이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2016.5.2. OOO토지상에 교육연구시설(연구소) OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축한 후, 2016.6.23. 이 건 건축물 중 연구소 OOO㎡(이하 “쟁점연구소”라 한다)에 대하여는 「지방세특례제한법」제46조 (2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 및 부칙 제24조 제1항에 따라 취득세의 100분의 75를 경감 받고, 나머지 부분에 대하여는 이 건 건축물의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부 하였다. 나. 청구법인은 쟁점연구소의 착공(2013.5.31.) 당시 시행되던 구 「지방세특례제한법」제46조 (2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것을 말하며, 이하 “종전감면규정”이라 한다)에 따라 취득세를 면제하여 달라는 취지로 2020.7.13. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.9.2. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 2013.5.31. 쟁점연구소를 착공할 당시 시행되었던 종전감면규정은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있었으나, 쟁점연구소 사용승인(2016.5.2.) 당시 법률 제12955호(2014.12.31.)로 개정된 「지방세특례제한법」제46조 및 그 부칙 제24조(이하 “개정감면규정”이라 한다)에 따라 100분의 75 경감으로 감면율이 축소되었는바, 개정감면규정의 「지방세특례제한법」부칙 제14조(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’라는 경과규정을 두고 있고, 쟁점경과규정은 지방세특례제한법 상 납세의무가 성립하기 이전에 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로서 조세법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우 부칙에 쟁점경과규정과 같은 특별규정을 두고 있다면 이는 납세자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 규정으로 판단하고 있으며, 이러한 견지에서 조세심판원에서도 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 납세자에게 유리한 종전감면규정을 적용하여야 한다는 입장을 취하고 있다. (2) 기업부설연구소에 대한 취득세 감면 규정은 1981.12.31. 구 「지방세법」제110조의3 제3항 제13호로 신설된 이후 그 규정 형태와 근거 법률만 변경되었을 뿐, 33년 동안 동일하게 유지(면제)되어 왔고, 청구법인은 이를 신뢰하여 2011.10.30. 쟁점연구소 부지를 취득한 후, 2012.2.27. 설계용역계약, 2012.11.16. 건축허가 등을 거쳐 2013.5.31. 건축공사에 착공하여 2016.5.2. 쟁점연구소를 신축(사용승인)하였는바, 청구법인은 위와 같이 개정감면규정 이전에 법령에 의한 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아가 일정한 법률적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것이고, 기업부설연구소에 대한 취득세 면제 규정이 장기간 유지되어 온 이상 납세의무자의 신뢰 또는 기득권은 마땅히 보호되어야 할 것이므로 청구법인의 쟁점연구소 취득은 개정감면규정에도 불구하고 쟁점경과규정에 따라 착공 시점에 적용되던 종전감면규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 다수의 대법원 판례 및 조세심판원 결정에서 법령의 부칙에 일반적 경과조치를 규정하고 있다 하더라도 이러한 조치에 대한 납세자의 신뢰는 단순한 기대에 지나지 않는다는 일관된 태도를 보여 왔고, 청구법인이 쟁점연구소 착공 당시 감면이 계속 유지되리라고 기대한 것은 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하여 마땅히 보호되어야 할 신뢰의 정도는 아니라 할 것인 점, 감면 규정의 신설이나 유지, 종료 및 축소 등에 관한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단이라 할 것인 점, 건축물의 착공 행위가 있었다는 자체만으로는 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다고는 보기는 어려운 점, 종전감면규정에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다는 일몰 규정을 두고 있었으므로 감면기한 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었을 것인 점 등에 비추어 개정감면규정의 부칙에서 종전의 규정을 소급하여 적용한다는 명시적 규정을 두고 있지 아니한 이상 청구법인의 쟁점연구소 취득은 개정감면규정에 따라 취득세 면제 대상으로 볼 수는 없다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 착공 당시에 적용되던 종전감면규정(기업부설연구소)에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 1952.10.25. 설립되어 화약류의 제조.판매.운송.보관.수출입.발파/철거/해체용역 및 화약응용사업 등을 주요 목적으로 하여 사업을 영위하고 있다. (나) 청구법인은 OOO토지상에 기업부설연구소 등을 신축할 목적으로 2012.11.16. 처분청으로부터 건축허가를 받은 후, 2013.5.31. 건축공사에 착공하여 2차례의 허가변경을 거쳐 이 건 건축물을 신축하여 2016.5.2. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 기계사업부와 방산사업부는 이 건 건축물의 일부에 대하여 2016.9.20.과 2016.11.8. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 등에 따라 OOO으로부터 아래 ＜표1＞과 같이 기업부설연구소 인정을 받았다. ＜표1＞ 기업부설연구서 인정서(발췌) OOO (라) 기업부설연구소에 대한 취득세 감면 규정은 아래 ＜표2＞와 같이 1981.12.31. 「지방세법」제110조의3 제3항 제3호의 신설되어 1994.12.22. 「지방세법」제282조 로 이관되었고, 2011.1.1. 「지방세특례제한법」신설로 제282조로 이관된 이래 2014.12.31.까지 33년간 면제되어 오다가, 2015.1.1. 이후부터 100분의 50(부칙 적용대상의 경우 75% 경감)으로 감면율이 축소되었으며, 2011.1.1. 「지방세특례제한법」제282조 로 이관된 이후 2년 주기로 감면기한을 연장해 오고 있다. ＜표2＞ 기업부설연구소 감면 규정 개정 연혁 OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점연구소 착공 당시 시행되었던 종전감면규정을 신뢰하여 쟁점연구소를 신축하였으므로 개정감면규정에도 불구하고 쟁점경과규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다고 주장한다. (나) 살피건대, 기업부설연구소에 대한 취득세 감면규정은 1981.12.31.「지방세법」에 신설되었고, 2011.1.1. 「지방세특례제한법」제46조 로 이관된 후, 2014.12.31. 관련 규정이 개정되어 감면율이 100%에서 75%로로 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 30년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 2014.12.31. 「지방세특례제한법」제46조 가 개정되면서 기업부설연구소 취득자에게 불리하게 개정되었는데, 쟁점경과규정에서 기업부설연구소 취득자의 신뢰보호를 위하여 종전감면규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있고, 청구법인은 2014.12.31. 개정감면규정이 시행되기 전인 2012.11.16. 건축허가를 받아 2013.5.31. 착공을 하여 2016.5.2. 쟁점연구소를 신축하였으므로 종전감면규정에 따라 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 개정감면규정에 따라 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2016.5.2. 기업부설연구소용인 쟁점연구소를 취득하였다 하더라도 쟁점경과규정의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. (2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. ② 제1항에도 불구하고 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. ③ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」 제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 75를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. ＜ 부칙 ＞ 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제24조(기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례) ① 이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다.