이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 교회를 신축이전하기 위하여 2000.12.4. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 외 7필지 토지 5,517㎡를 취득함에 따라 취득세와 등록세를 비과세 하였으나, 취득토지 중 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 636㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)는 취득일로부터 5일만인 2000.12.9.에 매각하고 그 취득가액(221,534,810원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,430,690원, 농어촌특별세 443,060원, 등록세 6,646,040원, 교육세 1,329,200원, 합계 12,848,990원을 2001.1.8. 신고 납부하자 이를 징수하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교의 보급과 교화 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자로서, 기존교회의 신축이전을 위한 부지매수를 위하여 매도인(ㅇㅇ초포종중)과 협의하면서 신축부지로 적합한 토지부분만 분할하여 매도하도록 요청하였으나, 매도인이 거부하여 부득이 이 사건 토지를 포함하여 매수할 수 밖에 없었고, 그에 따라 당초예상보다 증가한 토지매수대금을 마련하기 위하여 이 사건 토지를 매각한 것으로 이는 청구인의 공익사업을 위한 정당한 사유에 해당되므로 취득세 등을 비과세 하여야 된다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 종교단체가 교회를 신축이전하기 위하여 취득한 토지를 유예기간(3년)내에 매각한 경우 비과세대상이 될 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 제1호 및 제127조제1항제1호에서 제사·종교 등 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득·등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 비과세 하되 , 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니 할 경우 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 교회를 신축이전하기 위하여 2000.12.4. 7필지의 토지 5,517㎡를 취득하였다가 2000.12.9. 그 중 636㎡를 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매각하고 그 부분에 대한 비과세액을 신고 납부한 사실을 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 교회 신축이전 부지로 적합한 토지만 분할하여 매수할 수가 없어서 부득이 이 사건 토지를 포함하여 매수할 수 밖에 없었던 정당한 사유가 있기 때문에 비과세 해야 된다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조 및 제127조의 규정에 의한 비과세 대상은 종교용에 직접 사용하는 부동산에 대하여 비과세 하는 규정으로서 이 사건의 경우와 같이 종교용으로 전혀 사용하지 아니하고 바로 제3자에게 매각하는 경우는 근본적으로 비과세 대상이 될 수 없고, 또한 청구인이 토지매수 과정에서 이 사건 토지를 포함하지 아니하면 교회 신축용 토지의 취득이 불가하여 부득이 취득하였고 매수자금이 과다하게 소요되어 매각하였다는 사유는 청구인의 내부사정에 불과하다 할 것으로 청구인이 이 사건 토지를 고유업무에 사용하지 아니하고 매각한데 대한 정당한 사유로 인정할 수는 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관