이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2006년 제1기～2010년 제1기 과세기간 중 OOO원(2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원, 2007년 제1기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2010년 1기 OOO원) 상당의 매입세금계산서(2008년 2기분 및 2010년 제1기분은 수정신고하였으므로 이를 제외하고 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 나. OOO지방국세청장은 2011년 9월 쟁점거래처에 대한 법인통합조사 결과 쟁점세금계산서를 가공거래 혐의자료로 처분청에 통보하였고, 처분청은 당해 자료 수보후 2년이 지난 2013년 11월에 청구법인에게 과세자료 해명을 요구하여, 청구법인은 2008년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원에 대하여는 가공거래를 인정하고 매입세액을 불공제하여 부가가치세 수정신고를 하였다. 다. 처분청은 2015년 10월 다시 2006년분 및 2007년분에 대해 과세자료 해명을 요구하여, 청구법인이 이에 불응하자 2016.3.3. 청구법인에게 쟁점거래처와의 2006년분 및 2007년분 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 부인하여 부가가치세 OOO원)을 경정·고지하였다(2008년 제2기는 세금계산서불성실가산세 OOO원, 2010년 제1기는 동 가산세 OOO원을 경정·고지하였고 이에 대하여는 불복을 제기하지 아니함). 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.25. 이의신청을 거쳐 2016.6.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점세금계산서는 정상거래를 하고 발급받은 세금계산서이다. 2006년∼2007년 쟁점거래처가 전기용품을 정상적으로 공급하고 세금계산서를 발행하였으며, 청구법인의 통장에서 현금으로 인출하여 쟁점거래처에 매입대금을 지급하였을 뿐만 아니라 법인 인감을 날인한 입금표를 받은 사실이 있으므로 동 과세기간의 매입세금계산서는 정상거래이다. 당해 과세자료가 가공매입이라는 점에 대해 입증책임은 처분청에 있으며 가공매입이라고 볼 만한 정도의 입증이 없다. 쟁점거래처의 세무조사 결과 가공혐의자료로 통보한 것은 거래의 정상여부를 처분청이 확인하도록 한 것이므로 처분청은 거래상대방 조사, 자금의 흐름, 재화의 흐름 등을 명확하게 확인하여 정상거래인지 를 확인하여야 함에도 불구하고 단지 현금거래를 했다는 이유만으로 과세자료를 가공매입으로 확정하고 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다. (2) 당초 세무조사의 내용을 번복하고 다시 세무조사를 실시한 것은 중복조사 금지의 원칙에 위배된다. 2013년 9월 처분청에서 과세자료 해명요구서를 발송하여 이에 대해 청구법인이 문서로 소명하였으며, 처분청을 방문하여 구두 세무조사를 받는 과정에서 청구법인은 연매출 OOO원 내외의 영세 전문건설사업자로서 사업경영의 어려움과 당시 현금거래 시 더 싼 가격에 물건을 구입할 수 있다는 유혹으로 거래처가 일부 자료상 행위를 한다는 사실을 인지하지 못한 것에 대해 선처하여 줄 것을 요청하였고, 이에 대해 담당 세무공무원이 거래상대방의 조사내용이 가공매입으로 확정하기에 증빙이 미흡하고 현금거래 전부를 가공거래로 보기 어렵다는 점을 인정하여 2008년과 2010년분에 대하여만 가공거래로 보아 부가가치세를 수정신고하고 과세자료의 처리를 종결(일종의 세무조사에 해당)하기로 하였으나, 청구법인이 동일한 과세자료에 대해 수정신고를 하였음에도 이후 2년 뒤인 2015년 10월 과세자료 해명요구서를 다시 발송하여 청구법인의 정상거래 소명내용을 부인하고 이 건 과세처분을 하였다. 따라서, 처분청이 합리적인 이유 없이 당초 세무조사의 내용을 번복하고 다시 조사하여 과세한 것은 「국세기본법」제81조의4 제2항의 중복조사 금지의 원칙에 위배되는 처분이다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점거래처의 세무조사 종결보고서에 의하면, 쟁점거래처의 대표이사 임OOO은 청구법인과의 거래에 대하여 전액이 실물거래 없이 가공으로 세금계산서만 교부하였다고 시인하였으며, 청구법인이 2013.11.11 처분청에 제출한 ‘과세자료 해명 자료 제출’에 따르면 2008년 및 2010년 거래에 대하여는 실물거래 없이 세금계산서를 교부받고 송금한 뒤 쟁점거래처로부터 다시 결제 대금을 송금받았으나, 앞으로 실물거래 없이 세금계산서를 수수하지 않을 것을 다짐하며 선처를 바란다는 내용의 진술이 담긴 해명서를 제출한 사실이 있다. 청구법인은 일부 대금결제 내역을 제출하였으나 제출한 통장 입출금 거래내역을 검토한바, 쟁점거래처에 거래대금을 직접 이체하지 아니하고, 전부 현금 인출하여 쟁점세금계산서와 관련된 대금을 지급하였는지 여부 및 실거래 금액의 구별이 불가능하므로 이를 인정하기 어려우며, 입금표도 공급받는 자가 기재되어 있지 않은 채 수기로 작성되어 신빙성이 없다 또한, OOO지방국세청장의 세무조사 결과에 따라 쟁점거래처가 자료상으로 확정되었고, 조사과정 중 대표이사의 진술에 의하여 세금계산서의 허위, 가공, 과다 발급한 사실이 드러나 쟁점세금계산서의 거래가 허위임이 상당한 정도로 입증된 것이므로 쟁점세금계산서가 가공이 아니라는 주장에 대한 입증책임은 청구법인에 있다 할 것이다. (2) 세무조사 재실시는 중복조사 금지의 원칙에 위배된다는 주장에 대하여 설령, OOO지방국세청장이 실시한 쟁점거래처의 세무조사 결과 파생된 자료에 의하여 처분청이 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였다 하더라도 이는 「국세기본법」제81조의4 제2항 제1호 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우 또는 제2호 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우에 해당하므로 재조사를 할 수 있는 예외 조항에 해당하며, 실제로 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 사실이 없으므로 중복조사 금지의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점세금계산서가 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서인지 여부 ② 이 건 과세처분이 중복조사 금지의 원칙을 위배하였는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제17조(납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (3) 국세기본법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 과세자료 내역은 아래와 같다. (2) 청구법인은 2013.11.19. 아래와 같이 2008년 제2기분, 2010년 제1기분 부가가치세에 대하여 아래와 같이 수정신고하였다. (단위 : 원) (3) 처분청의 과세자료에 의한 이 건 부가가치세 과세내역은 아래와 같다. (단위 : 원) (4) 쟁점거래처의 세무조사 결과 전기용품에 대한 결정내역은 아래와 같다. (단위 : 백만원) (5) 쟁점거래처의 조사 종결보고서에 따르면 청구법인에 대한 조사내용은 다음과 같다. (6) 쟁점거래처의 대표이사 임OOO이 2011.9.9. OOO지방국세청장의 세무조사에서 진술한 전말서의 주요내용은 아래와 같다. (7) 처분청의 과세자료 해명요구에 대해 청구법인이 2013.11.11. 제출한 ‘과세자료 해명자료’는 다음과 같다. (8) 청구법인이 제출한 세금계산서, 입금표, 거래내역 및 결재내역 등은 다음과 같다. (단위 : 원) (9) 청구법인은 쟁점세금계산서 상당의 전기용품을 매입하여 2006년∼2007년 광명시청과 연천군청의 전기공사에 사용하였다고 소명하며 관련 매출세금계산서와 입출금거래내역을 아래와 같이 제출하였다. (단위 : 원) (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인이 2013년 11월 이 건 가공혐의자료에 대해 소명하는 과정에서 2008년 및 2010년분은 가공거래로 시인하여 부가가치세 수정신고를 하였음에도 처분청은 2년 4개월이 지난 후 다시 2006년 및 2007년분에 대해 별도의 확인 없이 가공거래로 보아 과세한 점, OOO지방국세청장의 세무조사에서 쟁점거래처의 대표자가 일부거래는 실지거래라고 진술하였고, 가공 및 실거래 금액이 구분되지 아니하여 쟁점세금계산서를 가공혐의자료로 통보하였으므로 처분청은 쟁점세금계산서가 가공거래에 따른 세금계산서인지를 확인하여 과세처분을 하여야 하나, 이에 대한 확인 없이 과세한 점, 청구법인은 연매출 OOO원 상당의 소규모 업체로 직접 물품대금을 계좌입금한 사실이 확인되지는 않으나, 쟁점세금계산서 수수시기에 청구법인의 계좌에서 출금하여 물품대금을 결제한 내역, 매입내역 및 입금표, 전기용품 사용 공사내역 등을 제시하고 있으므로 쟁점세금계산서는 정상거래에 따른 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (11) 다음으로, 쟁점②에 대하여는 쟁점①에서 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.