 실물거래를 하고 매매대금을 수령하였다고 회신하였고, 주요매출처인 청구외 주식회사 ★★통상, 주식회사 ☆☆금은 등의 업체도 실물거래를 하였다고 회신하였다.

표2. 청구외법인①의 매입ㆍ매출 현황

┌──┬──────┬──────┬─────┬──────┐

│구분│ 거래처 │ 수량(g) │금액(천원)│대금수수방법│

├──┼──────┼──────┼─────┼──────┤

│매입│청구외법인③│1,363,740.37│18,496,515│현금, 수표 │

│매입│□□금속(주)│ 104,000.00│ 1,202,714│은행계좌 │

│매입│○○ │ 28,301.42│ 401,804│현금, 수표 │

│매입│(주)○○실업│ 75,011.55│ 1,042,407│현금, 수표 │

│매출│(주)★★통상│ 119,732.20│ 1,467,284│은행계좌 │

│매출│(주)☆☆금은│ 97,567.51│ 1,290,862│은행계좌 │

│매출│청구법인 │1,359,657.83│17,992,644│은행, 현금 │

│매출│기타 │ 11,124.62│ 150,390│현금 │

└──┴──────┴──────┴─────┴──────┘

또한, 청구법인의 또다른 매입처인 청구외법인②의 1998. 2기예정기간의 주요 거래내역은 아래 표3에 나타난 바와 같이 청구외법인③으로부터 34,763,860천원 등 총 35,763,860천원을 매입하여 청구법인에 953,802천원 등 총 35,293,290천원을 매출하였음이 확인된다.

표3. 청구외법인②의 매입ㆍ매출 현황

┌──┬───────┬───────┬─────┬──────┐

│구분│ 거 래 처 │공급가액(천원)│세액(천원)│대금수수방법│

├──┼───────┼───────┼─────┼──────┤

│매입│청구외법인③ │ 34,763,860 │ 3,476,386│ 현금외 │

│매입│♧♧♧ │ 1,563,779 │ 156,377│ 현금외 │

│매입│(주)△△△△△│ 188,490 │ 18,849│ 현금외 │

│매출│(주)××상사 │ 7,223,275 │ 722,327│ 현금외 │

│매출│□□교역 │ 583,991 │ 58,399│ 현금외 │

│매출│○○○○○ │ 947,643 │ 94,764│ 현금외 │

│매출│(주)◎◎상사 │ 23,986,547 │ 2,398,654│ 현금외 │

│매출│□□교역 │ 583,991 │ 58,399│ 현금외 │

│매출│청구법인 │ 953,802 │ 95,380│ 현금외 │

└──┴───────┴───────┴─────┴──────┘

(5) 청구외 ♤♤세무서장이 처분청에 자료상으로 통보한 수집상인 청구외법인③의 거래내역에 대하여 보면, 청구외법인③이 1998년도중에 폐업한 후 무신고하여 거래상대방과 거래내역 등에 대한 구체적인 내용은 확인되지 아니하나, 청구외법인③이 1998. 3. 20부터 1998. 4. 10까지 서울특별시 ○○구 ○○동 소재 주식회사 아울렛 ◆에서 금모으기행사를 실시하였음이 주식회사 아울렛 ◆의 대표이사인 청구외 ◈◈◈의 확인서에 의하여 확인되고, 또한 1998. 6. 15부터 1998. 7. 5까지는 XX호텔 2층 목련홀에서 금모으기행사를 실시하였음이 XX호텔 식음계장 ★★★의 확인서에 의하여 확인되며, 청구외법인인①ㆍ②가 청구외법인③으로부터 허위의 세금계산서를 수취하고 또다른 사업자로부터 무자료로 실물을 매입하였는지에 대하여는 구체적으로 확인되지 아니할 뿐만 아니라 처분청에서 조사확인한 사실도 없는 것으로 심리자료에 나타난다.

(6) 처분청이 청구법인의 실물거래로 볼 수 없다고 지적한 금융거래내용에 대하여 보면, 1998. 7. 24 등 3회에 걸친 ○○○○○○○○와의 거래는 위에서 살펴본 바와 같이 청구외법인①과 실물거래한 후 청구외법인①로부터 매매대금을 지급받은 것으로 회신하였고, 1998. 7. 29 청구외법인①의 계좌에서 626,000,000원 출금한 것과 1998. 8. 1 청구외법인①의 계좌에서 55,000,000원을 출금한 것은 이건 쟁점매입세금계산서와 직접 관련이 있는 것인지의 여부가 불분명할 뿐만 아니라 청구외법인①의 계좌에 이건 매입대금으로 무통장입금하였다는 내용에도 포함되어 있지 아니하며, 1998. 8. 11 청구법인의 계좌에서 688,000,000원을 출금한 것은 매매대금으로 청구외법인①의 계좌에 입금하였다가 거래관계있는 청구외 ○▷▷에게 200,000,000원과 채무변제로 청구법인 계좌에 100,000,000원을 각각 입금한 것으로 확인되고, 청구외법인①의 수표가 이서없이 ○○○과 주식회사 ▽▽▽에 입금된 것은 이건 매입과 관련이 없는 것으로 판단되며, 1998. 8. 20 청구외법인①의 계좌에서 620,000,000원을 출금한 후 청구외 주식회사 ▽▽▽와 ○□□ 및 ○△△의 계좌에 각각 입금한 것은 청구외법인①의 매매대금을 출금하여 입금한 것이 아니고 이건 매입과 관련이 없는 금융거래 대금으로 수표 등을 지급(입금)한 것으로 확인된다.

(7) 청구법인이 매입한 실물을 실제 매출하였는지에 대하여 보면, 청구법인은 1998. 2기 예정기간중에 ××상사주식회사 등과 수출대행계약을 체결하고 총 20회에 걸쳐 공급가액 11,073,099,892원(US$ 8,016,713.65)의 상품을 수출하였음이 외화획득용구매승인서(내고 : ○○은행외)와 물품매도확약서(OFFER) 및 수출신고필증 등에 의하여 확인되고, 청구법인은 1998. 9. 3 한국무역협회에 무역업 신고를 필하였음이 무역업신고필증에 의하여 확인된다.

또한, 1998년 제2기 예정기간중에 청구법인이 판매한 국내매출액은 6,574,126,348원으로 확인되는 바, 우리 심판원에서 청구법인의 주요 매출처인 청구외 ◆◆금은(청구법인의 매출공급가액 734,326천원) 주식회사 ★★통상(청구법인의 매출공급가액 10,868,730원), ◁◁금은주식회사(청구법인의 매출공급가액 435,913천원) 및 주식회사 ▽▽▽(청구법인의 매출공급가액 1,276,606천원) 등에 공문으로 조회한 결과 이들 매출처는 청구법인과 실물거래를 한 후 은행계좌와 현금 및 수표로 매매대금을 실제 지급하였다고 금융자료 등 입증자료와 함께 거래일자별 품목과 수량 및 매매금액 등에 대한 구체적인 내용을 회신하였다.

(8) 위의 내용을 종합해 볼 때, 청구법인이 실물을 매입하여 수출과 내수판매 등 매출한 사실이 확인되는 반면 다른 사업자 등으로부터 무자료로 실물을 매입한 사실이 확인되지 아니하는 점 등으로 미루어 볼 때 청구법인이 청구외법인①ㆍ②로부터 실물을 매입한 것은 사실로 인정된다 할 것인 바, 청구법인의 직접거래처가 아닌 거래상대방의 거래처인 청구외 법인③이 자료상으로 통보된 사실 등이 있다 하여 실물거래에 대한 구체적인 확인조사없이 관련 매입세액을 모두 불공제할 수는 없다 할 것이므로(같은 뜻: 국심 96서 3265, 1997. 1. 17외 다수) 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 청구외법인①ㆍ②로부터 실물을 매입하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하는 쟁점매입액 17,310,752,223원 중 매입사실이 객관적으로 확인되지 아니하는 현금거래분 3,131,816,698원(세액 313,181,640원)은 제외하고 금융자료(무통장입금증)와 관련장부 등 증빙에 의하여 실물매입 사실이 구체적으로 확인되는 매입공급가액 14,181,737,155원에 대한 매입세액 1,418,173,736원은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.