이유
1. 원처분 개요

가. 청구법인은 철강재 도매업을 영위하고 있는 법인으로 경기도 OO군 북내면 OO리 OOOOO 공장용지 23,031㎡ 및 건물 4,871.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.10.25 주식회사 OO으로부터 9억원에 취득하여 90.1.6 주식회사 OO에게 950백만원에 양도하였다.

나. 처분청은 93.4.6 청구법인에게, 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 쟁점부동산의 취득과 관련된 차입금지급이자(20,257,180원)와 감가상각비(4,530,140원)를 손금에 산입하지 아니하고 89.1.1～89.12.31 사업년도 법인세 12,225,880원 및 동 방위세 2,340,540원을 부과하였고, 쟁점부동산의 양도가액 950백만원중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아

부가가치세법시행령 제48조의2

제3항 단서의 규정에 의하여 양도가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 토지가액과 건물가액으로 안분계산(건물가액 698,188,488원, 토지가액 251,811,512원)하고 건물분에 대하여 90년도 제1기분 부가가치세 97,746,380원을 부과하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 93.4.23 심사청구를 거쳐 93.7.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

① 청구법인은 OOOO제철주식회사(이하 “OO제철”이라 한다)의 대리점으로 철강재 도매업을 영위하고 있던중 88.11.10 OO제철의 대리점 설치기준변경에 의거 90.12.31까지 철판가공공장 및 창고를 취득하고 가동하여야 되므로 89.10.25 이미 공장등록이된 쟁점부동산을 9억원에 취득(계약일 89.9.22)하고 89.10.20 쟁점부동산 소재지에 OO지점 법인설립등기까지 하였으나, 쟁점부동산을 철강재 가공보관시설로 개조하려고 하니 공장바닥 및 골조를 재시공하여야 하는 대공사이며 진입도로 확장으로 인한 토지매입 및 포장공사를 하려면 공장신축이상의 자금이 소요될 뿐만 아니라 공장위치가 OO제철공장 및 청구법인 거래선과의 교통불편으로 제품운송비의 과다한 지출이 예상되므로 OO제철 공장에서 수도권 진입이 용이하고 공장건축에 규제가 없는 충청남도 천원군 OO면에 소재한 토지를 매입(계약일 89.12.24)하여 그 지상에 91.4.8 공장을 준공·가동중에 있으며 쟁점부동산은 청구법인의 취득가액을 기준으로 하여 90.1.6 주식회사 OO에게 950백만원에 양도하였다.

위와 같이 쟁점부동산을 청구법인의 업무용에 사용하기 위하여 취득하였다가 부득이 양도하게 되었으며, 90.4.4 개정되기전

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제1호에 의하여 “취득후 6월이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”은 비업무용부동산으로 보도록 규정되어 있고, 일정한기간이 경과함으로써 비업무용부동산에 해당하게 되는 경우에는 그 기간이 경과한 날의 다음날부터 업무와 관련없는 자산으로 보도록 되어 있으므로 취득한지 6월도 경과하지 아니한 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

② 청구법인은 쟁점부동산을 89.10.25 9억원에 취득하고 동일자 한국감정원의 감정가액인 949,119,200원에 나타난 토지가액 552,744,000원, 건물가액 396,375,200원의 비율로 토지가액과 건물가액을 안분계산하여 취득가액 9억원을 토지가액 524,138,169원, 건물가액 375,861,831원으로 구분하여 청구법인의 장부에 기장하였는 바, 쟁점부동산의 양도가액 950백만원도 한국감정원의 감정가액비율로 안분계산(토지가액 553,256,957원, 건물가액 396,743,043원)하고 건물가액을 396,743,043원으로 하여 이 건 부가가치세를 경정하여야 하며, 쟁점부동산의 양도가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 토지가액과 건물가액으로 안분계산하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

① 청구법인은 철강재 도매업(OO제철 대리점)에 사용하기 위하여 OO제철 대리점 설치기준 변경에 따라 공장등록이 되어 있는 쟁점부동산을 취득하였다는 주장이나 최초 취득시부터 양도시까지 청구법인의 사업목적에 사용한 사실을 입증하지 못하고 있으며, 사회통념상으로 보면 거액의 자금이 소요되는 부동산의 구입에 있어서 토지의 형태, 이용가능한 진입로의 상황, 주변여건과 기존건물의 사용가능여부 등을 면밀히 검토하고 판단하여 구매에 응한다고 보아야 할 것인데, 청구법인은 쟁점부동산을 우선 구매하고 면밀히 검토한 바 여건이 타당하지 아니하다 하여 50일정도 후인 89.12.14 다른토지를 취득하여 91.4.9 공장준공하여 현재 가동중에 있다고 주장하는 바, 비록 쟁점부동산에 지점법인 설립등기를 하고 OO제철에 가공공장 취득을 통보하였다고는 하나 쟁점부동산을 청구법인 고유목적 사업에 직접 사용하였다는 사실은 어디에도 보이지 아니하며 공실실태(89.10.26 한국감정원의 감정평가서상 건물의 이용상태가 공실로 되어 있음)에 인수하여 청구법인의 고유목적 사업에 사용하기 위한 개조등의 노력흔적등도 보이지 아니하여 업무용부동산 이라고 판정하기에는 사실과 거리가 멀다고 판단되므로 청구주장은 이유없고 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다.

② 청구법인은 90.10.26 한국감정원에서 감정한 감정가액이 있으므로 이를 토대로 안분계산하여 매입가액 9억원중 건물가액을 375,861,831원으로 구분 기장하고 그 후 취득제비용 57,429,740원도 위와 같은 방법으로 구분 기장하여 매도당시의 장부가액은 건물이 402,703,475원이므로 실지거래가액이 불분명한 경우가 아니어서 위의 금액을 공급가액으로 보아 부가가치세를 경정하여 달라는 주장인 바, 한국감정원의 감정가액으로 구분하여 안분계산함은 91.1.1 이후에는 가능하나(90.12.31 대통령령 제13199호로 개정되어

같은법시행령 제48조의2

제4항이 신설되었음) 청구법인이 쟁점부동산을 양도할 당시인 90.1.6에는

부가가치세법시행령 제48조의2

제3항의 규정을 적용하여야 할 것이고 청구법인은 법령의 오해에서 위와 같이 주장하나 관련법령의 규정에 따라 건물가액을 698,188,488원으로 결정한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산이 비업무용부동산에 해당되는지 여부

② 쟁점부동산의 양도가액중 토지가액과 건물가액의 안분계산을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의할 것인지 아니면 한국감정원이 감정평가한 가액에 의할 것인지 여부

나. 쟁점①에 대하여

① 이 건 과세원인발생 당시에 시행된

법인세법 제18조의3

제1항(85.12.23 개정된 것) 제3호에서 당해법인의 업무에 직접 관련없는 부동산에 관련된 차입금의 지급이자는 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고,

같은법시행령 제43조의2

제5항(85.12.31 개정된 것)에서 “당해법인의 업무에 직접 관련없는 부동산이라함은 당해부동산 취득후 경과한 기간, 당해법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다”고 규정되어 있으며,

같은법시행규칙 제18조

제3항(86.3.31 신설된 것) 제1호에서 비업무용부동산의 하나로서 “취득후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(매매사업용 부동산을 포함한다)”이 열거규정되어 있다.

한편,

법인세법 제16조

제7호 및

같은법시행령 제30조

제1호(89.12.30 개정되기전의 것)에서 법인이 각 사업년도에 지출한 경비중 직접 그 업무에 관련이 없는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이와 관련된 손비는 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있다.

② 청구법인은 쟁점부동산을 업무용에 사용하기 위하여 취득하였다가 부득이 양도하였다고 주장하나, 벽지공장으로 사용하던 쟁점부동산을 취득하여 양도할 때까지 청구법인의 고유업무인 철강재 도매업과 보관업 및 가공업등에 사용한 사실이 없을 뿐만 아니라 그 고유목적사업에 사용할 수 있도록 개조하려고 하는 노력의 흔적도 보이지 아니하므로 쟁점부동산을 업무용부동산으로 볼 수는 없다 할 것이며, 위에서 본

법인세법시행령 제43조의2

제5항과

같은법시행규칙 제18조

제3항 제1호의 규정을 종합하여 볼 때, 취득후 6월도 경과하지 아니한 부동산을 법인의 고유목적사업에 사용하고자 하는 노력도 없이 2개월 12일만에 양도한 사실로 보아 쟁점부동산은 업무에 직접관련없는 부동산에 해당된다고 보여지므로 쟁점부동산의 취득과 관련된 차입금 지급이자 및 감가상각비를 손금에 산입하지 아니한 처분은 정당하다고 판단된다.

다. 쟁점②에 대하여(토지가액과 건물가액의 안분계산을 어떻게 할 것인지)

①

부가가치세법시행령 제48조의2

(과세표준의 안분계산) 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액과 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있는 바, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약서 체결전에 그 부동산을 담보로 금융기관에서 대출을 받기위하여 공인감정기관의 감정을 받은 가액이 있거나 거래당사자중 일방 또는 쌍방이 국가나 법인으로서 거래 당사자가 토지와 건물가액을 관련장부에 구분하여 기장하고, 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액중에서 건물가액 상당을 그 실지거래가액으로 보는 것이 지방세법상 과세시가표준액으로 안분하여 계산한 가액을 공급가액으로 하는 것보다 더 합리적이라고 할 것이며, 90.12.31 신설된

부가가치세법시행령 제48조의2

제4항에서 “시행령 제48조의 제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 기타 구축물의 실지거래가액으로 보되 이 경우의 적용순서는 다음 각호의 순서에 의한다”라고 규정하면서, 그 제1호에서 “주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획서상의 분양가액” 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다”, 그 제3호에서 “지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”을 열거 규정함으로써 위와 같은 해석내용이 대부분 입법화된 것으로도 뒷받침된다고 할 것이다(국심 91구2155, 92.1.18외 다수 같은 뜻임).

② 청구법인이 쟁점부동산을 OOOO은행 관리부에 담보로 제공할 목적으로 한국감정원 OO지점에 의뢰하여 감정받은 감정평가서(89.10.26 OO OOOOOOO)를 보면, 쟁점부동산의 감정가액은 949,119,200원이고 그중 토지가액은 552,744,000원, 건물가액은 396,375,200원으로 평가되어있고, 청구법인은 쟁점부동산을 9억원에 취득하고서 위 감정가액의 비율대로 안분계산하여 토지가액을 524,138,169원, 건물가액을 375,861,831원으로 기장한 사실이 동 법인의 토지계정 및 건물계정등 관련장부에 의하여 확인되고 있다.

③ 위의 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산의 실지양도가액 950백만원을 한국감정원에서 감정평가한 비율에 따라 안분계산한

(950,000,000원×

)

380,838,312원을 건물의 공급가액(부가가치세: 38,083,831원, 토지가액: 531,097,857원)으로 하는 것이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산한 것보다 더 합리적이라고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.