이유
1. 원처분 개요 청구인은 91.4.24 경상남도 양산군 물금면 OO리 OOO 답 2,392㎡ 및 같은곳 OO리 OOOOO 답 616㎡(위 2필지의 토지를 이하 “쟁점토지”라 한다)의 각 2분의 1 지분을 양도하였다. 처분청은 쟁점토지의 경우 양도당시 그 현황이 나대지였다는 이유로 8년이상 자경농지의 비과세 및 장기보유특별공제를 배제하고 93.7.20 청구인에게 91년 귀속분 양도소득세 98,440,770원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.9.17 심사청구를 거쳐 94.1.7 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 처분청은 쟁점토지가 양도일 현재 농지가 아닌 나대지에 해당하는 것으로 보아 양도소득세가 비과세되는 8년이상 자경농지에서 제외하고 또한 장기보유특별공제를 배제하였으나 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 양도할 때까지 OOO를 고용하여 청구인 책임하에 8년이상 자경하였고 위 토지의 양도당시에는 인근토지의 주택단지 개발사업으로 토사등이 흘러들어와 부득이 경작을 못하게 된 것이므로 위와같이 8년이상 자경농지가 아니라고 보고 또한 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하며, (2) 쟁점토지중 OO리 OOOOO 토지 616㎡의 경우는 양도당시 적용할 개별공시지가가 없는데도 처분청이 지번변경전의 토지인 OO리 OOOOO의 개별공시지가를 적용한 것은 부당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 (1) 쟁점토지의 보유기간이 8년 이상임은 등기부등본에 의해 확인되고 있으나 양도일인 91.4.24 현재 농지에 해당되는지 여부를 보면 쟁점토지의 공부상 지목은 답이나 ’90년 개별공시지가 조사당시 실제현황은 주거용 나대지이었던 것으로 밝혀져 양도일 현재는 농지가 아니고 나대지에 해당한다고 할 것이므로 소득세법 관련규정에 의거 양도소득세 비과세대상인 8년이상 자경농지에서 제외하고 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당하며, (2) 쟁점토지중 OO리 OOOOO 토지 616㎡에 관하여 양도당시 지번의 개별공시지가가 아닌 변경전 지번인 OOOOO의 개별공시지가를 적용함은 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴보면 OO리 OOOOO 지번은 89.8.30 OO리 OOOOO에 합필되어 없어졌으나 종전의 OOOOO 지번과 OOO지번의 90년 개별공시지가는 각각 별도로 조사되어 고시되어 있으므로 각 필지별 개별공시지가 즉 OOO지번은 ㎡당 200,000원, OOOOO지번(구 OOOOO지번)은 ㎡당 260,000원을 적용하여 양도가액을 계산한 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 이 건은 쟁점토지가 양도소득세 비과세대상인 8년이상 자경농지이거나 장기보유특별공제 대상인지 여부(쟁점①)와 쟁점토지중 OO리 OOOOO 토지에 대한 개별공시지가 적용의 적정성 여부(쟁점②)를 가리는데 다툼이 있다. 가. 쟁점①에 대하여 (1) 관련법령 소득세법 제5조 제6호 (라)목, 동법시행령 제14조 제3항에서 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있는 “양도일 현재의 농지”는 8년이상 자경농지로서 양도소득세를 비과세한다고 규정하고, 동법 제23조 제2항 제2호, 동법시행령 제46조의 3 에서는 양도자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하되 나대지( 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 제외한다)는 장기보유특별공제대상에서 제외하도록 규정하고 있다. (2) 청구주장에 대한 당부 청구인은 쟁점토지를 양도할 당시까지 청구외 OOO를 고용하여 쟁점토지를 경작하였다고 주장하나, 위 OOO가 처분청의 조사담당공무원에게 작성하여 준 확인서에 의하면 쟁점토지를 양도하기 3～4년전부터 근처에 아파트가 건축된 관계로 쟁점토지를 경작한 바가 없다고 확인하고 있고 또한 90년 개별공시지가 결정을 위해 90.4월 처분청에서 작성한 토지특성조사표에 의하면 쟁점토지는 조사당시 이미 주거용 나대지 상태에 있었던 것으로 나타나고 있어 양도일 현재에는 농지가 아닌 나대지 이었음이 확인된다. 쟁점토지는 위와같이 양도일 현재 농지가 아니고 나대지로서 토지초과이득세법상의 유휴토지등에 해당하므로 처분청이 양도소득세 비과세대상인 8년이상 자경농지에서 제외하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 것은 잘못이 없다고 판단된다. 나. 쟁점②에 대하여 (1) 관련법령 소득세법 제60조 , 동법 제115조 제1항 제1호에서 토지에 대한 기준시가의 결정은 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(개별공시지가)로 하되, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다고 규정되어 있다. (2) 개별공시지가 적용의 적정성 여부 청구인은 쟁점토지중 OO리 OOOOO 토지(616㎡)에 대한 ’90년 개별공시지가를 적용함에 있어 OO리 OOOOO 토지의 개별공시지가를 적용한 당초처분이 부당하다는 주장인 바, OO리 OOOOO 토지는 91.4.11 분할로 인하여 ’90년 개별공시지가가 책정되지 아니하였고 지번이 변경되기 이전에는 OO리 OOOOO 토지(2,066㎡)의 일부이었던 사실이 등기부등본등에 의하여 확인되고 있기 때문에 OO리 OOOOO 토지와 OO리 OOOOO 토지는 비록 지번이 다르다 하더라도 그 이유가 당해토지의 합필 및분할로 인하여 지번이 변경되었을 뿐이고 그 이외 토지의 지목, 이용상황(나대지)등 지가형성요인이 구지번인 OOOOO일때와 달라질 이유가 없는 점등으로 모두어 볼 때 처분청이 OO리 OOOOO 토지의 개별공시지가(㎡당 260,000원)를 OO리 OOOOO 토지에 적용하여 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.