이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.2.25. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 대지 860㎡(이하 “제1토지”라 한다)와 그 지상건축물 1,042.8㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다) 및 제1토지와 연접한 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 전 331㎡(이하 “제2토지”라 한다)를 취득하고, 2004.3.31. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 전 539㎡(이하 “제3토지”라 하고, 제1·2토지를 포함하여 이하 “이 사건 토지”라 한다)를 각각 취득한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조제5항의 규정에 의하여 ○○협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2005.7.26. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사 이○○)의 현지확인 결과 이 사건 건축물은 일부 또는 공실상태로 방치하고 있고, 이 사건 토지는 주차장으로 사용하고 있으므로, 이를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(1,250,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조 제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 30,000,000원, 농어촌특별세 2,750,000원, 등록세 45,000,000원, 지방교육세 8,250,000원, 합계 86,000,000원(가산세 포함)을 2005.11.11. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 농촌지역 주민의 삶과 질 향상을 위한 지역문화복지센터 및 주차장 시설을 운영할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였는바, 이 사건 부동산에 대한 사용이 늦어진 것은 이 사건 건축물의 안전성에 문제가 있어 건물 전체를 개·보수하고자 업자선정 및 견적의뢰 등의 절차를 진행하고 있는데 기인한 것에 있으므로 이는 정당한 사유에 해당된다 하겠고, 이 사건 건축물의 일부를 제3자에게 임대하여 이발소로 사용토록 하고 있는 것은 원로조합원의 무료이용과 조합원의 할인우대 등 조합원에 대한 후생복지사업의 일환으로 운영하고 있는 것이므로 이는 청구인의 고유업무인 순수한 복지시설 운영으로 보아야 할 것이며, 이 사건 토지는 인근에 위치한 청구인의 업무시설 이용객의 주차장으로 활용하고 있는바, 청구인의 고유업무인 신용사업을 영위하기 위하여 필수불가결한 시설로 업무시설 건물 구내에 주차장을 추가로 확보할 수 없는 부득이한 상황에서 고객의 편의를 위하여 무료 주차장으로 사용하고 있는 이상 고유업무에 직접 사용하고 있다고 보아야 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 농협이 취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제266조 제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 다만 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.2.25. 지역문화복지센터용으로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 그 후 이 사건 건축물에 대한 안전진단을 실시하여 2004.8월경 청구외 (주)○○구조로부터 현장 상황상 전체적인 균열 및 손상조사는 불가능하여 일부 부재에 대하여 조사를 실시한 결과 전층 슬래브, 보에서 균열이 조사되었고, 특히 지하층 상부 슬래브 및 보에서 다른 층에 비해 폭이 큰 다수의 균열이 조사되었는바, 이는 추후 외기 및 습기의 침입이 용이하여 중성화 및 철근부식의 원인이 되어 구조체의 내구성을 저해할 수 있고, 이로 인한 구조체의 내력이 감소하여 전반적인 구조안전성에 문제가 될 수 있으므로, 발생한 균열에 대하여 보수를 실시하는 것이 바람직하다는 보고를 받은 사실 및 2005.3.1. 이 사건 건축물 내에 위치한 ○○이용원과 협력을 체결하여 조합원에게는 10% 할인된 가격으로 원로조합원에게는 무상으로 이용토록 하고 있고, 이 사건 토지는 무료 주차장으로 사용하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물의 안전성에 문제가 있어 그 사용이 지연되고 있는바, 이는 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다 하겠고, 이 사건 토지는 고객편의를 위한 무료주차장으로 사용하고 있는 이상 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 하겠으므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제266조 제5항에서 농업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 95누18314, 1996.3.12)으로, 청구인의 경우 이 사건 부동산 취득 후 일련의 절차를 거쳐 건축물을 유예기간 내에 복지센터용으로 사용하였어야 함에도 건축물 개·보수를 위한 업자선정 및 견적의뢰 등을 이유로 취득일부터 1년 5개월이 경과하도록 방치하고 있는 사실로 볼 때, 청구인이 이 사건 건축물을 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 하겠고, 이 사건 건축물 내 이용원 또한 무료 또는 할인된 가격으로 조합원에게 제공되고 있다고는 하나 제3자에게 임대하여 사용 수익토록 하고 있는 이상 청구인이 고유업무에 직접 사용하고 있다고 볼 수도 없다 할 것이며, 제1토지는 건축물대장상 이 사건 건축물의 부속토지로서 청구인이 건축물을 정당한 사유없이 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 아니하였으므로 비록 고객 주차장으로 사용하고 있다고 하여 이를 고유업무에 사용하고 있다고 보기는 어렵다 하겠고, 나머지 제2·3토지 또한 무료 주차장으로 사용되고 있다고는 하나 청구인의 업무시설과 연접된 하나로마트의 주차장 등을 청구인의 고객용 주차장으로 제공하고 있는 점으로 미루어 볼 때, 청구인의 업무시설을 이용하는 고객의 접근편리성을 위하여 확보되어져야 할 필수적인 부대시설이라고 볼 수도 없다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2006. 1. 23. 행 정 자 치 부 장 관