이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.8.3. 서울특별시 ○○구 ○○동 535-40번지외 1필지 대지 926㎡와 그 지상건축물 247.64㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 그 후 현지확인 결과 이 사건 부동산은 고급주택에 해당되어 비과세대상에서 제외된다고 판단하여 그 취득가액(1,120,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제2항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 134,400,000원, 농어촌특별세 12,320,000원, 등록세 40,320,000원, 지방교육세 7,392,000원, 합계 194,432,000원(가산세 포함)을 2006.3.13. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산을 영유아보육시설로 사용하기 위하여 취득 이전에 이미 건축물의 용도를 교육연구 및 복지시설로 변경하였고, 취득 후 처분청에 영유아보육법에 의한 보육신고를 하고 보육시설신고증을 교부받았을 뿐만 아니라 건물 도색, 어린이용으로의 화장실 개보수, 난방시설 교체 등 보육시설로 사용하기 위한 제반절차를 진행하였으나, 보육시설이 주택가에서 소외되어 있을 뿐더러 운행차량을 확보하지 못한 이유 등으로 그 등록율이 저조하여 현재까지 보육시설로 사용하지 못하고 있는바, 이 사건 부동산은 외형상·구조상 주택의 형태를 갖추고 있다고는 하나 실질적으로주택이 아닌 다른 용도로 용도변경되어 있고, 더구나 부동산의 유지 관리를위해 간헐적으로 출입하였을 뿐 주거용으로 사용하지도 아니하였을 뿐만 아니라 법령에서 정하고 있는 유예기간(취득일부터 3년)이 경과하지도 아니하였으므로, 이를 고급주택으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은실질과세의 원칙에 위배된다 하겠으므로 취소되어야 한다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자가 취득한 부동산을 고급주택으로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정한 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제112조제2항 본문에서 고급주택에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다고 하면서, 그 제3호에서 고급주택이라 함은 주거용 건축물 또는 그 부속토지의 면적과 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하거나 당해 건축물에 67제곱미터이상의 풀장등 대통령령이 정하는 부대시설을 설치한 주거용 건축물과 그 부속토지를 말하되, 다만, 주거용 건축물을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정한 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항 본문 및 제6호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자를 말한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제84조의3제2항 본문 및 제2호에서 법 제112조제2항제3호의 규정에 의하여 고급주택으로 보는 “주거용 건축물 또는 그 부속토지의 면적과 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하거나 당해 건축물에 67제곱미터 이상의 풀장 등 대통령령이 정하는 부대시설을 설치한 주거용 건축물과 그 부속토지”라 함은 1구의 건물의 대지면적이 662제곱미터를 초과하는 것으로서 그 건물의 시가표준액이 2,500만원을 초과하는 주거용 건물과 그 부속토지에 해당하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.5.3. 청구외 송금득과 이 사건 부동산에 대한 매매계약(잔금지급일 2003.8.3, 매매가액 1,120,000,000원)을 체결한 후 2003.8.3. 이를 취득한 다음 2003.8.4. 처분청으로부터 보육시설신고증(제2003-6호, 시설명칭 : 짐·아스코어린이집, 시설종별 : 민간보육시설)을 교부받은 사실과 종전 소유자인 청구외 송○○은 2003.7.7. 처분청에 이 사건 부동산의 용도를 주택에서 교육연구 및 복지시설로 변경하는 내용의 용도변경신고서를 제출하였고, 이에 처분청은 2003.7.21. 이를 승인한 사실 및 청구인은 이 사건 부동산 취득 이후 심사청구일 현재까지 이를 어린이집으로 사용하지 아니한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 취득 이전 이미 이 사건 부동산은 주택에서 교육및복지시설로 용도변경되었고, 취득 이후에도 주거용으로 사용한 사실이 없음에도, 이를 고급주택으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 하면서, 고급주택 등 사치성재산은 비과세대상에서 제외하고 있고, 취득 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있으므로, 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산이라 하더라도 고급주택 등 사치성재산은 비과세대상이 아닌 과세대상으로 보아 취득세 등을 부과하여야 할 것이나, 사치성재산이 아닌 경우 그 사용일부터 2년 내에 매각하거나 다른 용도로 사용하지 아니하였다면 취득 등기일부터 3년 이내에는 비과세한 취득세 등을 부과할 수는 없다 하겠고, 구 지방세법 제112조제2항제3호 단서의 취지가 별도의 구조변경 행위없이 그 용도의 변경이 가능한 경우까지도 특별한 공사행위의 수반을 요구하고 있다고 보기는 어렵다(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2005-145호, 2005.5.30) 할 것이며, 건축물의 주거용 해당여부 또한 공부상의 용도에 관계없이 사실상의 내용에 따라 판단하여야 하겠으므로, 당해 건축물의 용도가 이미 다른 용도로 변경되어 있음에도 그 내부구조에 미루어 주거용으로 사용할 개연성이 상존한다는 이유로 이를 주거용으로 보는 것은 다소 무리가 있다 할 것으로, 청구인의 경우 이 사건 부동산 취득 이후 2003.8.4. 처분청으로부터 보육시설신고증을 교부받았다고는 하나 처분청에서 제시하는 바와 같이 심사청구일 현재까지 보조금 신청 및 보육교사 승급(보수)교육을 실시한 사실이 없는 점, 이 사건 보육시설 입소신청자 명부상의 아동은 서울특별시 ○○구 소재 보육시설의 아동으로서 보육교사 및 보육아동이 있음이 확인되고 있지 아니한 점, 2005.12.1.까지도 이 사건 부동산이 보육시설임을 알 수 있는 외부표식이 설치되어 있지 아니한 점 등으로 보아 청구인은 이 사건 부동산을 영유아보육시설로 사용하였다고 볼 수는 없다 할 것이나, 청구인은 이미 건축물의 용도가 주택에서 교육연구 및 복지시설로 변경된 이 사건 부동산을 취득하였고, 이 사건 부동산을 주거용으로 사용하였다는 정황이 명확히 드러나고 있지 아니하고 있으며, 유아용 양변기 설치 등 내부 화장실의 구조가 일반 주거용과는 차이가 있을 뿐더러 처분청 세무담당공무원(지방세무주사보 이○○외 1인)의 현지확인 복명서에도 실제 거주하고 있는 것으로 여겨지는 정황이 없다고 하고 있는 점으로 보아 취득 이후 매월 사용한 수도와 전기는 부동산의 유지 관리를 위한 것으로 보아야 하겠으므로, 이 사건 부동산은 고급주택이 아닌 교육연구 및 복지시설로 보는 것이 타당하다 하겠고, 그렇다면 구 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항 본문에서 정하고 있는 유예기간(취득일부터 3년)이 경과하지 아니하였음에도 처분청이 비과세한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2006. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관