이유
1. 사실 및 원처분 개요 청구인은 90.3.16 부동산임대사업자로 사업자등록(등록번호: OOOOOOOOOOOO)을 하고, 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO 지상에 임대사업용 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하기 위한 건설용역을 공급받고, 서울특별시 서대문구 OO동 OOOO 주식회사 OO공업공사(사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO, 이하 “청구외 법인”이라 한다)가 공급자로 되어 있는 매입세금계산서 2매(90.10.26 공급가액 75,000,000원, 부가가치세 7,500,000원 90.12.7 공급가액 48,000,000원, 부가가치세 4,800,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 청구외 법인이 건설업면허대여업자이므로 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 쟁점세금계산서상의 매입세액 12,300,000원을 불공제하여 92.1.16 청구인에게 부가가치세 13,530,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.3.16 심사청구를 거쳐 92.6.30 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 ① 청구외 법인에게 공사대금 135,300,000원(부가가치세 포함)을 청구인이 직접 지급하고 공사에 관련한 매입세금계산서를 정당하게 교부받아 신고하였으므로 청구외 법인이 면허대여업체라하여 청구인이 부담한 매입세액을 불공제한 것은 부당한 처분이며, ② 청구외 법인이 면허대여업체라 하더라도 청구인은 그 사실을 알지 못한 선의의 피해자이므로 쟁점건물신축과 관련된 매입세액은 공제되어야 한다는 주장이다. 국세청장은 건설업면허대여업체로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건은 청구인이 청구외 법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 다툼이 있다. 나. 관련 법규정을 보면, 부가가치세법 제17조 [납부세액] 제2항은 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다. 이하 같다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액(단서생략)”이라고 규정하고 있으며, 동법시행령 제60조 제2항은 “법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부하였거나 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 법 제17조 제2항 제1호 및 법 제22조 제2항 제2호에 규정하는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다”고 규정하고 있다. 다. 사실관계를 보면, ① 청구인은 청구외 법인의 인감증명을 첨부한 거래사실확인서를 제출하고 있으나, 인감증명발급일자는 91.7.18인데 반하여 거래사실확인서 작성일자는 92.1월로 기재되어 있는 점으로 보아 청구인이 제시한 거래사실확인서는 이 건 거래의 사실여부를 판단할 수 있는 신빙성있는 자료로 보기는 어렵다. ② 당 심판소에서 청구인에게 쟁점건물 공사대금 123,000,000원(공급가액)을 청구외 법인에게 지급한 사실을 증명할 수 있는 금융자료등 객관적인 증빙서류의 제출을 요구했으나 이의 제출이 없는 것으로 보아 청구인이 청구외 법인에게 직접 공사대금을 지급하였다는 주장 및 청구외 법인이 건설업면허대여업체라는 사실을 알지 못했다는 주장은 신빙성이 없어 보인다. ③ 또 당 심판소에서 청구외 법인에게 쟁점건물의 노임공사 사실을 증명할 수 있는 공사관련 증빙서류 및 공사대금의 수령사실을 증명할 수 있는 금융자료등의 제출을 요구했으나 법인소재 불명으로 자료제출요구서가 반송되었으며, 청구외 법인의 관할세무서인 서대문세무서에 확인한 바 법인명부에 등재는 되어 있으나 관내에 사업장이 없으며 법인 실체가 없음이 확인되고 있다. ④ 위의 사실관계로 보아 쟁점세금계산서상의 거래가 정상거래라는 청구인의 주장은 사실이 아닌 것으로 보이는 한편, 청구외 법인은 청구인에게 실제로 건설용역을 제공한 사업자가 아닌 것으로 보이므로 청구인이 청구외 법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 용역의 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 할 것이고 이와 같이 사실과 다른 세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건은 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.