이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ○○구역 제15지구 도시환경정비사업지구(구도 시재개발구역)인 ○○ 시 ○○ 구 ○○ 2가 ○○ 번지외 35필지 토지 7,678.10 ㎡(이하 “이 사건 종전 토지”라고 한다)를 2000.10월부터 2001.4월 사이에 취득하여 취득세 등을 일반세율로 신고납부한 다음 위 지상에 업무용 건축물 (연면적 91,829.74㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축하여 2004.12.6. 준공인가를 받아 2004.12.13. 이 사건 건축물 중 72,792.28㎡를 본점사무소로 사용하자 본점사무소용 면적의 그 부속토지(4,688.27㎡)에 대하여 그 취득가액(75,605,621,654원)을 과세표준으로 지방세법 제112조의2 제1항의 중과세율(6%)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 3,024,224,860원, 농어촌특별세 302,422,480원, 합계 3,326,647,340원을 2005.1.5. 신고납부하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○구역 제15지구 도시환경정비사업지구내 시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에 해당되어 구 도시재개발법 제34조 제1항에서 관리처분계획의 인가를 받지 않아도 사업을 시행할 수 있기 때문에 부득이 이러한 인가절차 없이 위 도시환경정비사업 을 완료하여 관할관청으로부터 준공고시까지 받아서 준공인가된 건축물과 토지는 도시및주거환경정비법 제55조 에 의한 환지에 해당되어 지방세법 제109조 제3항에 의하여 비과세대상이 되므로 본점 사무소용으로 중과세대상 부동산이라 하더라도 취득세가 비과세대상에 해당하는 한 중과세율에 의하여 중과할 수 없다고 하는 대법원 판례(92누8019판결) 및 구내무부심사결정사례(제88-450호)를 들면서 이 사건 건축물의 일부를 청구인의 본점사무소로 사용한 부분의 그 부속토지도 비과세하여야 하는데도 처분청은 환지처분의 개념과 대체취득에 관련된 법령을 잘못 해석하여 이를 대체취득으로 소멸된 이 사건 구토지에 5년내 본점사무소를 신축으로 취득한 경우의 그 부속토지로 보아 이 사건 취득세를 중과세율로 신고납부한 것을 받아들이는 것은 부당하다고 주장 하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 도시및주거환경정비법령상 환지로 인하여 본점용 사무소를 대체취득한 경우 지방세법 제109조 제3항의 대체취득 비과세에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제109조 제3항에서 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나, 그 제1호에서 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시및주거환경정비법등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산과 그 제2호에서 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)대하여는 취득세를 부과한다고 하고 있고, 같은 법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조 의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있으며, 같은 법 제112조의2제1항에서 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 그 제2호의 제112조제3항 본문의 규정에 의한 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다.)에 해당하게 된 경우에는 당해 각호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 하고 있고, 도시및주거환경정비법 제2조 라목에서 도시환경정비사업이란 상업지역·공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업이라고 하고 있으며, 같은 법 제55조제2항에서 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축물중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제39조 의 규정에 의하여 행하여진 환지로 보고, 제48조제3항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제33조 의 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다고 규정하고 있으며, 도시재개발법(2002.2.4. 법률 제6655호로 개정전의 것) 제2조제2호에서 "재개발사업"이라 함은 재개발구역안에서 토지의 합리적이고 효율적인 고도이용과 도시기능을 회복하기 위하여 이 법이 정하는 바에 의하여 시행하는 건축물 및 그 부지의 정비와 대지의 조성 및 공공시설의 정비에 관한 사업과 이에 부대되는 사업을 말하고, 그 가목에서 도심재개발사업이란 도심지 또는 부도심지와 간선도로변의 기능이 쇠퇴해진 시가지를 대상으로 그 기능을 회복 또는 전환하기 위하여 시행하는 재개발사업이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1977.6.29. 이 사건 종전토지는 건설부고시 제123호로 구도시재개발법에 의한 도심재개발구역으로 지정되었고, 1984.3.29. 청구인은 정보통신사업 등을 목적으로 법인을 설립한 다음 상호를 1997.3.21. ○○ 텔레콤(주)으로 변경하였으며, 2004.12.13. 본점을 같은 구 ○○ 2가 ○○ 번지로 변경하였고, 1989.6.28. ○○ 상사(주)는 서울시고시 제313호로 사업명칭 ○○ 구역 제15지구재개발사업(이하 현행법 명칭인 “도시환경정비사업”으로 한다)로 시행인가를 받았으며, 1992.12.10. ○○ 상사(주)는 위 사업지구내 토지 33필지 7109.5㎡(5915,6㎡)를 35필지 7678.1㎡(5914.4㎡)로 도시환경정비사업시행 변경인가를 받았고, 1997.12.31. ○○ 상사(주)는 ○○ 시 ○○ 구청허가 제97-6호로 건축허가를 받았으며, 2000.10월부터 2001.4월 사이 청구인은 위 도시환경정비사업구역내의 토지( 7,678.1㎡) 를 포함한 토지 8,365.9㎡(941.9㎡는 구역외 토지임)를 ○○ 상사(주) 등으로부터 141,292,000,000원에 취득하고, 지방세법 제112조 제1항의 규정에 의한 세율(1,000분의 20)을 적용하여 산출한 취득세를 신고납부하였으며, 2001.2.27. 사업시행자 및 주된 사무소의 소재지를 ○○ 도 ○○ 시 ○○ 구 ○○ 동 ○○ 번지 ○○ 상사(주)를 ○○ 시 ○○ 구 ○○ 동 ○○ 번지 청구인으로 위 도시환경정비사업시행 변경인가를 득하고, 2004.12.10. 관할관청은 ○○ 시 ○○ 구고시 제2004-81호로 ○○ 구역제15지구 도시환경정비사업에 대하여 토지(대지 5,914.4㎡, 정비기반시설 1,763.7㎡) 및 건축물(업무시설, 지상33층·지하6층, 연면적 91,829.74㎡)로 공사완료 고시하였으 며, 2004.12.13. 청구인은 이 사건 건축물을 청구인의 기업부설연구소(8,177.07 ㎡) 및 본점사무소(72,792.28㎡), 기타(10,860.39㎡)로 사용하였고, 2004.12.30. 공부상 이 사건 종전토지와 동일한 면적( 5,914.4㎡)으로 환지되어 이 사건 건축물의 부속토지로, 나머지 1,763.7㎡는 정비기반시설용 토지로 처분청에 귀속된 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 대체취득한 토지에 대한 취득세 등은 종전토지가 환지처분으로 새로운 토지로 대체된 것이기 때문에 지방세법 제109조 제3항에 의하여 종전토지의 가액만큼은 비과세되므로 같은 법 제112조제3항 및 같은 법 제112조의2제1항제2호의 중과세율을 적용할 수 없다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 제109조 제3항에서 도시및주거환경정비법에 의한 도시환경정비사업의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획에 의하여 취득하는 토지나 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 종전취득가액을 초과하는 부분이 없는 경우를 제외하고 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 지방세법 제112조 제3항에서 과밀억제권역안에서 본점 사업용 건축물을 신·증축으로 취득할 때 그 부속토지와 함께 취득세율은 표준세율의 100분의 300으로 한다고 하며, 지방세법 제112조의2 제1항제2호에서 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 법 제112조제3항의 경우에 해당할 때도 중과세율을 적용한다고 규정하고 있는 바, 여기서 대체취득의 성질이 법적으로 종전의 대지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급된다는 점(대법원 1994.4.26. 선고 93누9170 판결) 및 도시및주거환경정비법 제55조 제1항에 비추어 비과세됨으로서 종전 토지에 내재되어 있는 제반 권리의무까지도 모두 소멸되는 것이 아니라 할 것이어서 종전 부동산에 있던 비과세 및 감면에 따르는 추징규정에 대한 납세의무자의 사용의무나 상태지속의무, 혹은 과세관청의 추징사유조사권리 등은 당연히 새로운 토지에 승계되는 것이므로 새로운 토지에 추징사유가 발생하였는지에 따라 중과세여부를 판단하여야 하는 것이 합목적적이라 할 수 있고, 또한, 대체취득은 그 자체로 새로운 취득으로 간주되고 있으므로 지방세법 제104조 제8호에서 규정된 취득의 정의나 국가정책적인 관점에서 특정한 과세요건에 대하여는 일반세율보다 중한 세율로 과세하겠다는 같은 법 제112조제3항 및 같은 법 제112조의2제1항제2호의 취지 등에 비추어 대체취득당시 새롭게 발생한 과세요건이 중과세되는지 여부는 그것대로 판단하여 세율을 적용하여야 하는 것이므로 종전토지를 취득할 때와 달리 새로운 취득(대체취득)시 다른 과세요건이 발생함으로서 그에 따라 관련세율을 적용하는 것으로도 볼 수 있는 것을 종합하여 보면, 지방세법 제107조 등이나 청구인이 제시한 대법원판례 (92누8019판결) 및 구내무부심사결정사례(제88-450호) 와 같은 비과세 및 감면요건과 달리 같은 법 제109조와 같은 대체취득 비과세의 경우는 세제혜택적인 의미보다는 중복과세를 방지하는 의미가 더 큰 것이므로 종전 토지를 취득할 당시의 과세요건에 따라 납부한 세액에 대하여 비과세하는 것뿐이며, 대체취득된 토지는 단지 권리변환으로 종전 토지는 소멸하고 새로운 토지로 간주하는 것이지만 본질적으로는 동일한 토지임에 비추어 볼 때, 대체취득된 토지에 새로운 과세요건이 발생하면 그 요건을 적용하여 산출한 세액에서 종전 토지를 취득시 납부한 세액을 차감한 세액으로 과세되는 것으로 봄이 상당하다 할 것으로서 청구인의 경우 2000.10월부터 2001.4월 사이에 위 도시환경정비사업구역내 이 사건 종전토지(7,678.1 ㎡ ) 를 취득한 후 2004.12.10. 위 사업의 준공인가를 받고, 즉시 관할관청은 사업완료고시하자 환지처분으로 토지(5,914.4㎡)와 건축물(91,829.74㎡)을 대체취득하였으며, 3일후 이 사건 건축물의 일부(72,792.28㎡)를 본점 사무소용도로 사용하고 있는 것을 보면, 청구인은 이 사건 종전토지를 취득후 5년내 본점 사무소용 건축물을 신축하는 경우에 해당될 뿐만 아니라 대체취득시 토지와 건축물을 동시에 취득하였으므로 본점 사무소용 건축물을 신축으로 취득하는 경우에도 해당된다 할 것으로서 지방세법 제112조 제3항의 규정(본점 사업용재산 취득시 중과세)이나 같은 법 제112조의2제1항제2호의 규정(5년내 본점 사업용재산 취득시 중과세), 어느 규정을 취하든지 취득세 중과세대상이 되는 것이 분명하다 할 것이므로 청구인이 이 사건 대체취득한 토지에 대하여 본점 사업용 건축물의 부속토지의 일부로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이 사건 종전 토지를 취득할 당시 부과하였던 세액을 공제한 세액으로 신고납부한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2005. 8. 29. 행 정 자 치 부 장 관